# TARGET T0618 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.1144 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.167 0.065 0.010 0.029 0.032 0.056 0.056 0.003 0.001 0.004 0.577 2 K 0.029 0.038 0.003 0.028 0.025 0.046 0.071 0.002 0.001 0.001 0.757 3 K 0.085 0.038 0.005 0.033 0.022 0.038 0.075 0.003 0.001 0.002 0.699 4 E 0.156 0.097 0.004 0.043 0.032 0.051 0.085 0.004 0.001 0.004 0.523 5 S 0.146 0.076 0.010 0.042 0.037 0.062 0.111 0.005 0.001 0.008 0.503 6 Q 0.158 0.082 0.021 0.059 0.035 0.057 0.091 0.005 0.001 0.010 0.482 7 V 0.079 0.044 0.007 0.036 0.028 0.047 0.117 0.003 0.001 0.006 0.633 8 I 0.127 0.051 0.011 0.049 0.049 0.084 0.106 0.005 0.001 0.006 0.511 9 F 0.072 0.075 0.007 0.035 0.033 0.058 0.145 0.005 0.001 0.006 0.564 10 D 0.151 0.076 0.013 0.032 0.042 0.073 0.102 0.006 0.001 0.008 0.496 11 K 0.047 0.049 0.005 0.010 0.006 0.011 0.070 0.002 0.001 0.005 0.794 12 N 0.025 0.018 0.004 0.003 0.004 0.007 0.643 0.001 0.001 0.011 0.284 13 V 0.279 0.077 0.007 0.003 0.004 0.007 0.269 0.001 0.001 0.011 0.342 14 I 0.027 0.401 0.009 0.004 0.012 0.022 0.141 0.001 0.001 0.003 0.380 15 E 0.021 0.398 0.004 0.003 0.006 0.008 0.218 0.001 0.001 0.001 0.340 16 F 0.025 0.808 0.001 0.002 0.003 0.006 0.026 0.002 0.001 0.001 0.127 17 V 0.004 0.964 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.016 18 T 0.002 0.963 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 19 V 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.038 20 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 21 A 0.002 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 22 E 0.004 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 23 F 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 24 C 0.003 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 25 A 0.003 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 26 F 0.009 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.016 27 L 0.008 0.977 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 28 E 0.005 0.969 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 29 R 0.026 0.909 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.039 30 A 0.096 0.814 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.063 31 E 0.044 0.708 0.015 0.002 0.002 0.004 0.025 0.014 0.001 0.001 0.185 32 S 0.104 0.520 0.023 0.003 0.002 0.003 0.070 0.019 0.001 0.002 0.254 33 M 0.251 0.592 0.026 0.002 0.002 0.004 0.014 0.017 0.001 0.001 0.089 34 K 0.063 0.733 0.021 0.004 0.003 0.005 0.033 0.017 0.001 0.001 0.121 35 R 0.121 0.583 0.018 0.004 0.003 0.006 0.037 0.023 0.001 0.002 0.204 36 S 0.269 0.386 0.013 0.007 0.004 0.009 0.021 0.020 0.001 0.003 0.268 37 T 0.115 0.185 0.015 0.005 0.003 0.004 0.089 0.010 0.001 0.002 0.572 38 F 0.096 0.173 0.043 0.006 0.004 0.006 0.241 0.006 0.001 0.004 0.422 39 V 0.069 0.259 0.014 0.010 0.009 0.018 0.132 0.004 0.001 0.003 0.481 40 D 0.036 0.308 0.005 0.008 0.006 0.011 0.061 0.003 0.001 0.002 0.559 41 T 0.038 0.569 0.006 0.006 0.003 0.005 0.081 0.003 0.001 0.002 0.287 42 T 0.062 0.693 0.002 0.005 0.003 0.007 0.054 0.005 0.001 0.001 0.169 43 L 0.038 0.841 0.007 0.003 0.002 0.005 0.013 0.006 0.001 0.001 0.084 44 K 0.034 0.788 0.005 0.002 0.002 0.003 0.017 0.007 0.001 0.001 0.140 45 I 0.107 0.699 0.009 0.002 0.001 0.002 0.013 0.021 0.001 0.001 0.145 46 L 0.098 0.787 