# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 84.893 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.003 0.008 0.017 0.021 0.154 0.023 0.731 2 A 0.007 0.003 0.012 0.012 0.021 0.123 0.011 0.810 3 T 0.052 0.040 0.010 0.011 0.015 0.121 0.066 0.684 4 Y 0.035 0.167 0.011 0.009 0.009 0.135 0.063 0.570 5 P 0.045 0.853 0.001 0.001 0.001 0.011 0.032 0.058 6 S 0.029 0.923 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.023 7 A 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.020 8 K 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 9 F 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 10 M 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 11 E 0.004 0.948 0.002 0.001 0.001 0.002 0.032 0.011 12 C 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 13 L 0.003 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 14 Q 0.007 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.014 15 Y 0.018 0.906 0.005 0.001 0.002 0.005 0.033 0.030 16 A 0.033 0.771 0.022 0.003 0.003 0.013 0.111 0.044 17 A 0.077 0.660 0.020 0.004 0.005 0.029 0.071 0.134 18 F 0.132 0.281 0.041 0.009 0.012 0.052 0.096 0.377 19 K 0.178 0.126 0.037 0.012 0.018 0.083 0.063 0.483 20 H 0.199 0.070 0.010 0.008 0.014 0.079 0.048 0.572 21 R 0.035 0.038 0.012 0.007 0.013 0.093 0.026 0.776 22 Q 0.059 0.025 0.022 0.017 0.036 0.101 0.041 0.699 23 Q 0.114 0.012 0.028 0.040 0.062 0.098 0.037 0.610 24 R 0.080 0.005 0.035 0.038 0.056 0.085 0.031 0.669 25 R 0.019 0.003 0.019 0.019 0.045 0.096 0.034 0.765 26 K 0.017 0.002 0.022 0.008 0.013 0.103 0.015 0.820 27 D 0.471 0.007 0.011 0.014 0.011 0.051 0.077 0.358 28 P 0.083 0.003 0.008 0.006 0.010 0.091 0.027 0.772 29 Q 0.010 0.003 0.013 0.010 0.016 0.142 0.014 0.792 30 E 0.025 0.014 0.035 0.026 0.054 0.126 0.074 0.647 31 T 0.037 0.022 0.051 0.060 0.061 0.156 0.161 0.452 32 P 0.024 0.028 0.129 0.087 0.141 0.082 0.100 0.409 33 Y 0.027 0.036 0.133 0.077 0.117 0.077 0.124 0.409 34 V 0.028 0.048 0.180 0.081 0.126 0.088 0.081 0.368 35 N 0.019 0.082 0.104 0.058 0.073 0.102 0.115 0.447 36 H 0.025 0.525 0.022 0.018 0.020 0.033 0.245 0.113 37 V 0.014 0.764 0.007 0.004 0.007 0.023 0.091 0.089 38 I 0.013 0.309 0.011 0.006 0.007 0.020 0.581 0.053 39 N 0.005 0.812 0.005 0.003 0.005 0.006 0.149 0.016 40 V 0.002 0.963 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.011 41 S 0.005 0.400 0.019 0.005 0.005 0.004 0.548 0.014 42 T 0.008 0.770 0.011 0.005 0.006 0.007 0.174 0.021 43 I 0.006 0.926 0.011 0.005 0.006 0.004 0.017 0.025 44 L 0.019 0.809 0.039 0.012 0.012 0.012 0.037 0.059 45 S 0.148 0.452 0.021 0.011 0.014 0.034 0.144 0.177 46 V 0.141 0.331 0.013 0.007 0.010 0.042 0.160 0.296 47 E 0.056 0.087 0.026 0.010 0.012 0.135 0.316 0.358 48 A 0.038 0.096 0.049 0.011 0.020 0.103 0.166 0.517 49 C 0.111 0.079 0.034 0.016 0.019 0.085 0.086 0.570 50 I 0.044 0.095 0.040 0.037 0.042 0.121 0.067 0.553 51 T 0.013 0.231 0.011 0.005 0.013 0.103 0.041 0.583 52 D 0.044 0.831 0.002 0.002 0.002 0.013 0.059 0.047 53 E 0.006 0.902 0.003 0.003 0.005 0.012 0.026 0.043 54 G 0.003 0.870 0.006 0.005 0.018 0.007 0.055 0.035 55 V 0.005 0.856 0.009 0.008 0.021 0.005 0.072 0.024 56 L 0.005 0.861 0.019 0.016 0.021 0.003 0.058 0.016 57 M 0.015 0.773 0.024 0.024 0.026 0.006 0.092 0.039 58 A 0.030 0.708 0.045 0.025 0.041 0.011 0.070 0.069 59 A 0.039 