# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 84.893 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.006 0.001 0.018 0.021 0.015 0.117 0.003 0.001 0.057 0.648 2 A 0.012 0.006 0.001 0.016 0.014 0.018 0.145 0.001 0.001 0.027 0.758 3 T 0.013 0.017 0.001 0.014 0.005 0.008 0.090 0.001 0.001 0.032 0.819 4 Y 0.020 0.131 0.002 0.024 0.009 0.009 0.116 0.005 0.001 0.056 0.627 5 P 0.047 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.009 0.074 6 S 0.033 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.021 7 A 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 0.024 8 K 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 9 F 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.004 10 M 0.006 0.929 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.045 0.011 11 E 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.007 12 C 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.006 13 L 0.005 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 14 Q 0.006 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.013 15 Y 0.013 0.914 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.027 0.025 16 A 0.063 0.719 0.045 0.002 0.002 0.002 0.009 0.023 0.010 0.090 0.034 17 A 0.187 0.527 0.010 0.002 0.001 0.002 0.017 0.017 0.007 0.043 0.188 18 F 0.095 0.309 0.021 0.005 0.003 0.003 0.049 0.010 0.005 0.094 0.405 19 K 0.028 0.219 0.034 0.005 0.004 0.008 0.069 0.010 0.009 0.070 0.543 20 H 0.335 0.321 0.008 0.004 0.002 0.004 0.039 0.015 0.004 0.029 0.239 21 R 0.124 0.141 0.007 0.007 0.005 0.007 0.063 0.016 0.006 0.030 0.595 22 Q 0.108 0.048 0.010 0.015 0.009 0.023 0.081 0.010 0.005 0.053 0.638 23 Q 0.079 0.011 0.005 0.031 0.026 0.052 0.100 0.004 0.002 0.080 0.610 24 R 0.038 0.003 0.001 0.035 0.018 0.022 0.102 0.001 0.001 0.035 0.744 25 R 0.015 0.002 0.001 0.034 0.034 0.042 0.142 0.001 0.001 0.034 0.695 26 K 0.018 0.002 0.002 0.018 0.009 0.015 0.099 0.001 0.001 0.025 0.810 27 D 0.416 0.004 0.002 0.015 0.016 0.013 0.065 0.004 0.001 0.047 0.416 28 P 0.175 0.003 0.001 0.008 0.007 0.008 0.108 0.002 0.001 0.027 0.662 29 Q 0.006 0.002 0.001 0.015 0.010 0.025 0.131 0.001 0.001 0.018 0.792 30 E 0.012 0.006 0.001 0.020 0.010 0.023 0.094 0.001 0.001 0.022 0.812 31 T 0.039 0.009 0.001 0.034 0.093 0.086 0.116 0.002 0.001 0.114 0.507 32 P 0.009 0.015 0.001 0.090 0.070 0.112 0.105 0.002 0.001 0.096 0.500 33 Y 0.031 0.021 0.001 0.117 0.071 0.126 0.079 0.002 0.001 0.140 0.412 34 V 0.006 0.041 0.001 0.159 0.114 0.150 0.089 0.001 0.001 0.049 0.390 35 N 0.010 0.200 0.001 0.091 0.036 0.066 0.049 0.002 0.001 0.198 0.347 36 H 0.013 0.683 0.001 0.019 0.019 0.021 0.027 0.002 0.001 0.109 0.109 37 V 0.003 0.831 0.001 0.003 0.003 0.006 0.010 0.002 0.001 0.109 0.033 38 I 0.002 0.114 0.001 0.003 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.861 0.009 39 N 0.003 0.788 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.188 0.007 40 V 0.004 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.051 0.008 41 S 0.011 0.606 0.018 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.347 0.007 42 T 0.007 0.854 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.098 0.027 43 I 0.013 0.900 0.010 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.035 0.025 44 L 0.106 0.597 0.079 0.002 0.001 0.002 0.024 0.045 0.033 0.072 0.039 45 S 0.256 