0.021 0.002 0.002 0.003 0.005 0.015 0.001 0.001 0.067 47 P 0.009 0.092 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.881 48 L 0.081 0.279 0.015 0.011 0.003 0.007 0.053 0.008 0.001 0.001 0.543 49 L 0.158 0.626 0.008 0.014 0.002 0.003 0.025 0.007 0.001 0.001 0.154 50 Y 0.040 0.745 0.009 0.017 0.006 0.010 0.019 0.006 0.001 0.001 0.147 51 L 0.026 0.729 0.018 0.044 0.006 0.013 0.020 0.008 0.001 0.001 0.134 52 K 0.045 0.767 0.005 0.045 0.008 0.017 0.012 0.010 0.001 0.001 0.090 53 A 0.081 0.750 0.004 0.029 0.006 0.014 0.006 0.015 0.001 0.001 0.095 54 S 0.133 0.554 0.016 0.046 0.015 0.035 0.017 0.028 0.001 0.002 0.153 55 M 0.276 0.223 0.033 0.028 0.007 0.016 0.041 0.058 0.001 0.004 0.313 56 L 0.428 0.161 0.105 0.020 0.015 0.027 0.027 0.022 0.001 0.004 0.191 57 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.989 58 K 0.034 0.006 0.005 0.029 0.008 0.015 0.128 0.001 0.001 0.001 0.773 59 C 0.314 0.041 0.006 0.038 0.012 0.020 0.060 0.002 0.001 0.009 0.498 60 E 0.136 0.062 0.003 0.052 0.033 0.049 0.111 0.003 0.001 0.003 0.548 61 M 0.061 0.036 0.011 0.064 0.019 0.050 0.068 0.002 0.001 0.004 0.685 62 I 0.117 0.056 0.008 0.107 0.066 0.151 0.070 0.003 0.001 0.005 0.417 63 G 0.018 0.013 0.001 0.035 0.016 0.020 0.073 0.001 0.001 0.001 0.822 64 D 0.028 0.008 0.002 0.025 0.016 0.034 0.016 0.001 0.001 0.001 0.868 65 E 0.116 0.021 0.008 0.037 0.017 0.050 0.151 0.003 0.001 0.011 0.584 66 S 0.179 0.017 0.006 0.019 0.023 0.013 0.279 0.003 0.001 0.010 0.451 67 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.986 68 E 0.010 0.005 0.004 0.038 0.033 0.076 0.445 0.001 0.001 0.006 0.382 69 T 0.179 0.006 0.001 0.012 0.019 0.017 0.099 0.001 0.001 0.012 0.653 70 Y 0.162 0.063 0.015 0.034 0.045 0.063 0.060 0.003 0.001 0.009 0.546 71 V 0.122 0.050 0.019 0.076 0.056 0.091 0.176 0.003 0.001 0.009 0.397 72 T 0.015 0.013 0.001 0.018 0.013 0.020 0.115 0.001 0.001 0.001 0.804 73 E 0.031 0.022 0.001 0.013 0.015 0.034 0.034 0.001 0.001 0.002 0.847 74 E 0.005 0.014 0.001 0.004 0.002 0.004 0.401 0.001 0.001 0.003 0.567 75 I 0.189 0.044 0.002 0.001 0.002 0.003 0.501 0.001 0.001 0.006 0.251 76 Y 0.057 0.701 0.008 0.001 0.002 0.003 0.081 0.001 0.001 0.002 0.143 77 E 0.006 0.818 0.002 0.001 0.002 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.133 78 V 0.010 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.114 79 L 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.018 80 R 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 81 I 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 82 N 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.013 83 L 0.013 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.008 84 A 0.008 0.964 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 85 S 0.033 0.890 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.051 86 I 0.149 0.778 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 0.039 87 L 0.194 0.679 0.016 0.001 0.001 0.002 0.004 0.037 0.001 0.001 0.066 88 A 0.140 0.406 0.057 0.003 0.002 0.004 0.023 0.050 0.001 0.001 0.314 89 E 0.181 0.332 0.054 0.005 0.002 0.003 0.040 0.035 0.001 0.002 0.345 90 K 0.197 0.325 0.029 0.009 0.005 0.008 0.041 0.022 0.001 0.003 0.361 91 D 0.122 0.203 0.026 0.015 0.017 0.017 0.097 0.016 0.001 0.007 0.480 92 D 0.067 0.134 0.024 0.015 0.009 0.011 0.121 0.005 0.001 