# TARGET T0618 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.4998 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.124 0.092 0.051 0.083 0.074 0.087 0.112 0.109 0.105 0.095 0.067 2 K 0.178 0.253 0.092 0.157 0.127 0.075 0.061 0.028 0.017 0.009 0.003 3 K 0.466 0.187 0.136 0.126 0.052 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 4 E 0.307 0.121 0.066 0.125 0.112 0.088 0.089 0.042 0.026 0.015 0.008 5 S 0.185 0.102 0.107 0.117 0.088 0.087 0.119 0.070 0.059 0.040 0.027 6 Q 0.130 0.123 0.121 0.207 0.140 0.106 0.095 0.039 0.023 0.012 0.005 7 V 0.207 0.193 0.264 0.140 0.068 0.048 0.039 0.018 0.012 0.008 0.004 8 I 0.051 0.050 0.056 0.081 0.097 0.107 0.185 0.121 0.114 0.083 0.055 9 F 0.068 0.063 0.054 0.091 0.096 0.120 0.176 0.110 0.102 0.075 0.046 10 D 0.159 0.201 0.124 0.184 0.120 0.081 0.070 0.028 0.019 0.009 0.004 11 K 0.437 0.144 0.139 0.138 0.071 0.035 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 12 N 0.132 0.290 0.088 0.148 0.107 0.092 0.077 0.030 0.019 0.011 0.006 13 V 0.007 0.013 0.014 0.049 0.087 0.158 0.262 0.171 0.129 0.072 0.039 14 I 0.208 0.141 0.102 0.177 0.168 0.110 0.066 0.017 0.007 0.002 0.001 15 E 0.015 0.075 0.154 0.333 0.204 0.125 0.069 0.017 0.005 0.001 0.001 16 F 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.014 0.070 0.130 0.245 0.299 0.225 17 V 0.002 0.002 0.014 0.023 0.042 0.099 0.286 0.195 0.168 0.110 0.058 18 T 0.002 0.016 0.447 0.331 0.139 0.045 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 19 V 0.001 0.001 0.008 0.006 0.012 0.047 0.242 0.222 0.200 0.169 0.093 20 A 0.001 0.001 0.008 0.009 0.013 0.024 0.129 0.189 0.265 0.217 0.144 21 A 0.076 0.077 0.416 0.163 0.112 0.076 0.062 0.012 0.004 0.001 0.001 22 E 0.008 0.035 0.229 0.280 0.194 0.140 0.082 0.021 0.007 0.002 0.001 23 F 0.001 0.002 0.011 0.005 0.006 0.011 0.072 0.135 0.270 0.295 0.193 24 C 0.002 0.004 0.027 0.056 0.096 0.207 0.322 0.139 0.079 0.043 0.026 25 A 0.007 0.030 0.590 0.165 0.109 0.053 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 26 F 0.001 0.003 0.008 0.019 0.037 0.090 0.274 0.218 0.165 0.128 0.058 27 L 0.002 0.003 0.014 0.010 0.011 0.018 0.101 0.147 0.262 0.248 0.185 28 E 0.017 0.031 0.241 0.162 0.173 0.142 0.129 0.052 0.028 0.016 0.010 29 R 0.014 0.079 0.275 0.228 0.157 0.110 0.082 0.029 0.015 0.008 0.003 30 A 0.012 0.017 0.031 0.039 0.054 0.093 0.219 0.160 0.179 0.125 0.071 31 E 0.450 0.115 0.130 0.125 0.067 0.044 0.038 0.015 0.009 0.004 0.003 32 S 0.131 0.188 0.210 0.183 0.108 0.075 0.062 0.022 0.012 0.006 0.003 33 M 0.023 0.018 0.026 0.039 0.050 0.093 0.178 0.157 0.164 0.146 0.105 34 K 0.260 0.194 0.111 0.141 0.104 0.073 0.065 0.024 0.015 0.008 0.005 35 R 0.103 0.155 0.241 0.182 0.111 0.080 0.063 0.028 