# TARGET T0618 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.166 0.121 0.056 0.146 0.029 0.031 0.141 0.087 0.095 0.044 2 K 0.112 0.194 0.089 0.017 0.173 0.011 0.018 0.186 0.090 0.066 0.044 3 K 0.038 0.148 0.074 0.023 0.089 0.035 0.041 0.344 0.131 0.058 0.021 4 E 0.078 0.047 0.022 0.010 0.095 0.012 0.034 0.427 0.140 0.089 0.047 5 S 0.022 0.059 0.028 0.013 0.036 0.008 0.019 0.472 0.198 0.126 0.019 6 Q 0.019 0.049 0.012 0.005 0.051 0.004 0.014 0.597 0.206 0.035 0.007 7 V 0.014 0.023 0.006 0.005 0.028 0.010 0.035 0.673 0.183 0.017 0.007 8 I 0.025 0.019 0.008 0.004 0.036 0.010 0.090 0.614 0.122 0.055 0.017 9 F 0.046 0.061 0.037 0.013 0.047 0.009 0.018 0.282 0.140 0.301 0.046 10 D 0.018 0.263 0.090 0.016 0.076 0.011 0.012 0.378 0.112 0.019 0.005 11 K 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.013 0.035 0.772 0.154 0.012 0.001 12 N 0.004 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.012 0.765 0.133 0.068 0.005 13 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.859 0.121 0.010 0.001 14 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.063 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.044 0.002 0.001 16 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.054 0.002 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.040 0.001 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.032 0.001 0.001 19 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.025 0.002 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.064 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.930 0.063 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.938 0.037 0.003 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.843 0.112 0.017 0.001 24 C 0.006 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.723 0.209 0.029 0.005 25 A 0.001 0.005 0.002 0.003 0.003 0.014 0.055 0.719 0.171 0.026 0.001 26 F 0.010 0.017 0.008 0.005 0.019 0.010 0.083 0.627 0.110 0.103 0.009 27 L 0.038 0.098 0.026 0.011 0.074 0.029 0.079 0.371 0.159 0.094 0.021 28 E 0.069 0.085 0.044 0.024 0.081 0.024 0.066 0.361 0.105 0.083 0.058 29 R 0.031 0.127 0.059 0.018 0.056 0.013 0.023 0.295 0.173 0.172 0.034 30 A 0.016 0.081 0.027 0.015 0.055 0.017 0.028 0.364 0.318 0.069 0.011 31 E 0.010 0.033 0.015 0.007 0.021 0.013 0.051 0.534 0.256 0.051 0.009 32 S 0.020 0.010 0.004 0.003 0.016 0.008 0.032 0.174 0.131 0.571 0.032 33 M 0.055 0.402 0.103 0.011 0.174 0.009 0.009 0.094 0.052 0.058 0.032 34 K 0.041 0.265 0.083 0.007 0.119 0.004 0.016 0.296 0.092 0.045 0.032 35 R 0.013 0.021 0.014 0.004 0.025 0.004 0.007 0.603 0.234 0.067 0.008 36 S 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.831 0.137 0.006 0.001 37 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.908 0.069 0.008 0.001 38 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.907 0.063 0.020 0.001 39 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.067 0.005 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.930 0.051 0.002 0.001 41 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.932 0.047 0.009 0.001 42 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.869 0.109 0.017 0.001 43 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.865 0.117 0.002 0.001 44 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.878 0.058 0.004 0.001 45 I 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.008 0.027 0.458 0.178 0.309 0.009 46 L 0.010 