# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 84.893 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.644 0.206 0.092 0.042 0.014 0.002 0.001 2 A 0.684 0.222 0.060 0.025 0.008 0.001 0.001 3 T 0.708 0.231 0.048 0.010 0.002 0.001 0.001 4 Y 0.371 0.269 0.205 0.128 0.025 0.002 0.001 5 P 0.622 0.286 0.068 0.018 0.006 0.001 0.001 6 S 0.191 0.239 0.270 0.225 0.064 0.011 0.001 7 A 0.522 0.379 0.072 0.020 0.006 0.001 0.001 8 K 0.044 0.197 0.338 0.303 0.099 0.018 0.001 9 F 0.008 0.024 0.041 0.091 0.388 0.406 0.041 10 M 0.006 0.059 0.242 0.469 0.169 0.052 0.002 11 E 0.029 0.163 0.358 0.296 0.117 0.034 0.003 12 C 0.002 0.007 0.019 0.064 0.235 0.556 0.118 13 L 0.003 0.016 0.052 0.179 0.366 0.340 0.044 14 Q 0.029 0.221 0.346 0.259 0.095 0.045 0.005 15 Y 0.009 0.037 0.126 0.278 0.352 0.176 0.022 16 A 0.009 0.017 0.026 0.084 0.287 0.493 0.085 17 A 0.041 0.171 0.302 0.284 0.150 0.048 0.003 18 F 0.153 0.334 0.269 0.170 0.056 0.016 0.001 19 K 0.129 0.254 0.262 0.221 0.103 0.030 0.001 20 H 0.073 0.074 0.150 0.286 0.298 0.112 0.006 21 R 0.366 0.346 0.172 0.077 0.032 0.007 0.001 22 Q 0.524 0.323 0.096 0.040 0.014 0.003 0.001 23 Q 0.251 0.190 0.197 0.212 0.119 0.030 0.002 24 R 0.385 0.313 0.157 0.089 0.045 0.011 0.001 25 R 0.307 0.249 0.227 0.140 0.060 0.017 0.001 26 K 0.480 0.269 0.145 0.077 0.025 0.005 0.001 27 D 0.641 0.237 0.080 0.031 0.010 0.002 0.001 28 P 0.556 0.216 0.126 0.073 0.023 0.005 0.001 29 Q 0.622 0.220 0.086 0.044 0.022 0.005 0.001 30 E 0.521 0.319 0.092 0.046 0.017 0.005 0.001 31 T 0.209 0.249 0.220 0.181 0.098 0.039 0.004 32 P 0.114 0.161 0.184 0.220 0.191 0.111 0.019 33 Y 0.046 0.053 0.088 0.138 0.218 0.311 0.146 34 V 0.021 0.025 0.042 0.087 0.144 0.352 0.330 35 N 0.037 0.048 0.087 0.159 0.207 0.242 0.219 36 H 0.013 0.026 0.041 0.064 0.160 0.329 0.367 37 V 0.008 0.017 0.028 0.064 0.118 0.325 0.440 38 I 0.011 0.026 0.060 0.133 0.220 0.313 0.237 39 N 0.020 0.072 0.153 0.211 0.230 0.207 0.108 40 V 0.005 0.009 0.017 0.050 0.136 0.413 0.370 41 S 0.007 0.018 0.034 0.101 0.212 0.415 0.213 42 T 0.028 0.108 0.208 0.259 0.207 0.154 0.036 43 I 0.013 0.035 0.081 0.185 0.317 0.296 0.074 44 L 0.015 0.029 0.048 0.119 0.251 0.419 0.118 45 S 0.050 0.105 0.172 0.275 0.251 0.128 0.020 46 V 0.220 0.321 0.233 0.142 0.057 0.025 0.003 47 E 0.194 0.213 0.250 0.226 0.085 0.031 0.002 48 A 0.332 0.278 0.159 0.123 0.075 0.031 0.002 49 C 0.149 0.167 0.195 0.223 0.182 0.077 0.007 50 I 0.194 0.190 0.227 0.201 0.132 0.051 0.005 51 T 0.303 0.287 0.200 0.131 0.058 0.020 0.002 52 D 0.319 0.250 0.167 0.139 0.087 0.033 0.005 53 E 0.293 0.279 0.179 0.134 0.080 0.031 0.005 54 G 0.195 0.250 0.200 0.169 0.109 0.065 0.013 55 V 0.040 0.063 0.111 0.205 0.270 0.235 0.076 56 L 0.017 0.026 0.054 0.120 0.207 0.339 0.237 57 M 0.005 0.008 0.015 0.035 0.093 0.338 0.507 58 A 0.004 0.006 0.011 0.023 0.074 0.286 0.596 59 A 0.005 0.008 0.013 0.034 0.072 0.253 0.615 60 L 