0.559 0.058 0.063 0.068 0.032 0.057 0.124 60 L 0.059 0.426 0.045 0.027 0.035 0.051 0.123 0.234 61 L 0.082 0.332 0.035 0.013 0.022 0.058 0.228 0.230 62 H 0.052 0.213 0.046 0.014 0.019 0.112 0.204 0.340 63 D 0.057 0.195 0.106 0.030 0.036 0.092 0.160 0.324 64 V 0.132 0.055 0.128 0.016 0.026 0.088 0.223 0.332 65 V 0.153 0.027 0.111 0.026 0.033 0.108 0.132 0.411 66 E 0.052 0.018 0.040 0.009 0.021 0.139 0.030 0.691 67 D 0.113 0.018 0.038 0.011 0.018 0.116 0.161 0.525 68 T 0.062 0.034 0.041 0.017 0.018 0.156 0.059 0.613 69 D 0.036 0.049 0.020 0.010 0.018 0.145 0.034 0.689 70 A 0.005 0.065 0.027 0.015 0.017 0.142 0.081 0.648 71 S 0.020 0.928 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.021 72 F 0.022 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.010 73 E 0.013 0.925 0.003 0.001 0.001 0.006 0.029 0.022 74 D 0.020 0.936 0.003 0.001 0.001 0.004 0.024 0.012 75 V 0.166 0.510 0.059 0.003 0.003 0.015 0.201 0.042 76 E 0.426 0.117 0.049 0.006 0.007 0.051 0.128 0.217 77 K 0.285 0.021 0.005 0.001 0.002 0.043 0.012 0.631 78 L 0.011 0.010 0.008 0.002 0.002 0.141 0.018 0.807 79 F 0.004 0.029 0.003 0.001 0.001 0.195 0.011 0.755 80 G 0.129 0.515 0.002 0.001 0.002 0.027 0.093 0.230 81 P 0.057 0.555 0.007 0.003 0.004 0.051 0.057 0.266 82 D 0.039 0.717 0.020 0.005 0.009 0.031 0.057 0.122 83 V 0.029 0.759 0.021 0.003 0.010 0.021 0.070 0.088 84 C 0.023 0.738 0.044 0.007 0.019 0.022 0.050 0.096 85 G 0.027 0.664 0.042 0.027 0.039 0.021 0.061 0.118 86 L 0.071 0.470 0.058 0.026 0.045 0.031 0.127 0.171 87 V 0.148 0.109 0.052 0.031 0.038 0.058 0.372 0.193 88 R 0.043 0.078 0.039 0.030 0.038 0.118 0.164 0.489 89 E 0.019 0.115 0.038 0.034 0.053 0.102 0.055 0.584 90 V 0.030 0.077 0.045 0.034 0.038 0.108 0.074 0.595 91 T 0.196 0.100 0.035 0.018 0.018 0.079 0.210 0.343 92 D 0.252 0.141 0.010 0.003 0.006 0.051 0.087 0.449 93 D 0.220 0.124 0.009 0.002 0.003 0.065 0.063 0.515 94 K 0.026 0.137 0.013 0.004 0.007 0.091 0.032 0.690 95 S 0.030 0.552 0.004 0.003 0.004 0.036 0.032 0.340 96 L 0.041 0.758 0.004 0.004 0.003 0.023 0.040 0.128 97 E 0.015 0.902 0.002 0.001 0.001 0.008 0.019 0.050 98 K 0.019 0.905 0.002 0.001 0.002 0.007 0.025 0.040 99 Q 0.016 0.855 0.008 0.001 0.002 0.007 0.071 0.040 100 E 0.009 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.022 101 R 0.015 0.905 0.003 0.001 0.001 0.005 0.024 0.047 102 K 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.020 103 R 0.007 0.924 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.019 104 L 0.008 0.376 0.014 0.001 0.001 0.005 0.576 0.017 105 Q 0.009 0.939 0.004 0.001 0.001 0.005 0.017 0.022 106 I 0.018 0.923 0.008 0.001 0.002 0.004 0.012 0.032 107 E 0.044 0.803 0.018 0.004 0.006 0.013 0.056 0.057 108 N 0.109 0.257 0.025 0.009 0.015 0.068 0.267 0.249 109 A 0.095 0.057 0.075 0.011 0.013 0.075 0.356 0.318 110 A 0.293 0.017 0.024 0.014 0.016 0.114 0.076 0.446 111 K 0.072 0.004 0.004 0.002 0.005 0.068 0.022 0.824 112 S 0.017 0.005 0.010 0.004 0.008 0.170 0.016 0.772 113 S 0.032 0.016 0.020 0.009 0.025 0.183 0.058 0.657 114 C 0.007 0.015 0.047 0.038 0.051 0.169 0.052 0.621 115 R 0.004 0.023 0.263 0.071 0.242 0.047 0.141 0.209 116 A 0.005 0.036 0.225 0.097 0.257 0.035 0.141 0.204 117 K 0.002 0.036 0.421 0.229 0.176 0.010 0.071 0.055 118 L 0.004 0.072 0.326 0.178 0.215 0.015 0.091 0.098 119 I 