# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 329.405 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.010 0.001 0.025 0.015 0.023 0.115 0.004 0.001 0.063 0.637 2 A 0.017 0.008 0.001 0.037 0.013 0.020 0.140 0.001 0.001 0.054 0.708 3 T 0.014 0.031 0.001 0.021 0.006 0.014 0.143 0.001 0.001 0.027 0.741 4 Y 0.047 0.169 0.003 0.013 0.021 0.009 0.121 0.005 0.001 0.034 0.577 5 P 0.078 0.802 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.010 0.001 0.016 0.073 6 S 0.040 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.013 0.045 7 A 0.005 0.902 0.002 0.003 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.019 0.055 8 K 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.010 9 F 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 10 M 0.002 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.006 11 E 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 12 C 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.002 13 L 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 14 Q 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.010 15 Y 0.012 0.900 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.044 0.022 16 A 0.039 0.745 0.059 0.004 0.001 0.002 0.017 0.030 0.010 0.059 0.033 17 A 0.181 0.408 0.011 0.005 0.002 0.004 0.048 0.009 0.008 0.084 0.240 18 F 0.078 0.138 0.087 0.009 0.005 0.005 0.069 0.008 0.020 0.046 0.535 19 K 0.175 0.095 0.009 0.015 0.004 0.007 0.088 0.016 0.003 0.024 0.564 20 H 0.499 0.048 0.004 0.003 0.002 0.003 0.046 0.015 0.001 0.032 0.347 21 R 0.034 0.033 0.002 0.011 0.008 0.013 0.100 0.004 0.001 0.020 0.774 22 Q 0.037 0.030 0.001 0.030 0.010 0.053 0.080 0.004 0.001 0.048 0.704 23 Q 0.036 0.011 0.002 0.028 0.171 0.176 0.082 0.006 0.001 0.068 0.420 24 R 0.018 0.002 0.001 0.039 0.056 0.075 0.072 0.001 0.001 0.069 0.666 25 R 0.005 0.001 0.001 0.037 0.097 0.154 0.086 0.001 0.001 0.052 0.566 26 K 0.013 0.002 0.001 0.021 0.033 0.061 0.099 0.001 0.001 0.051 0.718 27 D 0.487 0.003 0.001 0.008 0.013 0.016 0.060 0.005 0.001 0.079 0.328 28 P 0.076 0.001 0.001 0.005 0.006 0.011 0.081 0.001 0.001 0.034 0.784 29 Q 0.004 0.001 0.001 0.005 0.007 0.013 0.083 0.001 0.001 0.010 0.877 30 E 0.019 0.006 0.001 0.017 0.071 0.053 0.114 0.002 0.001 0.045 0.673 31 T 0.013 0.007 0.001 0.021 0.090 0.082 0.134 0.002 0.001 0.081 0.570 32 P 0.009 0.016 0.001 0.058 0.091 0.117 0.110 0.001 0.001 0.059 0.537 33 Y 0.048 0.053 0.002 0.044 0.099 0.140 0.068 0.004 0.001 0.115 0.426 34 V 0.039 0.143 0.003 0.067 0.060 0.071 0.081 0.007 0.001 0.064 0.464 35 N 0.012 0.203 0.004 0.095 0.043 0.052 0.075 0.003 0.001 0.178 0.333 36 H 0.007 0.728 0.002 0.005 0.011 0.009 0.014 0.003 0.001 0.151 0.071 37 V 0.008 0.668 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.004 0.001 0.281 0.021 38 I 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.921 0.003 39 N 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 0.004 40 V 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.004 41 S 0.002 0.643 0.002 0.003 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.322 0.015 42 T 0.003 0.798 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.165 0.017 43 I 0.032 0.881 0.010 0.003 0.002 0.002 0.010 0.007 0.001 0.022 0.031 44 L 0.066 0.553 0.108 0.038 0.004 0.014 0.032 0.014 0.030 0.050 0.090 45 