# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 84.893 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.363 0.377 0.021 0.048 0.023 0.011 0.001 0.106 0.004 0.001 2 A 0.257 0.022 0.629 0.021 0.006 0.027 0.003 0.001 0.007 0.001 0.026 3 T 0.313 0.099 0.271 0.210 0.019 0.057 0.012 0.004 0.011 0.001 0.003 4 Y 0.050 0.208 0.524 0.009 0.033 0.017 0.004 0.001 0.151 0.003 0.001 5 P 0.194 0.002 0.731 0.007 0.002 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 6 S 0.957 0.004 0.023 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.994 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.855 0.002 0.004 0.134 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 20 H 0.622 0.015 0.037 0.262 0.005 0.011 0.032 0.001 0.014 0.001 0.001 21 R 0.747 0.004 0.055 0.143 0.003 0.004 0.038 0.002 0.001 0.002 0.001 22 Q 0.470 0.008 0.031 0.215 0.012 0.016 0.167 0.068 0.002 0.011 0.001 23 Q 0.350 0.077 0.159 0.333 0.016 0.021 0.024 0.002 0.015 0.001 0.001 24 R 0.369 0.198 0.295 0.055 0.013 0.026 0.015 0.001 0.027 0.001 0.001 25 R 0.155 0.233 0.417 0.048 0.029 0.069 0.011 0.001 0.030 0.001 0.006 26 K 0.274 0.199 0.320 0.126 0.026 0.026 0.004 0.002 0.016 0.002 0.004 27 D 0.038 0.106 0.523 0.015 0.070 0.030 0.020 0.002 0.167 0.029 0.001 28 P 0.870 0.003 0.071 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 29 Q 0.206 0.010 0.070 0.601 0.006 0.014 0.080 0.009 0.002 0.003 0.001 30 E 0.054 0.015 0.069 0.126 0.022 0.019 0.245 0.412 0.005 0.031 0.001 31 T 0.021 0.289 0.586 0.006 0.013 0.007 0.005 0.001 0.070 0.002 0.001 32 P 0.110 0.009 0.779 0.012 0.002 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 33 Y 0.172 0.354 0.232 0.097 0.070 0.039 0.006 0.005 0.024 0.001 0.001 34 V 0.259 0.373 0.226 0.043 0.052 0.027 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 35 N 0.312 0.209 0.184 0.123 0.087 0.048 0.012 0.002 0.018 0.002 0.001 36 H 0.259 0.199 0.224 0.030 0.123 0.050 0.014 0.002 0.092 0.007 0.001 37 V 0.963 0.002 0.025 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.981 0.005 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.981 0.002 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 V 0.997 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.993 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.980 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 V 0.943 0.004 0.004 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 E 0.786 0.009 0.018 0.169 0.003 0.004 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 48 A 0.457 0.024 0.054 0.331 0.027 0.011 0.074 0.008 0.011 0.003 0.001 49 C 0.376 0.074 0.158 0.171 0.035 0.052 0.100 0.010 0.018 0.004 0.001 50 I 0.415 0.121 0.191 0.182 0.012 0.057 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 51 T 0.300 0.112 0.151 0.312 0.033 0.046 0.022 0.004 0.015 0.005 0.001 52 D 0.202 0.056 0.222 0.083 0.051 0.138 0.107 0.005 0.114 0.021 0.001 53 E 0.947 0.001 0.029 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 G 0.960 0.001 0.004 0.019 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 55 V 0.983 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.994 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 M 0.995 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.988 0.002 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.947 0.006 0.003 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 60 L 0.915 0.014 0.012 0.049 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 61 L 0.798 0.020 0.036 0.125 0.004 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 62 H 0.759 0.019 0.034 0.129 0.007 0.014 0.030 0.002 0.005 0.001 0.001 63 D 0.728 0.027 0.042 0.119 0.021 0.016 0.038 0.003 0.005 0.001 0.001 64 V 0.733 0.094 0.033 0.097 0.018 0.010 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 65 V 0.643 0.122 0.107 0.060 0.026 0.021 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 66 E 0.629 0.125 0.100 0.085 0.016 0.022 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 67 D 0.290 0.089 0.205 0.224 0.043 0.079 0.040 0.003 0.023 0.003 0.001 68 T 0.380 0.129 0.129 0.246 0.031 0.025 0.023 0.004 0.030 0.003 0.001 69 