# TARGET T0617 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0617.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2045 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.806 0.135 0.038 0.016 0.005 0.001 0.001 2 N 0.721 0.200 0.057 0.017 0.004 0.001 0.001 3 A 0.647 0.243 0.079 0.026 0.004 0.001 0.001 4 M 0.269 0.291 0.265 0.139 0.033 0.003 0.001 5 Q 0.684 0.227 0.068 0.018 0.003 0.001 0.001 6 K 0.570 0.287 0.104 0.033 0.006 0.001 0.001 7 I 0.098 0.142 0.249 0.318 0.166 0.028 0.001 8 N 0.379 0.385 0.149 0.062 0.019 0.005 0.001 9 I 0.086 0.124 0.213 0.307 0.206 0.060 0.004 10 D 0.227 0.278 0.220 0.158 0.081 0.032 0.005 11 R 0.184 0.258 0.228 0.190 0.103 0.034 0.003 12 H 0.105 0.153 0.197 0.218 0.200 0.111 0.017 13 A 0.059 0.065 0.085 0.150 0.239 0.303 0.099 14 T 0.031 0.072 0.110 0.196 0.241 0.264 0.086 15 A 0.034 0.089 0.168 0.234 0.222 0.185 0.067 16 Q 0.017 0.027 0.061 0.144 0.273 0.352 0.125 17 I 0.014 0.009 0.010 0.025 0.100 0.457 0.384 18 N 0.030 0.084 0.159 0.309 0.249 0.145 0.025 19 M 0.051 0.142 0.224 0.249 0.193 0.113 0.027 20 L 0.020 0.029 0.050 0.109 0.227 0.418 0.148 21 A 0.018 0.036 0.072 0.174 0.286 0.355 0.059 22 N 0.092 0.230 0.245 0.219 0.142 0.061 0.010 23 K 0.073 0.166 0.250 0.289 0.165 0.051 0.005 24 L 0.023 0.029 0.052 0.145 0.322 0.368 0.061 25 M 0.055 0.163 0.244 0.278 0.176 0.076 0.008 26 L 0.277 0.389 0.207 0.085 0.032 0.008 0.001 27 K 0.171 0.246 0.250 0.223 0.089 0.018 0.002 28 S 0.114 0.105 0.137 0.260 0.255 0.121 0.009 29 S 0.245 0.306 0.228 0.144 0.060 0.016 0.001 30 T 0.377 0.371 0.167 0.065 0.017 0.003 0.001 31 A 0.270 0.333 0.208 0.127 0.048 0.013 0.001 32 Y 0.097 0.177 0.229 0.277 0.169 0.049 0.002 33 T 0.120 0.170 0.249 0.271 0.160 0.029 0.001 34 Q 0.573 0.298 0.098 0.025 0.005 0.001 0.001 35 K 0.539 0.323 0.100 0.031 0.007 0.001 0.001 36 F 0.070 0.122 0.222 0.312 0.205 0.066 0.003 37 G 0.156 0.266 0.267 0.187 0.092 0.029 0.003 38 I 0.016 0.022 0.052 0.150 0.327 0.360 0.072 39 G 0.037 0.096 0.160 0.248 0.252 0.168 0.039 40 M 0.043 0.124 0.174 0.217 0.218 0.174 0.050 41 T 0.025 0.055 0.108 0.209 0.258 0.251 0.094 42 E 0.009 0.033 0.062 0.113 0.192 0.335 0.256 43 W 0.003 0.007 0.017 0.057 0.166 0.407 0.342 44 R 0.004 0.017 0.057 0.183 0.283 0.298 0.160 45 I 0.002 0.004 0.009 0.027 0.085 0.394 0.479 46 I 0.001 0.003 0.005 0.016 0.062 0.361 0.552 47 S 0.003 0.015 0.051 0.141 0.255 0.373 0.162 48 V 0.002 0.016 0.061 0.201 0.343 