S 0.213 0.171 0.052 0.013 0.007 0.011 0.075 0.013 0.024 0.077 0.344 46 V 0.290 0.065 0.004 0.011 0.004 0.006 0.073 0.008 0.001 0.024 0.513 47 E 0.090 0.029 0.005 0.021 0.004 0.007 0.110 0.004 0.001 0.085 0.645 48 A 0.022 0.029 0.007 0.023 0.005 0.015 0.138 0.004 0.002 0.076 0.677 49 C 0.196 0.029 0.001 0.009 0.007 0.007 0.082 0.004 0.001 0.051 0.614 50 I 0.059 0.051 0.002 0.027 0.019 0.017 0.107 0.002 0.001 0.084 0.630 51 T 0.012 0.171 0.001 0.030 0.004 0.007 0.087 0.002 0.001 0.064 0.623 52 D 0.034 0.849 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.055 0.043 53 E 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 0.018 54 G 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.019 0.011 55 V 0.002 0.972 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.005 56 L 0.003 0.956 0.001 0.003 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.019 0.008 57 M 0.005 0.887 0.002 0.007 0.004 0.008 0.006 0.001 0.001 0.058 0.021 58 A 0.010 0.892 0.002 0.005 0.003 0.007 0.010 0.002 0.001 0.042 0.027 59 A 0.021 0.504 0.011 0.012 0.012 0.016 0.024 0.003 0.001 0.332 0.064 60 L 0.024 0.436 0.018 0.011 0.011 0.013 0.043 0.004 0.002 0.314 0.123 61 L 0.074 0.505 0.015 0.011 0.010 0.014 0.057 0.031 0.002 0.110 0.171 62 H 0.073 0.256 0.014 0.018 0.015 0.021 0.104 0.013 0.005 0.106 0.375 63 D 0.066 0.170 0.010 0.038 0.024 0.072 0.104 0.008 0.003 0.088 0.417 64 V 0.065 0.050 0.008 0.049 0.020 0.052 0.147 0.007 0.002 0.188 0.412 65 V 0.037 0.025 0.015 0.094 0.048 0.076 0.182 0.007 0.006 0.147 0.363 66 E 0.050 0.041 0.004 0.046 0.016 0.038 0.141 0.005 0.002 0.036 0.620 67 D 0.115 0.050 0.004 0.024 0.007 0.014 0.119 0.010 0.001 0.096 0.560 68 T 0.090 0.053 0.001 0.021 0.006 0.011 0.107 0.006 0.001 0.050 0.655 69 D 0.025 0.044 0.001 0.013 0.005 0.018 0.128 0.002 0.001 0.024 0.740 70 A 0.004 0.065 0.001 0.019 0.020 0.011 0.084 0.001 0.001 0.033 0.762 71 S 0.025 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.013 0.020 72 F 0.024 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 0.006 73 E 0.011 0.920 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.035 74 D 0.041 0.887 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.022 0.028 75 V 0.139 0.555 0.128 0.002 0.001 0.002 0.013 0.052 0.023 0.055 0.029 76 E 0.448 0.178 0.025 0.004 0.004 0.006 0.025 0.021 0.011 0.056 0.222 77 K 0.093 0.033 0.002 0.005 0.001 0.003 0.054 0.002 0.001 0.019 0.789 78 L 0.008 0.042 0.006 0.025 0.005 0.011 0.173 0.002 0.001 0.059 0.669 79 F 0.018 0.341 0.004 0.005 0.004 0.004 0.074 0.007 0.001 0.083 0.461 80 G 0.031 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.019 0.031 81 P 0.013 0.914 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.029 0.029 82 D 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.012 83 V 0.014 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.007 0.010 84 C 0.008 0.893 0.003 0.012 0.002 0.005 0.009 0.002 0.001 0.045 0.020 85 G 0.011 0.832 0.005 0.011 0.006 0.011 0.013 0.002 0.001 0.041 0.068 86 L 0.050 0.665 0.016 0.016 0.009 0.011 0.037 0.013 0.001 0.079 0.104 87 V 0.046 0.118 0.016 0.025 0.008 0.024 0.094 0.013 0.005 0.556 0.096 88 R 0.047 0.189 0.008 0.033 0.020 0.044 0.123 0.005 0.003 0.139 0.389 89 E 0.074 0.153 0.007 0.028 0.017 0.035 0.113 0.008 0.001 0.055 0.509 90 V 