# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 328.942 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.194 0.124 0.048 0.165 0.029 0.031 0.067 0.077 0.125 0.053 2 A 0.061 0.283 0.156 0.026 0.199 0.021 0.032 0.088 0.066 0.043 0.025 3 T 0.066 0.120 0.053 0.014 0.085 0.020 0.061 0.164 0.167 0.198 0.053 4 Y 0.033 0.318 0.183 0.018 0.111 0.017 0.040 0.162 0.054 0.044 0.019 5 P 0.049 0.320 0.105 0.009 0.078 0.008 0.014 0.226 0.068 0.085 0.038 6 S 0.006 0.014 0.004 0.001 0.012 0.002 0.005 0.711 0.218 0.022 0.004 7 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.909 0.072 0.004 0.001 8 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.028 0.014 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.001 0.001 10 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.031 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 12 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.024 0.001 0.001 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 15 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.013 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.048 0.002 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.879 0.115 0.002 0.001 18 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.893 0.055 0.005 0.001 19 K 0.009 0.014 0.007 0.002 0.009 0.004 0.081 0.671 0.125 0.071 0.008 20 H 0.052 0.035 0.023 0.010 0.065 0.013 0.031 0.391 0.130 0.180 0.069 21 R 0.013 0.124 0.038 0.026 0.026 0.041 0.151 0.374 0.156 0.042 0.009 22 Q 0.025 0.020 0.024 0.028 0.027 0.016 0.039 0.137 0.078 0.504 0.101 23 Q 0.119 0.208 0.051 0.007 0.262 0.004 0.017 0.124 0.090 0.079 0.039 24 R 0.110 0.157 0.048 0.011 0.262 0.025 0.030 0.148 0.082 0.065 0.063 25 R 0.131 0.193 0.080 0.015 0.263 0.015 0.036 0.131 0.073 0.038 0.026 26 K 0.058 0.122 0.046 0.018 0.121 0.055 0.083 0.137 0.121 0.208 0.032 27 D 0.110 0.271 0.229 0.007 0.300 0.003 0.006 0.035 0.017 0.011 0.011 28 P 0.017 0.016 0.007 0.005 0.019 0.033 0.073 0.384 0.358 0.072 0.016 29 Q 0.030 0.390 0.142 0.029 0.104 0.025 0.094 0.087 0.043 0.049 0.009 30 E 0.041 0.019 0.013 0.012 0.031 0.013 0.016 0.040 0.044 0.589 0.179 31 T 0.036 0.542 0.166 0.006 0.176 0.004 0.009 0.023 0.013 0.013 0.011 32 P 0.165 0.240 0.031 0.005 0.369 0.018 0.022 0.054 0.037 0.019 0.040 33 Y 0.195 0.143 0.027 0.017 0.372 0.019 0.041 0.072 0.037 0.033 0.044 34 V 0.237 0.112 0.019 0.009 0.341 0.016 0.018 0.098 0.031 0.037 0.083 35 N 0.075 0.185 0.105 0.035 0.153 0.051 0.054 0.141 0.043 0.117 0.040 36 H 0.067 0.361 0.217 0.010 0.173 0.004 0.004 0.098 0.018 0.028 0.019 37 V 0.015 0.020 0.005 0.002 0.019 0.003 0.005 0.770 0.143 0.015 0.005 38 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.906 0.072 0.003 0.001 39 N 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.962 0.020 0.003 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.001 0.001 41 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.041 0.001 0.001 42 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.023 0.001 0.001 43 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.965 0.020 0.002 0.001 44 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.878 0.094 0.008 0.002 45 S 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 0.805 0.156 0.008 0.002 46 V 0.004 0.012 0.005 0.001 0.007 0.004 0.126 0.709 0.111 0.018 0.003 