# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.8734 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.187 0.164 0.045 0.114 0.097 0.092 0.114 0.074 0.055 0.038 0.019 2 A 0.200 0.103 0.032 0.089 0.090 0.090 0.138 0.093 0.081 0.052 0.032 3 T 0.509 0.254 0.061 0.100 0.038 0.016 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 4 Y 0.082 0.053 0.021 0.086 0.106 0.123 0.159 0.129 0.107 0.076 0.058 5 P 0.150 0.473 0.054 0.126 0.075 0.040 0.037 0.023 0.012 0.007 0.003 6 S 0.069 0.038 0.024 0.102 0.150 0.208 0.207 0.099 0.059 0.030 0.015 7 A 0.705 0.091 0.083 0.069 0.025 0.010 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 8 K 0.011 0.044 0.039 0.182 0.167 0.213 0.215 0.068 0.039 0.017 0.005 9 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.012 0.041 0.081 0.208 0.289 0.358 10 M 0.009 0.022 0.213 0.232 0.232 0.134 0.096 0.039 0.015 0.007 0.002 11 E 0.003 0.029 0.471 0.257 0.131 0.057 0.032 0.013 0.004 0.002 0.001 12 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 0.055 0.093 0.213 0.309 0.304 13 L 0.001 0.001 0.005 0.012 0.034 0.106 0.244 0.170 0.203 0.162 0.063 14 Q 0.004 0.014 0.480 0.183 0.122 0.079 0.065 0.026 0.014 0.008 0.004 15 Y 0.001 0.002 0.022 0.015 0.033 0.138 0.277 0.123 0.160 0.154 0.076 16 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.049 0.060 0.271 0.329 0.271 17 A 0.006 0.011 0.051 0.090 0.158 0.172 0.258 0.124 0.069 0.042 0.018 18 F 0.009 0.025 0.376 0.153 0.122 0.124 0.098 0.044 0.024 0.017 0.008 19 K 0.007 0.018 0.035 0.052 0.081 0.170 0.286 0.161 0.099 0.060 0.031 20 H 0.013 0.028 0.020 0.030 0.038 0.068 0.161 0.162 0.188 0.176 0.116 21 R 0.094 0.131 0.204 0.221 0.154 0.082 0.064 0.027 0.013 0.005 0.004 22 Q 0.448 0.134 0.191 0.125 0.053 0.020 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 23 Q 0.036 0.024 0.033 0.049 0.067 0.117 0.200 0.148 0.148 0.105 0.073 24 R 0.054 0.076 0.069 0.149 0.148 0.110 0.148 0.116 0.067 0.044 0.019 25 R 0.018 0.037 0.128 0.127 0.116 0.142 0.169 0.112 0.074 0.056 0.021 26 K 0.062 0.156 0.296 0.219 0.117 0.060 0.045 0.024 0.011 0.006 0.003 27 D 0.226 0.154 0.084 0.126 0.090 0.071 0.093 0.073 0.041 0.026 0.016 28 P 0.348 0.261 0.055 0.105 0.071 0.045 0.047 0.031 0.019 0.012 0.008 29 Q 0.684 0.146 0.024 0.053 0.031 0.016 0.019 0.012 0.008 0.004 0.003 30 E 0.628 0.162 0.034 0.072 0.035 0.021 0.021 0.012 0.008 0.005 0.003 31 T 0.112 0.113 0.052 0.152 0.130 0.132 0.131 0.075 0.054 0.031 0.019 32 P 0.066 0.080 0.050 0.127 0.125 0.142 0.155 0.112 0.075 0.046 0.023 33 Y 0.010 0.021 0.025 0.065 0.081 0.123 0.190 0.163 0.156 0.108 0.058 34 V 0.011 0.013 0.020 0.043 0.052 0.075 0.141 0.148 0.194 0.176 0.126 35 