0.014 0.008 0.004 0.014 0.001 0.005 0.726 0.177 0.030 0.012 47 P 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.828 0.144 0.004 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.879 0.077 0.007 0.001 49 L 0.007 0.011 0.004 0.001 0.012 0.003 0.019 0.768 0.145 0.027 0.003 50 Y 0.024 0.020 0.005 0.002 0.029 0.002 0.019 0.582 0.165 0.131 0.021 51 L 0.035 0.074 0.013 0.004 0.086 0.013 0.047 0.539 0.121 0.054 0.015 52 K 0.031 0.044 0.015 0.013 0.083 0.022 0.123 0.451 0.128 0.071 0.019 53 A 0.126 0.055 0.010 0.008 0.149 0.017 0.069 0.283 0.117 0.108 0.059 54 S 0.064 0.166 0.045 0.020 0.188 0.015 0.052 0.234 0.100 0.087 0.030 55 M 0.094 0.134 0.075 0.018 0.156 0.010 0.034 0.128 0.080 0.217 0.053 56 L 0.063 0.385 0.249 0.019 0.168 0.009 0.016 0.040 0.014 0.017 0.020 57 P 0.033 0.470 0.196 0.016 0.141 0.009 0.014 0.056 0.031 0.021 0.013 58 K 0.067 0.121 0.085 0.021 0.122 0.018 0.045 0.227 0.201 0.064 0.030 59 C 0.053 0.118 0.058 0.023 0.109 0.038 0.097 0.221 0.145 0.110 0.028 60 E 0.083 0.211 0.100 0.020 0.190 0.011 0.033 0.099 0.073 0.126 0.052 61 M 0.095 0.216 0.138 0.033 0.171 0.024 0.033 0.109 0.073 0.073 0.035 62 I 0.050 0.251 0.279 0.055 0.132 0.019 0.026 0.077 0.056 0.031 0.025 63 G 0.051 0.204 0.081 0.021 0.122 0.029 0.072 0.168 0.155 0.071 0.028 64 D 0.098 0.080 0.048 0.013 0.148 0.010 0.037 0.114 0.127 0.255 0.070 65 E 0.085 0.138 0.045 0.032 0.154 0.046 0.079 0.091 0.091 0.183 0.055 66 S 0.071 0.201 0.186 0.073 0.221 0.016 0.015 0.047 0.041 0.091 0.039 67 P 0.109 0.199 0.091 0.021 0.197 0.016 0.034 0.106 0.106 0.076 0.044 68 E 0.061 0.368 0.132 0.011 0.271 0.006 0.013 0.050 0.050 0.025 0.016 69 T 0.088 0.207 0.083 0.010 0.225 0.016 0.040 0.113 0.117 0.054 0.048 70 Y 0.136 0.209 0.079 0.004 0.267 0.004 0.016 0.045 0.051 0.125 0.064 71 V 0.111 0.318 0.116 0.011 0.258 0.012 0.018 0.034 0.024 0.053 0.045 72 T 0.017 0.529 0.296 0.015 0.111 0.002 0.001 0.008 0.005 0.009 0.006 73 E 0.005 0.009 0.005 0.004 0.015 0.004 0.012 0.579 0.353 0.013 0.002 74 E 0.001 0.006 0.004 0.001 0.002 0.002 0.020 0.779 0.156 0.028 0.002 75 I 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.795 0.134 0.045 0.002 76 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.867 0.114 0.010 0.001 77 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.921 0.065 0.002 0.001 78 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.945 0.040 0.005 0.001 79 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.053 0.005 0.001 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.058 0.004 0.001 81 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.946 0.040 0.002 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.951 0.036 0.003 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.089 0.006 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.804 0.183 0.005 0.001 85 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.085 0.799 0.105 0.004 0.001 86 I 0.002 0.004 0.003 0.004 0.004 0.021 0.270 0.532 0.111 0.047 0.001 87 L 0.085 0.211 0.075 0.020 0.136 0.008 0.012 0.076 0.074 0.220 0.082 88 A 0.014 0.075 0.111 0.215 0.027 0.149 0.049 0.137 0.108 0.099 0.016 89 E 0.054 0.104 0.075 0.016 0.125 0.010 0.023 0.263 0.169 0.115 0.047 90 K 0.057 0.081 0.025 0.007 0.064 0.013 0.025 0.155 0.239 0.269 0.066 91 D 0.112 0.138 0.037 0.008 0.322 0.006 0.017 0.157 0.113 0.055 0.036 92 D 0.019 0.040 0.013 0.007 0.034 0.010 0.038 0.450 