# TARGET T0618 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 K 0.021 0.019 0.008 0.301 0.003 0.034 0.615 3 K 0.016 0.007 0.028 0.468 0.113 0.092 0.276 4 E 0.018 0.007 0.051 0.561 0.080 0.126 0.156 5 S 0.019 0.005 0.082 0.588 0.061 0.115 0.130 6 Q 0.023 0.003 0.093 0.649 0.054 0.065 0.113 7 V 0.035 0.003 0.084 0.702 0.040 0.049 0.085 8 I 0.025 0.009 0.061 0.758 0.026 0.062 0.059 9 F 0.018 0.009 0.028 0.719 0.055 0.064 0.107 10 D 0.005 0.002 0.019 0.798 0.029 0.054 0.093 11 K 0.001 0.001 0.014 0.913 0.010 0.055 0.007 12 N 0.001 0.001 0.011 0.934 0.005 0.043 0.007 13 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 0.002 14 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 16 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 19 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 23 F 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.018 0.001 24 C 0.001 0.002 0.004 0.937 0.006 0.043 0.007 25 A 0.002 0.001 0.018 0.802 0.013 0.146 0.017 26 F 0.005 0.002 0.028 0.648 0.056 0.194 0.066 27 L 0.009 0.010 0.044 0.557 0.092 0.135 0.154 28 E 0.008 0.007 0.049 0.424 0.145 0.140 0.226 29 R 0.006 0.005 0.091 0.320 0.115 0.147 0.316 30 A 0.003 0.004 0.233 0.287 0.096 0.197 0.180 31 E 0.003 0.002 0.212 0.205 0.064 0.429 0.085 32 S 0.004 0.006 0.184 0.181 0.110 0.337 0.177 33 M 0.008 0.019 0.079 0.117 0.261 0.077 0.439 34 K 0.010 0.012 0.053 0.149 0.133 0.098 0.544 35 R 0.002 0.002 0.109 0.671 0.039 0.078 0.098 36 S 0.001 0.001 0.057 0.817 0.025 0.064 0.035 37 T 0.001 0.002 0.028 0.863 0.013 0.069 0.024 38 F 0.001 0.001 0.007 0.929 0.012 0.030 0.020 39 V 0.001 0.001 0.002 0.975 0.006 0.010 0.008 40 D 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.008 0.004 41 T 0.001 0.001 0.003 0.980 0.004 0.008 0.004 42 T 0.001 0.001 0.006 0.978 0.002 0.011 0.003 43 L 0.001 0.001 0.009 0.958 0.002 0.028 0.002 44 K 0.001 0.001 0.007 0.900 0.005 0.082 0.005 45 I 0.001 0.001 0.005 0.900 0.009 0.074 0.012 46 L 0.001 0.002 0.005 0.862 0.033 0.032 0.067 47 P 0.001 0.001 0.010 0.904 0.016 0.041 0.028 48 L 0.001 0.001 0.010 0.907 0.012 0.051 0.018 49 L 0.002 0.001 0.008 0.911 0.020 0.036 0.022 50 Y 0.008 0.002 0.008 0.897 0.023 0.034 0.029 51 L 0.008 0.002 0.022 0.839 0.022 0.054 0.053 52 K 0.005 0.003 0.042 0.811 0.017 0.088 0.034 53 A 0.004 0.002 0.075 0.622 0.020 0.243 0.034 54 S 0.004 0.001 0.061 0.404 0.032 0.457 0.040 55 M 0.010 0.012 0.074 0.269 0.160 0.254 0.221 56 L 0.020 0.031 0.019 0.062 0.295 0.043 0.531 57 P 0.021 0.009 0.027 0.034 0.106 0.077 0.726 58 K 0.040 0.024 0.089 0.063 0.122 0.197 0.464 59 C 0.073 0.021 0.122 0.071 0.144 0.126 0.443 60 E 0.093 0.016 0.088 0.071 0.165 0.085 0.481 61 M 0.074 0.029 0.055 0.078 0.159 0.057 0.549 62 I 0.040 0.033 0.064 0.056 0.126 0.059 0.622 63 G 0.028 0.010 0.125 0.067 0.124 0.245 0.402 64 D 0.024 0.016 0.148 0.056 0.140 0.300 0.316 65 E 0.029 0.038 0.084 0.039 0.294 0.119 0.397 66 S 0.031 0.010 