0.310 0.068 49 L 0.002 0.005 0.011 0.052 0.234 0.583 0.114 50 S 0.012 0.067 0.154 0.314 0.316 0.132 0.006 51 S 0.087 0.301 0.330 0.203 0.068 0.010 0.001 52 A 0.229 0.350 0.268 0.117 0.031 0.005 0.001 53 S 0.483 0.308 0.132 0.059 0.016 0.003 0.001 54 D 0.407 0.353 0.159 0.059 0.017 0.004 0.001 55 C 0.118 0.153 0.201 0.249 0.207 0.068 0.005 56 S 0.061 0.220 0.272 0.245 0.139 0.057 0.006 57 V 0.015 0.038 0.085 0.265 0.375 0.200 0.022 58 Q 0.141 0.353 0.307 0.148 0.042 0.009 0.001 59 K 0.081 0.340 0.360 0.168 0.043 0.007 0.001 60 I 0.012 0.014 0.040 0.176 0.409 0.326 0.023 61 S 0.024 0.075 0.192 0.357 0.275 0.073 0.004 62 D 0.207 0.481 0.213 0.076 0.018 0.005 0.001 63 I 0.058 0.153 0.274 0.310 0.156 0.045 0.003 64 L 0.022 0.028 0.059 0.150 0.337 0.345 0.058 65 G 0.174 0.272 0.242 0.178 0.089 0.039 0.006 66 L 0.161 0.183 0.193 0.201 0.163 0.084 0.014 67 D 0.190 0.196 0.200 0.188 0.136 0.073 0.018 68 K 0.291 0.290 0.189 0.139 0.063 0.024 0.004 69 A 0.273 0.182 0.154 0.154 0.133 0.086 0.018 70 A 0.134 0.149 0.174 0.212 0.181 0.122 0.028 71 V 0.052 0.047 0.063 0.131 0.215 0.354 0.138 72 S 0.071 0.111 0.149 0.235 0.236 0.158 0.040 73 R 0.127 0.231 0.238 0.202 0.120 0.066 0.017 74 T 0.076 0.116 0.193 0.246 0.224 0.130 0.014 75 V 0.068 0.045 0.071 0.174 0.348 0.269 0.024 76 K 0.241 0.355 0.236 0.123 0.037 0.007 0.001 77 K 0.200 0.413 0.246 0.110 0.026 0.005 0.001 78 L 0.043 0.067 0.128 0.343 0.316 0.100 0.003 79 E 0.193 0.284 0.260 0.183 0.067 0.012 0.001 80 E 0.658 0.259 0.063 0.016 0.003 0.001 0.001 81 K 0.606 0.244 0.116 0.029 0.005 0.001 0.001 82 K 0.540 0.353 0.086 0.018 0.003 0.001 0.001 83 Y 0.147 0.204 0.272 0.261 0.101 0.015 0.001 84 I 0.138 0.132 0.190 0.268 0.226 0.046 0.001 85 E 0.387 0.307 0.188 0.093 0.022 0.003 0.001 86 V 0.386 0.239 0.161 0.140 0.063 0.011 0.001 87 N 0.475 0.293 0.163 0.055 0.012 0.001 0.001 88 G 0.529 0.299 0.117 0.044 0.009 0.001 0.001 89 H 0.763 0.169 0.047 0.015 0.005 0.001 0.001 90 S 0.840 0.122 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 91 E 0.804 0.142 0.037 0.013 0.003 0.001 0.001 92 D 0.483 0.262 0.158 0.074 0.020 0.003 0.001 93 K 0.412 0.357 0.153 0.057 0.017 0.004 0.001 94 R 0.157 0.184 0.233 0.253 0.142 0.029 0.002 95 T 0.125 0.232 0.271 0.230 0.114 0.025 0.002 96 Y 0.104 0.216 0.242 0.242 0.136 0.054 0.006 97 A 0.058 0.181 0.249 0.276 0.169 0.060 0.006 98 I 0.040 0.050 0.076 0.171 0.293 0.314 0.055 99 N 0.037 0.145 0.270 