0.279 0.097 0.014 93 Y 0.036 0.036 0.016 0.007 0.076 0.008 0.036 0.413 0.232 0.123 0.018 94 L 0.059 0.042 0.006 0.003 0.105 0.005 0.021 0.443 0.260 0.034 0.020 95 E 0.022 0.013 0.004 0.006 0.042 0.016 0.129 0.490 0.209 0.054 0.014 96 V 0.056 0.030 0.008 0.006 0.074 0.012 0.141 0.392 0.112 0.143 0.025 97 F 0.052 0.278 0.099 0.025 0.175 0.018 0.022 0.069 0.054 0.171 0.037 98 L 0.129 0.302 0.142 0.012 0.291 0.003 0.004 0.039 0.025 0.016 0.037 99 P 0.015 0.035 0.018 0.006 0.035 0.006 0.023 0.403 0.397 0.052 0.010 100 D 0.015 0.025 0.010 0.006 0.030 0.016 0.122 0.396 0.262 0.106 0.011 101 M 0.070 0.093 0.029 0.009 0.113 0.010 0.031 0.167 0.140 0.284 0.056 102 A 0.040 0.156 0.082 0.031 0.106 0.036 0.116 0.266 0.090 0.059 0.019 103 Y 0.066 0.162 0.104 0.038 0.126 0.038 0.055 0.132 0.088 0.147 0.046 104 S 0.066 0.222 0.099 0.038 0.199 0.016 0.043 0.121 0.084 0.083 0.028 105 D 0.052 0.061 0.050 0.035 0.060 0.029 0.070 0.142 0.163 0.282 0.057 106 E 0.024 0.431 0.283 0.017 0.133 0.005 0.013 0.045 0.022 0.018 0.010 107 P 0.195 0.225 0.055 0.005 0.309 0.008 0.018 0.059 0.032 0.036 0.059 108 I 0.058 0.356 0.189 0.026 0.210 0.014 0.020 0.063 0.028 0.019 0.017 109 K 0.080 0.104 0.036 0.019 0.117 0.032 0.050 0.317 0.141 0.065 0.039 110 K 0.023 0.073 0.058 0.059 0.044 0.052 0.053 0.301 0.193 0.112 0.031 111 N 0.073 0.168 0.071 0.011 0.144 0.006 0.018 0.286 0.105 0.073 0.045 112 I 0.025 0.057 0.035 0.011 0.031 0.007 0.011 0.412 0.222 0.163 0.026 113 S 0.021 0.066 0.018 0.006 0.053 0.005 0.013 0.629 0.162 0.020 0.007 114 E 0.001 0.007 0.004 0.004 0.003 0.008 0.028 0.796 0.138 0.011 0.001 115 D 0.004 0.007 0.004 0.001 0.007 0.001 0.012 0.799 0.108 0.054 0.004 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.848 0.138 0.010 0.001 117 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.928 0.065 0.001 0.001 118 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.949 0.044 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.063 0.002 0.001 120 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.880 0.110 0.005 0.001 121 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.905 0.080 0.001 0.001 122 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 0.845 0.082 0.030 0.002 123 I 0.004 0.006 0.002 0.001 0.006 0.003 0.013 0.721 0.208 0.033 0.003 124 K 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.008 0.029 0.797 0.145 0.012 0.001 125 D 0.001 0.013 0.008 0.004 0.004 0.003 0.016 0.769 0.128 0.052 0.002 126 F 0.003 0.004 0.007 0.010 0.005 0.006 0.019 0.756 0.140 0.045 0.005 127 I 0.010 0.011 0.002 0.001 0.024 0.002 0.017 0.749 0.169 0.011 0.004 128 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.011 0.002 0.016 0.810 0.137 0.010 0.002 129 V 0.012 0.004 0.001 0.003 0.016 0.007 0.065 0.755 0.097 0.035 0.003 130 F 0.026 0.037 0.012 0.004 0.073 0.007 0.044 0.626 0.117 0.043 0.010 131 Q 0.058 0.045 0.027 0.010 0.072 0.020 0.079 0.475 0.088 0.099 0.028 132 L 0.011 0.158 0.087 0.046 0.050 0.086 0.215 0.249 0.047 0.043 0.008 133 G 0.049 0.076 0.114 0.146 0.036 0.080 0.044 0.105 0.051 0.194 0.104 134 L 0.086 0.134 0.031 0.012 0.142 0.022 0.043 0.315 0.145 0.043 0.027 135 N 0.020 0.030 0.020 0.021 0.025 0.021 0.017 0.420 0.185 0.204 0.038 136 E 0.016 0.079 0.023 0.007 0.039 0.008 0.038 0.577 0.112 0.087 0.014 137 T 0.019 0.052 0.018 0.005 0.025 0.003 0.009 0.717 0.097 0.044 0.010 138 M 0.004 0.010 0.004 0.002 