N 0.037 0.041 0.060 0.132 0.125 0.122 0.149 0.105 0.101 0.080 0.047 36 H 0.007 0.011 0.019 0.036 0.065 0.087 0.172 0.190 0.184 0.145 0.083 37 V 0.007 0.013 0.020 0.042 0.059 0.054 0.111 0.156 0.197 0.193 0.149 38 I 0.009 0.008 0.018 0.039 0.058 0.093 0.178 0.161 0.184 0.148 0.104 39 N 0.026 0.063 0.105 0.175 0.165 0.123 0.149 0.083 0.059 0.032 0.018 40 V 0.001 0.003 0.009 0.013 0.027 0.026 0.077 0.146 0.211 0.232 0.255 41 S 0.002 0.004 0.009 0.019 0.034 0.054 0.107 0.131 0.211 0.246 0.182 42 T 0.014 0.033 0.101 0.144 0.142 0.140 0.172 0.094 0.083 0.049 0.028 43 I 0.005 0.006 0.026 0.039 0.072 0.092 0.179 0.180 0.159 0.126 0.115 44 L 0.002 0.003 0.008 0.010 0.016 0.022 0.056 0.089 0.206 0.265 0.323 45 S 0.009 0.016 0.036 0.060 0.095 0.110 0.192 0.133 0.155 0.115 0.080 46 V 0.025 0.048 0.126 0.164 0.156 0.139 0.139 0.080 0.063 0.037 0.023 47 E 0.069 0.056 0.075 0.124 0.118 0.127 0.189 0.111 0.067 0.040 0.023 48 A 0.123 0.095 0.065 0.137 0.108 0.097 0.144 0.097 0.065 0.040 0.027 49 C 0.072 0.056 0.051 0.094 0.099 0.097 0.139 0.117 0.113 0.085 0.077 50 I 0.089 0.076 0.075 0.119 0.126 0.096 0.126 0.098 0.081 0.062 0.052 51 T 0.103 0.188 0.110 0.160 0.128 0.088 0.094 0.054 0.036 0.024 0.015 52 D 0.171 0.202 0.073 0.158 0.118 0.085 0.086 0.047 0.029 0.019 0.011 53 E 0.449 0.149 0.048 0.117 0.070 0.050 0.054 0.030 0.018 0.010 0.005 54 G 0.211 0.139 0.072 0.173 0.109 0.083 0.098 0.051 0.034 0.018 0.009 55 V 0.006 0.015 0.021 0.048 0.067 0.107 0.174 0.140 0.179 0.136 0.107 56 L 0.002 0.007 0.018 0.033 0.060 0.095 0.165 0.152 0.188 0.160 0.120 57 M 0.001 0.004 0.020 0.027 0.047 0.078 0.158 0.157 0.204 0.190 0.115 58 A 0.001 0.001 0.006 0.008 0.016 0.032 0.083 0.116 0.236 0.278 0.224 59 A 0.001 0.001 0.006 0.010 0.019 0.031 0.082 0.120 0.238 0.267 0.226 60 L 0.001 0.001 0.008 0.010 0.021 0.031 0.088 0.129 0.246 0.257 0.207 61 L 0.001 0.002 0.008 0.011 0.022 0.037 0.090 0.131 0.219 0.236 0.245 62 H 0.003 0.005 0.021 0.028 0.051 0.075 0.160 0.185 0.194 0.164 0.115 63 D 0.007 0.016 0.049 0.061 0.084 0.099 0.214 0.183 0.144 0.095 0.049 64 V 0.008 0.015 0.031 0.047 0.063 0.056 0.141 0.188 0.174 0.156 0.122 65 V 0.022 0.018 0.025 0.041 0.049 0.085 0.146 0.127 0.176 0.191 0.120 66 E 0.040 0.052 0.067 0.123 0.149 0.140 0.187 0.117 0.068 0.037 0.021 67 D 0.013 0.044 0.046 0.057 0.084 0.077 0.155 0.194 0.136 0.123 0.073 68 T 0.062 0.071 0.045 0.103 0.104 0.105 0.185 0.111 0.105 0.069 0.042 69 D 0.752 0.144 0.042 0.042 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.095 0.037 0.026 0.081 0.117 0.134 0.185 0.124 0.096 0.066 0.038 71 S 0.036 0.566 0.070 0.110 0.061 0.045 0.044 0.028 0.019 0.015 0.006 72 F 0.022 