0.030 0.026 0.250 0.102 0.551 67 P 0.040 0.015 0.042 0.031 0.179 0.119 0.575 68 E 0.067 0.040 0.040 0.024 0.179 0.061 0.589 69 T 0.093 0.016 0.038 0.025 0.184 0.068 0.575 70 Y 0.130 0.052 0.023 0.019 0.122 0.050 0.603 71 V 0.051 0.054 0.005 0.011 0.183 0.012 0.684 72 T 0.017 0.010 0.001 0.011 0.059 0.004 0.897 73 E 0.001 0.001 0.028 0.926 0.013 0.026 0.007 74 E 0.001 0.001 0.025 0.936 0.009 0.025 0.005 75 I 0.001 0.001 0.022 0.955 0.004 0.013 0.006 76 Y 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.005 0.004 77 E 0.001 0.001 0.001 0.975 0.003 0.016 0.005 78 V 0.001 0.001 0.002 0.970 0.002 0.021 0.004 79 L 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.013 0.006 80 R 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.006 0.003 81 I 0.002 0.001 0.002 0.985 0.002 0.006 0.003 82 N 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.011 0.003 83 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.010 0.003 84 A 0.001 0.001 0.012 0.967 0.003 0.014 0.003 85 S 0.001 0.001 0.016 0.910 0.005 0.066 0.003 86 I 0.001 0.001 0.020 0.825 0.008 0.139 0.007 87 L 0.003 0.006 0.017 0.410 0.201 0.279 0.084 88 A 0.007 0.004 0.020 0.085 0.153 0.323 0.408 89 E 0.023 0.015 0.036 0.052 0.201 0.158 0.516 90 K 0.098 0.017 0.079 0.085 0.228 0.079 0.413 91 D 0.160 0.016 0.067 0.063 0.157 0.058 0.478 92 D 0.285 0.016 0.114 0.136 0.127 0.077 0.245 93 Y 0.485 0.017 0.078 0.132 0.068 0.079 0.141 94 L 0.492 0.009 0.070 0.158 0.056 0.078 0.137 95 E 0.625 0.014 0.033 0.087 0.057 0.058 0.127 96 V 0.534 0.020 0.019 0.038 0.082 0.039 0.268 97 F 0.425 0.056 0.015 0.030 0.134 0.033 0.308 98 L 0.131 0.012 0.012 0.017 0.076 0.019 0.734 99 P 0.023 0.006 0.322 0.116 0.067 0.366 0.101 100 D 0.025 0.007 0.262 0.094 0.098 0.445 0.069 101 M 0.051 0.022 0.356 0.078 0.128 0.200 0.165 102 A 0.083 0.054 0.102 0.079 0.207 0.171 0.305 103 Y 0.057 0.029 0.062 0.046 0.194 0.263 0.349 104 S 0.032 0.011 0.026 0.027 0.259 0.278 0.367 105 D 0.031 0.013 0.017 0.015 0.326 0.233 0.366 106 E 0.065 0.014 0.006 0.020 0.341 0.026 0.527 107 P 0.139 0.051 0.008 0.031 0.062 0.022 0.686 108 I 0.261 0.050 0.018 0.034 0.071 0.023 0.542 109 K 0.283 0.028 0.052 0.049 0.105 0.057 0.428 110 K 0.207 0.020 0.072 0.084 0.164 0.053 0.400 111 N 0.206 0.052 0.060 0.056 0.105 0.041 0.481 112 I 0.083 0.007 0.353 0.277 0.052 0.098 0.130 113 S 0.045 0.007 0.294 0.269 0.067 0.184 0.134 114 E 0.035 0.010 0.117 0.328 0.259 0.119 0.131 115 D 0.022 0.027 0.017 0.423 0.105 0.049 0.357 116 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.003 0.005 0.003 117 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 118 D 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.003 0.001 119 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 120 Y 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 121 Q 0.001 0.001 0.003 0.960 0.001 0.035 0.001 122 D 0.001 0.001 0.007 0.936 0.005 0.048 0.004 123 I 0.001 