# TARGET T0618 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.005 0.004 0.067 0.139 0.776 2 K 0.021 0.012 0.031 0.305 0.154 0.476 3 K 0.021 0.009 0.080 0.427 0.188 0.275 4 E 0.015 0.005 0.112 0.492 0.178 0.198 5 S 0.023 0.008 0.077 0.441 0.198 0.253 6 Q 0.021 0.008 0.071 0.536 0.206 0.158 7 V 0.028 0.007 0.078 0.547 0.230 0.110 8 I 0.025 0.007 0.080 0.455 0.271 0.162 9 F 0.019 0.006 0.029 0.593 0.160 0.194 10 D 0.004 0.001 0.011 0.773 0.133 0.078 11 K 0.001 0.001 0.007 0.942 0.033 0.018 12 N 0.001 0.001 0.005 0.967 0.014 0.012 13 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.003 14 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 15 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 16 F 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 17 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 19 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 22 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 23 F 0.001 0.001 0.003 0.981 0.007 0.009 24 C 0.001 0.001 0.013 0.947 0.019 0.019 25 A 0.002 0.002 0.022 0.846 0.065 0.063 26 F 0.004 0.001 0.036 0.789 0.072 0.099 27 L 0.014 0.006 0.034 0.745 0.103 0.098 28 E 0.019 0.005 0.029 0.682 0.125 0.140 29 R 0.010 0.004 0.025 0.543 0.182 0.236 30 A 0.004 0.002 0.105 0.560 0.212 0.115 31 E 0.003 0.002 0.120 0.447 0.282 0.146 32 S 0.003 0.003 0.096 0.463 0.267 0.168 33 M 0.005 0.005 0.043 0.414 0.288 0.246 34 K 0.004 0.003 0.023 0.248 0.257 0.465 35 R 0.002 0.002 0.044 0.749 0.101 0.101 36 S 0.004 0.002 0.036 0.746 0.109 0.103 37 T 0.003 0.002 0.035 0.783 0.068 0.109 38 F 0.002 0.001 0.017 0.946 0.012 0.022 39 V 0.001 0.001 0.007 0.971 0.008 0.013 40 D 0.001 0.001 0.006 0.974 0.007 0.013 41 T 0.001 0.001 0.008 0.984 0.003 0.004 42 T 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.002 43 L 0.001 0.001 0.009 0.983 0.004 0.003 44 K 0.001 0.001 0.008 0.971 0.011 0.010 45 I 0.001 0.001 0.010 0.961 0.012 0.017 46 L 0.001 0.001 0.017 0.952 0.014 0.016 47 P 0.001 0.001 0.034 0.909 0.031 0.026 48 L 0.001 0.001 0.042 0.912 0.030 0.015 49 L 0.002 0.001 0.027 0.884 0.055 0.031 50 Y 0.005 0.002 0.024 0.815 0.084 0.070 51 L 0.018 0.007 0.029 0.720 0.113 0.113 52 K 0.029 0.008 0.048 0.670 0.135 0.110 53 A 0.051 0.012 0.067 0.572 0.170 0.128 54 S 0.063 0.005 0.038 0.335 0.211 0.347 55 M 0.079 0.014 0.018 0.174 0.193 0.522 56 L 0.067 0.023 0.005 0.075 0.180 0.651 57 P 0.055 0.008 0.011 0.065 0.238 0.624 58 K 0.055 0.010 0.115 0.171 0.304 0.345 59 C 0.098 0.016 0.108 0.136 0.312 0.330 60 E 0.113 0.016 0.059 0.118 0.268 0.426 61 M 0.077 0.034 0.021 0.112 0.168 0.588 62 I 0.074 0.048 0.062 0.137 0.308 0.370 63 G 0.041 0.007 0.128 0.156 0.356 0.312 64 D 0.044 0.006 0.101 0.143 0.426 0.281 65 E 0.050 0.026 0.058 0.085 0.417 0.364 66 S 0.038 0.006 0.008 0.018 0.274 0.657 67 P 0.064 0.009 0.013 0.013 0.205 0.696 68 E 0.126 0.031 0.024 0.018 0.213 0.588 69 T 0.137 0.017 0.039 0.022 0.219 0.566 70 Y 0.135 0.044 0.033 0.018 0.197 0.573 71 V 0.066 0.028 0.011 0.015 0.169 0.711 72 T 0.026 0.010 0.004 0.022 0.176 0.762 73 E 0.004 0.001 0.039 0.786 0.122 0.048 74 E 0.002 0.001 0.033 0.846 0.099 0.020 75 I 0.001 0.001 0.027 0.902 0.057 0.012 76 Y 0.001 0.001 0.007 0.959 0.018 0.014 77 E 0.001 0.001 0.004 0.978 0.010 0.007 78 V 0.001 0.001 0.005 0.979 0.008 0.006 79 L 0.001 0.001 0.006 0.974 0.007 0.011 80 R 0.001 0.001 0.011 0.959 0.016 0.011 81 I 0.001 0.001 0.009 0.957 0.019 0.015 82 N 0.001 0.001 0.009 0.958 0.021 0.011 83 L 0.002 0.001 0.018 0.941 0.029 0.009 84 A 0.001 0.001 0.037 0.891 0.058 0.013 85 S 0.001 0.001 0.062 0.857 0.055 0.024 86 I 0.001 0.001 0.021 0.843 0.078 0.056 87 L 0.001 0.002 0.016 0.572 0.101 0.308 88 A 0.001 0.001 0.003 0.020 0.107 0.867 89 E 0.010 0.002 0.085 0.233 0.194 0.475 90 K 0.074 0.008 0.094 0.276 0.315 0.232 91 D 0.094 0.009 0.105 0.223 0.338 0.232 92 D 0.219 0.015 0.083 0.331 0.229 0.124 93 Y 0.097 0.007 0.098 0.620 0.132 0.044 94 L 0.097 0.006 0.158 0.549 0.146 0.045 95 E 0.086 0.003 0.143 0.549 