# TARGET T0617 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0617.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4561 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.347 0.159 0.131 0.151 0.118 0.077 0.016 2 N 0.294 0.138 0.127 0.155 0.142 0.106 0.038 3 A 0.330 0.119 0.108 0.136 0.143 0.115 0.050 4 M 0.243 0.183 0.142 0.149 0.126 0.104 0.053 5 Q 0.276 0.188 0.179 0.152 0.104 0.070 0.031 6 K 0.294 0.226 0.158 0.141 0.096 0.062 0.024 7 I 0.297 0.150 0.154 0.168 0.134 0.081 0.016 8 N 0.457 0.215 0.121 0.098 0.069 0.034 0.006 9 I 0.291 0.219 0.192 0.156 0.092 0.042 0.009 10 D 0.253 0.130 0.114 0.150 0.176 0.145 0.032 11 R 0.183 0.137 0.139 0.176 0.159 0.151 0.055 12 H 0.173 0.157 0.158 0.180 0.194 0.114 0.024 13 A 0.127 0.108 0.126 0.206 0.244 0.157 0.032 14 T 0.057 0.035 0.037 0.078 0.159 0.417 0.218 15 A 0.039 0.045 0.068 0.139 0.220 0.324 0.164 16 Q 0.044 0.086 0.140 0.246 0.247 0.189 0.048 17 I 0.011 0.015 0.027 0.091 0.240 0.426 0.191 18 N 0.005 0.005 0.006 0.020 0.075 0.428 0.460 19 M 0.008 0.034 0.090 0.235 0.309 0.268 0.056 20 L 0.008 0.042 0.119 0.262 0.328 0.204 0.037 21 A 0.005 0.007 0.009 0.033 0.152 0.573 0.222 22 N 0.004 0.016 0.044 0.166 0.335 0.379 0.057 23 K 0.031 0.206 0.307 0.255 0.141 0.055 0.006 24 L 0.019 0.067 0.165 0.327 0.284 0.123 0.015 25 M 0.007 0.019 0.033 0.107 0.311 0.458 0.066 26 L 0.042 0.153 0.241 0.292 0.192 0.071 0.007 27 K 0.164 0.404 0.247 0.119 0.046 0.017 0.002 28 S 0.040 0.120 0.216 0.309 0.226 0.081 0.008 29 S 0.040 0.069 0.112 0.226 0.332 0.204 0.017 30 T 0.183 0.295 0.244 0.189 0.072 0.016 0.001 31 A 0.320 0.417 0.167 0.068 0.022 0.005 0.001 32 Y 0.071 0.146 0.230 0.309 0.186 0.054 0.003 33 T 0.064 0.097 0.164 0.291 0.287 0.092 0.005 34 Q 0.403 0.367 0.154 0.059 0.014 0.003 0.001 35 K 0.502 0.315 0.116 0.049 0.015 0.003 0.001 36 F 0.083 0.177 0.255 0.290 0.155 0.038 0.002 37 G 0.191 0.329 0.247 0.148 0.065 0.019 0.002 38 I 0.026 0.027 0.061 0.186 0.349 0.294 0.056 39 G 0.071 0.178 0.215 0.257 0.192 0.079 0.008 40 M 0.019 0.070 0.137 0.240 0.289 0.198 0.047 41 T 0.004 0.023 0.054 0.151 0.273 0.344 0.150 42 E 0.001 0.004 0.012 0.043 0.163 0.438 0.339 43 W 0.001 0.004 0.011 0.039 0.147 0.428 0.370 44 R 0.002 0.017 0.050 0.163 0.241 0.328 0.198 45 I 0.001 0.002 0.004 0.014 0.056 0.325 0.598 46 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.045 0.332 0.609 47 S 0.001 0.012 0.037 0.135 0.290 0.421 0.103 48 V 0.001 