0.020 0.011 0.005 36 S 0.198 0.107 0.087 0.155 0.134 0.111 0.095 0.046 0.035 0.021 0.012 37 T 0.236 0.160 0.125 0.166 0.101 0.075 0.065 0.031 0.022 0.012 0.008 38 F 0.011 0.041 0.031 0.065 0.097 0.143 0.214 0.148 0.128 0.078 0.043 39 V 0.010 0.008 0.007 0.022 0.041 0.083 0.187 0.175 0.204 0.147 0.115 40 D 0.114 0.069 0.104 0.171 0.167 0.157 0.118 0.042 0.032 0.016 0.009 41 T 0.007 0.026 0.066 0.173 0.180 0.174 0.198 0.085 0.049 0.026 0.015 42 T 0.003 0.003 0.009 0.008 0.008 0.013 0.054 0.103 0.223 0.273 0.303 43 L 0.004 0.002 0.011 0.034 0.061 0.111 0.284 0.182 0.151 0.107 0.053 44 K 0.007 0.020 0.366 0.184 0.170 0.126 0.078 0.024 0.015 0.006 0.003 45 I 0.001 0.001 0.009 0.008 0.014 0.047 0.235 0.187 0.193 0.177 0.128 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.040 0.116 0.249 0.344 0.242 47 P 0.004 0.010 0.077 0.034 0.038 0.077 0.209 0.142 0.162 0.148 0.099 48 L 0.001 0.005 0.083 0.062 0.084 0.115 0.230 0.154 0.121 0.088 0.057 49 L 0.001 0.001 0.011 0.003 0.002 0.003 0.028 0.077 0.215 0.340 0.320 50 Y 0.001 0.001 0.022 0.020 0.018 0.027 0.115 0.153 0.230 0.231 0.180 51 L 0.001 0.002 0.162 0.028 0.024 0.041 0.118 0.120 0.191 0.172 0.140 52 K 0.001 0.001 0.026 0.020 0.039 0.111 0.337 0.186 0.158 0.082 0.039 53 A 0.002 0.003 0.027 0.014 0.010 0.016 0.081 0.146 0.259 0.259 0.183 54 S 0.009 0.014 0.043 0.046 0.051 0.089 0.195 0.163 0.180 0.130 0.080 55 M 0.023 0.036 0.079 0.099 0.107 0.134 0.188 0.127 0.114 0.063 0.030 56 L 0.012 0.021 0.023 0.035 0.043 0.055 0.126 0.165 0.210 0.177 0.134 57 P 0.146 0.097 0.082 0.120 0.118 0.113 0.138 0.079 0.062 0.031 0.015 58 K 0.314 0.116 0.054 0.117 0.106 0.091 0.097 0.047 0.031 0.018 0.009 59 C 0.043 0.049 0.020 0.068 0.075 0.090 0.148 0.147 0.156 0.123 0.081 60 E 0.179 0.101 0.049 0.082 0.076 0.078 0.112 0.093 0.092 0.078 0.058 61 M 0.178 0.113 0.060 0.130 0.103 0.092 0.129 0.076 0.058 0.038 0.023 62 I 0.044 0.040 0.018 0.052 0.071 0.092 0.170 0.162 0.151 0.130 0.072 63 G 0.235 0.242 0.070 0.167 0.119 0.060 0.045 0.024 0.019 0.012 0.008 64 D 0.364 0.114 0.069 0.128 0.090 0.070 0.069 0.039 0.028 0.018 0.011 65 E 0.275 0.128 0.054 0.114 0.108 0.091 0.099 0.052 0.039 0.025 0.014 66 S 0.185 0.295 0.093 0.176 0.098 0.056 0.046 0.024 0.015 0.008 0.004 67 P 0.286 0.099 0.032 0.078 0.088 0.083 0.115 0.076 0.068 0.046 0.030 68 E 0.311 0.152 0.089 0.149 0.107 0.065 0.063 0.029 0.019 0.011 0.005 69 T 0.293 0.189 0.084 0.192 0.099 0.053 0.049 0.020 0.013 0.007 0.003 70 Y 0.134 0.077 0.050 0.123 0.126 0.134 0.157 0.094 0.059 0.032 0.015 71 V 0.022 0.038 0.016 0.035 0.064 0.103 0.166 0.152 0.153 0.147 0.104 72 T 0.060 0.371 0.104 0.168 0.105 0.065 0.060 0.031 0.021 0.012 0.005 73 E 0.699 0.098 0.040 0.087 0.046 