0.009 0.607 93 Y 0.084 0.210 0.017 0.033 0.015 0.023 0.292 0.003 0.001 0.012 0.311 94 L 0.106 0.253 0.017 0.053 0.046 0.061 0.185 0.004 0.001 0.012 0.263 95 E 0.049 0.299 0.011 0.077 0.070 0.089 0.088 0.004 0.001 0.005 0.308 96 V 0.061 0.246 0.010 0.077 0.094 0.116 0.056 0.006 0.001 0.003 0.331 97 F 0.055 0.239 0.010 0.053 0.091 0.189 0.038 0.011 0.001 0.003 0.311 98 L 0.063 0.177 0.021 0.042 0.137 0.261 0.049 0.008 0.001 0.004 0.239 99 P 0.005 0.004 0.001 0.007 0.007 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.947 100 D 0.026 0.008 0.001 0.011 0.015 0.034 0.048 0.001 0.001 0.001 0.856 101 M 0.385 0.052 0.008 0.013 0.013 0.026 0.107 0.003 0.001 0.011 0.381 102 A 0.175 0.089 0.010 0.019 0.022 0.046 0.214 0.005 0.001 0.008 0.414 103 Y 0.215 0.105 0.027 0.018 0.030 0.045 0.098 0.009 0.001 0.008 0.446 104 S 0.173 0.070 0.013 0.018 0.021 0.031 0.063 0.005 0.001 0.004 0.600 105 D 0.034 0.012 0.005 0.014 0.004 0.007 0.083 0.002 0.001 0.002 0.836 106 E 0.230 0.028 0.023 0.024 0.046 0.033 0.255 0.003 0.001 0.012 0.347 107 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.985 108 I 0.024 0.017 0.006 0.035 0.051 0.125 0.124 0.001 0.001 0.002 0.616 109 K 0.077 0.033 0.002 0.051 0.028 0.068 0.120 0.001 0.001 0.007 0.613 110 K 0.192 0.081 0.002 0.037 0.037 0.088 0.068 0.002 0.001 0.005 0.487 111 N 0.290 0.098 0.010 0.061 0.023 0.044 0.106 0.005 0.001 0.006 0.355 112 I 0.294 0.238 0.009 0.029 0.014 0.030 0.102 0.009 0.001 0.005 0.271 113 S 0.146 0.333 0.009 0.036 0.022 0.044 0.127 0.013 0.001 0.006 0.263 114 E 0.041 0.092 0.004 0.007 0.003 0.007 0.058 0.003 0.001 0.005 0.780 115 D 0.068 0.073 0.010 0.004 0.001 0.003 0.511 0.002 0.001 0.007 0.320 116 L 0.280 0.320 0.019 0.008 0.002 0.002 0.211 0.003 0.001 0.004 0.152 117 A 0.012 0.752 0.004 0.007 0.006 0.010 0.042 0.003 0.001 0.001 0.164 118 D 0.016 0.748 0.004 0.008 0.003 0.004 0.046 0.003 0.001 0.001 0.167 119 I 0.012 0.907 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.060 120 Y 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.021 121 Q 0.008 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.047 122 D 0.054 0.815 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.001 0.001 0.097 123 I 0.044 0.913 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.024 124 K 0.021 0.842 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.108 125 D 0.048 0.715 0.016 0.001 0.001 0.001 0.033 0.014 0.001 0.001 0.172 126 F 0.066 0.790 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.115 127 I 0.009 0.900 0.010 0.004 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.058 128 F 0.007 0.870 0.003 0.008 0.006 0.007 0.021 0.005 0.001 0.001 0.073 129 V 0.007 0.916 0.003 0.013 0.002 0.003 0.009 0.008 0.001 0.001 0.039 130 F 0.004 0.972 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 131 Q 0.009 0.937 0.003 0.006 0.002 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 0.026 132 L 0.104 0.719 0.010 0.028 0.005 0.011 0.008 0.053 0.001 0.001 0.061 133 G 0.470 0.145 0.017 0.012 0.005 0.008 0.026 0.115 0.001 0.004 0.198 134 L 0.122 0.078 0.575 0.008 0.003 0.004 0.037 0.013 0.001 0.002 0.158 135 N 0.012 0.013 0.008 0.015 0.004 0.008 0.130 0.002 0.001 0.001 0.806 136 E 0.023 0.007 0.003 0.005 0.002 0.004 0.067 0.001 0.001 0.002 0.886 137 T 0.106 0.092 0.007 0.022 0.005 