# TARGET T0618 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.1144 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.205 0.249 0.292 0.075 0.073 0.026 0.030 0.006 0.035 0.005 0.001 2 K 0.308 0.181 0.367 0.040 0.024 0.035 0.017 0.003 0.018 0.004 0.003 3 K 0.507 0.143 0.192 0.093 0.021 0.020 0.010 0.002 0.010 0.001 0.002 4 E 0.369 0.195 0.150 0.202 0.027 0.020 0.018 0.003 0.014 0.001 0.001 5 S 0.224 0.187 0.207 0.179 0.068 0.031 0.061 0.011 0.027 0.004 0.001 6 Q 0.240 0.219 0.289 0.093 0.043 0.045 0.043 0.005 0.018 0.003 0.002 7 V 0.207 0.343 0.293 0.070 0.030 0.037 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 8 I 0.213 0.358 0.220 0.107 0.028 0.047 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 9 F 0.125 0.341 0.204 0.135 0.105 0.050 0.009 0.002 0.027 0.002 0.001 10 D 0.182 0.109 0.313 0.092 0.063 0.106 0.056 0.009 0.051 0.017 0.002 11 K 0.813 0.014 0.068 0.077 0.007 0.005 0.008 0.002 0.002 0.002 0.001 12 N 0.553 0.045 0.117 0.151 0.032 0.051 0.021 0.004 0.022 0.004 0.001 13 V 0.963 0.002 0.011 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.987 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.989 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 F 0.981 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.994 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.993 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 V 0.989 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 C 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.965 0.004 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.929 0.018 0.016 0.027 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 28 E 0.903 0.022 0.019 0.040 0.002 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 29 R 0.606 0.048 0.080 0.156 0.037 0.024 0.021 0.004 0.022 0.003 0.001 30 A 0.838 0.015 0.076 0.053 0.003 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 31 E 0.887 0.021 0.032 0.047 0.002 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 32 S 0.767 0.038 0.039 0.113 0.016 0.010 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 33 M 0.671 0.064 0.100 0.129 0.009 0.010 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 34 K 0.724 0.062 0.114 0.051 0.008 0.014 0.012 0.002 0.010 0.002 0.001 35 R 0.619 0.047 0.091 0.179 0.018 0.015 0.019 0.003 0.006 0.002 0.001 36 S 0.776 0.023 0.074 0.076 0.009 0.009 0.014 0.011 0.004 0.004 0.001 37 T 0.731 0.032 0.064 0.146 0.004 0.008 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 38 F 0.676 0.066 0.092 0.082 0.022 0.037 0.010 0.002 0.010 0.002 0.001 39 V 0.955 0.007 0.015 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.963 0.013 0.012 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.977 0.003 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 T 0.953 0.002 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.985 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 K 0.987 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 I 0.947 0.003 0.007 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 L 0.943 0.010 0.020 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 47 P 0.980 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.960 0.007 0.006 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.966 0.010 0.010 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Y 0.928 0.018 0.023 0.014 0.003 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 51 L 0.944 0.013 0.012 0.020 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 52 K 0.909 0.019 0.025 0.031 0.004 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 53 A 0.829 0.021 0.028 0.098 0.009 0.004 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 54 S 0.755 0.026 0.033 0.157 0.007 0.005 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 55 M 0.288 0.038 0.074 0.522 0.012 0.026 0.026 0.003 0.009 0.001 0.001 56 L 0.094 0.175 0.433 0.018 0.021 0.023 0.031 0.001 0.201 0.003 0.001 57 P 0.391 0.005 0.546 0.017 0.003 0.011 0.002 0.001 0.002 0.005 0.018 58 K 0.551 0.067 0.164 0.135 0.015 0.017 0.025 0.013 0.009 0.002 0.002 59 C 0.146 0.248 0.261 0.203 0.071 0.031 0.010 0.003 0.024 