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 74 E 0.775 0.115 0.052 0.039 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.004 0.028 0.031 0.106 0.104 0.196 0.273 0.135 0.075 0.034 0.014 76 Y 0.002 0.003 0.012 0.019 0.050 0.140 0.325 0.210 0.138 0.069 0.032 77 E 0.058 0.092 0.669 0.125 0.035 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 78 V 0.008 0.030 0.147 0.340 0.244 0.145 0.066 0.014 0.004 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.061 0.184 0.322 0.404 80 R 0.001 0.001 0.013 0.028 0.084 0.225 0.409 0.144 0.062 0.024 0.010 81 I 0.002 0.014 0.787 0.125 0.049 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.004 0.014 0.044 0.113 0.270 0.396 0.103 0.035 0.015 0.006 83 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.022 0.075 0.259 0.339 0.296 84 A 0.001 0.003 0.039 0.079 0.180 0.267 0.279 0.085 0.040 0.018 0.008 85 S 0.010 0.031 0.734 0.156 0.047 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.001 0.002 0.006 0.008 0.025 0.106 0.394 0.216 0.139 0.073 0.030 87 L 0.002 0.002 0.004 0.005 0.005 0.011 0.056 0.113 0.205 0.272 0.326 88 A 0.061 0.170 0.329 0.153 0.130 0.071 0.049 0.018 0.010 0.005 0.003 89 E 0.509 0.168 0.148 0.108 0.038 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 90 K 0.174 0.096 0.046 0.105 0.117 0.118 0.163 0.080 0.051 0.032 0.018 91 D 0.033 0.068 0.046 0.111 0.116 0.146 0.172 0.109 0.094 0.058 0.049 92 D 0.207 0.194 0.123 0.152 0.111 0.078 0.066 0.027 0.020 0.014 0.008 93 Y 0.028 0.024 0.017 0.047 0.059 0.095 0.190 0.164 0.158 0.130 0.089 94 L 0.036 0.029 0.026 0.058 0.081 0.109 0.208 0.162 0.150 0.089 0.052 95 E 0.065 0.094 0.104 0.291 0.169 0.106 0.078 0.038 0.027 0.017 0.012 96 V 0.013 0.026 0.041 0.060 0.075 0.100 0.175 0.162 0.159 0.123 0.066 97 F 0.022 0.026 0.026 0.068 0.088 0.107 0.170 0.160 0.150 0.109 0.074 98 L 0.031 0.058 0.054 0.109 0.128 0.141 0.202 0.116 0.085 0.050 0.025 99 P 0.262 0.180 0.139 0.179 0.100 0.061 0.042 0.018 0.011 0.006 0.003 100 D 0.441 0.212 0.069 0.127 0.071 0.036 0.025 0.009 0.005 0.003 0.001 101 M 0.049 0.035 0.018 0.049 0.057 0.073 0.145 0.148 0.165 0.149 0.114 102 A 0.170 0.278 0.098 0.185 0.115 0.062 0.048 0.020 0.012 0.007 0.004 103 Y 0.112 0.102 0.064 0.122 0.113 0.117 0.141 0.089 0.067 0.044 0.028 104 S 0.211 0.131 0.055 0.137 0.119 0.095 0.105 0.058 0.042 0.028 0.020 105 D 0.533 0.175 0.063 0.108 0.054 0.029 0.020 0.008 0.005 0.003 0.002 106 E 0.226 0.191 0.067 0.177 0.119 0.084 0.070 0.029 0.021 0.011 0.006 107 P 0.047 0.033 0.018 0.040 0.049 0.068 0.135 0.135 0.173 0.155 0.146 108 I 0.052 0.070 0.046 0.111 0.123 0.139 0.191 0.102 0.079 0.052 0.035 109 K 0.136 0.147 0.136 0.220 0.144 0.089 0.074 0.030 0.015 0.006 0.003 110 K 