# TARGET T0617 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0617.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2045 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.061 0.147 0.090 0.033 0.130 0.027 0.061 0.185 0.132 0.095 0.038 2 N 0.051 0.093 0.062 0.024 0.087 0.018 0.040 0.258 0.181 0.150 0.036 3 A 0.058 0.118 0.058 0.017 0.096 0.019 0.060 0.238 0.159 0.144 0.034 4 M 0.087 0.194 0.084 0.026 0.157 0.016 0.027 0.141 0.107 0.107 0.054 5 Q 0.041 0.157 0.094 0.026 0.111 0.037 0.085 0.263 0.128 0.040 0.019 6 K 0.147 0.076 0.026 0.003 0.169 0.007 0.039 0.144 0.126 0.195 0.069 7 I 0.076 0.437 0.106 0.008 0.256 0.007 0.009 0.028 0.018 0.026 0.029 8 N 0.277 0.165 0.050 0.003 0.392 0.001 0.004 0.016 0.006 0.015 0.072 9 I 0.061 0.055 0.015 0.006 0.056 0.007 0.009 0.225 0.369 0.147 0.049 10 D 0.020 0.055 0.023 0.019 0.044 0.029 0.083 0.514 0.163 0.039 0.010 11 R 0.017 0.031 0.009 0.004 0.028 0.006 0.025 0.446 0.233 0.181 0.019 12 H 0.044 0.050 0.026 0.005 0.057 0.007 0.029 0.476 0.128 0.149 0.030 13 A 0.023 0.030 0.011 0.003 0.031 0.003 0.005 0.710 0.119 0.052 0.012 14 T 0.003 0.013 0.005 0.003 0.008 0.004 0.006 0.896 0.050 0.009 0.002 15 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.965 0.020 0.002 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.013 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.002 0.001 18 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 19 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.013 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.028 0.003 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.048 0.002 0.001 22 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.938 0.047 0.003 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.917 0.050 0.016 0.001 24 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.846 0.108 0.028 0.002 25 M 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.009 0.797 0.159 0.016 0.002 26 L 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.038 0.824 0.111 0.010 0.001 27 K 0.004 0.011 0.005 0.002 0.008 0.007 0.089 0.715 0.097 0.055 0.005 28 S 0.039 0.062 0.017 0.004 0.047 0.005 0.026 0.331 0.138 0.296 0.035 29 S 0.031 0.195 0.066 0.005 0.085 0.004 0.008 0.406 0.121 0.064 0.015 30 T 0.004 0.013 0.003 0.001 0.012 0.002 0.009 0.773 0.172 0.010 0.002 31 A 0.006 0.009 0.004 0.002 0.009 0.003 0.016 0.828 0.075 0.043 0.005 32 Y 0.006 0.013 0.003 0.001 0.010 0.002 0.008 0.848 0.072 0.036 0.002 33 T 0.007 0.013 0.005 0.002 0.021 0.002 0.005 0.806 0.103 0.032 0.004 34 Q 0.006 0.022 0.023 0.003 0.007 0.004 0.045 0.712 0.163 0.012 0.003 35 K 0.006 0.012 0.009 0.004 0.010 0.010 0.193 0.649 0.081 0.023 0.003 36 F 0.003 0.764 0.159 0.008 0.046 0.001 0.004 0.005 0.003 0.006 0.002 37 G 0.054 0.007 0.012 0.011 0.008 0.012 0.004 0.007 0.011 0.442 0.432 38 I 0.095 0.403 0.064 0.014 0.272 0.006 0.010 0.039 0.029 0.039 0.028 39 G 0.005 0.363 0.450 0.038 0.023 0.009 0.005 0.049 0.022 0.034 0.003 40 M 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 0.765 0.212 0.003 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.086 0.003 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.837 0.148 0.013 0.001 43 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.041 0.001 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.021 0.001 0.001 45 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 46 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.028 0.001 0.001 47 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.035 0.001 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.936 0.052 0.002 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.800 0.130 0.015 0.001 50 S 0.003 0.028 0.004 0.002 0.007 0.011 0.103 0.629 0.156 0.054 0.003 51 S 0.027 0.050 0.018 0.004 0.033 0.015 0.152 0.295 0.123 0.234 0.050 52 A 0.081 0.167 0.092 0.038 0.161 0.026 0.053 0.108 0.079 0.125 0.070 53 S 0.013 0.220 0.198 0.100 0.063 0.060 0.099 0.141 0.064 0.029 0.014 54 D 0.047 0.016 0.015 0.010 0.022 0.012 0.015 0.052 0.051 0.530 0.230 55 C 0.014 0.641 0.136 0.004 0.172 0.001 0.003 0.012 0.003 0.008 0.007 56 S 0.007 0.755 0.180 0.001 0.039 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.143 0.003 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.024 0.006 0.001 60 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.002 0.001 61 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.916 0.074 0.005 0.001 62 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.799 0.147 0.014 0.001 63 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.078 0.709 0.175 0.026 0.001 64 L 0.013 0.628 0.125 0.009 0.115 0.004 0.011 0.038 0.028 0.023 0.006 65 G 0.089 0.009 0.005 0.006 0.018 0.007 0.013 0.031 0.036 0.475 0.311 66 L 0.124 0.269 0.108 0.012 0.273 0.008 0.014 0.034 0.027 0.058 0.073 67 D 0.030 0.132 0.082 0.061 0.100 0.075 0.144 0.244 0.079 0.034 0.020 68 K 0.027 0.074 0.048 0.012 0.048 0.008 0.020 0.362 0.313 0.072 0.016 69 A 0.011 0.032 0.025 0.009 0.031 0.024 0.032 0.551 0.224 0.046 0.016 70 A 0.016 0.042 0.015 0.004 0.031 0.004 0.021 0.600 0.147 0.102 0.017 71 V 0.012 0.017 0.006 0.003 0.018 0.003 0.009 0.593 0.215 0.113 0.010 72 S 0.001 0.023 0.010 0.002 0.004 0.002 0.004 0.851 0.091 0.012 0.001 73 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.040 0.001 0.001 74 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.032 0.004 