0.001 0.001 60 E 0.178 0.288 0.375 0.057 0.021 0.036 0.012 0.002 0.026 0.002 0.002 61 M 0.254 0.233 0.305 0.068 0.021 0.076 0.014 0.002 0.024 0.002 0.003 62 I 0.185 0.244 0.349 0.107 0.024 0.029 0.022 0.001 0.034 0.002 0.002 63 G 0.094 0.025 0.189 0.031 0.136 0.021 0.034 0.184 0.014 0.268 0.004 64 D 0.394 0.108 0.307 0.101 0.020 0.025 0.016 0.004 0.012 0.004 0.010 65 E 0.171 0.122 0.127 0.515 0.023 0.016 0.010 0.002 0.011 0.001 0.002 66 S 0.015 0.188 0.406 0.006 0.059 0.015 0.019 0.001 0.285 0.006 0.001 67 P 0.304 0.004 0.608 0.016 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 68 E 0.209 0.307 0.320 0.079 0.030 0.022 0.009 0.003 0.021 0.001 0.001 69 T 0.243 0.188 0.410 0.082 0.022 0.034 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 70 Y 0.167 0.216 0.207 0.237 0.031 0.084 0.034 0.004 0.016 0.001 0.002 71 V 0.111 0.429 0.265 0.070 0.055 0.031 0.010 0.001 0.026 0.001 0.001 72 T 0.093 0.144 0.522 0.041 0.030 0.102 0.012 0.001 0.048 0.004 0.001 73 E 0.685 0.030 0.203 0.044 0.008 0.016 0.004 0.001 0.005 0.002 0.002 74 E 0.908 0.015 0.040 0.025 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 75 I 0.816 0.011 0.016 0.148 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 Y 0.935 0.008 0.013 0.035 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 E 0.976 0.006 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 V 0.989 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.995 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.959 0.002 0.007 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.954 0.001 0.004 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.984 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.960 0.003 0.002 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.702 0.004 0.012 0.274 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.518 0.031 0.048 0.341 0.005 0.011 0.028 0.001 0.015 0.001 0.001 88 A 0.550 0.040 0.156 0.072 0.018 0.017 0.109 0.010 0.012 0.013 0.002 89 E 0.531 0.049 0.170 0.160 0.012 0.036 0.025 0.006 0.007 0.002 0.002 90 K 0.519 0.093 0.147 0.175 0.018 0.017 0.014 0.003 0.011 0.002 0.001 91 D 0.445 0.088 0.235 0.085 0.026 0.040 0.041 0.010 0.021 0.008 0.001 92 D 0.735 0.029 0.051 0.146 0.011 0.011 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 93 Y 0.629 0.059 0.064 0.209 0.013 0.013 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 94 L 0.608 0.131 0.087 0.125 0.009 0.015 0.016 0.001 0.009 0.001 0.001 95 E 0.442 0.271 0.143 0.062 0.031 0.019 0.016 0.001 0.014 0.001 0.001 96 V 0.331 0.363 0.171 0.060 0.012 0.037 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 97 F 0.213 0.248 0.292 0.095 0.030 0.073 0.016 0.001 0.030 0.001 0.001 98 L 0.083 0.236 0.421 0.023 0.040 0.042 0.015 0.001 0.135 0.004 0.001 99 P 0.436 0.015 0.446 0.028 0.015 0.021 0.004 0.002 0.004 0.014 0.014 100 D 0.450 0.080 0.212 0.130 0.025 0.043 0.021 0.009 0.025 0.004 0.002 101 M 0.499 0.094 0.196 0.144 0.022 0.017 0.011 0.002 0.013 0.001 0.001 102 A 0.452 0.169 0.189 0.097 0.027 0.023 0.014 0.003 0.019 0.005 0.002 103 Y 0.286 0.107 0.235 0.224 0.033 0.034 0.036 0.006 0.031 0.005 0.004 104 S 0.440 0.083 0.196 0.112 0.039 0.023 0.048 0.021 0.019 0.014 0.006 105 D 0.258 0.074 0.156 0.393 0.013 0.031 0.056 0.007 0.008 0.001 0.003 106 E 0.038 0.357 0.368 0.007 0.088 0.012 0.009 0.001 0.117 0.004 0.001 107 P 0.126 0.005 0.766 0.005 0.002 0.060 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 108 I 0.472 0.170 0.229 0.066 0.015 0.025 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 109 K 0.637 0.083 0.164 0.062 0.008 0.021 0.009 0.002 0.008 0.002 0.002 110 K 0.553 0.069 0.066 0.194 0.053 0.009 0.026 0.016 0.007 0.005 0.001 111 N 0.385 0.071 0.210 0.137 0.048 0.059 0.041 0.016 0.023 0.009 0.002 112 I 0.617 0.070 0.148 0.129 0.007 0.015 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 113 S 0.641 0.053 0.185 0.056 0.010 0.020 0.015 0.002 0.012 0.004 0.001 114 E 0.944 0.003 0.017 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 D 0.701 0.016 0.089 0.114 0.018 0.030 0.008 0.002 0.019 0.002 0.001 116 L 0.984 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 