0.283 0.025 0.002 0.002 0.006 0.047 0.011 0.015 0.052 0.300 46 V 0.138 0.131 0.006 0.004 0.002 0.006 0.060 0.007 0.002 0.033 0.611 47 E 0.074 0.046 0.009 0.009 0.009 0.014 0.193 0.004 0.003 0.121 0.519 48 A 0.032 0.037 0.004 0.014 0.009 0.016 0.150 0.004 0.003 0.051 0.680 49 C 0.079 0.031 0.004 0.017 0.012 0.017 0.113 0.004 0.002 0.067 0.655 50 I 0.018 0.023 0.004 0.024 0.025 0.030 0.136 0.002 0.001 0.055 0.682 51 T 0.076 0.224 0.001 0.011 0.008 0.012 0.061 0.003 0.001 0.038 0.564 52 D 0.086 0.723 0.001 0.003 0.002 0.003 0.017 0.003 0.001 0.017 0.145 53 E 0.004 0.825 0.001 0.002 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.026 0.120 54 G 0.002 0.900 0.001 0.002 0.005 0.009 0.004 0.001 0.001 0.053 0.023 55 V 0.003 0.956 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 56 L 0.004 0.956 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 57 M 0.009 0.884 0.003 0.002 0.006 0.017 0.003 0.002 0.001 0.059 0.015 58 A 0.025 0.596 0.010 0.009 0.021 0.032 0.009 0.003 0.001 0.245 0.047 59 A 0.040 0.492 0.018 0.019 0.030 0.031 0.023 0.007 0.002 0.253 0.084 60 L 0.046 0.550 0.017 0.008 0.019 0.020 0.032 0.013 0.005 0.173 0.119 61 L 0.072 0.627 0.010 0.005 0.010 0.013 0.028 0.010 0.002 0.064 0.159 62 H 0.044 0.356 0.007 0.006 0.010 0.022 0.056 0.006 0.003 0.181 0.309 63 D 0.071 0.301 0.013 0.021 0.013 0.030 0.080 0.021 0.007 0.148 0.295 64 V 0.130 0.066 0.032 0.028 0.024 0.038 0.080 0.018 0.012 0.312 0.259 65 V 0.053 0.018 0.017 0.058 0.044 0.048 0.102 0.004 0.003 0.141 0.511 66 E 0.055 0.032 0.004 0.047 0.022 0.035 0.100 0.003 0.001 0.057 0.645 67 D 0.123 0.024 0.004 0.023 0.007 0.009 0.111 0.007 0.001 0.143 0.548 68 T 0.069 0.081 0.001 0.027 0.009 0.011 0.146 0.006 0.001 0.047 0.602 69 D 0.020 0.050 0.001 0.022 0.007 0.008 0.089 0.002 0.001 0.063 0.738 70 A 0.003 0.064 0.002 0.048 0.023 0.026 0.134 0.003 0.001 0.130 0.567 71 S 0.034 0.837 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 0.012 0.001 0.035 0.065 72 F 0.030 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.031 0.017 73 E 0.003 0.896 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.050 0.035 74 D 0.035 0.896 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.005 0.017 0.024 75 V 0.235 0.459 0.053 0.001 0.001 0.001 0.011 0.096 0.061 0.038 0.044 76 E 0.429 0.067 0.097 0.001 0.002 0.003 0.023 0.039 0.092 0.049 0.198 77 K 0.180 0.011 0.005 0.001 0.001 0.002 0.046 0.002 0.002 0.023 0.728 78 L 0.007 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.015 0.864 79 F 0.009 0.092 0.001 0.002 0.001 0.001 0.096 0.002 0.001 0.010 0.786 80 G 0.098 0.461 0.001 0.003 0.001 0.002 0.046 0.008 0.001 0.021 0.360 81 P 0.025 0.314 0.002 0.016 0.003 0.005 0.066 0.004 0.001 0.093 0.470 82 D 0.033 0.681 0.004 0.033 0.006 0.017 0.017 0.004 0.001 0.086 0.120 83 V 0.036 0.827 0.001 0.019 0.002 0.006 0.011 0.004 0.001 0.025 0.068 84 C 0.019 0.605 0.004 0.077 0.013 0.024 0.019 0.002 0.001 0.101 0.134 85 G 0.018 0.537 0.007 0.088 0.026 0.100 0.020 0.003 0.001 0.102 0.098 86 L 0.059 0.377 0.010 0.047 0.058 0.098 0.038 0.014 0.002 0.114 0.182 87 V 0.141 0.112 0.016 0.068 0.127 0.076 0.043 0.009 0.002 0.284 0.121 88 R 0.023 0.108 0.006 0.045 0.113 0.171 0.070 0.002 0.001 0.123 0.338 89 E 0.053 0.143 0.004 0.046 0.036 0.093 0.084 0.010 0.001 0.057 0.473 90 V 0.066 0.037 0.009 