# TARGET T0617 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0617.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2045 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.002 0.010 0.026 0.018 0.027 0.913 2 N 0.012 0.018 0.057 0.109 0.053 0.152 0.599 3 A 0.018 0.021 0.105 0.146 0.109 0.197 0.405 4 M 0.018 0.009 0.182 0.124 0.085 0.089 0.493 5 Q 0.025 0.011 0.214 0.126 0.097 0.146 0.382 6 K 0.031 0.014 0.200 0.093 0.136 0.169 0.356 7 I 0.038 0.049 0.088 0.085 0.160 0.122 0.459 8 N 0.020 0.022 0.044 0.047 0.056 0.086 0.726 9 I 0.014 0.008 0.217 0.190 0.073 0.169 0.329 10 D 0.014 0.008 0.215 0.288 0.070 0.211 0.193 11 R 0.010 0.004 0.148 0.437 0.098 0.191 0.112 12 H 0.013 0.006 0.039 0.714 0.048 0.066 0.114 13 A 0.016 0.003 0.006 0.870 0.022 0.019 0.065 14 T 0.018 0.002 0.002 0.923 0.010 0.009 0.037 15 A 0.026 0.002 0.001 0.936 0.010 0.004 0.019 16 Q 0.013 0.001 0.001 0.970 0.004 0.003 0.008 17 I 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.002 18 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 19 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.002 21 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 22 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.013 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.020 0.003 25 M 0.001 0.001 0.005 0.959 0.002 0.029 0.004 26 L 0.001 0.001 0.011 0.905 0.004 0.074 0.007 27 K 0.001 0.001 0.012 0.872 0.007 0.088 0.019 28 S 0.001 0.004 0.020 0.787 0.019 0.102 0.067 29 S 0.003 0.002 0.026 0.604 0.053 0.133 0.179 30 T 0.003 0.001 0.028 0.784 0.044 0.063 0.078 31 A 0.003 0.001 0.038 0.767 0.032 0.081 0.078 32 Y 0.006 0.008 0.022 0.852 0.012 0.051 0.049 33 T 0.008 0.006 0.029 0.887 0.016 0.024 0.030 34 Q 0.003 0.001 0.045 0.879 0.006 0.057 0.009 35 K 0.004 0.001 0.071 0.729 0.020 0.161 0.014 36 F 0.005 0.005 0.058 0.288 0.038 0.578 0.029 37 G 0.008 0.006 0.014 0.033 0.070 0.772 0.097 38 I 0.040 0.027 0.003 0.014 0.085 0.015 0.817 39 G 0.066 0.058 0.004 0.024 0.042 0.006 0.800 40 M 0.003 0.002 0.053 0.897 0.007 0.027 0.012 41 T 0.003 0.001 0.084 0.853 0.006 0.042 0.011 42 E 0.001 0.001 0.018 0.975 0.001 0.003 0.002 43 W 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.002 44 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 45 I 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 46 I 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 47 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 48 V 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.010 0.001 49 L 0.003 0.001 0.006 0.939 0.001 0.047 0.003 50 S 0.009 0.002 0.031 0.778 0.017 0.118 0.044 51 S 0.016 0.007 0.040 0.518 0.067 0.246 0.107 52 A 0.008 0.005 0.031 0.067 0.458 0.106 0.325 53 S 0.004 0.003 0.042 0.043 0.247 0.545 0.117 54 D 0.011 0.004 0.016 0.012 0.277 0.483 0.198 55 C 0.071 0.064 0.001 0.011 0.314 0.004 0.535 56 S 0.151 0.037 0.001 0.038 0.024 0.003 0.746 57 V 0.007 0.001 0.005 0.976 0.001 0.002 0.008 58 Q 0.003 0.001 0.007 0.985 0.002 0.001 0.003 59 K 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 60 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 61 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 62 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 63 I 0.003 0.001 0.010 0.940 0.002 0.040 0.005 64 L 0.002 0.002 0.018 0.606 0.009 0.350 0.012 65 G 0.002 0.004 0.013 0.134 0.019 0.706 0.121 66 L 0.007 0.011 0.007 0.033 0.128 0.022 0.790 67 D 0.010 0.008 0.013 0.039 0.196 0.025 0.708 68 K 0.005 0.003 0.151 0.453 0.069 0.267 0.052 69 A 0.012 0.008 0.105 0.596 0.095 0.118 0.066 70 A 0.025 0.019 0.096 0.576 0.057 0.062 0.166 71 V 0.004 0.002 0.020 0.926 0.008 0.017 0.023 72 S 0.001 0.001 0.009 0.974 0.004 0.005 0.008 73 R 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.004 0.001 74 T 