0.221 0.151 0.144 0.217 0.130 0.073 0.040 0.014 0.007 0.003 0.001 111 N 0.201 0.225 0.088 0.191 0.132 0.086 0.051 0.015 0.007 0.003 0.002 112 I 0.006 0.011 0.008 0.026 0.038 0.058 0.145 0.160 0.213 0.195 0.141 113 S 0.045 0.050 0.050 0.098 0.143 0.186 0.239 0.098 0.058 0.023 0.011 114 E 0.209 0.145 0.243 0.243 0.095 0.037 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 115 D 0.005 0.014 0.022 0.052 0.081 0.162 0.324 0.174 0.091 0.049 0.025 116 L 0.002 0.003 0.017 0.015 0.016 0.026 0.101 0.137 0.219 0.255 0.210 117 A 0.006 0.010 0.084 0.051 0.072 0.138 0.266 0.147 0.116 0.074 0.037 118 D 0.006 0.026 0.170 0.347 0.211 0.123 0.071 0.028 0.011 0.006 0.002 119 I 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.008 0.063 0.133 0.251 0.315 0.216 120 Y 0.001 0.002 0.024 0.028 0.035 0.062 0.192 0.143 0.185 0.164 0.164 121 Q 0.008 0.016 0.338 0.156 0.160 0.109 0.121 0.045 0.026 0.014 0.007 122 D 0.001 0.009 0.029 0.067 0.113 0.213 0.330 0.135 0.063 0.030 0.010 123 I 0.001 0.002 0.006 0.005 0.004 0.006 0.040 0.091 0.253 0.335 0.257 124 K 0.008 0.010 0.014 0.067 0.144 0.214 0.270 0.137 0.083 0.036 0.017 125 D 0.021 0.064 0.161 0.208 0.150 0.151 0.143 0.060 0.028 0.011 0.003 126 F 0.002 0.004 0.008 0.019 0.023 0.037 0.131 0.182 0.233 0.232 0.129 127 I 0.002 0.002 0.004 0.010 0.011 0.022 0.085 0.143 0.213 0.263 0.245 128 F 0.002 0.006 0.034 0.061 0.106 0.129 0.225 0.183 0.148 0.075 0.032 129 V 0.001 0.004 0.012 0.021 0.024 0.052 0.151 0.196 0.228 0.201 0.111 130 F 0.001 0.001 0.003 0.010 0.016 0.026 0.114 0.196 0.268 0.236 0.129 131 Q 0.009 0.027 0.042 0.142 0.158 0.175 0.210 0.116 0.077 0.032 0.013 132 L 0.012 0.020 0.047 0.081 0.103 0.124 0.206 0.147 0.133 0.086 0.040 133 G 0.188 0.238 0.082 0.177 0.113 0.075 0.066 0.030 0.018 0.009 0.005 134 L 0.032 0.053 0.017 0.076 0.099 0.143 0.224 0.155 0.106 0.066 0.029 135 N 0.420 0.232 0.079 0.127 0.075 0.037 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 136 E 0.242 0.138 0.090 0.177 0.115 0.084 0.077 0.035 0.022 0.012 0.009 137 T 0.043 0.061 0.039 0.095 0.098 0.104 0.171 0.122 0.120 0.087 0.060 138 M 0.010 0.010 0.012 0.032 0.049 0.097 0.195 0.173 0.188 0.140 0.093 139 N 0.072 0.088 0.217 0.221 0.160 0.118 0.072 0.025 0.016 0.008 0.004 140 D 0.016 0.034 0.066 0.144 0.162 0.201 0.223 0.082 0.042 0.020 0.010 141 S 0.003 0.003 0.005 0.008 0.008 0.015 0.080 0.148 0.245 0.281 0.203 142 L 0.001 0.002 0.008 0.021 0.037 0.080 0.213 0.166 0.181 0.171 0.120 143 A 0.003 0.013 0.160 0.115 0.096 0.107 0.164 0.115 0.111 0.077 0.039 144 I 0.001 0.006 0.025 0.063 0.095 0.168 0.266 0.165 0.105 0.070 0.036 145 C 0.001 0.001 0.007 0.004 0.003 0.004 0.030 0.100 0.240 0.347 0.263 146 Q 0.001 0.004 0.021 0.105 0.182 