# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 329.405 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.553 0.219 0.129 0.069 0.026 0.004 0.001 2 A 0.704 0.230 0.047 0.014 0.004 0.001 0.001 3 T 0.679 0.238 0.067 0.014 0.002 0.001 0.001 4 Y 0.354 0.257 0.236 0.128 0.024 0.002 0.001 5 P 0.668 0.263 0.052 0.013 0.004 0.001 0.001 6 S 0.228 0.268 0.255 0.190 0.051 0.008 0.001 7 A 0.507 0.398 0.072 0.018 0.005 0.001 0.001 8 K 0.042 0.192 0.342 0.296 0.109 0.018 0.001 9 F 0.006 0.022 0.042 0.100 0.415 0.379 0.036 10 M 0.005 0.056 0.245 0.467 0.171 0.054 0.002 11 E 0.020 0.139 0.367 0.308 0.128 0.034 0.004 12 C 0.001 0.003 0.008 0.032 0.182 0.614 0.160 13 L 0.001 0.011 0.043 0.172 0.364 0.360 0.049 14 Q 0.017 0.179 0.336 0.293 0.109 0.059 0.007 15 Y 0.004 0.021 0.093 0.231 0.395 0.226 0.029 16 A 0.004 0.009 0.016 0.057 0.260 0.549 0.106 17 A 0.032 0.165 0.308 0.297 0.150 0.046 0.003 18 F 0.151 0.363 0.264 0.159 0.048 0.014 0.001 19 K 0.135 0.254 0.259 0.222 0.101 0.029 0.001 20 H 0.076 0.076 0.167 0.299 0.277 0.099 0.006 21 R 0.439 0.351 0.136 0.050 0.019 0.004 0.001 22 Q 0.537 0.328 0.086 0.034 0.012 0.003 0.001 23 Q 0.180 0.169 0.199 0.245 0.161 0.044 0.003 24 R 0.238 0.294 0.217 0.146 0.083 0.022 0.001 25 R 0.223 0.248 0.267 0.157 0.080 0.024 0.001 26 K 0.312 0.272 0.220 0.136 0.050 0.010 0.001 27 D 0.580 0.255 0.102 0.043 0.015 0.003 0.001 28 P 0.500 0.200 0.163 0.104 0.028 0.005 0.001 29 Q 0.806 0.167 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 30 E 0.571 0.307 0.075 0.035 0.010 0.002 0.001 31 T 0.198 0.263 0.232 0.179 0.097 0.029 0.002 32 P 0.074 0.141 0.198 0.252 0.210 0.112 0.013 33 Y 0.035 0.055 0.108 0.163 0.237 0.292 0.110 34 V 0.013 0.018 0.039 0.082 0.152 0.385 0.311 35 N 0.023 0.039 0.082 0.153 0.222 0.251 0.231 36 H 0.007 0.019 0.033 0.053 0.155 0.329 0.404 37 V 0.004 0.012 0.021 0.055 0.109 0.332 0.466 38 I 0.006 0.020 0.051 0.120 0.222 0.338 0.243 39 N 0.013 0.056 0.135 0.202 0.239 0.232 0.123 40 V 0.003 0.008 0.015 0.048 0.140 0.425 0.361 41 S 0.005 0.015 0.032 0.100 0.217 0.425 0.205 42 T 0.030 0.124 0.230 0.266 0.194 0.129 0.028 43 I 0.012 0.033 0.077 0.183 0.325 0.303 0.066 44 L 0.015 0.033 0.056 0.133 0.266 0.409 0.088 45 S 0.080 0.164 0.221 0.266 0.193 0.069 0.007 46 V 0.286 0.352 0.197 0.110 0.040 0.013 0.001 47 E 0.274 0.230 0.212 0.181 0.080 0.022 0.001 48 A 0.538 0.262 0.107 0.059 0.025 0.008 0.001 49 C 0.322 0.248 0.211 0.140 0.059 0.018 0.001 50 I 0.313 0.239 0.208 0.144 0.070 0.023 0.002 51 T 0.294 0.230 0.185 0.157 0.096 0.034 0.003 52 D 0.387 0.288 0.156 0.098 0.049 