# TARGET T0618 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.1144 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.604 0.173 0.147 0.055 0.019 0.003 0.001 2 K 0.791 0.150 0.046 0.011 0.001 0.001 0.001 3 K 0.844 0.120 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 4 E 0.617 0.212 0.117 0.042 0.011 0.002 0.001 5 S 0.574 0.241 0.121 0.049 0.014 0.003 0.001 6 Q 0.511 0.270 0.131 0.067 0.018 0.003 0.001 7 V 0.408 0.287 0.175 0.087 0.034 0.008 0.001 8 I 0.148 0.188 0.256 0.224 0.139 0.043 0.002 9 F 0.125 0.145 0.212 0.270 0.189 0.056 0.003 10 D 0.339 0.328 0.198 0.098 0.031 0.007 0.001 11 K 0.535 0.306 0.096 0.045 0.013 0.003 0.001 12 N 0.228 0.288 0.249 0.145 0.069 0.020 0.002 13 V 0.035 0.071 0.149 0.296 0.283 0.155 0.011 14 I 0.107 0.259 0.296 0.221 0.093 0.023 0.002 15 E 0.062 0.243 0.310 0.249 0.106 0.027 0.003 16 F 0.008 0.015 0.028 0.082 0.256 0.540 0.072 17 V 0.009 0.044 0.137 0.327 0.306 0.156 0.022 18 T 0.059 0.297 0.381 0.174 0.056 0.027 0.006 19 V 0.006 0.027 0.087 0.260 0.356 0.232 0.032 20 A 0.004 0.016 0.042 0.129 0.331 0.409 0.069 21 A 0.066 0.280 0.315 0.212 0.094 0.030 0.004 22 E 0.039 0.208 0.340 0.278 0.109 0.024 0.004 23 F 0.005 0.013 0.024 0.082 0.275 0.537 0.063 24 C 0.014 0.089 0.218 0.376 0.218 0.073 0.010 25 A 0.122 0.403 0.292 0.125 0.040 0.016 0.003 26 F 0.013 0.046 0.127 0.292 0.335 0.177 0.011 27 L 0.013 0.029 0.061 0.180 0.378 0.307 0.032 28 E 0.117 0.284 0.311 0.193 0.071 0.022 0.002 29 R 0.223 0.357 0.260 0.107 0.044 0.009 0.001 30 A 0.039 0.082 0.163 0.371 0.250 0.092 0.003 31 E 0.490 0.311 0.153 0.036 0.007 0.002 0.001 32 S 0.282 0.449 0.183 0.063 0.019 0.003 0.001 33 M 0.064 0.074 0.141 0.379 0.289 0.052 0.001 34 K 0.318 0.385 0.204 0.074 0.015 0.003 0.001 35 R 0.458 0.327 0.137 0.057 0.018 0.003 0.001 36 S 0.366 0.305 0.189 0.105 0.030 0.004 0.001 37 T 0.381 0.382 0.141 0.071 0.019 0.006 0.001 38 F 0.076 0.140 0.251 0.265 0.209 0.056 0.003 39 V 0.030 0.055 0.117 0.249 0.315 0.214 0.020 40 D 0.107 0.265 0.289 0.205 0.099 0.031 0.004 41 T 0.080 0.209 0.245 0.230 0.157 0.067 0.013 42 T 0.023 0.044 0.071 0.139 0.247 0.360 0.118 43 L 0.022 0.065 0.124 0.237 0.258 0.214 0.079 44 K 0.045 0.162 0.228 0.259 0.169 0.098 0.038 45 I 0.012 0.031 0.063 0.139 0.255 0.325 0.175 46 L 0.005 0.010 0.017 0.039 0.113 0.390 0.425 47 P 0.011 0.030 0.048 0.108 0.182 0.324 0.298 48 L 0.014 0.033 0.058 0.116 0.180 0.255 0.345 49 L 0.004 0.008 0.012 0.027 0.077 0.334 0.537 50 Y 0.009 0.022 0.038 0.089 0.155 0.288 0.399 51 L 0.010 0.021 0.031 0.068 0.166 0.342 0.361 52 K 0.016 0.041 0.070 0.142 0.195 0.267 0.270 53 A 0.011 0.018 0.031 0.066 0.151 0.383 0.340 54 S 0.024 0.054 0.097 0.146 0.210 0.297 0.172 55 M 0.032 0.076 0.125 0.202 0.245 0.221 0.100 56 L 0.031 0.040 0.076 0.145 0.256 0.327 0.124 57 P 0.067 0.147 0.177 0.234 0.208 0.133 0.034 58 K 0.103 0.267 0.296 0.209 0.081 0.038 0.006 59 C 0.042 0.052 0.092 0.229 0.358 0.211 0.017 60 E 0.164 0.359 0.237 