0.005 0.028 0.135 0.386 0.396 0.049 49 L 0.001 0.005 0.013 0.045 0.209 0.604 0.123 50 S 0.010 0.056 0.148 0.328 0.307 0.141 0.012 51 S 0.093 0.338 0.312 0.186 0.060 0.011 0.001 52 A 0.118 0.239 0.295 0.253 0.083 0.012 0.001 53 S 0.320 0.398 0.185 0.073 0.020 0.004 0.001 54 D 0.309 0.379 0.197 0.085 0.025 0.005 0.001 55 C 0.069 0.165 0.245 0.280 0.190 0.048 0.003 56 S 0.137 0.311 0.269 0.185 0.079 0.018 0.001 57 V 0.035 0.110 0.191 0.295 0.259 0.100 0.010 58 Q 0.256 0.402 0.221 0.090 0.025 0.006 0.001 59 K 0.074 0.284 0.302 0.220 0.091 0.025 0.004 60 I 0.006 0.016 0.047 0.170 0.432 0.311 0.019 61 S 0.020 0.093 0.236 0.361 0.225 0.061 0.004 62 D 0.205 0.489 0.200 0.074 0.023 0.008 0.001 63 I 0.026 0.104 0.276 0.377 0.174 0.039 0.003 64 L 0.022 0.042 0.080 0.216 0.365 0.251 0.024 65 G 0.159 0.351 0.258 0.143 0.067 0.020 0.002 66 L 0.177 0.183 0.202 0.223 0.149 0.059 0.006 67 D 0.303 0.328 0.189 0.121 0.044 0.014 0.001 68 K 0.284 0.321 0.211 0.118 0.049 0.015 0.002 69 A 0.304 0.274 0.180 0.141 0.075 0.023 0.004 70 A 0.132 0.235 0.228 0.224 0.131 0.042 0.007 71 V 0.076 0.071 0.094 0.174 0.265 0.262 0.058 72 S 0.084 0.187 0.240 0.246 0.151 0.076 0.016 73 R 0.131 0.270 0.229 0.195 0.115 0.053 0.008 74 T 0.036 0.074 0.135 0.270 0.292 0.170 0.022 75 V 0.033 0.050 0.073 0.192 0.330 0.289 0.035 76 K 0.146 0.361 0.261 0.157 0.059 0.015 0.002 77 K 0.143 0.303 0.287 0.185 0.065 0.017 0.001 78 L 0.136 0.198 0.206 0.244 0.165 0.048 0.002 79 E 0.144 0.252 0.255 0.226 0.101 0.021 0.001 80 E 0.407 0.301 0.152 0.092 0.038 0.009 0.001 81 K 0.193 0.346 0.293 0.131 0.032 0.005 0.001 82 K 0.364 0.343 0.163 0.085 0.035 0.010 0.001 83 Y 0.036 0.097 0.242 0.335 0.232 0.055 0.002 84 I 0.053 0.079 0.128 0.267 0.318 0.147 0.008 85 E 0.184 0.324 0.273 0.149 0.056 0.014 0.001 86 V 0.173 0.199 0.205 0.236 0.146 0.039 0.002 87 N 0.354 0.346 0.186 0.087 0.022 0.003 0.001 88 G 0.551 0.256 0.118 0.058 0.014 0.002 0.001 89 H 0.704 0.207 0.060 0.023 0.006 0.001 0.001 90 S 0.782 0.166 0.039 0.011 0.002 0.001 0.001 91 E 0.703 0.209 0.059 0.022 0.005 0.001 0.001 92 D 0.372 0.255 0.178 0.127 0.057 0.010 0.001 93 K 0.282 0.343 0.203 0.116 0.044 0.011 0.001 94 R 0.136 0.212 0.246 0.249 0.127 0.028 0.001 95 T 0.123 0.244 0.267 0.229 0.110 0.027 0.002 96 Y 0.062 0.174 0.209 0.252 0.218 0.079 0.005 97 A 0.035 0.142 0.278 0.319 0.181 0.044 0.002 98 I 0.014 0.031 0.059 0.207 0.383 0.288 0.020 99 N 0.034 0.220 0.369 0.254 