# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.8734 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.337 0.177 0.029 0.184 0.019 0.017 0.030 0.031 0.071 0.036 2 A 0.060 0.364 0.184 0.022 0.173 0.016 0.026 0.046 0.050 0.034 0.024 3 T 0.072 0.127 0.093 0.025 0.105 0.020 0.046 0.126 0.138 0.181 0.067 4 Y 0.016 0.453 0.259 0.024 0.071 0.017 0.024 0.061 0.026 0.038 0.011 5 P 0.037 0.345 0.172 0.011 0.096 0.007 0.013 0.149 0.092 0.054 0.024 6 S 0.005 0.013 0.004 0.001 0.007 0.001 0.004 0.620 0.330 0.012 0.005 7 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.907 0.075 0.004 0.001 8 K 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.938 0.029 0.023 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.003 0.001 10 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.004 0.001 0.001 12 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.003 0.001 0.001 15 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.008 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.036 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.917 0.076 0.002 0.001 18 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.879 0.098 0.006 0.001 19 K 0.006 0.012 0.010 0.001 0.006 0.002 0.095 0.704 0.108 0.053 0.004 20 H 0.032 0.121 0.101 0.016 0.043 0.019 0.033 0.445 0.081 0.089 0.020 21 R 0.012 0.327 0.062 0.031 0.031 0.034 0.126 0.238 0.091 0.039 0.011 22 Q 0.020 0.012 0.015 0.027 0.016 0.011 0.014 0.071 0.105 0.568 0.141 23 Q 0.084 0.244 0.043 0.003 0.236 0.005 0.028 0.158 0.105 0.066 0.028 24 R 0.202 0.156 0.028 0.008 0.307 0.015 0.046 0.065 0.038 0.077 0.057 25 R 0.117 0.318 0.155 0.014 0.277 0.010 0.013 0.031 0.016 0.020 0.028 26 K 0.079 0.133 0.062 0.040 0.133 0.073 0.108 0.116 0.084 0.117 0.056 27 D 0.073 0.254 0.450 0.011 0.161 0.003 0.004 0.011 0.007 0.014 0.011 28 P 0.027 0.047 0.031 0.020 0.038 0.042 0.050 0.325 0.330 0.062 0.028 29 Q 0.030 0.385 0.123 0.048 0.100 0.032 0.091 0.078 0.039 0.060 0.015 30 E 0.033 0.026 0.030 0.064 0.029 0.033 0.014 0.033 0.042 0.543 0.153 31 T 0.028 0.522 0.208 0.017 0.144 0.007 0.008 0.022 0.013 0.018 0.012 32 P 0.270 0.109 0.011 0.003 0.537 0.004 0.008 0.027 0.015 0.007 0.009 33 Y 0.201 0.148 0.022 0.005 0.441 0.012 0.016 0.040 0.028 0.041 0.047 34 V 0.230 0.137 0.025 0.007 0.380 0.012 0.017 0.065 0.027 0.027 0.073 35 N 0.096 0.074 0.038 0.056 0.106 0.079 0.090 0.138 0.051 0.167 0.105 36 H 0.017 0.525 0.301 0.009 0.076 0.002 0.003 0.037 0.012 0.011 0.007 37 V 0.014 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.795 0.158 0.007 0.004 38 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.883 0.095 0.002 0.001 39 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.981 0.008 0.004 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.014 0.002 0.001 41 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 42 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 43 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.011 0.003 0.001 44 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.034 0.006 0.001 45 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.890 0.086 0.006 0.001 46 V 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.030 0.830 0.100 0.020 0.002 47 E 0.014 0.040 0.017 0.005 0.021 0.009 0.062 0.587 0.169 0.066 0.011 48 A 0.029 