A 0.989 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 D 0.984 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 Y 0.985 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 Q 0.988 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 D 0.900 0.005 0.046 0.020 0.004 0.016 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 123 I 0.978 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 K 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 D 0.888 0.002 0.001 0.104 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 F 0.956 0.002 0.007 0.029 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.983 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 F 0.971 0.017 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 129 V 0.877 0.055 0.028 0.021 0.005 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 130 F 0.741 0.091 0.061 0.064 0.010 0.015 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 131 Q 0.821 0.050 0.049 0.041 0.005 0.014 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 132 L 0.384 0.031 0.053 0.482 0.007 0.006 0.031 0.001 0.005 0.001 0.001 133 G 0.070 0.004 0.027 0.031 0.045 0.006 0.158 0.498 0.005 0.154 0.001 134 L 0.378 0.067 0.308 0.170 0.017 0.025 0.017 0.003 0.010 0.004 0.001 135 N 0.582 0.028 0.132 0.195 0.009 0.023 0.015 0.005 0.005 0.004 0.001 136 E 0.876 0.023 0.044 0.038 0.005 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 137 T 0.839 0.036 0.042 0.047 0.004 0.027 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 138 M 0.971 0.005 0.006 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 N 0.993 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 D 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 S 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 I 0.993 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 C 0.939 0.006 0.014 0.032 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 146 Q 0.948 0.005 0.006 0.032 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.947 0.008 0.005 0.032 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 148 N 0.666 0.011 0.029 0.242 0.011 0.013 0.016 0.004 0.005 0.001 0.001 149 F 0.561 0.027 0.051 0.298 0.012 0.008 0.029 0.003 0.009 0.001 0.001 150 G 0.790 0.030 0.060 0.036 0.020 0.013 0.025 0.012 0.003 0.011 0.001 151 L 0.893 0.030 0.026 0.036 0.002 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 152 L 0.887 0.017 0.036 0.034 0.007 0.007 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 153 W 0.887 0.009 0.020 0.064 0.007 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 154 G 0.972 0.001 0.007 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 155 Q 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 L 0.974 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 H 0.971 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 166 D 0.900 0.004 0.009 0.073 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 167 V 0.854 0.021 0.021 0.094 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 168 K 0.791 0.049 0.065 0.055 0.004 0.009 0.020 0.001 0.004 0.001 0.001 169 Y 0.306 0.063 0.066 0.486 0.035 0.017 0.013 0.004 0.010 0.002 0.001 170 S 0.056 0.129 0.427 0.015 0.035 0.025 0.023 0.001 0.284 0.005 0.001 171 P 0.790 0.002 0.171 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 172 K 0.500 0.076 0.090 0.271 0.013 0.014 0.021 0.005 0.009 0.001 0.001 173 A 0.419 0.123 0.198 0.191 0.027 0.011 0.013 0.002 0.013 0.001 0.001 174 R 0.295 0.174 0.236 0.103 0.027 0.052 0.069 0.008 0.030 0.003 0.002 175 L 0.288 0.209 0.384 0.044 0.024 0.026 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 176 E 0.587 0.097 0.191 0.081 0.006 0.021 0.005 0.001 0.008 0.001 0.002 177 H 0.373 0.146 0.106 0.260 0.061 0.021 0.013 0.004 0.014 0.002 0.001 178 H 0.375 0.137 0.131 0.198 0.033 0.036 0.058 0.008 0.019 0.002 0.001 179 H 0.263 0.212 0.205 0.176 0.055 0.030 0.030 0.005 0.021 0.002 0.001 180 H 0.331 0.213 0.205 0.152 0.021 0.030 0.024 0.003 0.017 0.002 0.001 181 H 0.200 0.202 0.168 0.302 0.046 0.035 0.025 0.004 0.016 0.002 0.001 182 H 0.198 0.286 0.237 0.105 0.050 0.037 0.048 0.007 0.028 0.003 0.001