# TARGET T0617 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0617.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4561 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.127 0.117 0.047 0.103 0.092 0.093 0.115 0.088 0.088 0.070 0.059 2 N 0.060 0.059 0.031 0.074 0.087 0.096 0.139 0.128 0.127 0.113 0.086 3 A 0.171 0.088 0.036 0.075 0.077 0.080 0.118 0.099 0.098 0.088 0.071 4 M 0.086 0.068 0.050 0.122 0.135 0.131 0.145 0.098 0.077 0.054 0.036 5 Q 0.097 0.064 0.060 0.098 0.093 0.092 0.127 0.103 0.101 0.090 0.077 6 K 0.214 0.172 0.151 0.214 0.109 0.058 0.040 0.017 0.011 0.007 0.006 7 I 0.063 0.032 0.026 0.044 0.052 0.076 0.157 0.141 0.152 0.146 0.111 8 N 0.125 0.127 0.068 0.118 0.099 0.097 0.118 0.071 0.069 0.057 0.050 9 I 0.102 0.063 0.061 0.106 0.102 0.104 0.152 0.090 0.088 0.073 0.059 10 D 0.121 0.157 0.094 0.139 0.116 0.095 0.110 0.058 0.050 0.035 0.024 11 R 0.049 0.082 0.066 0.146 0.139 0.136 0.143 0.086 0.076 0.048 0.029 12 H 0.074 0.050 0.045 0.105 0.137 0.158 0.167 0.091 0.085 0.054 0.034 13 A 0.013 0.038 0.063 0.137 0.141 0.164 0.199 0.109 0.079 0.037 0.019 14 T 0.002 0.003 0.013 0.016 0.022 0.034 0.125 0.169 0.244 0.208 0.164 15 A 0.003 0.002 0.012 0.019 0.028 0.060 0.175 0.169 0.211 0.180 0.140 16 Q 0.001 0.006 0.085 0.134 0.166 0.189 0.188 0.101 0.075 0.038 0.017 17 I 0.001 0.001 0.017 0.011 0.014 0.026 0.117 0.162 0.214 0.229 0.211 18 N 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.053 0.109 0.231 0.295 0.297 19 M 0.001 0.003 0.094 0.050 0.059 0.097 0.238 0.146 0.146 0.106 0.060 20 L 0.001 0.001 0.042 0.053 0.085 0.147 0.288 0.172 0.110 0.066 0.037 21 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.037 0.077 0.209 0.315 0.353 22 N 0.001 0.001 0.012 0.012 0.017 0.046 0.179 0.182 0.239 0.192 0.121 23 K 0.002 0.006 0.230 0.148 0.133 0.163 0.178 0.070 0.040 0.022 0.010 24 L 0.001 0.001 0.026 0.014 0.029 0.089 0.304 0.195 0.161 0.115 0.065 25 M 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.006 0.043 0.096 0.236 0.329 0.272 26 L 0.001 0.003 0.044 0.053 0.095 0.174 0.281 0.154 0.110 0.060 0.025 27 K 0.023 0.035 0.502 0.157 0.103 0.083 0.059 0.019 0.011 0.006 0.002 28 S 0.010 0.015 0.048 0.048 0.067 0.118 0.267 0.157 0.137 0.091 0.042 29 S 0.006 0.008 0.016 0.016 0.016 0.038 0.139 0.163 0.231 0.213 0.154 30 T 0.025 0.035 0.188 0.199 0.184 0.152 0.119 0.046 0.030 0.015 0.007 31 A 0.086 0.087 0.569 0.112 0.057 0.040 0.027 0.010 0.007 0.004 0.002 32 Y 0.007 0.011 0.027 0.050 0.069 0.124 0.263 0.160 0.142 0.094 0.055 33 T 0.012 0.010 0.022 0.024 0.031 0.054 0.146 0.161 0.214 0.188 0.137 34 Q 0.020 0.059 0.363 0.260 0.171 0.080 0.033 0.009 0.004 0.001 0.001 35 K 0.131 0.142 0.410 0.170 0.085 0.040 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 36 F 0.006 0.010 0.008 0.038 0.071 0.135 0.276 0.195 