0.012 0.113 0.322 0.175 0.167 0.030 0.057 0.124 120 K 0.039 0.321 0.197 0.080 0.097 0.038 0.086 0.142 121 L 0.079 0.548 0.040 0.031 0.051 0.031 0.066 0.155 122 A 0.103 0.321 0.042 0.018 0.023 0.058 0.133 0.301 123 D 0.107 0.253 0.046 0.013 0.015 0.076 0.222 0.268 124 K 0.079 0.403 0.021 0.006 0.012 0.062 0.083 0.334 125 L 0.092 0.280 0.028 0.009 0.014 0.082 0.087 0.408 126 D 0.055 0.184 0.052 0.017 0.026 0.111 0.114 0.442 127 N 0.094 0.203 0.047 0.017 0.032 0.082 0.103 0.421 128 L 0.090 0.108 0.083 0.022 0.034 0.112 0.114 0.437 129 R 0.075 0.094 0.081 0.033 0.049 0.126 0.074 0.468 130 D 0.107 0.036 0.062 0.018 0.047 0.108 0.141 0.479 131 L 0.109 0.016 0.068 0.047 0.064 0.140 0.103 0.453 132 Q 0.047 0.007 0.053 0.048 0.085 0.137 0.060 0.564 133 V 0.010 0.003 0.027 0.023 0.039 0.143 0.032 0.724 134 N 0.022 0.013 0.034 0.026 0.038 0.132 0.061 0.675 135 T 0.300 0.129 0.006 0.007 0.007 0.065 0.137 0.348 136 P 0.144 0.145 0.008 0.006 0.008 0.073 0.142 0.475 137 T 0.045 0.362 0.007 0.008 0.011 0.060 0.091 0.416 138 G 0.037 0.648 0.006 0.007 0.012 0.038 0.051 0.202 139 W 0.014 0.769 0.007 0.014 0.017 0.019 0.045 0.114 140 T 0.019 0.870 0.002 0.006 0.009 0.008 0.034 0.051 141 Q 0.025 0.802 0.010 0.009 0.012 0.012 0.057 0.072 142 E 0.019 0.830 0.009 0.009 0.012 0.013 0.036 0.073 143 R 0.032 0.755 0.010 0.009 0.011 0.015 0.067 0.101 144 R 0.033 0.763 0.009 0.006 0.009 0.016 0.055 0.109 145 D 0.034 0.674 0.008 0.008 0.012 0.029 0.079 0.155 146 Q 0.011 0.752 0.016 0.007 0.012 0.020 0.073 0.109 147 Y 0.011 0.836 0.011 0.005 0.010 0.011 0.041 0.074 148 F 0.041 0.659 0.035 0.014 0.017 0.019 0.110 0.105 149 V 0.042 0.619 0.032 0.013 0.020 0.027 0.099 0.149 150 W 0.022 0.537 0.044 0.012 0.018 0.040 0.128 0.197 151 A 0.009 0.893 0.009 0.003 0.004 0.010 0.015 0.057 152 K 0.063 0.714 0.014 0.004 0.005 0.022 0.087 0.091 153 K 0.046 0.519 0.028 0.004 0.004 0.028 0.272 0.098 154 V 0.149 0.566 0.020 0.005 0.007 0.040 0.085 0.128 155 V 0.175 0.117 0.109 0.005 0.006 0.059 0.299 0.230 156 D 0.248 0.095 0.020 0.005 0.008 0.107 0.052 0.463 157 N 0.065 0.030 0.012 0.003 0.007 0.086 0.093 0.703 158 L 0.019 0.050 0.031 0.007 0.007 0.217 0.083 0.586 159 R 0.058 0.318 0.020 0.010 0.017 0.100 0.073 0.404 160 G 0.076 0.235 0.025 0.011 0.012 0.073 0.132 0.437 161 T 0.044 0.492 0.044 0.015 0.031 0.063 0.078 0.233 162 N 0.038 0.689 0.015 0.007 0.015 0.034 0.055 0.148 163 A 0.023 0.739 0.030 0.009 0.017 0.024 0.040 0.119 164 N 0.031 0.772 0.013 0.007 0.014 0.019 0.047 0.097 165 L 0.049 0.640 0.027 0.015 0.020 0.029 0.069 0.151 166 E 0.052 0.514 0.046 0.017 0.023 0.043 0.109 0.196 167 L 0.092 0.535 0.020 0.010 0.013 0.043 0.069 0.218 168 K 0.072 0.614 0.013 0.007 0.009 0.035 0.045 0.205 169 L 0.065 0.618 0.007 0.004 0.008 0.037 0.049 0.212 170 D 0.055 0.596 0.016 0.010 0.013 0.042 0.092 0.175 171 E 0.077 0.496 0.028 0.015 0.029 0.051 0.121 0.183 172 I 0.164 0.285 0.042 0.020 0.038 0.058 0.136 0.257 173 F 0.150 0.190 0.040 0.031 0.046 0.072 0.094 0.377 174 R 0.034 0.080 0.039 0.028 0.057 0.115 0.051 0.595 175 Q 0.042 0.047 0.033 0.018 0.031 0.108 0.041 0.681 176 R 0.381 0.060 0.015 0.015 0.015 0.056 0.132 0.325 177 G 0.097 0.019 0.008 0.005 0.008 0.086 0.037 0.740 178 L 0.047 0.009 0.014 0.008 0.011 0.109 0.043 0.759 179 L 0.029 0.008 0.031 0.011 0.022 0.136 0.048 0.715