0.066 0.021 0.008 0.045 0.010 0.042 0.412 0.211 0.127 0.029 49 C 0.064 0.070 0.020 0.005 0.097 0.008 0.045 0.321 0.179 0.152 0.039 50 I 0.096 0.082 0.038 0.009 0.132 0.013 0.070 0.291 0.101 0.124 0.043 51 T 0.053 0.162 0.084 0.046 0.092 0.059 0.086 0.167 0.055 0.160 0.034 52 D 0.081 0.242 0.207 0.021 0.177 0.005 0.007 0.144 0.048 0.041 0.026 53 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.750 0.224 0.005 0.002 54 G 0.004 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.007 0.862 0.080 0.027 0.004 55 V 0.011 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.910 0.039 0.011 0.004 56 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.973 0.012 0.003 0.001 57 M 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.965 0.019 0.004 0.001 58 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.948 0.033 0.006 0.001 59 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.924 0.055 0.005 0.001 60 L 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.020 0.848 0.095 0.018 0.002 61 L 0.015 0.013 0.003 0.001 0.013 0.002 0.041 0.678 0.166 0.061 0.008 62 H 0.012 0.061 0.027 0.013 0.027 0.020 0.059 0.581 0.159 0.032 0.009 63 D 0.028 0.026 0.014 0.005 0.031 0.007 0.053 0.545 0.184 0.093 0.015 64 V 0.048 0.076 0.015 0.002 0.083 0.004 0.038 0.394 0.208 0.112 0.021 65 V 0.073 0.077 0.023 0.008 0.112 0.018 0.076 0.331 0.175 0.075 0.032 66 E 0.052 0.090 0.038 0.012 0.107 0.022 0.077 0.355 0.137 0.083 0.028 67 D 0.137 0.071 0.033 0.010 0.183 0.013 0.045 0.149 0.088 0.219 0.052 68 T 0.024 0.437 0.222 0.019 0.107 0.020 0.022 0.061 0.045 0.030 0.013 69 D 0.074 0.087 0.063 0.015 0.112 0.013 0.039 0.231 0.139 0.140 0.087 70 A 0.050 0.313 0.109 0.011 0.128 0.013 0.024 0.119 0.046 0.156 0.029 71 S 0.006 0.672 0.231 0.004 0.038 0.001 0.002 0.027 0.008 0.005 0.005 72 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.827 0.160 0.002 0.002 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.058 0.001 0.001 74 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.007 0.018 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.127 0.005 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.794 0.200 0.002 0.001 77 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.832 0.148 0.003 0.001 78 L 0.003 0.010 0.010 0.001 0.004 0.002 0.346 0.466 0.082 0.074 0.003 79 F 0.033 0.424 0.117 0.007 0.067 0.009 0.012 0.114 0.033 0.156 0.029 80 G 0.039 0.043 0.035 0.046 0.037 0.017 0.016 0.382 0.124 0.169 0.091 81 P 0.008 0.014 0.013 0.005 0.013 0.005 0.017 0.705 0.196 0.019 0.004 82 D 0.016 0.022 0.003 0.001 0.024 0.001 0.011 0.785 0.080 0.051 0.006 83 V 0.029 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 0.005 0.790 0.106 0.029 0.011 84 C 0.005 0.005 0.001 0.002 0.008 0.005 0.011 0.909 0.048 0.003 0.003 85 G 0.011 0.006 0.002 0.001 0.010 0.002 0.006 0.893 0.054 0.011 0.002 86 L 0.007 0.024 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.882 0.020 0.050 0.003 87 V 0.035 0.013 0.002 0.003 0.027 0.004 0.020 0.744 0.110 0.027 0.014 88 R 0.006 0.010 0.004 0.007 0.011 0.015 0.039 0.683 0.211 0.011 0.004 89 E 0.023 0.021 0.010 0.002 0.039 0.003 0.043 0.643 0.136 0.072 0.009 90 V 0.077 0.079 0.024 0.002 0.109 0.005 0.056 0.287 0.114 0.210 0.035 91 T 0.038 0.414 0.171 0.019 0.108 0.014 0.024 0.123 0.042 0.027 