0.011 0.249 0.002 0.001 0.007 0.500 138 M 0.160 0.257 0.016 0.013 0.006 0.011 0.206 0.002 0.001 0.007 0.322 139 N 0.041 0.565 0.007 0.015 0.007 0.014 0.082 0.003 0.001 0.003 0.265 140 D 0.030 0.531 0.003 0.008 0.006 0.009 0.065 0.002 0.001 0.002 0.345 141 S 0.027 0.835 0.002 0.002 0.002 0.003 0.040 0.002 0.001 0.001 0.087 142 L 0.012 0.909 0.002 0.002 0.003 0.004 0.022 0.002 0.001 0.001 0.045 143 A 0.003 0.952 0.002 0.001 0.004 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.024 144 I 0.003 0.964 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.020 145 C 0.004 0.966 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.015 146 Q 0.005 0.965 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 147 E 0.008 0.946 0.004 0.001 0.002 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 0.019 148 N 0.053 0.831 0.010 0.002 0.002 0.003 0.007 0.027 0.001 0.001 0.063 149 F 0.110 0.706 0.028 0.002 0.003 0.004 0.010 0.029 0.001 0.001 0.107 150 G 0.108 0.455 0.058 0.004 0.007 0.011 0.060 0.025 0.001 0.002 0.271 151 L 0.126 0.319 0.073 0.009 0.007 0.010 0.094 0.015 0.001 0.003 0.343 152 L 0.052 0.469 0.026 0.007 0.010 0.014 0.082 0.009 0.001 0.002 0.330 153 W 0.034 0.431 0.015 0.004 0.004 0.008 0.102 0.003 0.001 0.002 0.397 154 G 0.040 0.410 0.005 0.006 0.004 0.010 0.097 0.003 0.001 0.002 0.424 155 Q 0.032 0.618 0.005 0.002 0.002 0.003 0.072 0.002 0.001 0.001 0.264 156 K 0.016 0.762 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.166 157 L 0.008 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.046 158 V 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 159 N 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 160 T 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 161 M 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 162 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 163 A 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 164 L 0.019 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.011 165 H 0.008 0.972 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 166 D 0.013 0.937 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.027 167 V 0.079 0.853 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.029 168 K 0.062 0.843 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.039 0.001 0.001 0.037 169 Y 0.124 0.605 0.062 0.006 0.002 0.004 0.011 0.069 0.001 0.001 0.115 170 S 0.148 0.317 0.062 0.022 0.013 0.009 0.053 0.054 0.001 0.003 0.319 171 P 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.971 172 K 0.018 0.040 0.013 0.022 0.011 0.033 0.465 0.002 0.001 0.007 0.390 173 A 0.276 0.087 0.008 0.016 0.011 0.013 0.217 0.004 0.001 0.026 0.342 174 R 0.125 0.377 0.011 0.015 0.015 0.016 0.094 0.005 0.001 0.006 0.336 175 L 0.112 0.255 0.024 0.028 0.027 0.047 0.095 0.006 0.001 0.007 0.400 176 E 0.042 0.150 0.003 0.027 0.021 0.038 0.161 0.004 0.001 0.005 0.549 177 H 0.162 0.150 0.008 0.021 0.040 0.059 0.106 0.008 0.001 0.010 0.437 178 H 0.184 0.149 0.017 0.021 0.028 0.043 0.070 0.011 0.001 0.006 0.471 179 H 0.108 0.096 0.030 0.019 0.028 0.039 0.070 0.007 0.001 0.004 0.601 180 H 0.056 0.042 0.008 0.024 0.029 0.044 0.083 0.004 0.001 0.003 0.708 181 H 0.096 0.028 0.007 0.022 0.041 0.062 0.066 0.003 0.001 0.005 0.670 182 H 0.109 0.031 0.008 0.028 0.040 0.059 0.088 0.003 0.001 0.006 0.629