D 0.393 0.057 0.176 0.136 0.028 0.073 0.109 0.005 0.018 0.004 0.002 70 A 0.332 0.125 0.191 0.254 0.023 0.043 0.013 0.004 0.012 0.002 0.001 71 S 0.074 0.130 0.481 0.049 0.032 0.126 0.009 0.001 0.093 0.005 0.001 72 F 0.967 0.001 0.024 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.971 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.277 0.003 0.018 0.678 0.001 0.003 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 80 G 0.252 0.005 0.119 0.017 0.019 0.017 0.242 0.090 0.021 0.218 0.001 81 P 0.972 0.001 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 D 0.879 0.002 0.008 0.093 0.002 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 83 V 0.955 0.010 0.006 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 C 0.970 0.009 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.941 0.003 0.004 0.016 0.025 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 86 L 0.935 0.015 0.013 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 V 0.899 0.035 0.028 0.027 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 88 R 0.873 0.022 0.020 0.053 0.018 0.004 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 89 E 0.625 0.058 0.069 0.161 0.037 0.017 0.015 0.002 0.016 0.001 0.001 90 V 0.671 0.091 0.090 0.111 0.009 0.014 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 91 T 0.401 0.107 0.143 0.207 0.040 0.037 0.027 0.002 0.031 0.004 0.001 92 D 0.567 0.040 0.119 0.155 0.027 0.028 0.040 0.004 0.013 0.006 0.001 93 D 0.475 0.045 0.108 0.257 0.020 0.035 0.039 0.005 0.011 0.004 0.001 94 K 0.575 0.044 0.107 0.187 0.016 0.018 0.030 0.007 0.010 0.005 0.001 95 S 0.358 0.068 0.193 0.217 0.030 0.055 0.049 0.006 0.018 0.005 0.001 96 L 0.518 0.093 0.189 0.105 0.019 0.040 0.015 0.002 0.016 0.002 0.001 97 E 0.801 0.030 0.083 0.046 0.008 0.017 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 98 K 0.876 0.014 0.036 0.047 0.007 0.010 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 99 Q 0.908 0.013 0.021 0.042 0.004 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 100 E 0.971 0.004 0.006 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.981 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.961 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.983 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.988 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.990 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 N 0.969 0.003 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.909 0.012 0.011 0.056 0.005 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 110 A 0.792 0.028 0.039 0.111 0.007 0.008 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 111 K 0.580 0.070 0.074 0.207 0.014 0.016 0.023 0.001 0.013 0.001 0.001 112 S 0.426 0.084 0.126 0.222 0.030 0.023 0.065 0.008 0.012 0.005 0.001 113 S 0.131 0.117 0.172 0.291 0.047 0.062 0.118 0.014 0.042 0.005 0.001 114 C 0.174 0.241 0.345 0.118 0.049 0.021 0.029 0.004 0.014 0.003 0.002 115 R 0.106 0.409 0.232 0.091 0.074 0.048 0.018 0.002 0.018 0.001 0.001 116 A 0.023 0.723 0.137 0.015 0.070 0.021 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 117 K 0.011 0.881 0.064 0.003 0.024 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 118 L 0.017 0.556 0.240 0.003 0.009 0.171 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 119 I 0.029 0.849 0.051 0.003 0.030 0.011 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 120 K 0.059 0.318 0.330 0.014 0.103 0.135 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 121 L 0.398 0.313 0.139 0.034 0.049 0.023 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 122 A 0.862 0.034 0.053 0.023 0.014 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 123 D 0.596 0.030 0.047 0.227 0.039 0.014 0.029 0.003 0.010 0.003 0.001 124 K 0.606 0.097 0.091 0.116 0.030 0.013 0.021 0.003 0.019 0.002 0.001 125 L 0.617 0.107 0.153 0.074 0.009 0.021 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 126 D 0.544 0.080 0.106 0.185 0.031 0.016 0.020 0.003 0.011 0.003 0.001 127 N 0.371 0.069 0.138 0.196 0.064 0.044 0.057 0.017 0.028 0.015 0.001 128 L 0.587 0.079 0.153 0.120 0.017 0.017 0.012 0.002 0.010 