0.029 0.023 0.082 0.153 0.250 0.259 0.101 0.051 0.020 0.010 73 E 0.912 0.031 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.018 0.039 0.060 0.267 0.209 0.152 0.176 0.051 0.018 0.007 0.003 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 0.048 0.195 0.336 0.392 76 E 0.006 0.021 0.114 0.187 0.246 0.190 0.153 0.053 0.018 0.010 0.002 77 K 0.001 0.013 0.858 0.094 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.007 0.009 0.023 0.037 0.068 0.233 0.316 0.160 0.074 0.054 0.019 79 F 0.008 0.017 0.008 0.015 0.020 0.049 0.132 0.165 0.251 0.224 0.110 80 G 0.152 0.141 0.132 0.152 0.134 0.091 0.105 0.048 0.025 0.014 0.007 81 P 0.479 0.092 0.204 0.130 0.053 0.018 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 82 D 0.279 0.234 0.058 0.151 0.101 0.065 0.072 0.026 0.009 0.004 0.002 83 V 0.001 0.003 0.002 0.005 0.011 0.016 0.037 0.079 0.196 0.248 0.401 84 C 0.007 0.007 0.015 0.052 0.139 0.225 0.252 0.145 0.079 0.053 0.026 85 G 0.022 0.065 0.438 0.270 0.104 0.051 0.028 0.011 0.005 0.003 0.001 86 L 0.001 0.002 0.005 0.010 0.023 0.068 0.159 0.140 0.224 0.203 0.165 87 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.039 0.066 0.221 0.312 0.337 88 R 0.023 0.045 0.188 0.249 0.234 0.112 0.078 0.039 0.018 0.009 0.004 89 E 0.046 0.048 0.182 0.201 0.171 0.150 0.128 0.045 0.016 0.008 0.004 90 V 0.003 0.004 0.005 0.009 0.013 0.026 0.076 0.107 0.212 0.242 0.302 91 T 0.026 0.040 0.020 0.052 0.088 0.120 0.208 0.142 0.134 0.110 0.060 92 D 0.104 0.277 0.259 0.237 0.080 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 93 D 0.368 0.115 0.058 0.100 0.087 0.086 0.103 0.045 0.020 0.012 0.006 94 K 0.536 0.172 0.046 0.095 0.052 0.032 0.034 0.019 0.008 0.004 0.002 95 S 0.211 0.330 0.086 0.169 0.086 0.050 0.038 0.018 0.007 0.003 0.002 96 L 0.030 0.029 0.029 0.044 0.070 0.119 0.207 0.139 0.143 0.110 0.080 97 E 0.382 0.272 0.168 0.113 0.040 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 98 K 0.135 0.101 0.218 0.220 0.129 0.087 0.069 0.027 0.010 0.004 0.001 99 Q 0.145 0.128 0.168 0.162 0.120 0.090 0.103 0.051 0.019 0.010 0.003 100 E 0.061 0.089 0.187 0.189 0.134 0.111 0.129 0.065 0.023 0.011 0.003 101 R 0.039 0.052 0.421 0.181 0.117 0.078 0.064 0.032 0.009 0.005 0.001 102 K 0.024 0.063 0.460 0.193 0.105 0.061 0.056 0.026 0.007 0.004 0.001 103 R 0.014 0.024 0.220 0.139 0.139 0.140 0.167 0.097 0.036 0.020 0.005 104 L 0.016 0.019 0.223 0.089 0.090 0.129 0.194 0.121 0.062 0.044 0.013 105 Q 0.006 0.033 0.366 0.185 0.143 0.099 0.091 0.043 0.019 0.010 0.004 106 I 0.003 0.005 0.049 0.020 0.040 0.069 0.169 0.169 0.187 0.169 0.120 107 E 0.022 0.025 0.140 0.117 0.151 0.142 0.208 0.101 0.055 0.027 0.012 108 