0.213 0.250 0.115 0.068 0.030 0.012 147 E 0.005 0.022 0.186 0.141 0.143 0.140 0.166 0.081 0.071 0.031 0.013 148 N 0.014 0.024 0.024 0.103 0.145 0.199 0.270 0.123 0.067 0.023 0.007 149 F 0.022 0.021 0.013 0.033 0.033 0.057 0.188 0.204 0.212 0.153 0.063 150 G 0.058 0.091 0.074 0.161 0.153 0.138 0.142 0.086 0.052 0.030 0.015 151 L 0.082 0.114 0.089 0.202 0.169 0.132 0.102 0.054 0.034 0.016 0.006 152 L 0.055 0.060 0.048 0.107 0.124 0.132 0.180 0.125 0.093 0.053 0.024 153 W 0.012 0.031 0.029 0.061 0.065 0.082 0.186 0.166 0.174 0.125 0.068 154 G 0.020 0.018 0.027 0.044 0.066 0.089 0.186 0.166 0.180 0.128 0.076 155 Q 0.052 0.043 0.097 0.172 0.167 0.156 0.141 0.075 0.053 0.029 0.015 156 K 0.001 0.007 0.029 0.032 0.048 0.089 0.250 0.200 0.164 0.112 0.067 157 L 0.001 0.001 0.016 0.007 0.006 0.008 0.044 0.093 0.205 0.288 0.331 158 V 0.006 0.007 0.062 0.056 0.075 0.118 0.229 0.142 0.141 0.104 0.060 159 N 0.001 0.008 0.129 0.090 0.093 0.118 0.211 0.132 0.109 0.068 0.040 160 T 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.005 0.046 0.094 0.207 0.295 0.343 161 M 0.001 0.001 0.013 0.012 0.014 0.032 0.131 0.144 0.222 0.233 0.198 162 R 0.002 0.008 0.264 0.110 0.111 0.127 0.183 0.084 0.057 0.035 0.018 163 A 0.001 0.001 0.016 0.017 0.029 0.070 0.235 0.173 0.182 0.155 0.121 164 L 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.004 0.025 0.066 0.200 0.343 0.351 165 H 0.002 0.004 0.040 0.058 0.079 0.138 0.270 0.180 0.134 0.066 0.028 166 D 0.006 0.021 0.206 0.115 0.125 0.160 0.182 0.087 0.056 0.031 0.012 167 V 0.005 0.010 0.019 0.031 0.045 0.076 0.216 0.176 0.191 0.152 0.080 168 K 0.101 0.065 0.061 0.135 0.116 0.114 0.168 0.103 0.083 0.040 0.015 169 Y 0.051 0.043 0.056 0.070 0.079 0.109 0.188 0.143 0.126 0.085 0.049 170 S 0.124 0.264 0.111 0.193 0.121 0.070 0.060 0.029 0.016 0.008 0.002 171 P 0.622 0.141 0.044 0.062 0.039 0.028 0.026 0.015 0.011 0.007 0.003 172 K 0.331 0.155 0.074 0.155 0.111 0.066 0.060 0.024 0.015 0.007 0.003 173 A 0.152 0.065 0.051 0.069 0.068 0.082 0.148 0.123 0.126 0.079 0.037 174 R 0.118 0.217 0.140 0.269 0.134 0.061 0.037 0.014 0.007 0.003 0.001 175 L 0.190 0.147 0.121 0.107 0.101 0.099 0.103 0.064 0.041 0.020 0.007 176 E 0.437 0.212 0.117 0.106 0.059 0.031 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 177 H 0.271 0.175 0.102 0.154 0.098 0.064 0.067 0.033 0.021 0.012 0.004 178 H 0.364 0.176 0.068 0.113 0.084 0.061 0.057 0.033 0.023 0.014 0.006 179 H 0.259 0.176 0.132 0.167 0.107 0.062 0.049 0.024 0.015 0.007 0.003 180 H 0.172 0.138 0.093 0.149 0.115 0.095 0.107 0.060 0.038 0.022 0.010 181 H 0.257 0.170 0.115 0.152 0.103 0.067 0.058 0.033 0.024 0.014 0.007 182 H 0.398 0.155 0.065 0.115 0.082 0.055 0.057 0.032 0.023 0.013 0.006