0.002 0.019 0.940 0.005 0.024 0.011 124 K 0.001 0.001 0.035 0.892 0.005 0.061 0.005 125 D 0.001 0.001 0.031 0.746 0.013 0.201 0.007 126 F 0.003 0.002 0.023 0.814 0.020 0.122 0.017 127 I 0.025 0.005 0.027 0.779 0.034 0.064 0.065 128 F 0.083 0.003 0.062 0.675 0.034 0.075 0.069 129 V 0.123 0.008 0.154 0.524 0.036 0.090 0.065 130 F 0.174 0.043 0.118 0.441 0.050 0.078 0.095 131 Q 0.138 0.012 0.069 0.376 0.092 0.116 0.198 132 L 0.025 0.005 0.053 0.209 0.139 0.369 0.200 133 G 0.009 0.005 0.029 0.079 0.254 0.278 0.347 134 L 0.005 0.005 0.111 0.131 0.157 0.184 0.408 135 N 0.004 0.003 0.170 0.268 0.158 0.280 0.117 136 E 0.004 0.005 0.175 0.330 0.108 0.266 0.111 137 T 0.005 0.008 0.057 0.578 0.100 0.091 0.161 138 M 0.003 0.001 0.007 0.904 0.021 0.018 0.046 139 N 0.001 0.001 0.003 0.978 0.003 0.008 0.005 140 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 141 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 144 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 145 C 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.009 0.001 146 Q 0.001 0.001 0.005 0.976 0.003 0.013 0.002 147 E 0.001 0.001 0.006 0.935 0.005 0.049 0.003 148 N 0.002 0.001 0.012 0.779 0.016 0.173 0.017 149 F 0.009 0.006 0.039 0.566 0.072 0.234 0.074 150 G 0.016 0.003 0.130 0.429 0.116 0.160 0.146 151 L 0.015 0.002 0.128 0.428 0.128 0.199 0.100 152 L 0.011 0.019 0.092 0.419 0.103 0.158 0.197 153 W 0.007 0.006 0.019 0.687 0.096 0.066 0.119 154 G 0.001 0.001 0.005 0.936 0.017 0.014 0.028 155 Q 0.001 0.001 0.002 0.986 0.004 0.005 0.002 156 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 157 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 159 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 160 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 161 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.006 0.001 162 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.002 163 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.015 0.002 164 L 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.009 0.005 165 H 0.001 0.001 0.002 0.977 0.003 0.015 0.003 166 D 0.001 0.001 0.004 0.957 0.004 0.028 0.006 167 V 0.002 0.002 0.008 0.935 0.009 0.025 0.018 168 K 0.007 0.003 0.008 0.899 0.013 0.056 0.014 169 Y 0.009 0.002 0.015 0.704 0.024 0.207 0.039 170 S 0.012 0.005 0.019 0.555 0.065 0.204 0.140 171 P 0.018 0.008 0.036 0.513 0.100 0.127 0.198 172 K 0.024 0.008 0.058 0.476 0.102 0.115 0.216 173 A 0.022 0.008 0.046 0.356 0.116 0.153 0.300 174 R 0.018 0.008 0.033 0.303 0.119 0.104 0.415 175 L 0.016 0.007 0.036 0.484 0.088 0.075 0.295 176 E 0.014 0.006 0.043 0.544 0.048 0.082 0.263 177 H 0.013 0.005 0.067 0.555 0.064 0.107 0.188 178 H 0.015 0.005 0.083 0.594 0.070 0.102 0.130 179 H 0.012 0.005 0.084 0.611 0.067 0.104 0.117 180 H 0.011 0.005 0.064 0.580 0.066 0.134 0.140 181 H 0.011 0.008 0.050 0.410 0.058 0.264 0.199 182 H 0.006 0.005 0.032 0.180 0.064 0.175 0.538