0.042 0.087 0.010 0.071 0.034 0.063 0.158 0.009 0.004 0.060 0.464 91 T 0.075 0.093 0.018 0.037 0.022 0.047 0.124 0.009 0.009 0.096 0.471 92 D 0.141 0.097 0.003 0.017 0.008 0.013 0.086 0.009 0.001 0.028 0.596 93 D 0.222 0.107 0.003 0.011 0.006 0.008 0.066 0.011 0.001 0.033 0.531 94 K 0.055 0.122 0.004 0.019 0.007 0.012 0.088 0.005 0.001 0.021 0.667 95 S 0.095 0.211 0.002 0.012 0.005 0.012 0.068 0.005 0.001 0.022 0.567 96 L 0.105 0.208 0.005 0.012 0.030 0.016 0.070 0.007 0.001 0.030 0.516 97 E 0.083 0.481 0.003 0.013 0.008 0.009 0.041 0.008 0.001 0.015 0.340 98 K 0.110 0.640 0.002 0.005 0.005 0.007 0.024 0.007 0.001 0.017 0.182 99 Q 0.042 0.757 0.003 0.005 0.007 0.006 0.021 0.004 0.001 0.013 0.141 100 E 0.038 0.829 0.002 0.004 0.004 0.007 0.012 0.005 0.001 0.008 0.091 101 R 0.047 0.811 0.005 0.003 0.005 0.004 0.015 0.006 0.001 0.016 0.086 102 K 0.042 0.839 0.002 0.004 0.005 0.006 0.011 0.004 0.001 0.013 0.074 103 R 0.032 0.796 0.002 0.006 0.006 0.015 0.018 0.003 0.001 0.011 0.111 104 L 0.015 0.463 0.010 0.019 0.026 0.037 0.040 0.003 0.002 0.119 0.266 105 Q 0.043 0.814 0.005 0.004 0.010 0.011 0.011 0.011 0.001 0.024 0.065 106 I 0.157 0.687 0.003 0.002 0.007 0.004 0.010 0.021 0.001 0.013 0.094 107 E 0.069 0.513 0.017 0.007 0.023 0.017 0.025 0.010 0.003 0.030 0.286 108 N 0.137 0.236 0.007 0.008 0.007 0.023 0.057 0.011 0.004 0.098 0.412 109 A 0.127 0.034 0.046 0.009 0.021 0.016 0.090 0.013 0.026 0.236 0.382 110 A 0.284 0.015 0.004 0.010 0.016 0.015 0.072 0.004 0.003 0.037 0.540 111 K 0.054 0.009 0.001 0.005 0.002 0.004 0.060 0.001 0.001 0.016 0.848 112 S 0.032 0.015 0.001 0.005 0.004 0.006 0.125 0.001 0.001 0.014 0.798 113 S 0.021 0.072 0.001 0.009 0.007 0.015 0.127 0.002 0.001 0.046 0.701 114 C 0.017 0.182 0.001 0.017 0.034 0.025 0.123 0.002 0.001 0.061 0.537 115 R 0.009 0.426 0.001 0.095 0.021 0.061 0.062 0.002 0.001 0.049 0.275 116 A 0.008 0.522 0.001 0.125 0.036 0.058 0.036 0.001 0.001 0.047 0.167 117 K 0.005 0.525 0.001 0.269 0.036 0.067 0.013 0.001 0.001 0.034 0.049 118 L 0.024 0.645 0.002 0.110 0.021 0.042 0.022 0.003 0.001 0.040 0.090 119 I 0.022 0.544 0.007 0.158 0.053 0.050 0.028 0.003 0.001 0.034 0.098 120 K 0.046 0.743 0.005 0.021 0.020 0.022 0.015 0.005 0.001 0.017 0.107 121 L 0.066 0.752 0.006 0.011 0.005 0.006 0.021 0.007 0.001 0.022 0.102 122 A 0.102 0.562 0.014 0.016 0.007 0.008 0.053 0.008 0.003 0.061 0.166 123 D 0.100 0.300 0.032 0.013 0.006 0.008 0.078 0.011 0.010 0.110 0.331 124 K 0.209 0.535 0.006 0.006 0.003 0.004 0.029 0.024 0.002 0.019 0.164 125 L 0.307 0.344 0.006 0.007 0.005 0.006 0.033 0.015 0.001 0.029 0.246 126 D 0.046 0.265 0.011 0.023 0.008 0.012 0.068 0.005 0.002 0.043 0.519 127 N 0.087 0.387 0.004 0.020 0.006 0.014 0.059 0.016 0.001 0.047 0.360 128 L 0.150 0.258 0.008 0.014 0.020 0.013 0.079 0.022 0.002 0.062 0.373 129 R 0.097 0.298 0.009 0.044 0.022 0.036 0.067 0.013 0.003 0.050 0.361 130 D 0.158 0.126 0.009 0.039 0.013 0.042 0.085 0.015 0.003 0.118 0.392 131 L 0.133 0.040 0.011 0.035 0.042 0.063 0.112 0.021 0.003 0.131 0.409 132 Q 0.099 0.010 0.002 0.033 0.029 0.058 0.102 0.005 0.001 0.077 0.586 133 V 0.007 0.003 0.001 0.043 0.018 0.041 0.144 0.001 0.001 0.057 0.684 134 N 0.009 0.011 0.002 0.025 0.019 0.026 0.125 0.002 0.001 0.057 0.723 135 T 0.507 0.076 0.001 0.006 0.008 