0.019 92 D 0.048 0.041 0.020 0.011 0.053 0.016 0.053 0.454 0.191 0.086 0.027 93 D 0.054 0.077 0.054 0.016 0.101 0.014 0.035 0.327 0.162 0.139 0.022 94 K 0.025 0.103 0.040 0.017 0.056 0.027 0.065 0.371 0.177 0.094 0.024 95 S 0.070 0.080 0.045 0.014 0.091 0.011 0.030 0.271 0.100 0.212 0.075 96 L 0.061 0.130 0.041 0.008 0.113 0.012 0.023 0.391 0.113 0.078 0.030 97 E 0.038 0.108 0.040 0.015 0.075 0.017 0.028 0.495 0.096 0.064 0.024 98 K 0.033 0.052 0.016 0.004 0.049 0.006 0.012 0.662 0.110 0.044 0.013 99 Q 0.010 0.023 0.006 0.001 0.018 0.003 0.011 0.791 0.107 0.024 0.005 100 E 0.009 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.839 0.089 0.032 0.005 101 R 0.003 0.009 0.002 0.001 0.005 0.002 0.007 0.901 0.059 0.010 0.002 102 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.886 0.081 0.013 0.002 103 R 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.928 0.048 0.010 0.002 104 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.961 0.023 0.003 0.001 105 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.970 0.013 0.008 0.001 106 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.939 0.046 0.005 0.001 107 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.946 0.042 0.003 0.001 108 N 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.857 0.104 0.016 0.001 109 A 0.005 0.020 0.005 0.001 0.009 0.001 0.021 0.763 0.131 0.042 0.003 110 A 0.021 0.019 0.008 0.003 0.021 0.006 0.073 0.570 0.205 0.061 0.013 111 K 0.054 0.037 0.022 0.013 0.046 0.019 0.122 0.375 0.147 0.138 0.028 112 S 0.039 0.134 0.109 0.046 0.077 0.053 0.084 0.185 0.089 0.152 0.031 113 S 0.209 0.062 0.043 0.017 0.198 0.012 0.023 0.118 0.056 0.152 0.111 114 C 0.131 0.124 0.042 0.008 0.197 0.023 0.074 0.148 0.148 0.048 0.056 115 R 0.144 0.168 0.022 0.010 0.299 0.026 0.056 0.116 0.025 0.066 0.069 116 A 0.293 0.074 0.006 0.002 0.571 0.003 0.008 0.020 0.008 0.003 0.014 117 K 0.179 0.075 0.004 0.001 0.703 0.004 0.005 0.018 0.002 0.002 0.007 118 L 0.376 0.052 0.002 0.001 0.523 0.001 0.002 0.018 0.002 0.005 0.020 119 I 0.238 0.117 0.011 0.006 0.437 0.015 0.019 0.069 0.012 0.012 0.064 120 K 0.102 0.248 0.054 0.012 0.244 0.016 0.019 0.218 0.035 0.015 0.036 121 L 0.038 0.029 0.004 0.001 0.041 0.004 0.022 0.593 0.180 0.064 0.023 122 A 0.013 0.025 0.006 0.003 0.019 0.008 0.029 0.608 0.229 0.053 0.009 123 D 0.006 0.014 0.006 0.003 0.010 0.005 0.026 0.731 0.170 0.027 0.004 124 K 0.009 0.007 0.003 0.001 0.009 0.002 0.037 0.649 0.224 0.055 0.005 125 L 0.023 0.049 0.013 0.003 0.033 0.006 0.059 0.587 0.151 0.064 0.013 126 D 0.028 0.057 0.035 0.024 0.039 0.036 0.069 0.455 0.131 0.099 0.026 127 N 0.109 0.096 0.021 0.003 0.168 0.004 0.020 0.334 0.068 0.143 0.033 128 L 0.113 0.048 0.014 0.005 0.135 0.008 0.037 0.362 0.178 0.058 0.042 129 R 0.044 0.099 0.032 0.013 0.100 0.034 0.084 0.425 0.113 0.036 0.019 130 D 0.160 0.069 0.017 0.005 0.171 0.009 0.040 0.283 0.085 0.122 0.040 131 L 0.096 0.157 0.032 0.005 0.220 0.009 0.027 0.252 0.119 0.052 0.031 132 Q 0.114 0.071 0.021 0.011 0.181 0.026 0.078 0.251 0.122 0.073 0.053 133 V 0.101 0.134 0.052 0.014 0.189 0.019 0.053 0.167 0.074 0.146 0.052 134 N 0.088 0.219 0.138 0.031 0.192 0.023 0.035 0.052 0.029 0.139 0.055 135 T 0.040 0.381 0.362 0.014 0.113 0.005 0.008 0.031 0.017 0.016 0.013 136 P 0.026 