47 E 0.028 0.040 0.028 0.010 0.037 0.012 0.112 0.348 0.133 0.210 0.042 48 A 0.043 0.224 0.117 0.029 0.081 0.022 0.046 0.165 0.119 0.111 0.041 49 C 0.055 0.114 0.064 0.022 0.079 0.021 0.053 0.186 0.117 0.191 0.097 50 I 0.081 0.099 0.034 0.012 0.109 0.012 0.052 0.260 0.143 0.153 0.044 51 T 0.045 0.211 0.084 0.033 0.098 0.054 0.058 0.184 0.073 0.122 0.039 52 D 0.080 0.206 0.292 0.018 0.193 0.010 0.008 0.108 0.029 0.034 0.022 53 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.781 0.188 0.008 0.001 54 G 0.002 0.008 0.004 0.001 0.003 0.002 0.006 0.886 0.055 0.032 0.002 55 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.950 0.028 0.004 0.002 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.975 0.020 0.001 0.001 57 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.023 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.022 0.001 0.001 59 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.937 0.045 0.002 0.001 60 L 0.007 0.006 0.002 0.001 0.009 0.002 0.035 0.843 0.083 0.009 0.003 61 L 0.016 0.014 0.005 0.004 0.017 0.007 0.067 0.679 0.143 0.034 0.014 62 H 0.026 0.071 0.036 0.019 0.040 0.032 0.131 0.445 0.122 0.056 0.022 63 D 0.068 0.092 0.039 0.012 0.099 0.017 0.072 0.259 0.094 0.179 0.069 64 V 0.151 0.121 0.030 0.007 0.173 0.007 0.028 0.206 0.107 0.082 0.089 65 V 0.133 0.142 0.035 0.011 0.212 0.026 0.037 0.214 0.099 0.043 0.048 66 E 0.104 0.197 0.051 0.014 0.212 0.036 0.081 0.162 0.063 0.037 0.043 67 D 0.136 0.066 0.044 0.026 0.117 0.030 0.044 0.135 0.115 0.190 0.098 68 T 0.036 0.182 0.106 0.042 0.112 0.053 0.062 0.185 0.137 0.066 0.018 69 D 0.073 0.103 0.050 0.019 0.092 0.021 0.047 0.153 0.093 0.287 0.061 70 A 0.034 0.256 0.133 0.017 0.106 0.020 0.044 0.162 0.081 0.117 0.028 71 S 0.045 0.588 0.188 0.002 0.097 0.001 0.002 0.044 0.007 0.011 0.014 72 F 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.752 0.231 0.004 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.915 0.078 0.001 0.001 74 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.037 0.008 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.043 0.003 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.863 0.133 0.001 0.001 77 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.852 0.099 0.012 0.001 78 L 0.010 0.020 0.019 0.002 0.015 0.005 0.188 0.580 0.059 0.085 0.016 79 F 0.028 0.489 0.129 0.018 0.060 0.014 0.031 0.058 0.019 0.116 0.038 80 G 0.047 0.074 0.062 0.061 0.051 0.028 0.012 0.280 0.118 0.172 0.095 81 P 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.014 0.749 0.203 0.015 0.001 82 D 0.004 0.011 0.005 0.001 0.007 0.001 0.006 0.872 0.061 0.029 0.003 83 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.893 0.081 0.013 0.003 84 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.883 0.103 0.002 0.001 85 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.919 0.048 0.008 0.001 86 L 0.006 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.026 0.888 0.046 0.019 0.003 87 V 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.724 0.237 0.010 0.002 88 R 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.011 0.063 0.735 0.169 0.008 0.001 89 E 0.014 0.019 0.012 0.004 0.028 0.003 0.066 0.528 0.143 0.168 0.015 90 V 0.121 0.090 0.022 0.005 0.133 0.007 0.029 0.230 0.121 0.150 0.094 91 T 0.068 0.232 0.105 0.012 0.162 