0.137 0.085 0.040 37 G 0.571 0.206 0.041 0.085 0.048 0.026 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 38 I 0.004 0.005 0.004 0.011 0.017 0.026 0.089 0.123 0.235 0.233 0.253 39 G 0.089 0.181 0.051 0.174 0.142 0.122 0.125 0.050 0.034 0.019 0.013 40 M 0.072 0.056 0.022 0.109 0.146 0.163 0.178 0.094 0.082 0.046 0.032 41 T 0.034 0.041 0.029 0.071 0.085 0.146 0.231 0.135 0.109 0.071 0.049 42 E 0.002 0.008 0.012 0.041 0.063 0.095 0.206 0.183 0.186 0.129 0.076 43 W 0.007 0.007 0.015 0.019 0.020 0.033 0.111 0.146 0.207 0.238 0.196 44 R 0.002 0.008 0.039 0.131 0.161 0.179 0.200 0.126 0.078 0.048 0.027 45 I 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.006 0.047 0.114 0.253 0.321 0.239 46 I 0.001 0.001 0.008 0.011 0.013 0.025 0.090 0.120 0.194 0.262 0.276 47 S 0.001 0.002 0.072 0.057 0.078 0.118 0.264 0.161 0.142 0.072 0.033 48 V 0.001 0.002 0.021 0.031 0.054 0.125 0.296 0.201 0.150 0.086 0.034 49 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.050 0.113 0.252 0.326 0.242 50 S 0.003 0.009 0.018 0.060 0.116 0.166 0.271 0.168 0.121 0.047 0.021 51 S 0.048 0.090 0.124 0.201 0.165 0.154 0.128 0.050 0.024 0.011 0.005 52 A 0.084 0.101 0.056 0.138 0.151 0.139 0.167 0.083 0.049 0.023 0.008 53 S 0.527 0.177 0.056 0.105 0.048 0.035 0.028 0.013 0.006 0.004 0.002 54 D 0.592 0.200 0.049 0.093 0.041 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 55 C 0.004 0.008 0.004 0.017 0.032 0.070 0.200 0.237 0.221 0.138 0.069 56 S 0.034 0.410 0.078 0.190 0.121 0.080 0.050 0.017 0.010 0.006 0.004 57 V 0.004 0.004 0.004 0.016 0.035 0.074 0.175 0.174 0.216 0.164 0.133 58 Q 0.301 0.146 0.090 0.197 0.137 0.071 0.041 0.011 0.005 0.001 0.001 59 K 0.010 0.052 0.068 0.403 0.252 0.127 0.064 0.016 0.005 0.002 0.001 60 I 0.001 0.002 0.010 0.008 0.008 0.011 0.048 0.104 0.217 0.297 0.293 61 S 0.001 0.001 0.018 0.032 0.079 0.163 0.333 0.182 0.111 0.054 0.026 62 D 0.010 0.030 0.669 0.212 0.054 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 63 I 0.001 0.008 0.024 0.049 0.118 0.269 0.351 0.105 0.044 0.021 0.010 64 L 0.010 0.007 0.012 0.011 0.010 0.015 0.064 0.127 0.234 0.269 0.238 65 G 0.268 0.205 0.105 0.148 0.116 0.077 0.050 0.014 0.008 0.005 0.003 66 L 0.036 0.049 0.103 0.088 0.083 0.079 0.130 0.120 0.136 0.105 0.070 67 D 0.107 0.272 0.128 0.160 0.117 0.084 0.076 0.029 0.015 0.008 0.004 68 K 0.131 0.132 0.107 0.186 0.143 0.122 0.100 0.035 0.024 0.013 0.009 69 A 0.369 0.103 0.077 0.079 0.062 0.065 0.090 0.055 0.048 0.032 0.020 70 A 0.024 0.065 0.064 0.167 0.159 0.179 0.179 0.079 0.047 0.024 0.014 71 V 0.002 0.003 0.008 0.008 0.009 0.015 0.086 0.144 0.229 0.266 0.231 72 S 0.010 0.016 0.065 0.175 0.208 0.238 0.165 0.060 0.035 0.018 0.009 73 R 0.031 0.067 0.398 0.256 0.134 0.058 0.037 0.012 0.005 0.002 0.001 74 T 0.001 0.003 0.013 0.022 0.031 0.065 