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.068 0.002 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 77 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.002 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.039 0.003 0.001 79 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.854 0.133 0.005 0.001 80 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.087 0.818 0.078 0.008 0.001 81 K 0.002 0.734 0.171 0.007 0.040 0.003 0.012 0.017 0.004 0.009 0.001 82 K 0.073 0.022 0.016 0.014 0.018 0.005 0.009 0.022 0.021 0.481 0.320 83 Y 0.174 0.216 0.038 0.039 0.263 0.042 0.045 0.057 0.026 0.040 0.060 84 I 0.163 0.155 0.012 0.005 0.575 0.005 0.006 0.013 0.011 0.013 0.042 85 E 0.149 0.217 0.037 0.002 0.552 0.002 0.006 0.011 0.005 0.006 0.012 86 V 0.276 0.112 0.029 0.005 0.426 0.008 0.025 0.022 0.011 0.023 0.063 87 N 0.210 0.203 0.132 0.015 0.288 0.011 0.018 0.012 0.007 0.036 0.066 88 G 0.042 0.398 0.187 0.029 0.178 0.010 0.009 0.022 0.019 0.076 0.031 89 H 0.018 0.525 0.281 0.005 0.148 0.001 0.001 0.007 0.003 0.007 0.004 90 S 0.002 0.004 0.004 0.001 0.003 0.003 0.011 0.572 0.394 0.005 0.001 91 E 0.004 0.016 0.012 0.005 0.008 0.009 0.060 0.728 0.110 0.044 0.006 92 D 0.052 0.221 0.022 0.004 0.197 0.002 0.013 0.181 0.096 0.196 0.017 93 K 0.091 0.020 0.008 0.001 0.050 0.004 0.010 0.428 0.195 0.140 0.054 94 R 0.093 0.133 0.019 0.009 0.287 0.013 0.059 0.146 0.090 0.135 0.017 95 T 0.317 0.064 0.006 0.006 0.504 0.010 0.024 0.025 0.007 0.014 0.023 96 Y 0.154 0.102 0.006 0.008 0.684 0.010 0.011 0.010 0.002 0.003 0.011 97 A 0.263 0.035 0.002 0.001 0.674 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.013 98 I 0.174 0.130 0.005 0.001 0.644 0.004 0.002 0.005 0.001 0.003 0.031 99 N 0.367 0.065 0.005 0.001 0.399 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.148 100 L 0.142 0.265 0.034 0.007 0.299 0.005 0.007 0.015 0.017 0.119 0.090 101 T 0.004 0.499 0.450 0.007 0.030 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.750 0.235 0.005 0.001 103 M 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.911 0.069 0.004 0.001 104 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.816 0.119 0.057 0.001 105 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.052 0.004 0.001 106 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.923 0.054 0.011 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.882 0.078 0.030 0.001 108 Y 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.851 0.131 0.005 0.001 109 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.899 0.068 0.001 0.001 110 V 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.038 0.808 0.090 0.053 0.001 111 A 0.011 0.016 0.005 0.001 0.010 0.002 0.007 0.731 0.126 0.083 0.008 112 S 0.001 0.022 0.006 0.002 0.004 0.004 0.008 0.861 0.088 0.004 0.001 113 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.927 0.047 0.007 0.001 114 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.915 0.057 0.018 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.048 0.006 0.001 116 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.033 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.972 0.017 0.003 0.001 118 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.033 0.006 0.001 119 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.063 0.005 0.001 120 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.901 0.077 0.003 0.001 121 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.852 0.084 0.020 0.001 122 L 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.016 0.746 0.171 0.052 0.003 123 L 0.006 0.023 0.005 0.003 0.012 0.004 0.018 0.539 0.348 0.037 0.005 124 E 0.001 0.025 0.016 0.007 0.005 0.019 0.152 0.570 0.188 0.016 0.001 125 E 0.007 0.006 0.003 0.001 0.005 0.003 0.051 0.110 0.106 0.679 0.030 126 F 0.092 0.424 0.109 0.005 0.211 0.002 0.008 0.016 0.010 0.056 0.067 127 E 0.003 0.792 0.148 0.001 0.049 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 128 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.604 0.393 0.002 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.045 0.004 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.067 0.030 0.001 131 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 132 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.031 0.002 0.001 133 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.021 0.006 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.047 0.003 0.001 135 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 136 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.018 0.003 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.035 0.001 0.001 139 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.012 0.001 0.001 140 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.013 0.001 0.001 141 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.059 0.006 0.001 142 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.871 0.119 0.002 0.001 143 N 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.044 0.859 0.072 0.011 0.001 144 K 0.004 0.004 0.003 0.002 0.004 0.005 0.047 0.592 0.119 0.210 0.010 145 V 0.038 0.063 0.011 0.003 0.053 0.003 0.010 0.525 0.192 0.076 0.027 146 D 0.006 0.018 0.006 0.006 0.012 0.018 0.056 0.607 0.229 0.036 0.005 147 Q 0.021 0.036 0.022 0.006 0.043 0.005 0.043 0.489 0.197 0.122 0.015 148 M 0.041 0.083 0.029 0.006 0.082 0.012 0.045 0.432 0.161 0.086 0.022