0.159 0.056 0.023 0.002 61 M 0.155 0.260 0.243 0.204 0.107 0.030 0.001 62 I 0.143 0.174 0.246 0.296 0.118 0.022 0.001 63 G 0.500 0.345 0.105 0.040 0.008 0.002 0.001 64 D 0.623 0.258 0.085 0.026 0.007 0.001 0.001 65 E 0.547 0.265 0.115 0.058 0.013 0.002 0.001 66 S 0.384 0.313 0.188 0.085 0.025 0.005 0.001 67 P 0.175 0.187 0.228 0.223 0.142 0.044 0.002 68 E 0.163 0.208 0.256 0.234 0.108 0.030 0.002 69 T 0.268 0.357 0.240 0.096 0.030 0.008 0.001 70 Y 0.114 0.185 0.242 0.254 0.151 0.051 0.003 71 V 0.065 0.078 0.150 0.249 0.287 0.159 0.011 72 T 0.144 0.259 0.253 0.189 0.113 0.039 0.003 73 E 0.352 0.341 0.191 0.086 0.025 0.005 0.001 74 E 0.373 0.419 0.125 0.062 0.015 0.005 0.001 75 I 0.080 0.184 0.271 0.239 0.173 0.049 0.004 76 Y 0.013 0.028 0.091 0.282 0.390 0.183 0.013 77 E 0.127 0.359 0.320 0.141 0.042 0.011 0.001 78 V 0.033 0.174 0.314 0.268 0.166 0.042 0.004 79 L 0.003 0.008 0.016 0.055 0.242 0.571 0.105 80 R 0.009 0.046 0.163 0.315 0.283 0.155 0.029 81 I 0.072 0.291 0.291 0.202 0.098 0.038 0.007 82 N 0.016 0.104 0.263 0.331 0.209 0.066 0.010 83 L 0.004 0.007 0.013 0.056 0.283 0.547 0.090 84 A 0.022 0.128 0.289 0.340 0.168 0.049 0.004 85 S 0.107 0.399 0.283 0.142 0.049 0.017 0.002 86 I 0.034 0.093 0.206 0.341 0.234 0.087 0.006 87 L 0.037 0.057 0.093 0.247 0.367 0.180 0.018 88 A 0.314 0.378 0.198 0.082 0.023 0.005 0.001 89 E 0.451 0.326 0.148 0.050 0.019 0.006 0.001 90 K 0.155 0.253 0.233 0.200 0.104 0.050 0.007 91 D 0.129 0.241 0.193 0.242 0.136 0.052 0.007 92 D 0.107 0.187 0.234 0.216 0.164 0.079 0.014 93 Y 0.030 0.052 0.099 0.166 0.241 0.311 0.101 94 L 0.015 0.038 0.079 0.155 0.273 0.325 0.114 95 E 0.038 0.121 0.193 0.242 0.203 0.146 0.057 96 V 0.023 0.046 0.090 0.156 0.252 0.308 0.125 97 F 0.020 0.032 0.058 0.119 0.282 0.368 0.121 98 L 0.038 0.078 0.157 0.280 0.278 0.141 0.028 99 P 0.236 0.308 0.243 0.130 0.054 0.025 0.004 100 D 0.252 0.307 0.254 0.112 0.050 0.023 0.002 101 M 0.134 0.139 0.172 0.252 0.213 0.084 0.007 102 A 0.291 0.361 0.182 0.113 0.040 0.011 0.001 103 Y 0.295 0.240 0.186 0.174 0.083 0.021 0.001 104 S 0.495 0.268 0.161 0.057 0.016 0.004 0.001 105 D 0.539 0.299 0.100 0.048 0.011 0.002 0.001 106 E 0.287 0.283 0.210 0.144 0.063 0.013 0.001 107 P 0.155 0.160 0.221 0.225 0.174 0.063 0.003 108 I 0.166 0.244 0.261 0.215 0.094 0.019 0.001 109 K 0.431 0.379 0.115 0.057 0.014 0.004 0.001 110 K 0.302 0.274 0.179 0.150 0.075 0.018 0.001 111 N 0.207 0.268 0.250 0.162 0.080 0.031 0.003 112 I 0.036 0.058 0.120 0.230 0.286 0.233 0.036 113 S 0.060 0.146 0.207 0.262 0.202 0.104 0.019 114 E 0.111 0.262 0.229 0.207 0.113 0.064 0.015 115 D 0.033 0.073 0.134 0.200 0.280 0.208 0.072 116 L 0.010 0.018 0.034 0.077 0.174 0.432 0.256 117 A 0.023 0.079 0.148 0.233 0.257 0.191 0.070 118 D 0.025 0.099 0.191 0.251 0.218 0.145 0.070 119 I 0.005 0.009 0.017 0.045 0.156 0.504 0.264 120 Y 0.007 0.021 0.057 0.146 0.278 0.354 0.137 121 Q 0.041 0.183 0.238 0.231 0.157 0.113 0.036 122 D 0.018 0.066 