N 0.038 0.042 0.260 0.155 0.127 0.101 0.145 0.068 0.035 0.019 0.009 109 A 0.010 0.010 0.042 0.038 0.062 0.106 0.198 0.142 0.165 0.127 0.100 110 A 0.026 0.035 0.056 0.078 0.096 0.095 0.214 0.146 0.124 0.084 0.046 111 K 0.032 0.074 0.195 0.182 0.151 0.117 0.111 0.061 0.039 0.027 0.014 112 S 0.093 0.137 0.192 0.176 0.132 0.098 0.093 0.043 0.020 0.011 0.006 113 S 0.168 0.147 0.090 0.171 0.122 0.095 0.095 0.057 0.028 0.018 0.009 114 C 0.091 0.055 0.046 0.068 0.074 0.104 0.178 0.137 0.116 0.085 0.046 115 R 0.076 0.144 0.124 0.264 0.165 0.095 0.074 0.029 0.016 0.007 0.005 116 A 0.005 0.005 0.018 0.015 0.025 0.038 0.086 0.112 0.196 0.204 0.297 117 K 0.014 0.044 0.091 0.158 0.194 0.170 0.171 0.075 0.048 0.023 0.013 118 L 0.003 0.006 0.029 0.034 0.050 0.048 0.125 0.160 0.208 0.176 0.161 119 I 0.001 0.003 0.012 0.014 0.021 0.037 0.068 0.084 0.203 0.264 0.291 120 K 0.004 0.012 0.026 0.056 0.094 0.097 0.174 0.170 0.165 0.122 0.079 121 L 0.004 0.007 0.026 0.032 0.051 0.064 0.124 0.174 0.194 0.191 0.134 122 A 0.004 0.005 0.018 0.034 0.071 0.067 0.172 0.238 0.164 0.132 0.096 123 D 0.018 0.023 0.058 0.070 0.067 0.082 0.151 0.138 0.175 0.149 0.069 124 K 0.009 0.026 0.062 0.112 0.140 0.133 0.216 0.125 0.093 0.051 0.033 125 L 0.017 0.018 0.044 0.054 0.071 0.103 0.176 0.151 0.154 0.128 0.083 126 D 0.066 0.072 0.127 0.151 0.127 0.114 0.147 0.080 0.058 0.036 0.022 127 N 0.030 0.039 0.056 0.091 0.113 0.115 0.200 0.138 0.103 0.069 0.047 128 L 0.011 0.011 0.017 0.026 0.038 0.054 0.102 0.113 0.201 0.229 0.198 129 R 0.055 0.078 0.100 0.170 0.154 0.129 0.144 0.079 0.051 0.027 0.013 130 D 0.056 0.095 0.122 0.216 0.155 0.107 0.109 0.065 0.039 0.022 0.013 131 L 0.008 0.006 0.009 0.015 0.024 0.045 0.101 0.125 0.209 0.220 0.238 132 Q 0.102 0.152 0.099 0.219 0.159 0.093 0.086 0.044 0.026 0.015 0.007 133 V 0.049 0.033 0.056 0.092 0.101 0.121 0.172 0.124 0.115 0.085 0.051 134 N 0.131 0.101 0.064 0.116 0.108 0.114 0.152 0.082 0.063 0.045 0.024 135 T 0.114 0.217 0.077 0.173 0.115 0.082 0.099 0.057 0.036 0.019 0.010 136 P 0.282 0.286 0.063 0.112 0.079 0.056 0.056 0.031 0.018 0.011 0.006 137 T 0.593 0.177 0.042 0.086 0.044 0.022 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 138 G 0.701 0.145 0.038 0.062 0.026 0.011 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 139 W 0.049 0.055 0.035 0.081 0.106 0.153 0.194 0.117 0.106 0.070 0.035 140 T 0.044 0.176 0.123 0.172 0.133 0.115 0.117 0.062 0.034 0.019 0.006 141 Q 0.042 0.042 0.188 0.194 0.169 0.151 0.126 0.053 0.021 0.009 0.003 142 E 0.125 0.107 0.383 0.205 0.089 0.037 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 143 R 0.005 0.015 0.055 0.095 0.106 0.156 0.232 