0.007 0.059 0.013 0.001 0.061 0.262 136 P 0.118 0.054 0.001 0.005 0.003 0.005 0.080 0.004 0.001 0.251 0.478 137 T 0.017 0.224 0.001 0.006 0.004 0.008 0.081 0.001 0.001 0.051 0.608 138 G 0.037 0.502 0.001 0.006 0.015 0.011 0.057 0.005 0.001 0.043 0.322 139 W 0.017 0.701 0.002 0.009 0.017 0.020 0.035 0.003 0.001 0.030 0.165 140 T 0.022 0.734 0.001 0.009 0.011 0.026 0.022 0.003 0.001 0.043 0.129 141 Q 0.032 0.697 0.004 0.011 0.020 0.023 0.028 0.004 0.001 0.051 0.131 142 E 0.031 0.776 0.006 0.010 0.014 0.017 0.020 0.004 0.001 0.027 0.094 143 R 0.031 0.735 0.008 0.008 0.008 0.011 0.022 0.003 0.001 0.059 0.115 144 R 0.042 0.786 0.003 0.004 0.006 0.006 0.022 0.005 0.001 0.045 0.080 145 D 0.043 0.764 0.003 0.004 0.007 0.008 0.024 0.004 0.001 0.027 0.117 146 Q 0.014 0.813 0.004 0.005 0.008 0.010 0.018 0.002 0.001 0.022 0.105 147 Y 0.017 0.848 0.002 0.007 0.005 0.012 0.014 0.006 0.001 0.018 0.071 148 F 0.026 0.840 0.003 0.008 0.008 0.013 0.012 0.004 0.001 0.018 0.066 149 V 0.045 0.615 0.012 0.012 0.024 0.017 0.024 0.004 0.001 0.064 0.182 150 W 0.048 0.589 0.016 0.012 0.015 0.014 0.039 0.013 0.002 0.066 0.186 151 A 0.085 0.737 0.006 0.009 0.005 0.010 0.020 0.019 0.002 0.019 0.089 152 K 0.117 0.476 0.042 0.009 0.009 0.009 0.038 0.010 0.014 0.069 0.208 153 K 0.146 0.178 0.107 0.012 0.008 0.008 0.075 0.023 0.040 0.133 0.269 154 V 0.541 0.128 0.004 0.008 0.003 0.004 0.039 0.037 0.001 0.019 0.216 155 V 0.133 0.103 0.010 0.014 0.005 0.006 0.058 0.013 0.001 0.052 0.606 156 D 0.028 0.127 0.004 0.034 0.004 0.007 0.096 0.003 0.001 0.044 0.653 157 N 0.029 0.054 0.002 0.011 0.004 0.007 0.061 0.004 0.001 0.625 0.203 158 L 0.027 0.143 0.003 0.021 0.014 0.007 0.144 0.008 0.001 0.331 0.299 159 R 0.052 0.504 0.003 0.036 0.006 0.011 0.056 0.009 0.001 0.080 0.241 160 G 0.029 0.470 0.005 0.020 0.008 0.014 0.063 0.005 0.001 0.134 0.250 161 T 0.016 0.795 0.004 0.009 0.004 0.005 0.023 0.009 0.001 0.029 0.104 162 N 0.047 0.873 0.002 0.003 0.001 0.002 0.009 0.008 0.001 0.011 0.044 163 A 0.019 0.814 0.003 0.008 0.004 0.005 0.019 0.002 0.001 0.024 0.101 164 N 0.011 0.816 0.006 0.005 0.003 0.004 0.019 0.002 0.001 0.046 0.088 165 L 0.024 0.919 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.015 0.023 166 E 0.024 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.018 0.023 167 L 0.007 0.924 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.008 0.049 168 K 0.006 0.945 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.011 0.028 169 L 0.010 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.033 0.010 170 D 0.008 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.030 0.017 171 E 0.013 0.919 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.026 0.027 172 I 0.028 0.842 0.005 0.002 0.001 0.003 0.016 0.008 0.001 0.059 0.036 173 F 0.027 0.236 0.309 0.012 0.005 0.010 0.028 0.020 0.186 0.097 0.069 174 R 0.510 0.090 0.009 0.004 0.005 0.006 0.033 0.013 0.008 0.022 0.301 175 Q 0.132 0.030 0.004 0.007 0.003 0.004 0.045 0.008 0.003 0.016 0.747 176 R 0.087 0.008 0.006 0.020 0.005 0.007 0.116 0.002 0.001 0.020 0.728 177 G 0.024 0.006 0.001 0.013 0.002 0.010 0.079 0.001 0.001 0.030 0.833 178 L 0.016 0.004 0.001 0.008 0.013 0.007 0.085 0.001 0.001 0.013 0.852 179 L 0.060 0.010 0.002 0.107 0.027 0.022 0.116 0.002 0.001 0.047 0.607