0.123 0.062 0.013 0.047 0.016 0.042 0.376 0.239 0.039 0.016 137 T 0.012 0.103 0.036 0.015 0.027 0.018 0.054 0.458 0.193 0.073 0.011 138 G 0.015 0.035 0.022 0.015 0.023 0.011 0.016 0.496 0.161 0.172 0.036 139 W 0.025 0.056 0.013 0.002 0.049 0.003 0.010 0.674 0.106 0.050 0.012 140 T 0.035 0.042 0.006 0.002 0.052 0.003 0.009 0.727 0.077 0.038 0.010 141 Q 0.019 0.022 0.003 0.001 0.025 0.003 0.007 0.817 0.077 0.020 0.006 142 E 0.007 0.014 0.002 0.001 0.011 0.002 0.007 0.880 0.062 0.012 0.002 143 R 0.006 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.863 0.075 0.029 0.003 144 R 0.005 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.829 0.119 0.021 0.004 145 D 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.013 0.844 0.113 0.010 0.002 146 Q 0.007 0.013 0.003 0.001 0.010 0.001 0.009 0.874 0.058 0.023 0.002 147 Y 0.019 0.023 0.002 0.001 0.021 0.001 0.009 0.823 0.060 0.035 0.007 148 F 0.019 0.017 0.003 0.001 0.023 0.002 0.009 0.821 0.086 0.012 0.007 149 V 0.006 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.904 0.056 0.009 0.003 150 W 0.006 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.903 0.045 0.015 0.003 151 A 0.008 0.010 0.002 0.001 0.009 0.003 0.012 0.858 0.061 0.029 0.006 152 K 0.007 0.014 0.004 0.001 0.011 0.002 0.004 0.881 0.064 0.009 0.003 153 K 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.918 0.056 0.006 0.001 154 V 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.890 0.054 0.030 0.002 155 V 0.006 0.010 0.002 0.002 0.007 0.004 0.022 0.782 0.137 0.024 0.004 156 D 0.004 0.007 0.007 0.007 0.005 0.011 0.076 0.660 0.203 0.016 0.004 157 N 0.028 0.013 0.021 0.006 0.022 0.007 0.095 0.465 0.130 0.191 0.021 158 L 0.027 0.412 0.108 0.013 0.073 0.020 0.059 0.168 0.049 0.053 0.018 159 R 0.052 0.074 0.051 0.102 0.052 0.066 0.079 0.130 0.071 0.190 0.134 160 G 0.103 0.080 0.059 0.044 0.112 0.023 0.024 0.173 0.091 0.210 0.081 161 T 0.037 0.219 0.102 0.035 0.111 0.036 0.077 0.228 0.086 0.048 0.020 162 N 0.128 0.095 0.042 0.018 0.144 0.015 0.036 0.221 0.080 0.146 0.075 163 A 0.113 0.163 0.026 0.005 0.217 0.010 0.024 0.261 0.107 0.041 0.033 164 N 0.097 0.071 0.020 0.011 0.150 0.019 0.041 0.412 0.101 0.040 0.039 165 L 0.068 0.115 0.021 0.005 0.118 0.010 0.024 0.482 0.099 0.039 0.019 166 E 0.082 0.090 0.014 0.003 0.141 0.006 0.022 0.495 0.071 0.051 0.023 167 L 0.114 0.069 0.007 0.001 0.134 0.004 0.013 0.528 0.058 0.049 0.022 168 K 0.029 0.084 0.021 0.009 0.056 0.015 0.029 0.606 0.100 0.032 0.018 169 L 0.015 0.015 0.004 0.002 0.017 0.003 0.014 0.811 0.090 0.023 0.008 170 D 0.005 0.011 0.006 0.004 0.008 0.006 0.015 0.756 0.161 0.024 0.005 171 E 0.016 0.024 0.003 0.001 0.019 0.002 0.010 0.786 0.072 0.060 0.007 172 I 0.030 0.031 0.003 0.001 0.032 0.002 0.013 0.703 0.140 0.037 0.009 173 F 0.015 0.021 0.004 0.002 0.027 0.007 0.037 0.704 0.154 0.022 0.006 174 R 0.042 0.019 0.007 0.002 0.043 0.005 0.063 0.621 0.125 0.059 0.014 175 Q 0.053 0.079 0.050 0.018 0.084 0.025 0.124 0.291 0.090 0.152 0.033 176 R 0.089 0.249 0.125 0.031 0.184 0.022 0.030 0.100 0.044 0.090 0.037 177 G 0.060 0.107 0.077 0.026 0.102 0.017 0.027 0.231 0.193 0.114 0.046 178 L 0.075 0.074 0.028 0.006 0.112 0.011 0.074 0.247 0.238 0.102 0.033 179 L 0.102 0.185 0.059 0.012 0.196 0.019 0.054 0.149 0.077 0.102 0.046