0.005 0.003 0.009 0.865 0.089 0.008 0.002 139 N 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.009 0.914 0.059 0.005 0.001 140 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.919 0.063 0.007 0.002 141 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.056 0.002 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.052 0.001 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.042 0.001 0.001 144 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.950 0.042 0.002 0.001 145 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.066 0.002 0.001 146 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.884 0.097 0.004 0.001 147 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.009 0.067 0.866 0.046 0.005 0.001 148 N 0.008 0.006 0.003 0.002 0.007 0.003 0.026 0.791 0.108 0.038 0.008 149 F 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.771 0.181 0.023 0.003 150 G 0.003 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.011 0.854 0.108 0.008 0.001 151 L 0.001 0.004 0.002 0.003 0.003 0.017 0.124 0.763 0.070 0.013 0.001 152 L 0.022 0.013 0.005 0.004 0.024 0.008 0.062 0.738 0.067 0.040 0.016 153 W 0.005 0.014 0.005 0.003 0.005 0.002 0.005 0.772 0.139 0.042 0.007 154 G 0.001 0.004 0.004 0.003 0.001 0.007 0.005 0.911 0.061 0.005 0.001 155 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.939 0.046 0.002 0.001 156 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.051 0.005 0.001 157 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.052 0.002 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.041 0.001 0.001 159 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.947 0.040 0.005 0.001 160 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.053 0.004 0.001 161 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.061 0.003 0.001 162 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.946 0.044 0.002 0.001 163 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.955 0.034 0.003 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.899 0.090 0.005 0.001 165 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.916 0.073 0.003 0.001 166 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.906 0.070 0.013 0.001 167 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.024 0.853 0.097 0.012 0.002 168 K 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.071 0.766 0.102 0.041 0.005 169 Y 0.011 0.038 0.010 0.005 0.028 0.012 0.054 0.542 0.132 0.156 0.013 170 S 0.054 0.146 0.039 0.011 0.124 0.008 0.043 0.366 0.101 0.077 0.032 171 P 0.024 0.057 0.019 0.007 0.047 0.018 0.085 0.457 0.196 0.073 0.017 172 K 0.060 0.067 0.027 0.011 0.099 0.013 0.059 0.407 0.125 0.094 0.037 173 A 0.036 0.110 0.037 0.013 0.075 0.027 0.054 0.379 0.145 0.098 0.025 174 R 0.096 0.137 0.054 0.012 0.146 0.009 0.020 0.255 0.103 0.119 0.051 175 L 0.025 0.159 0.085 0.019 0.070 0.016 0.025 0.386 0.148 0.052 0.015 176 E 0.049 0.106 0.048 0.010 0.086 0.009 0.028 0.477 0.120 0.046 0.022 177 H 0.031 0.078 0.039 0.012 0.050 0.016 0.035 0.463 0.169 0.087 0.019 178 H 0.039 0.133 0.051 0.018 0.090 0.016 0.032 0.356 0.156 0.084 0.025 179 H 0.042 0.075 0.041 0.022 0.066 0.020 0.047 0.394 0.194 0.076 0.025 180 H 0.024 0.048 0.046 0.033 0.043 0.047 0.116 0.331 0.137 0.154 0.022 181 H 0.046 0.179 0.087 0.058 0.108 0.040 0.056 0.161 0.081 0.142 0.043 182 H 0.052 0.093 0.093 0.074 0.083 0.034 0.027 0.110 0.076 0.275 0.082