0.100 0.022 0.001 100 L 0.005 0.016 0.066 0.295 0.447 0.167 0.004 101 T 0.110 0.376 0.302 0.158 0.047 0.006 0.001 102 E 0.649 0.266 0.067 0.015 0.003 0.001 0.001 103 M 0.464 0.387 0.114 0.029 0.005 0.001 0.001 104 G 0.099 0.193 0.248 0.282 0.154 0.023 0.001 105 Q 0.197 0.417 0.290 0.084 0.011 0.001 0.001 106 E 0.367 0.526 0.093 0.013 0.001 0.001 0.001 107 L 0.030 0.095 0.238 0.374 0.234 0.029 0.001 108 Y 0.027 0.099 0.208 0.374 0.250 0.041 0.001 109 E 0.335 0.497 0.131 0.032 0.005 0.001 0.001 110 V 0.194 0.374 0.303 0.111 0.017 0.002 0.001 111 A 0.026 0.054 0.092 0.233 0.385 0.201 0.010 112 S 0.083 0.215 0.295 0.269 0.115 0.022 0.001 113 D 0.383 0.415 0.142 0.046 0.011 0.002 0.001 114 F 0.054 0.157 0.283 0.318 0.156 0.030 0.002 115 A 0.021 0.062 0.115 0.238 0.334 0.210 0.019 116 I 0.160 0.318 0.256 0.172 0.074 0.019 0.002 117 E 0.189 0.431 0.252 0.096 0.026 0.006 0.001 118 R 0.016 0.054 0.123 0.297 0.366 0.136 0.009 119 E 0.017 0.060 0.133 0.261 0.338 0.179 0.013 120 K 0.238 0.408 0.230 0.096 0.024 0.004 0.001 121 Q 0.162 0.332 0.311 0.150 0.040 0.005 0.001 122 L 0.016 0.030 0.065 0.208 0.437 0.233 0.011 123 L 0.029 0.082 0.233 0.372 0.230 0.052 0.002 124 E 0.397 0.445 0.115 0.033 0.007 0.002 0.001 125 E 0.181 0.344 0.290 0.140 0.039 0.006 0.001 126 F 0.021 0.056 0.168 0.400 0.308 0.046 0.001 127 E 0.342 0.442 0.169 0.041 0.006 0.001 0.001 128 E 0.762 0.204 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 129 A 0.700 0.251 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 130 E 0.066 0.193 0.273 0.315 0.138 0.015 0.001 131 K 0.013 0.114 0.339 0.368 0.153 0.013 0.001 132 D 0.197 0.562 0.197 0.040 0.005 0.001 0.001 133 Q 0.015 0.137 0.360 0.357 0.113 0.017 0.001 134 L 0.001 0.003 0.010 0.064 0.381 0.511 0.030 135 F 0.002 0.048 0.248 0.440 0.228 0.033 0.001 136 I 0.028 0.315 0.396 0.213 0.043 0.005 0.001 137 L 0.004 0.010 0.025 0.119 0.404 0.416 0.022 138 L 0.002 0.006 0.015 0.085 0.360 0.500 0.032 139 K 0.046 0.368 0.412 0.149 0.022 0.002 0.001 140 K 0.065 0.175 0.366 0.321 0.067 0.005 0.001 141 L 0.014 0.027 0.035 0.133 0.412 0.365 0.015 142 R 0.106 0.221 0.347 0.245 0.074 0.007 0.001 143 N 0.523 0.389 0.076 0.011 0.001 0.001 0.001 144 K 0.202 0.260 0.275 0.204 0.054 0.005 0.001 145 V 0.223 0.206 0.247 0.228 0.086 0.009 0.001 146 D 0.675 0.249 0.059 0.014 0.002 0.001 0.001 147 Q 0.766 0.172 0.043 0.015 0.003 0.001 0.001 148 M 0.688 0.163 0.074 0.044 0.023 0.008 0.001