0.156 0.099 0.063 0.016 144 R 0.004 0.007 0.036 0.035 0.056 0.133 0.270 0.173 0.140 0.110 0.035 145 D 0.010 0.035 0.636 0.184 0.074 0.030 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 146 Q 0.005 0.011 0.130 0.059 0.082 0.193 0.247 0.126 0.076 0.054 0.019 147 Y 0.007 0.014 0.033 0.039 0.054 0.081 0.186 0.181 0.189 0.150 0.067 148 F 0.012 0.010 0.040 0.042 0.065 0.136 0.274 0.169 0.130 0.087 0.034 149 V 0.039 0.068 0.425 0.216 0.115 0.057 0.042 0.019 0.009 0.005 0.003 150 W 0.008 0.011 0.025 0.030 0.058 0.100 0.216 0.184 0.162 0.121 0.086 151 A 0.010 0.019 0.020 0.033 0.050 0.069 0.146 0.154 0.194 0.180 0.124 152 K 0.030 0.031 0.073 0.122 0.146 0.172 0.197 0.101 0.070 0.039 0.020 153 K 0.166 0.131 0.222 0.214 0.119 0.059 0.049 0.022 0.010 0.005 0.003 154 V 0.007 0.011 0.016 0.029 0.044 0.071 0.167 0.154 0.197 0.172 0.131 155 V 0.009 0.009 0.011 0.033 0.058 0.091 0.155 0.154 0.181 0.177 0.123 156 D 0.061 0.108 0.272 0.232 0.135 0.076 0.058 0.029 0.017 0.009 0.004 157 N 0.023 0.040 0.084 0.159 0.165 0.155 0.182 0.095 0.049 0.029 0.018 158 L 0.007 0.006 0.007 0.010 0.014 0.029 0.071 0.095 0.212 0.267 0.284 159 R 0.110 0.198 0.092 0.248 0.177 0.072 0.055 0.027 0.013 0.005 0.004 160 G 0.061 0.033 0.053 0.063 0.080 0.075 0.123 0.123 0.136 0.124 0.129 161 T 0.091 0.072 0.049 0.117 0.128 0.130 0.174 0.097 0.071 0.044 0.028 162 N 0.146 0.212 0.097 0.208 0.116 0.073 0.071 0.035 0.024 0.012 0.007 163 A 0.024 0.020 0.021 0.040 0.056 0.077 0.143 0.139 0.178 0.155 0.149 164 N 0.085 0.099 0.091 0.206 0.169 0.112 0.105 0.058 0.039 0.023 0.012 165 L 0.038 0.046 0.096 0.124 0.108 0.141 0.180 0.107 0.082 0.055 0.022 166 E 0.015 0.032 0.059 0.121 0.137 0.164 0.193 0.115 0.084 0.053 0.027 167 L 0.008 0.007 0.015 0.021 0.029 0.059 0.154 0.159 0.220 0.219 0.110 168 K 0.018 0.082 0.211 0.231 0.150 0.114 0.092 0.044 0.031 0.019 0.008 169 L 0.009 0.012 0.039 0.047 0.076 0.120 0.214 0.177 0.145 0.104 0.057 170 D 0.098 0.083 0.113 0.146 0.116 0.109 0.137 0.087 0.059 0.037 0.017 171 E 0.028 0.029 0.054 0.093 0.104 0.125 0.234 0.148 0.099 0.059 0.027 172 I 0.019 0.016 0.039 0.051 0.059 0.092 0.159 0.146 0.172 0.162 0.087 173 F 0.018 0.041 0.089 0.121 0.122 0.132 0.185 0.115 0.091 0.056 0.030 174 R 0.028 0.038 0.098 0.114 0.126 0.119 0.160 0.126 0.090 0.062 0.039 175 Q 0.034 0.040 0.057 0.068 0.082 0.111 0.181 0.134 0.131 0.096 0.065 176 R 0.130 0.144 0.090 0.168 0.134 0.089 0.109 0.065 0.039 0.020 0.011 177 G 0.376 0.150 0.067 0.093 0.067 0.055 0.078 0.046 0.034 0.021 0.013 178 L 0.357 0.239 0.080 0.133 0.073 0.040 0.038 0.019 0.011 0.006 0.003 179 L 0.388 0.188 0.062 0.115 0.078 0.051 0.055 0.032 0.018 0.009 0.005