0.026 0.050 0.177 0.071 0.063 0.034 92 D 0.054 0.196 0.090 0.015 0.088 0.016 0.052 0.231 0.126 0.094 0.037 93 D 0.035 0.107 0.058 0.014 0.098 0.016 0.044 0.321 0.224 0.065 0.019 94 K 0.013 0.047 0.020 0.010 0.024 0.024 0.089 0.448 0.229 0.081 0.014 95 S 0.032 0.038 0.022 0.007 0.043 0.006 0.025 0.246 0.111 0.415 0.055 96 L 0.065 0.204 0.066 0.008 0.158 0.009 0.016 0.246 0.106 0.089 0.032 97 E 0.034 0.169 0.083 0.014 0.075 0.024 0.042 0.389 0.101 0.048 0.022 98 K 0.031 0.054 0.021 0.007 0.051 0.008 0.025 0.512 0.175 0.097 0.020 99 Q 0.016 0.040 0.018 0.005 0.037 0.008 0.022 0.677 0.126 0.041 0.010 100 E 0.014 0.033 0.014 0.003 0.022 0.005 0.017 0.750 0.084 0.047 0.011 101 R 0.013 0.019 0.007 0.002 0.019 0.003 0.007 0.798 0.100 0.028 0.006 102 K 0.003 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.006 0.879 0.084 0.009 0.002 103 R 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.897 0.063 0.010 0.003 104 L 0.007 0.012 0.004 0.001 0.013 0.002 0.015 0.893 0.041 0.009 0.003 105 Q 0.010 0.012 0.003 0.001 0.011 0.001 0.008 0.868 0.059 0.023 0.006 106 I 0.006 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.877 0.097 0.005 0.002 107 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.023 0.894 0.063 0.004 0.001 108 N 0.011 0.011 0.005 0.002 0.012 0.002 0.017 0.805 0.075 0.053 0.008 109 A 0.024 0.006 0.002 0.002 0.021 0.004 0.013 0.712 0.160 0.043 0.013 110 A 0.005 0.018 0.006 0.003 0.010 0.010 0.041 0.692 0.200 0.013 0.003 111 K 0.027 0.007 0.006 0.006 0.020 0.020 0.098 0.398 0.157 0.229 0.032 112 S 0.031 0.449 0.193 0.017 0.118 0.016 0.044 0.051 0.032 0.039 0.010 113 S 0.219 0.053 0.039 0.015 0.116 0.019 0.024 0.047 0.029 0.199 0.240 114 C 0.094 0.333 0.065 0.007 0.261 0.015 0.034 0.061 0.049 0.047 0.034 115 R 0.158 0.126 0.014 0.007 0.380 0.031 0.147 0.057 0.022 0.030 0.028 116 A 0.306 0.049 0.003 0.001 0.610 0.001 0.003 0.009 0.003 0.002 0.012 117 K 0.091 0.140 0.007 0.001 0.705 0.006 0.012 0.023 0.003 0.003 0.009 118 L 0.407 0.029 0.002 0.001 0.533 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.015 119 I 0.215 0.116 0.011 0.007 0.419 0.012 0.007 0.096 0.017 0.018 0.083 120 K 0.171 0.118 0.032 0.012 0.277 0.016 0.029 0.222 0.026 0.031 0.066 121 L 0.076 0.061 0.019 0.010 0.082 0.006 0.020 0.502 0.110 0.084 0.031 122 A 0.015 0.027 0.006 0.005 0.036 0.009 0.015 0.667 0.190 0.022 0.007 123 D 0.010 0.015 0.010 0.004 0.015 0.010 0.045 0.745 0.124 0.018 0.004 124 K 0.007 0.006 0.003 0.001 0.007 0.002 0.019 0.797 0.109 0.042 0.006 125 L 0.023 0.020 0.006 0.006 0.029 0.007 0.023 0.695 0.132 0.045 0.016 126 D 0.011 0.020 0.012 0.014 0.014 0.024 0.047 0.693 0.111 0.043 0.011 127 N 0.027 0.023 0.011 0.008 0.037 0.007 0.028 0.501 0.111 0.220 0.027 128 L 0.049 0.037 0.012 0.004 0.077 0.006 0.014 0.525 0.206 0.053 0.016 129 R 0.016 0.035 0.021 0.006 0.036 0.022 0.064 0.646 0.117 0.029 0.008 130 D 0.059 0.054 0.019 0.005 0.074 0.006 0.039 0.473 0.148 0.100 0.023 131 L 0.056 0.044 0.012 0.004 0.074 0.007 0.019 0.397 0.296 0.062 0.029 132 Q 0.028 0.042 0.018 0.007 0.065 0.022 0.075 0.462 0.198 0.066 0.016 133 V 0.048 0.104 0.035 0.008 0.101 0.009 0.067 0.264 0.163 0.168 0.031 134 N 0.053 0.211 0.124 0.022 0.170 0.022 0.050 0.062 0.062 0.189 0.035 135 T 0.037 0.427 0.356 0.003 0.142 0.001 0.003 0.012 0.005 0.005 0.008 