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.004 0.002 75 V 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.002 0.001 76 K 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.004 0.001 77 K 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.012 0.001 78 L 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.012 0.002 79 E 0.002 0.001 0.026 0.911 0.006 0.044 0.010 80 E 0.003 0.002 0.057 0.728 0.013 0.190 0.006 81 K 0.002 0.001 0.071 0.062 0.024 0.830 0.010 82 K 0.005 0.001 0.017 0.005 0.062 0.869 0.042 83 Y 0.130 0.009 0.017 0.005 0.179 0.106 0.553 84 I 0.714 0.023 0.004 0.003 0.023 0.008 0.224 85 E 0.930 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.056 86 V 0.938 0.019 0.001 0.001 0.007 0.001 0.036 87 N 0.664 0.010 0.001 0.001 0.027 0.010 0.288 88 G 0.182 0.010 0.001 0.001 0.165 0.046 0.595 89 H 0.049 0.018 0.001 0.001 0.130 0.011 0.790 90 S 0.014 0.003 0.097 0.045 0.172 0.587 0.082 91 E 0.013 0.006 0.128 0.042 0.071 0.692 0.049 92 D 0.089 0.033 0.188 0.031 0.201 0.157 0.302 93 K 0.146 0.012 0.049 0.028 0.261 0.230 0.274 94 R 0.717 0.016 0.013 0.005 0.064 0.053 0.133 95 T 0.876 0.013 0.002 0.001 0.015 0.004 0.089 96 Y 0.960 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.029 97 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 98 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 99 N 0.964 0.003 0.001 0.004 0.004 0.002 0.023 100 L 0.762 0.014 0.001 0.006 0.011 0.005 0.201 101 T 0.161 0.005 0.001 0.004 0.053 0.011 0.765 102 E 0.014 0.003 0.034 0.211 0.134 0.578 0.027 103 M 0.008 0.004 0.033 0.329 0.077 0.524 0.026 104 G 0.006 0.003 0.052 0.757 0.040 0.068 0.075 105 Q 0.003 0.002 0.014 0.932 0.011 0.019 0.018 106 E 0.005 0.004 0.029 0.923 0.007 0.018 0.014 107 L 0.003 0.001 0.027 0.942 0.003 0.014 0.010 108 Y 0.001 0.001 0.013 0.976 0.001 0.006 0.003 109 E 0.001 0.001 0.023 0.953 0.002 0.017 0.003 110 V 0.001 0.001 0.019 0.931 0.002 0.041 0.006 111 A 0.001 0.002 0.008 0.928 0.008 0.028 0.026 112 S 0.001 0.001 0.004 0.931 0.008 0.028 0.028 113 D 0.001 0.001 0.002 0.968 0.006 0.017 0.007 114 F 0.001 0.001 0.001 0.976 0.005 0.010 0.008 115 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.006 0.004 116 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 117 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 118 R 0.001 0.001 0.002 0.977 0.002 0.009 0.009 119 E 0.001 0.001 0.003 0.971 0.002 0.017 0.006 120 K 0.001 0.001 0.006 0.966 0.002 0.024 0.003 121 Q 0.001 0.001 0.016 0.941 0.002 0.036 0.005 122 L 0.001 0.002 0.036 0.866 0.008 0.069 0.019 123 L 0.001 0.003 0.159 0.674 0.021 0.113 0.028 124 E 0.001 0.001 0.174 0.337 0.015 0.469 0.004 125 E 0.001 0.001 0.059 0.144 0.040 0.720 0.036 126 F 0.001 0.014 0.001 0.013 0.366 0.010 0.594 127 E 0.001 0.007 0.001 0.003 0.025 0.001 0.965 128 E 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.004 0.001 129 A 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.003 0.001 130 E 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 131 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 132 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 133 Q 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 135 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 136 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 139 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 140 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 141 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.013 0.001 142 R 0.001 0.001 0.006 0.974 0.001 0.018 0.001 143 N 0.001 0.001 0.010 0.851 0.001 0.137 0.001 144 K 0.001 0.001 0.009 0.740 0.007 0.226 0.017 145 V 0.001 0.003 0.029 0.552 0.086 0.102 0.226 146 D 0.004 0.007 0.082 0.264 0.091 0.280 0.271 147 Q 0.008 0.005 0.070 0.214 0.104 0.285 0.314 148 M 0.004 0.002 0.010 0.036 0.043 0.019 0.886