# TARGET T0618 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.4998 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.002 0.015 0.005 0.005 0.969 2 K 0.020 0.022 0.009 0.073 0.009 0.029 0.837 3 K 0.031 0.014 0.059 0.113 0.104 0.112 0.568 4 E 0.041 0.004 0.070 0.079 0.103 0.200 0.502 5 S 0.065 0.023 0.096 0.101 0.146 0.159 0.410 6 Q 0.067 0.014 0.070 0.105 0.242 0.060 0.442 7 V 0.119 0.023 0.094 0.137 0.115 0.092 0.421 8 I 0.104 0.119 0.080 0.106 0.099 0.099 0.393 9 F 0.120 0.043 0.045 0.066 0.217 0.108 0.402 10 D 0.052 0.020 0.013 0.028 0.256 0.033 0.597 11 K 0.014 0.008 0.064 0.268 0.257 0.290 0.098 12 N 0.014 0.022 0.053 0.332 0.123 0.233 0.223 13 V 0.001 0.001 0.024 0.939 0.002 0.016 0.017 14 I 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.003 0.003 15 E 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.002 0.002 16 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 19 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 22 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.007 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 24 C 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 25 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.009 0.001 26 F 0.001 0.001 0.005 0.967 0.001 0.026 0.001 27 L 0.002 0.002 0.013 0.921 0.006 0.049 0.007 28 E 0.012 0.007 0.025 0.765 0.026 0.136 0.029 29 R 0.018 0.004 0.022 0.626 0.045 0.186 0.099 30 A 0.004 0.002 0.038 0.821 0.020 0.039 0.077 31 E 0.005 0.002 0.116 0.713 0.031 0.079 0.055 32 S 0.010 0.003 0.203 0.581 0.028 0.105 0.070 33 M 0.019 0.016 0.139 0.577 0.066 0.057 0.126 34 K 0.022 0.011 0.129 0.437 0.057 0.144 0.200 35 R 0.008 0.003 0.112 0.415 0.072 0.285 0.105 36 S 0.006 0.003 0.083 0.364 0.119 0.290 0.136 37 T 0.008 0.017 0.050 0.310 0.219 0.195 0.200 38 F 0.005 0.005 0.034 0.646 0.057 0.082 0.170 39 V 0.001 0.001 0.022 0.929 0.008 0.009 0.029 40 D 0.001 0.001 0.016 0.967 0.004 0.005 0.007 41 T 0.001 0.001 0.025 0.960 0.002 0.010 0.002 42 T 0.001 0.001 0.033 0.937 0.001 0.026 0.001 43 L 0.001 0.001 0.044 0.935 0.001 0.019 0.001 44 K 0.001 0.001 0.063 0.838 0.002 0.096 0.001 45 I 0.001 0.001 0.035 0.848 0.002 0.108 0.007 46 L 0.001 0.001 0.012 0.956 0.006 0.008 0.018 47 P 0.001 0.001 0.011 0.979 0.001 0.004 0.004 48 L 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.005 0.001 49 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.004 0.001 50 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 51 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.017 0.001 52 K 0.001 0.001 0.005 0.910 0.001 0.082 0.001 53 A 0.003 0.003 0.049 0.735 0.017 0.153 0.040 54 S 0.006 0.005 0.094 0.280 0.073 0.474 0.067 55 M 0.014 0.027 0.076 0.090 0.097 0.541 0.155 56 L 0.008 0.012 0.015 0.010 0.274 0.014 0.667 57 P 0.015 0.009 0.073 0.012 0.112 0.108 0.670 58 K 0.014 0.019 0.280 0.040 0.117 0.300 0.230 59 C 0.031 0.018 0.364 0.049 0.145 0.137 0.255 60 E 0.047 0.028 0.150 0.028 0.217 0.070 0.460 61 M 0.055 0.048 0.063 0.017 0.151 0.078 0.588 62 I 0.026 0.045 