0.214 0.199 0.190 0.161 0.102 75 V 0.001 0.001 0.010 0.005 0.009 0.022 0.130 0.150 0.231 0.248 0.194 76 K 0.005 0.015 0.489 0.244 0.132 0.066 0.035 0.009 0.003 0.001 0.001 77 K 0.004 0.037 0.223 0.281 0.211 0.150 0.076 0.013 0.003 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.012 0.004 0.004 0.008 0.062 0.124 0.285 0.271 0.228 79 E 0.001 0.002 0.022 0.048 0.092 0.196 0.388 0.139 0.063 0.033 0.016 80 E 0.012 0.038 0.831 0.077 0.028 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.002 0.009 0.033 0.169 0.214 0.271 0.193 0.073 0.023 0.011 0.002 82 K 0.499 0.230 0.079 0.073 0.043 0.029 0.026 0.010 0.006 0.003 0.001 83 Y 0.002 0.017 0.055 0.109 0.133 0.166 0.224 0.123 0.093 0.052 0.027 84 I 0.002 0.007 0.014 0.018 0.035 0.055 0.181 0.193 0.214 0.179 0.102 85 E 0.016 0.092 0.111 0.307 0.228 0.110 0.082 0.031 0.016 0.005 0.003 86 V 0.014 0.015 0.016 0.032 0.049 0.067 0.192 0.168 0.205 0.153 0.088 87 N 0.113 0.134 0.057 0.263 0.197 0.110 0.074 0.030 0.015 0.005 0.002 88 G 0.206 0.152 0.031 0.117 0.106 0.103 0.123 0.070 0.049 0.029 0.014 89 H 0.119 0.211 0.070 0.169 0.126 0.089 0.092 0.055 0.034 0.024 0.011 90 S 0.607 0.200 0.043 0.083 0.034 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 91 E 0.538 0.172 0.065 0.115 0.055 0.028 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 92 D 0.117 0.069 0.037 0.109 0.091 0.117 0.179 0.121 0.089 0.047 0.025 93 K 0.069 0.132 0.149 0.261 0.175 0.112 0.062 0.021 0.012 0.005 0.002 94 R 0.036 0.031 0.069 0.091 0.086 0.110 0.188 0.150 0.124 0.077 0.040 95 T 0.026 0.048 0.124 0.267 0.227 0.144 0.088 0.039 0.021 0.011 0.005 96 Y 0.010 0.023 0.039 0.090 0.104 0.137 0.255 0.161 0.109 0.054 0.018 97 A 0.011 0.038 0.106 0.242 0.214 0.169 0.122 0.049 0.027 0.014 0.007 98 I 0.002 0.003 0.020 0.010 0.012 0.019 0.093 0.152 0.255 0.255 0.178 99 N 0.019 0.066 0.131 0.343 0.260 0.105 0.052 0.015 0.005 0.002 0.001 100 L 0.002 0.016 0.019 0.018 0.017 0.025 0.094 0.130 0.236 0.246 0.198 101 T 0.004 0.023 0.024 0.090 0.152 0.158 0.254 0.132 0.101 0.038 0.022 102 E 0.804 0.103 0.055 0.026 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 M 0.045 0.101 0.111 0.263 0.209 0.140 0.091 0.024 0.010 0.005 0.001 104 G 0.007 0.016 0.028 0.024 0.026 0.059 0.174 0.179 0.217 0.156 0.116 105 Q 0.024 0.029 0.130 0.346 0.250 0.137 0.063 0.014 0.006 0.002 0.001 106 E 0.073 0.078 0.723 0.083 0.028 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.001 0.002 0.013 0.018 0.028 0.106 0.322 0.216 0.163 0.093 0.040 108 Y 0.001 0.002 0.023 0.016 0.033 0.073 0.304 0.212 0.175 0.111 0.051 109 E 0.012 0.023 0.875 0.068 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.004 0.020 0.263 0.156 0.200 0.201 0.119 0.024 0.009 0.003 0.001 111 A 0.001 0.002 0.016 0.005 0.005 0.011 0.071 0.116 0.244 0.292 0.236 112 S 0.015 0.026 