0.327 0.157 0.056 0.007 100 L 0.026 0.035 0.058 0.157 0.324 0.356 0.044 101 T 0.088 0.220 0.297 0.270 0.100 0.022 0.002 102 E 0.346 0.445 0.141 0.047 0.015 0.005 0.001 103 M 0.104 0.173 0.253 0.278 0.147 0.041 0.004 104 G 0.049 0.073 0.129 0.255 0.326 0.157 0.010 105 Q 0.279 0.395 0.219 0.083 0.020 0.003 0.001 106 E 0.204 0.436 0.252 0.088 0.018 0.003 0.001 107 L 0.024 0.044 0.091 0.235 0.398 0.197 0.011 108 Y 0.026 0.095 0.226 0.406 0.209 0.036 0.001 109 E 0.328 0.501 0.138 0.028 0.005 0.001 0.001 110 V 0.081 0.174 0.330 0.311 0.093 0.010 0.001 111 A 0.048 0.036 0.059 0.205 0.392 0.252 0.008 112 S 0.122 0.262 0.322 0.220 0.066 0.008 0.001 113 D 0.410 0.414 0.129 0.037 0.008 0.002 0.001 114 F 0.059 0.138 0.237 0.307 0.192 0.064 0.004 115 A 0.088 0.119 0.169 0.252 0.239 0.123 0.011 116 I 0.308 0.337 0.197 0.100 0.043 0.013 0.001 117 E 0.325 0.390 0.192 0.068 0.020 0.004 0.001 118 R 0.037 0.108 0.182 0.318 0.260 0.091 0.004 119 E 0.034 0.089 0.168 0.315 0.292 0.098 0.005 120 K 0.282 0.417 0.219 0.068 0.013 0.001 0.001 121 Q 0.227 0.434 0.253 0.076 0.009 0.001 0.001 122 L 0.009 0.018 0.062 0.310 0.453 0.146 0.002 123 L 0.016 0.072 0.239 0.391 0.250 0.032 0.001 124 E 0.552 0.361 0.074 0.011 0.001 0.001 0.001 125 E 0.281 0.461 0.204 0.049 0.005 0.001 0.001 126 F 0.010 0.057 0.224 0.427 0.256 0.026 0.001 127 E 0.355 0.452 0.150 0.034 0.007 0.001 0.001 128 E 0.882 0.105 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.551 0.320 0.092 0.030 0.006 0.001 0.001 130 E 0.071 0.184 0.279 0.354 0.104 0.007 0.001 131 K 0.054 0.251 0.381 0.246 0.063 0.005 0.001 132 D 0.558 0.355 0.070 0.014 0.002 0.001 0.001 133 Q 0.026 0.133 0.353 0.341 0.127 0.020 0.001 134 L 0.006 0.008 0.021 0.120 0.447 0.384 0.014 135 F 0.015 0.143 0.374 0.365 0.090 0.013 0.001 136 I 0.050 0.372 0.352 0.169 0.048 0.009 0.001 137 L 0.003 0.010 0.040 0.147 0.449 0.338 0.014 138 L 0.005 0.012 0.041 0.216 0.442 0.273 0.012 139 K 0.085 0.453 0.320 0.116 0.024 0.003 0.001 140 K 0.031 0.156 0.365 0.362 0.082 0.005 0.001 141 L 0.009 0.009 0.022 0.138 0.463 0.348 0.011 142 R 0.061 0.203 0.344 0.300 0.086 0.006 0.001 143 N 0.539 0.401 0.052 0.007 0.001 0.001 0.001 144 K 0.223 0.325 0.287 0.142 0.021 0.002 0.001 145 V 0.284 0.156 0.170 0.248 0.125 0.018 0.001 146 D 0.749 0.196 0.043 0.010 0.002 0.001 0.001 147 Q 0.849 0.122 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 148 M 0.646 0.199 0.107 0.039 0.008 0.001 0.001