0.037 0.009 0.158 0.086 0.639 63 G 0.014 0.019 0.051 0.008 0.164 0.168 0.575 64 D 0.010 0.010 0.085 0.010 0.205 0.286 0.395 65 E 0.015 0.027 0.082 0.011 0.263 0.239 0.361 66 S 0.028 0.031 0.020 0.004 0.401 0.061 0.456 67 P 0.036 0.020 0.053 0.015 0.160 0.107 0.609 68 E 0.058 0.033 0.128 0.029 0.330 0.066 0.357 69 T 0.091 0.034 0.178 0.051 0.160 0.127 0.359 70 Y 0.079 0.061 0.095 0.034 0.149 0.099 0.482 71 V 0.056 0.081 0.007 0.012 0.187 0.018 0.639 72 T 0.028 0.015 0.005 0.009 0.048 0.009 0.887 73 E 0.002 0.001 0.094 0.840 0.011 0.035 0.017 74 E 0.001 0.001 0.094 0.868 0.004 0.027 0.006 75 I 0.001 0.001 0.057 0.922 0.001 0.013 0.006 76 Y 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.004 0.003 77 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 78 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 80 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 81 I 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.019 0.001 82 N 0.001 0.001 0.003 0.925 0.001 0.067 0.003 83 L 0.001 0.001 0.012 0.956 0.002 0.022 0.008 84 A 0.001 0.001 0.053 0.932 0.002 0.008 0.004 85 S 0.001 0.001 0.102 0.858 0.001 0.036 0.002 86 I 0.001 0.001 0.072 0.854 0.003 0.063 0.006 87 L 0.003 0.005 0.073 0.645 0.062 0.122 0.090 88 A 0.007 0.004 0.110 0.251 0.098 0.287 0.244 89 E 0.005 0.002 0.132 0.173 0.114 0.502 0.073 90 K 0.014 0.006 0.139 0.112 0.180 0.377 0.171 91 D 0.034 0.015 0.070 0.042 0.313 0.149 0.377 92 D 0.086 0.017 0.044 0.034 0.198 0.198 0.422 93 Y 0.412 0.038 0.067 0.068 0.083 0.073 0.259 94 L 0.621 0.030 0.043 0.053 0.038 0.031 0.183 95 E 0.722 0.010 0.028 0.028 0.048 0.024 0.141 96 V 0.707 0.017 0.011 0.015 0.048 0.016 0.185 97 F 0.619 0.037 0.007 0.011 0.053 0.015 0.260 98 L 0.270 0.027 0.022 0.028 0.085 0.024 0.544 99 P 0.096 0.011 0.124 0.040 0.127 0.174 0.428 100 D 0.025 0.009 0.314 0.057 0.089 0.342 0.164 101 M 0.023 0.023 0.322 0.069 0.097 0.237 0.230 102 A 0.033 0.030 0.133 0.065 0.120 0.237 0.382 103 Y 0.033 0.021 0.088 0.042 0.137 0.238 0.441 104 S 0.030 0.019 0.051 0.041 0.210 0.298 0.352 105 D 0.041 0.011 0.043 0.062 0.344 0.171 0.328 106 E 0.084 0.019 0.019 0.072 0.371 0.032 0.403 107 P 0.133 0.045 0.034 0.085 0.088 0.038 0.577 108 I 0.125 0.060 0.070 0.196 0.108 0.088 0.354 109 K 0.097 0.032 0.101 0.213 0.109 0.132 0.316 110 K 0.058 0.010 0.096 0.269 0.232 0.200 0.135 111 N 0.086 0.025 0.066 0.165 0.220 0.150 0.287 112 I 0.044 0.020 0.122 0.425 0.085 0.129 0.175 113 S 0.019 0.015 0.095 0.608 0.057 0.106 0.100 114 E 0.006 0.005 0.143 0.652 0.044 0.108 0.041 115 D 0.005 0.008 0.068 0.694 0.047 0.066 0.111 116 L 0.001 0.001 0.009 0.980 0.001 0.005 0.004 117 A 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.003 0.001 118 D 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.005 0.001 119 I 0.001 0.001 0.008 0.983 0.001 0.008 0.001 120 Y 0.001 0.001 0.005 0.974 0.001 0.019 0.001 121 Q 0.001 0.001 0.005 0.939 0.001 0.054 0.001 122 D 0.001 0.001 0.009 0.920 0.008 0.036 0.025 123 I 0.001 0.001 0.009 0.969 0.003 0.010 0.008 