136 P 0.018 0.059 0.025 0.005 0.026 0.011 0.063 0.502 0.250 0.024 0.017 137 T 0.010 0.109 0.056 0.041 0.029 0.039 0.156 0.348 0.142 0.061 0.010 138 G 0.024 0.026 0.023 0.047 0.021 0.017 0.016 0.288 0.101 0.337 0.100 139 W 0.025 0.074 0.032 0.008 0.052 0.006 0.014 0.531 0.107 0.123 0.026 140 T 0.037 0.055 0.012 0.002 0.067 0.004 0.009 0.663 0.112 0.028 0.012 141 Q 0.026 0.025 0.006 0.002 0.047 0.006 0.013 0.737 0.120 0.012 0.007 142 E 0.016 0.028 0.011 0.002 0.031 0.007 0.030 0.790 0.065 0.013 0.006 143 R 0.028 0.019 0.008 0.004 0.024 0.005 0.026 0.734 0.084 0.052 0.015 144 R 0.011 0.024 0.009 0.004 0.021 0.005 0.009 0.738 0.147 0.027 0.006 145 D 0.004 0.007 0.003 0.002 0.007 0.004 0.016 0.848 0.093 0.013 0.003 146 Q 0.008 0.015 0.007 0.001 0.014 0.003 0.020 0.834 0.070 0.024 0.005 147 Y 0.015 0.012 0.002 0.001 0.015 0.002 0.007 0.838 0.081 0.019 0.007 148 F 0.008 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.851 0.110 0.005 0.003 149 V 0.009 0.008 0.002 0.001 0.019 0.004 0.019 0.856 0.074 0.008 0.002 150 W 0.019 0.013 0.003 0.001 0.030 0.003 0.026 0.830 0.055 0.016 0.006 151 A 0.022 0.015 0.007 0.003 0.027 0.004 0.018 0.609 0.198 0.083 0.014 152 K 0.024 0.128 0.049 0.003 0.084 0.004 0.013 0.577 0.099 0.013 0.007 153 K 0.022 0.065 0.016 0.002 0.049 0.005 0.082 0.652 0.087 0.013 0.007 154 V 0.029 0.019 0.008 0.004 0.019 0.006 0.076 0.576 0.171 0.069 0.023 155 V 0.021 0.033 0.016 0.025 0.036 0.035 0.055 0.484 0.187 0.082 0.026 156 D 0.007 0.055 0.044 0.092 0.011 0.068 0.166 0.404 0.087 0.057 0.009 157 N 0.021 0.020 0.028 0.024 0.019 0.006 0.015 0.117 0.038 0.626 0.086 158 L 0.057 0.122 0.036 0.009 0.135 0.008 0.011 0.362 0.167 0.065 0.028 159 R 0.012 0.038 0.024 0.015 0.017 0.042 0.055 0.589 0.150 0.043 0.014 160 G 0.021 0.040 0.033 0.012 0.032 0.008 0.025 0.601 0.095 0.114 0.019 161 T 0.024 0.046 0.013 0.003 0.033 0.003 0.009 0.730 0.087 0.038 0.013 162 N 0.007 0.006 0.003 0.001 0.009 0.002 0.002 0.856 0.104 0.009 0.003 163 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.929 0.060 0.001 0.001 164 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.950 0.029 0.005 0.001 165 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.923 0.061 0.005 0.001 166 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.912 0.079 0.002 0.001 167 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.918 0.052 0.003 0.001 168 K 0.005 0.008 0.004 0.001 0.006 0.002 0.035 0.889 0.032 0.015 0.004 169 L 0.005 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.004 0.810 0.125 0.030 0.004 170 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.927 0.061 0.002 0.001 171 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.923 0.071 0.002 0.001 172 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.034 0.004 0.001 173 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.915 0.064 0.008 0.002 174 R 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.874 0.098 0.006 0.001 175 Q 0.006 0.005 0.003 0.001 0.007 0.004 0.051 0.805 0.084 0.028 0.005 176 R 0.019 0.186 0.065 0.016 0.053 0.021 0.095 0.402 0.098 0.035 0.010 177 G 0.034 0.018 0.016 0.021 0.026 0.020 0.041 0.337 0.098 0.296 0.093 178 L 0.061 0.064 0.020 0.007 0.091 0.006 0.031 0.441 0.133 0.113 0.033 179 L 0.091 0.129 0.039 0.013 0.163 0.022 0.033 0.296 0.116 0.057 0.040