0.003 0.005 0.010 0.029 0.065 0.240 0.649 61 L 0.002 0.004 0.008 0.024 0.073 0.283 0.605 62 H 0.006 0.012 0.021 0.044 0.138 0.331 0.448 63 D 0.019 0.039 0.053 0.091 0.172 0.294 0.332 64 V 0.019 0.024 0.029 0.076 0.142 0.354 0.356 65 V 0.033 0.037 0.047 0.087 0.166 0.350 0.278 66 E 0.069 0.117 0.143 0.215 0.202 0.188 0.066 67 D 0.101 0.143 0.175 0.198 0.194 0.150 0.039 68 T 0.173 0.160 0.154 0.228 0.175 0.097 0.012 69 D 0.563 0.333 0.074 0.019 0.008 0.003 0.001 70 A 0.175 0.177 0.226 0.277 0.111 0.030 0.003 71 S 0.214 0.239 0.231 0.163 0.109 0.042 0.003 72 F 0.092 0.149 0.245 0.322 0.147 0.044 0.002 73 E 0.624 0.334 0.033 0.006 0.003 0.001 0.001 74 D 0.107 0.273 0.294 0.264 0.053 0.008 0.001 75 V 0.044 0.049 0.113 0.209 0.405 0.172 0.008 76 E 0.123 0.325 0.303 0.191 0.052 0.007 0.001 77 K 0.399 0.484 0.091 0.021 0.006 0.001 0.001 78 L 0.045 0.190 0.306 0.358 0.091 0.009 0.001 79 F 0.022 0.052 0.144 0.259 0.398 0.123 0.003 80 G 0.110 0.291 0.316 0.193 0.073 0.017 0.001 81 P 0.333 0.428 0.174 0.054 0.009 0.001 0.001 82 D 0.027 0.160 0.389 0.326 0.088 0.010 0.001 83 V 0.002 0.007 0.012 0.037 0.251 0.608 0.082 84 C 0.002 0.025 0.117 0.379 0.316 0.156 0.006 85 G 0.025 0.203 0.356 0.305 0.082 0.028 0.002 86 L 0.001 0.006 0.036 0.127 0.413 0.370 0.047 87 V 0.001 0.003 0.005 0.017 0.160 0.638 0.176 88 R 0.013 0.136 0.333 0.330 0.145 0.040 0.002 89 E 0.040 0.288 0.327 0.253 0.073 0.018 0.001 90 V 0.006 0.019 0.065 0.181 0.453 0.272 0.005 91 T 0.054 0.144 0.296 0.306 0.174 0.026 0.001 92 D 0.262 0.402 0.238 0.081 0.015 0.002 0.001 93 D 0.522 0.278 0.132 0.054 0.012 0.001 0.001 94 K 0.747 0.216 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 95 S 0.708 0.247 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 96 L 0.394 0.252 0.218 0.113 0.021 0.002 0.001 97 E 0.712 0.233 0.045 0.009 0.002 0.001 0.001 98 K 0.437 0.275 0.181 0.087 0.018 0.002 0.001 99 Q 0.430 0.272 0.175 0.087 0.031 0.005 0.001 100 E 0.339 0.307 0.199 0.112 0.034 0.008 0.001 101 R 0.355 0.316 0.190 0.096 0.035 0.008 0.001 102 K 0.129 0.205 0.250 0.241 0.132 0.041 0.003 103 R 0.099 0.233 0.234 0.223 0.144 0.062 0.005 104 L 0.038 0.074 0.157 0.269 0.282 0.163 0.017 105 Q 0.054 0.167 0.258 0.270 0.159 0.081 0.011 106 I 0.026 0.041 0.063 0.138 0.283 0.365 0.084 107 E 0.034 0.098 0.165 0.252 0.262 0.167 0.022 108 N 0.050 0.157 0.219 0.240 0.207 0.115 0.013 109 A 0.029 0.076 0.158 0.249 0.284 0.182 0.022 110 A 0.055 0.112 0.198 0.292 0.246 0.090 0.007 111 K 0.187 0.278 0.260 0.162 0.083 0.027 0.002 112 S 0.332 0.327 0.191 0.105 0.035 0.009 0.001 113 S 0.273 0.359 0.201 0.106 0.044 0.015 0.001 114 C 0.051 0.121 0.210 0.319 0.223 0.070 0.006 115 R 0.016 0.092 0.226 0.332 0.205 0.117 0.012 116 A 0.005 0.012 0.024 0.067 0.230 0.515 0.145 117 K 0.006 0.037 0.132 0.295 0.303 0.196 0.032 118 L 0.002 0.010 0.023 0.061 0.164 0.460 0.280 119 I 0.001 0.002 0.005 0.018 0.067 0.373 0.534 