0.136 0.083 96 V 0.136 0.025 0.073 0.428 0.192 0.146 97 F 0.061 0.028 0.027 0.223 0.245 0.416 98 L 0.032 0.011 0.022 0.066 0.366 0.503 99 P 0.018 0.005 0.337 0.144 0.368 0.128 100 D 0.018 0.008 0.536 0.117 0.282 0.040 101 M 0.026 0.010 0.529 0.141 0.257 0.037 102 A 0.042 0.033 0.245 0.189 0.384 0.108 103 Y 0.034 0.018 0.109 0.110 0.539 0.189 104 S 0.015 0.006 0.033 0.021 0.695 0.229 105 D 0.016 0.008 0.022 0.012 0.580 0.362 106 E 0.059 0.018 0.008 0.020 0.326 0.569 107 P 0.105 0.021 0.006 0.027 0.158 0.684 108 I 0.220 0.052 0.008 0.038 0.181 0.501 109 K 0.261 0.031 0.015 0.077 0.191 0.426 110 K 0.106 0.009 0.015 0.071 0.175 0.624 111 N 0.090 0.023 0.023 0.153 0.208 0.502 112 I 0.019 0.009 0.062 0.724 0.084 0.101 113 S 0.013 0.004 0.062 0.801 0.073 0.047 114 E 0.009 0.002 0.061 0.798 0.094 0.036 115 D 0.007 0.004 0.048 0.782 0.080 0.078 116 L 0.002 0.001 0.012 0.962 0.014 0.009 117 A 0.002 0.001 0.006 0.969 0.013 0.009 118 D 0.001 0.001 0.007 0.960 0.014 0.018 119 I 0.001 0.001 0.008 0.982 0.004 0.004 120 Y 0.001 0.001 0.009 0.979 0.006 0.005 121 Q 0.001 0.001 0.022 0.954 0.013 0.010 122 D 0.001 0.001 0.015 0.933 0.021 0.030 123 I 0.001 0.001 0.002 0.983 0.004 0.010 124 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 125 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 126 F 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 127 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 128 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 129 V 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 130 F 0.001 0.001 0.008 0.978 0.009 0.004 131 Q 0.001 0.001 0.009 0.955 0.023 0.011 132 L 0.001 0.001 0.011 0.878 0.056 0.054 133 G 0.001 0.001 0.014 0.307 0.215 0.462 134 L 0.001 0.003 0.048 0.360 0.287 0.300 135 N 0.002 0.004 0.073 0.464 0.297 0.159 136 E 0.002 0.004 0.096 0.623 0.193 0.083 137 T 0.005 0.007 0.066 0.673 0.128 0.121 138 M 0.001 0.001 0.015 0.950 0.016 0.018 139 N 0.001 0.001 0.008 0.975 0.009 0.006 140 D 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 141 S 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 142 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 144 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 145 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 146 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 147 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 148 N 0.001 0.001 0.002 0.978 0.012 0.007 149 F 0.002 0.001 0.011 0.890 0.053 0.043 150 G 0.002 0.002 0.008 0.845 0.066 0.076 151 L 0.001 0.001 0.007 0.886 0.036 0.070 152 L 0.001 0.001 0.004 0.854 0.037 0.103 153 W 0.001 0.001 0.007 0.963 0.011 0.017 154 G 0.001 0.001 0.006 0.968 0.010 0.015 155 Q 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.005 156 K 0.001 0.001 0.005 0.988 0.003 0.004 157 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 159 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 160 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 161 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 162 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.003 163 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 164 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 165 H 0.001 0.001 0.002 0.978 0.009 0.011 166 D 0.001 0.001 0.003 0.935 0.024 0.037 167 V 0.002 0.001 0.004 0.906 0.036 0.052 168 K 0.006 0.005 0.007 0.813 0.076 0.093 169 Y 0.009 0.006 0.013 0.811 0.077 0.084 170 S 0.010 0.003 0.029 0.588 0.166 0.204 171 P 0.006 0.002 0.069 0.511 0.236 0.176 172 K 0.011 0.006 0.071 0.564 0.196 0.152 173 A 0.011 0.005 0.039 0.496 0.219 0.229 174 R 0.011 0.006 0.030 0.429 0.213 0.312 175 L 0.014 0.004 0.031 0.464 0.209 0.278 176 E 0.013 0.005 0.039 0.521 0.208 0.214 177 H 0.008 0.005 0.049 0.573 0.208 0.158 178 H 0.008 0.003 0.046 0.528 0.235 0.180 179 H 0.006 0.005 0.061 0.517 0.226 0.184 180 H 0.003 0.007 0.036 0.354 0.228 0.372 181 H 0.002 0.003 0.021 0.256 0.158 0.560 182 H 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.960