0.149 0.266 0.275 0.174 0.052 123 I 0.008 0.020 0.036 0.108 0.244 0.418 0.166 124 K 0.050 0.175 0.269 0.261 0.149 0.078 0.018 125 D 0.051 0.180 0.248 0.237 0.174 0.084 0.025 126 F 0.008 0.022 0.036 0.092 0.208 0.431 0.204 127 I 0.007 0.017 0.038 0.090 0.211 0.396 0.241 128 F 0.023 0.104 0.168 0.259 0.214 0.166 0.065 129 V 0.016 0.036 0.081 0.167 0.280 0.308 0.112 130 F 0.011 0.021 0.040 0.104 0.282 0.438 0.103 131 Q 0.058 0.180 0.265 0.246 0.161 0.078 0.013 132 L 0.082 0.157 0.196 0.303 0.184 0.070 0.007 133 G 0.373 0.376 0.152 0.067 0.022 0.009 0.001 134 L 0.171 0.183 0.185 0.264 0.152 0.040 0.004 135 N 0.618 0.235 0.101 0.033 0.009 0.004 0.001 136 E 0.250 0.266 0.203 0.156 0.090 0.031 0.003 137 T 0.161 0.232 0.237 0.189 0.111 0.057 0.012 138 M 0.038 0.070 0.112 0.199 0.250 0.257 0.074 139 N 0.059 0.098 0.134 0.208 0.219 0.202 0.080 140 D 0.027 0.051 0.082 0.153 0.244 0.262 0.180 141 S 0.008 0.009 0.013 0.026 0.073 0.309 0.563 142 L 0.008 0.011 0.020 0.045 0.104 0.315 0.496 143 A 0.021 0.043 0.052 0.111 0.165 0.252 0.356 144 I 0.018 0.030 0.050 0.093 0.165 0.299 0.346 145 C 0.012 0.014 0.022 0.049 0.127 0.356 0.420 146 Q 0.049 0.082 0.112 0.180 0.200 0.217 0.159 147 E 0.118 0.137 0.134 0.174 0.168 0.165 0.104 148 N 0.124 0.137 0.147 0.164 0.171 0.166 0.091 149 F 0.081 0.071 0.076 0.125 0.184 0.272 0.191 150 G 0.123 0.135 0.131 0.173 0.171 0.172 0.094 151 L 0.122 0.143 0.146 0.177 0.159 0.168 0.085 152 L 0.084 0.099 0.128 0.160 0.197 0.218 0.114 153 W 0.049 0.055 0.064 0.114 0.181 0.287 0.250 154 G 0.060 0.073 0.100 0.160 0.205 0.245 0.157 155 Q 0.078 0.129 0.149 0.192 0.189 0.173 0.090 156 K 0.042 0.082 0.138 0.211 0.213 0.181 0.133 157 L 0.013 0.014 0.018 0.039 0.113 0.401 0.402 158 V 0.032 0.078 0.108 0.205 0.243 0.218 0.115 159 N 0.037 0.094 0.129 0.196 0.208 0.194 0.143 160 T 0.011 0.019 0.028 0.058 0.124 0.370 0.390 161 M 0.013 0.025 0.043 0.098 0.187 0.340 0.294 162 R 0.031 0.090 0.134 0.200 0.214 0.198 0.133 163 A 0.021 0.035 0.070 0.138 0.217 0.325 0.194 164 L 0.017 0.020 0.036 0.072 0.182 0.409 0.264 165 H 0.048 0.115 0.159 0.236 0.215 0.169 0.058 166 D 0.093 0.157 0.190 0.212 0.189 0.124 0.034 167 V 0.082 0.106 0.139 0.227 0.223 0.185 0.037 168 K 0.223 0.237 0.219 0.163 0.096 0.051 0.011 169 Y 0.183 0.180 0.179 0.227 0.154 0.070 0.007 170 S 0.462 0.232 0.175 0.082 0.033 0.013 0.001 171 P 0.400 0.262 0.173 0.104 0.044 0.016 0.001 172 K 0.427 0.283 0.175 0.075 0.031 0.008 0.001 173 A 0.315 0.206 0.194 0.186 0.079 0.019 0.001 174 R 0.649 0.253 0.074 0.020 0.004 0.001 0.001 175 L 0.429 0.297 0.160 0.087 0.024 0.003 0.001 176 E 0.750 0.194 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 177 H 0.587 0.314 0.063 0.030 0.005 0.001 0.001 178 H 0.641 0.271 0.064 0.020 0.004 0.001 0.001 179 H 0.385 0.314 0.188 0.090 0.021 0.001 0.001 180 H 0.578 0.306 0.084 0.028 0.004 0.001 0.001 181 H 0.579 0.292 0.088 0.033 0.008 0.001 0.001 182 H 0.687 0.229 0.060 0.021 0.004 0.001 0.001