0.002 0.001 129 R 0.573 0.127 0.106 0.119 0.022 0.022 0.014 0.002 0.012 0.002 0.001 130 D 0.342 0.152 0.242 0.115 0.035 0.061 0.020 0.001 0.029 0.001 0.001 131 L 0.620 0.128 0.127 0.074 0.017 0.013 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 132 Q 0.458 0.190 0.139 0.096 0.043 0.031 0.020 0.002 0.021 0.001 0.001 133 V 0.299 0.245 0.172 0.193 0.030 0.027 0.012 0.001 0.021 0.001 0.002 134 N 0.154 0.219 0.317 0.111 0.052 0.063 0.033 0.006 0.036 0.006 0.002 135 T 0.063 0.171 0.571 0.008 0.025 0.020 0.007 0.001 0.128 0.006 0.001 136 P 0.625 0.002 0.301 0.017 0.002 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.034 137 T 0.425 0.020 0.110 0.382 0.009 0.017 0.025 0.006 0.004 0.001 0.001 138 G 0.235 0.012 0.065 0.044 0.026 0.015 0.150 0.376 0.003 0.075 0.001 139 W 0.658 0.056 0.163 0.080 0.012 0.016 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 140 T 0.691 0.073 0.101 0.082 0.010 0.027 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 141 Q 0.917 0.030 0.030 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 142 E 0.961 0.013 0.009 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 R 0.927 0.018 0.011 0.030 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 144 R 0.944 0.011 0.010 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 145 D 0.957 0.006 0.007 0.021 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 146 Q 0.955 0.006 0.007 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Y 0.964 0.012 0.005 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 F 0.978 0.010 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 V 0.986 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.985 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.955 0.008 0.003 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 152 K 0.987 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 153 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 V 0.979 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 V 0.973 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 D 0.920 0.003 0.004 0.061 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 157 N 0.762 0.009 0.020 0.180 0.007 0.005 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 158 L 0.563 0.023 0.107 0.269 0.005 0.006 0.017 0.001 0.009 0.001 0.001 159 R 0.224 0.013 0.079 0.160 0.018 0.017 0.352 0.084 0.004 0.049 0.001 160 G 0.299 0.026 0.124 0.103 0.056 0.034 0.085 0.185 0.005 0.083 0.001 161 T 0.599 0.079 0.120 0.161 0.014 0.012 0.005 0.001 0.006 0.002 0.001 162 N 0.486 0.090 0.128 0.092 0.080 0.045 0.039 0.006 0.027 0.008 0.001 163 A 0.659 0.147 0.105 0.047 0.017 0.012 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 164 N 0.728 0.089 0.090 0.045 0.020 0.016 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 165 L 0.696 0.124 0.065 0.055 0.035 0.008 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 166 E 0.657 0.125 0.086 0.058 0.034 0.014 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 167 L 0.593 0.106 0.161 0.071 0.017 0.033 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 168 K 0.699 0.094 0.108 0.048 0.015 0.016 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 169 L 0.741 0.037 0.116 0.051 0.011 0.027 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 170 D 0.906 0.015 0.024 0.038 0.005 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 171 E 0.883 0.029 0.018 0.041 0.015 0.005 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 172 I 0.788 0.098 0.034 0.052 0.011 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 173 F 0.813 0.089 0.041 0.028 0.013 0.007 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 174 R 0.738 0.079 0.053 0.076 0.024 0.013 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 175 Q 0.632 0.077 0.074 0.162 0.016 0.013 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 176 R 0.311 0.090 0.147 0.304 0.024 0.026 0.067 0.003 0.024 0.003 0.001 177 G 0.353 0.051 0.173 0.130 0.041 0.031 0.161 0.026 0.015 0.020 0.001 178 L 0.376 0.124 0.192 0.213 0.026 0.027 0.020 0.003 0.015 0.002 0.001 179 L 0.250 0.201 0.298 0.128 0.030 0.040 0.021 0.003 0.026 0.002 0.001