0.035 0.074 0.076 0.136 0.011 0.005 0.101 0.449 91 T 0.046 0.030 0.012 0.038 0.082 0.078 0.089 0.004 0.003 0.111 0.508 92 D 0.123 0.114 0.003 0.028 0.016 0.016 0.057 0.010 0.001 0.032 0.600 93 D 0.322 0.134 0.003 0.008 0.006 0.004 0.065 0.015 0.001 0.049 0.393 94 K 0.023 0.191 0.002 0.007 0.005 0.009 0.095 0.006 0.001 0.040 0.621 95 S 0.016 0.429 0.002 0.004 0.003 0.007 0.045 0.004 0.001 0.074 0.417 96 L 0.024 0.790 0.001 0.002 0.002 0.002 0.021 0.007 0.001 0.041 0.108 97 E 0.012 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.013 0.027 98 K 0.027 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.002 0.026 0.024 99 Q 0.036 0.904 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.019 0.022 100 E 0.023 0.936 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.020 101 R 0.026 0.890 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.030 0.036 102 K 0.012 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.014 0.034 103 R 0.011 0.867 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.051 0.054 104 L 0.013 0.512 0.018 0.003 0.004 0.004 0.018 0.004 0.002 0.360 0.062 105 Q 0.022 0.854 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 0.006 0.002 0.055 0.044 106 I 0.028 0.891 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.019 0.041 107 E 0.048 0.760 0.009 0.002 0.002 0.003 0.014 0.007 0.003 0.042 0.111 108 N 0.056 0.322 0.016 0.004 0.003 0.007 0.052 0.004 0.006 0.204 0.326 109 A 0.063 0.084 0.064 0.014 0.007 0.008 0.084 0.009 0.016 0.279 0.371 110 A 0.264 0.050 0.023 0.009 0.007 0.007 0.109 0.008 0.008 0.108 0.406 111 K 0.086 0.028 0.004 0.003 0.002 0.004 0.075 0.003 0.001 0.024 0.770 112 S 0.021 0.031 0.002 0.008 0.001 0.005 0.083 0.001 0.001 0.014 0.833 113 S 0.019 0.036 0.003 0.016 0.004 0.015 0.115 0.001 0.001 0.043 0.745 114 C 0.020 0.049 0.002 0.102 0.041 0.051 0.122 0.002 0.001 0.075 0.535 115 R 0.008 0.063 0.002 0.435 0.058 0.152 0.042 0.002 0.001 0.066 0.172 116 A 0.007 0.073 0.001 0.394 0.043 0.099 0.043 0.001 0.001 0.055 0.284 117 K 0.001 0.028 0.001 0.816 0.049 0.063 0.006 0.001 0.001 0.012 0.024 118 L 0.005 0.246 0.001 0.357 0.071 0.156 0.014 0.003 0.001 0.025 0.121 119 I 0.011 0.127 0.003 0.278 0.237 0.100 0.027 0.003 0.001 0.144 0.070 120 K 0.031 0.521 0.008 0.067 0.098 0.106 0.015 0.007 0.002 0.065 0.080 121 L 0.142 0.689 0.002 0.011 0.009 0.017 0.017 0.018 0.001 0.027 0.067 122 A 0.107 0.273 0.052 0.018 0.011 0.027 0.059 0.092 0.041 0.103 0.217 123 D 0.325 0.146 0.053 0.014 0.015 0.037 0.047 0.025 0.015 0.113 0.209 124 K 0.235 0.131 0.008 0.014 0.009 0.014 0.051 0.026 0.005 0.043 0.462 125 L 0.106 0.083 0.016 0.013 0.010 0.012 0.122 0.014 0.004 0.089 0.531 126 D 0.030 0.083 0.011 0.017 0.015 0.028 0.136 0.008 0.004 0.062 0.606 127 N 0.108 0.148 0.006 0.025 0.007 0.014 0.101 0.016 0.003 0.065 0.510 128 L 0.130 0.085 0.008 0.019 0.017 0.020 0.131 0.014 0.005 0.098 0.472 129 R 0.092 0.097 0.009 0.042 0.032 0.052 0.121 0.011 0.003 0.071 0.471 130 D 0.106 0.036 0.007 0.051 0.014 0.042 0.102 0.011 0.004 0.096 0.530 131 L 0.076 0.012 0.003 0.091 0.038 0.045 0.139 0.005 0.002 0.072 0.518 132 Q 0.048 0.009 0.002 0.049 0.040 0.069 0.109 0.003 0.001 0.049 0.620 133 V 0.006 0.002 0.001 0.025 0.030 0.042 0.160 0.001 0.001 0.047 0.687 134 N 0.013 0.007 0.001 0.041 0.027 0.032 0.143 0.001 0.001 