120 K 0.002 0.012 0.035 0.110 0.216 0.382 0.244 121 L 0.004 0.014 0.030 0.063 0.168 0.389 0.331 122 A 0.010 0.025 0.052 0.121 0.205 0.375 0.213 123 D 0.032 0.071 0.099 0.167 0.272 0.262 0.097 124 K 0.055 0.125 0.161 0.184 0.222 0.187 0.065 125 L 0.074 0.092 0.116 0.189 0.240 0.218 0.071 126 D 0.129 0.151 0.146 0.166 0.192 0.165 0.052 127 N 0.083 0.108 0.131 0.181 0.209 0.204 0.085 128 L 0.089 0.073 0.093 0.157 0.221 0.252 0.114 129 R 0.127 0.191 0.220 0.204 0.147 0.089 0.022 130 D 0.141 0.166 0.161 0.193 0.177 0.126 0.036 131 L 0.081 0.075 0.101 0.175 0.261 0.253 0.054 132 Q 0.187 0.280 0.235 0.176 0.080 0.037 0.005 133 V 0.132 0.140 0.205 0.237 0.183 0.093 0.009 134 N 0.306 0.241 0.188 0.157 0.080 0.027 0.002 135 T 0.512 0.267 0.114 0.066 0.030 0.011 0.001 136 P 0.523 0.249 0.125 0.070 0.027 0.007 0.001 137 T 0.512 0.288 0.122 0.055 0.019 0.005 0.001 138 G 0.377 0.280 0.171 0.107 0.050 0.014 0.001 139 W 0.179 0.171 0.217 0.238 0.146 0.046 0.003 140 T 0.241 0.251 0.229 0.158 0.091 0.030 0.001 141 Q 0.345 0.310 0.197 0.102 0.037 0.009 0.001 142 E 0.433 0.328 0.130 0.071 0.031 0.006 0.001 143 R 0.120 0.174 0.244 0.262 0.145 0.051 0.004 144 R 0.089 0.135 0.247 0.280 0.180 0.065 0.004 145 D 0.344 0.379 0.182 0.070 0.020 0.005 0.001 146 Q 0.143 0.244 0.230 0.230 0.118 0.033 0.003 147 Y 0.028 0.068 0.111 0.203 0.303 0.261 0.026 148 F 0.025 0.057 0.141 0.290 0.301 0.170 0.017 149 V 0.135 0.323 0.285 0.162 0.072 0.020 0.002 150 W 0.011 0.031 0.071 0.156 0.339 0.320 0.072 151 A 0.008 0.029 0.052 0.103 0.254 0.435 0.118 152 K 0.024 0.111 0.275 0.345 0.168 0.068 0.009 153 K 0.052 0.185 0.314 0.280 0.124 0.040 0.005 154 V 0.009 0.019 0.038 0.112 0.327 0.439 0.056 155 V 0.022 0.052 0.118 0.285 0.309 0.191 0.024 156 D 0.129 0.328 0.278 0.159 0.071 0.032 0.003 157 N 0.105 0.189 0.264 0.275 0.118 0.044 0.006 158 L 0.060 0.057 0.092 0.172 0.307 0.270 0.043 159 R 0.157 0.286 0.247 0.177 0.082 0.044 0.007 160 G 0.099 0.107 0.135 0.205 0.227 0.185 0.043 161 T 0.156 0.229 0.221 0.188 0.135 0.062 0.009 162 N 0.134 0.240 0.246 0.187 0.122 0.056 0.015 163 A 0.030 0.043 0.063 0.134 0.267 0.330 0.133 164 N 0.040 0.121 0.190 0.272 0.215 0.139 0.023 165 L 0.046 0.105 0.146 0.204 0.235 0.214 0.049 166 E 0.030 0.073 0.145 0.254 0.259 0.191 0.048 167 L 0.018 0.023 0.037 0.098 0.243 0.410 0.172 168 K 0.051 0.156 0.225 0.244 0.177 0.115 0.033 169 L 0.076 0.149 0.221 0.258 0.169 0.104 0.024 170 D 0.054 0.097 0.181 0.255 0.229 0.153 0.031 171 E 0.075 0.120 0.132 0.220 0.211 0.194 0.048 172 I 0.083 0.060 0.081 0.182 0.234 0.263 0.098 173 F 0.122 0.188 0.207 0.213 0.158 0.096 0.016 174 R 0.172 0.182 0.191 0.192 0.159 0.091 0.014 175 Q 0.197 0.180 0.180 0.212 0.137 0.082 0.012 176 R 0.354 0.260 0.178 0.121 0.062 0.023 0.002 177 G 0.532 0.213 0.115 0.083 0.040 0.015 0.002 178 L 0.730 0.182 0.053 0.023 0.009 0.003 0.001 179 L 0.784 0.157 0.036 0.016 0.005 0.002 0.001