0.179 0.184 0.201 0.185 0.155 0.035 0.013 0.004 0.001 113 D 0.058 0.051 0.792 0.075 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 F 0.008 0.015 0.041 0.040 0.069 0.170 0.344 0.149 0.092 0.051 0.021 115 A 0.012 0.022 0.088 0.034 0.028 0.066 0.227 0.181 0.172 0.113 0.058 116 I 0.019 0.041 0.501 0.179 0.121 0.074 0.047 0.011 0.005 0.002 0.001 117 E 0.114 0.075 0.668 0.095 0.028 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 118 R 0.007 0.010 0.100 0.055 0.066 0.141 0.288 0.137 0.108 0.062 0.026 119 E 0.002 0.004 0.142 0.028 0.034 0.076 0.277 0.177 0.142 0.084 0.035 120 K 0.002 0.006 0.744 0.157 0.060 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 121 Q 0.007 0.026 0.712 0.125 0.079 0.036 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 122 L 0.001 0.003 0.059 0.012 0.017 0.052 0.254 0.185 0.212 0.136 0.070 123 L 0.001 0.003 0.113 0.054 0.109 0.172 0.368 0.115 0.044 0.016 0.004 124 E 0.009 0.024 0.907 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.017 0.041 0.345 0.174 0.186 0.142 0.077 0.013 0.004 0.001 0.001 126 F 0.002 0.006 0.028 0.007 0.011 0.026 0.113 0.129 0.210 0.249 0.220 127 E 0.030 0.225 0.497 0.145 0.064 0.025 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 128 E 0.428 0.082 0.449 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.656 0.101 0.158 0.052 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 130 E 0.002 0.003 0.081 0.019 0.017 0.092 0.403 0.191 0.126 0.049 0.018 131 K 0.001 0.003 0.218 0.112 0.163 0.260 0.190 0.039 0.009 0.003 0.001 132 D 0.003 0.010 0.940 0.031 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 Q 0.001 0.006 0.149 0.168 0.240 0.244 0.140 0.036 0.011 0.004 0.001 134 L 0.001 0.001 0.049 0.002 0.002 0.006 0.088 0.130 0.243 0.261 0.219 135 F 0.001 0.002 0.358 0.221 0.217 0.130 0.061 0.009 0.002 0.001 0.001 136 I 0.001 0.013 0.835 0.099 0.041 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.066 0.014 0.017 0.048 0.277 0.193 0.194 0.123 0.066 138 L 0.001 0.001 0.053 0.004 0.007 0.020 0.266 0.217 0.211 0.147 0.075 139 K 0.001 0.004 0.784 0.147 0.046 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 140 K 0.001 0.005 0.148 0.163 0.281 0.278 0.111 0.011 0.002 0.001 0.001 141 L 0.001 0.001 0.030 0.002 0.002 0.005 0.071 0.123 0.293 0.294 0.178 142 R 0.001 0.001 0.051 0.061 0.123 0.211 0.404 0.107 0.033 0.009 0.002 143 N 0.002 0.011 0.876 0.080 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 K 0.004 0.028 0.117 0.080 0.155 0.259 0.270 0.059 0.019 0.007 0.001 145 V 0.013 0.026 0.293 0.033 0.027 0.033 0.165 0.135 0.148 0.086 0.040 146 D 0.147 0.108 0.525 0.133 0.058 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.024 0.082 0.432 0.211 0.135 0.070 0.033 0.009 0.003 0.001 0.001 148 M 0.075 0.099 0.152 0.072 0.080 0.074 0.114 0.099 0.103 0.080 0.051