0.045 0.690 135 T 0.139 0.036 0.001 0.014 0.012 0.013 0.111 0.009 0.001 0.038 0.626 136 P 0.088 0.038 0.002 0.010 0.005 0.006 0.119 0.007 0.001 0.125 0.599 137 T 0.031 0.210 0.003 0.010 0.007 0.009 0.081 0.003 0.001 0.046 0.600 138 G 0.046 0.550 0.001 0.006 0.003 0.007 0.037 0.004 0.001 0.041 0.304 139 W 0.022 0.726 0.001 0.004 0.003 0.006 0.029 0.007 0.001 0.045 0.158 140 T 0.011 0.907 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.002 0.001 0.018 0.048 141 Q 0.018 0.836 0.002 0.002 0.004 0.005 0.007 0.002 0.001 0.071 0.052 142 E 0.015 0.851 0.002 0.002 0.004 0.008 0.012 0.002 0.001 0.056 0.046 143 R 0.027 0.822 0.004 0.002 0.002 0.005 0.009 0.006 0.002 0.070 0.052 144 R 0.023 0.890 0.006 0.002 0.003 0.004 0.006 0.006 0.001 0.024 0.034 145 D 0.031 0.808 0.003 0.001 0.003 0.006 0.010 0.002 0.001 0.057 0.079 146 Q 0.012 0.859 0.004 0.002 0.004 0.006 0.010 0.002 0.001 0.033 0.067 147 Y 0.011 0.901 0.006 0.001 0.002 0.004 0.007 0.004 0.001 0.027 0.038 148 F 0.043 0.878 0.005 0.005 0.004 0.004 0.006 0.008 0.001 0.013 0.033 149 V 0.096 0.627 0.005 0.006 0.005 0.010 0.017 0.005 0.002 0.063 0.163 150 W 0.015 0.573 0.004 0.035 0.011 0.019 0.037 0.002 0.001 0.057 0.245 151 A 0.010 0.908 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.004 0.062 152 K 0.084 0.552 0.006 0.005 0.007 0.005 0.020 0.006 0.001 0.261 0.054 153 K 0.027 0.599 0.015 0.005 0.004 0.007 0.032 0.006 0.007 0.101 0.197 154 V 0.203 0.563 0.007 0.010 0.004 0.008 0.024 0.018 0.003 0.065 0.096 155 V 0.116 0.182 0.069 0.016 0.004 0.008 0.051 0.073 0.059 0.114 0.307 156 D 0.280 0.126 0.010 0.007 0.009 0.013 0.051 0.007 0.003 0.042 0.452 157 N 0.044 0.044 0.004 0.008 0.004 0.008 0.054 0.003 0.001 0.068 0.763 158 L 0.017 0.038 0.005 0.022 0.008 0.008 0.185 0.003 0.001 0.092 0.621 159 R 0.067 0.173 0.004 0.025 0.009 0.016 0.124 0.011 0.002 0.056 0.514 160 G 0.036 0.078 0.003 0.020 0.005 0.006 0.098 0.004 0.001 0.103 0.646 161 T 0.025 0.387 0.003 0.050 0.013 0.018 0.067 0.002 0.001 0.048 0.386 162 N 0.025 0.713 0.001 0.014 0.002 0.008 0.023 0.004 0.001 0.024 0.186 163 A 0.030 0.774 0.002 0.012 0.003 0.006 0.024 0.008 0.001 0.018 0.123 164 N 0.029 0.769 0.003 0.005 0.006 0.012 0.015 0.003 0.001 0.065 0.091 165 L 0.025 0.797 0.002 0.007 0.005 0.008 0.013 0.002 0.001 0.044 0.095 166 E 0.031 0.811 0.004 0.006 0.005 0.008 0.016 0.006 0.001 0.050 0.061 167 L 0.054 0.567 0.031 0.009 0.008 0.016 0.029 0.030 0.012 0.108 0.136 168 K 0.140 0.680 0.006 0.005 0.005 0.008 0.012 0.012 0.002 0.024 0.106 169 L 0.045 0.742 0.003 0.002 0.004 0.006 0.013 0.007 0.001 0.019 0.159 170 D 0.029 0.605 0.011 0.003 0.008 0.013 0.035 0.007 0.003 0.071 0.215 171 E 0.086 0.596 0.019 0.009 0.010 0.021 0.029 0.014 0.007 0.084 0.124 172 I 0.134 0.295 0.014 0.018 0.015 0.021 0.049 0.033 0.010 0.082 0.327 173 F 0.237 0.082 0.019 0.026 0.033 0.038 0.059 0.016 0.009 0.117 0.363 174 R 0.033 0.021 0.008 0.017 0.038 0.064 0.091 0.002 0.002 0.064 0.659 175 Q 0.031 0.016 0.004 0.027 0.019 0.029 0.091 0.003 0.001 0.040 0.738 176 R 0.236 0.011 0.007 0.015 0.022 0.022 0.112 0.007 0.003 0.055 0.510 177 G 0.052 0.005 0.001 0.012 0.015 0.018 0.114 0.002 0.001 0.019 0.763 178 L 0.030 0.004 0.001 0.009 0.007 0.012 0.070 0.001 0.001 0.012 0.853 179 L 0.022 0.005 0.001 0.021 0.020 0.028 0.136 0.001 0.001 0.022 0.744