124 K 0.001 0.001 0.014 0.973 0.001 0.011 0.001 125 D 0.001 0.001 0.014 0.952 0.002 0.031 0.001 126 F 0.001 0.001 0.006 0.973 0.001 0.017 0.002 127 I 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.008 0.002 128 F 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 129 V 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.005 0.002 130 F 0.005 0.001 0.009 0.954 0.003 0.024 0.004 131 Q 0.009 0.002 0.021 0.839 0.011 0.104 0.015 132 L 0.004 0.002 0.020 0.430 0.039 0.483 0.021 133 G 0.003 0.003 0.009 0.075 0.066 0.712 0.134 134 L 0.003 0.005 0.022 0.114 0.084 0.089 0.682 135 N 0.013 0.011 0.098 0.308 0.081 0.130 0.359 136 E 0.014 0.009 0.097 0.596 0.088 0.097 0.099 137 T 0.021 0.014 0.054 0.709 0.046 0.051 0.104 138 M 0.002 0.001 0.011 0.966 0.002 0.010 0.009 139 N 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.003 0.001 140 D 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.002 0.001 141 S 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.002 0.001 142 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 144 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 145 C 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 146 Q 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.001 147 E 0.003 0.001 0.001 0.972 0.002 0.019 0.003 148 N 0.003 0.001 0.002 0.908 0.007 0.070 0.010 149 F 0.005 0.002 0.008 0.784 0.020 0.151 0.030 150 G 0.035 0.005 0.032 0.489 0.096 0.232 0.111 151 L 0.067 0.013 0.029 0.480 0.142 0.124 0.145 152 L 0.071 0.039 0.017 0.444 0.140 0.085 0.205 153 W 0.008 0.002 0.013 0.823 0.026 0.076 0.052 154 G 0.001 0.001 0.008 0.948 0.010 0.019 0.013 155 Q 0.001 0.001 0.007 0.980 0.003 0.005 0.005 156 K 0.001 0.001 0.006 0.983 0.002 0.005 0.003 157 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 159 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 160 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 161 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 162 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.008 0.001 163 A 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.027 0.001 164 L 0.001 0.001 0.005 0.956 0.001 0.034 0.003 165 H 0.001 0.001 0.014 0.936 0.003 0.042 0.005 166 D 0.001 0.001 0.020 0.881 0.003 0.084 0.010 167 V 0.005 0.001 0.019 0.824 0.021 0.087 0.044 168 K 0.019 0.009 0.018 0.587 0.059 0.145 0.163 169 Y 0.050 0.036 0.016 0.244 0.120 0.122 0.411 170 S 0.028 0.010 0.011 0.044 0.160 0.024 0.725 171 P 0.015 0.004 0.154 0.221 0.108 0.373 0.126 172 K 0.013 0.006 0.212 0.143 0.071 0.449 0.107 173 A 0.027 0.025 0.152 0.135 0.131 0.202 0.328 174 R 0.032 0.020 0.045 0.065 0.086 0.103 0.648 175 L 0.029 0.016 0.182 0.178 0.095 0.121 0.379 176 E 0.027 0.015 0.229 0.152 0.080 0.155 0.341 177 H 0.012 0.006 0.244 0.171 0.062 0.244 0.261 178 H 0.019 0.006 0.158 0.206 0.073 0.284 0.254 179 H 0.028 0.015 0.118 0.190 0.154 0.205 0.290 180 H 0.035 0.013 0.059 0.110 0.205 0.259 0.320 181 H 0.031 0.017 0.011 0.057 0.087 0.064 0.733 182 H 0.006 0.002 0.002 0.006 0.010 0.004 0.970