0.019 0.003 53 E 0.327 0.270 0.187 0.124 0.062 0.025 0.004 54 G 0.194 0.242 0.206 0.170 0.115 0.060 0.014 55 V 0.031 0.045 0.081 0.168 0.279 0.293 0.102 56 L 0.013 0.022 0.045 0.099 0.180 0.363 0.279 57 M 0.005 0.008 0.017 0.037 0.089 0.317 0.526 58 A 0.003 0.005 0.010 0.021 0.070 0.265 0.626 59 A 0.005 0.008 0.013 0.030 0.072 0.255 0.617 60 L 0.004 0.007 0.013 0.036 0.077 0.248 0.615 61 L 0.004 0.008 0.015 0.039 0.097 0.307 0.530 62 H 0.010 0.022 0.038 0.073 0.192 0.334 0.330 63 D 0.031 0.065 0.081 0.124 0.194 0.272 0.232 64 V 0.034 0.038 0.045 0.110 0.171 0.337 0.266 65 V 0.050 0.047 0.060 0.113 0.186 0.324 0.220 66 E 0.091 0.136 0.157 0.208 0.187 0.167 0.054 67 D 0.132 0.169 0.179 0.187 0.172 0.126 0.035 68 T 0.220 0.191 0.164 0.198 0.139 0.076 0.012 69 D 0.536 0.327 0.094 0.027 0.012 0.004 0.001 70 A 0.166 0.155 0.220 0.280 0.132 0.041 0.005 71 S 0.255 0.241 0.213 0.149 0.101 0.039 0.003 72 F 0.144 0.188 0.247 0.273 0.115 0.032 0.001 73 E 0.674 0.296 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 74 D 0.164 0.340 0.272 0.184 0.034 0.005 0.001 75 V 0.056 0.053 0.134 0.249 0.378 0.124 0.006 76 E 0.155 0.359 0.274 0.159 0.047 0.006 0.001 77 K 0.425 0.468 0.083 0.018 0.006 0.001 0.001 78 L 0.047 0.207 0.312 0.340 0.084 0.008 0.001 79 F 0.019 0.050 0.138 0.253 0.404 0.133 0.004 80 G 0.058 0.198 0.319 0.275 0.121 0.028 0.001 81 P 0.337 0.445 0.165 0.043 0.009 0.001 0.001 82 D 0.023 0.152 0.378 0.343 0.092 0.011 0.001 83 V 0.002 0.007 0.014 0.050 0.280 0.574 0.074 84 C 0.002 0.021 0.108 0.351 0.337 0.175 0.007 85 G 0.024 0.208 0.377 0.289 0.077 0.022 0.002 86 L 0.001 0.005 0.028 0.106 0.393 0.413 0.054 87 V 0.001 0.004 0.009 0.033 0.211 0.604 0.138 88 R 0.015 0.153 0.329 0.319 0.144 0.038 0.002 89 E 0.038 0.287 0.338 0.253 0.069 0.014 0.001 90 V 0.006 0.020 0.077 0.212 0.465 0.217 0.003 91 T 0.085 0.213 0.321 0.250 0.117 0.015 0.001 92 D 0.316 0.415 0.195 0.061 0.011 0.001 0.001 93 D 0.495 0.281 0.148 0.061 0.013 0.001 0.001 94 K 0.748 0.214 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 95 S 0.712 0.252 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 96 L 0.316 0.233 0.279 0.144 0.026 0.002 0.001 97 E 0.707 0.230 0.051 0.010 0.002 0.001 0.001 98 K 0.558 0.245 0.137 0.050 0.009 0.001 0.001 99 Q 0.673 0.234 0.068 0.019 0.005 0.001 0.001 100 E 0.608 0.292 0.069 0.024 0.006 0.001 0.001 101 R 0.380 0.259 0.209 0.113 0.034 0.006 0.001 102 K 0.385 0.297 0.190 0.090 0.032 0.006 0.001 103 R 0.390 0.359 0.157 0.063 0.025 0.006 0.001 104 L 0.080 0.132 0.226 0.298 0.198 0.062 0.005 105 Q 0.052 0.141 0.212 0.248 0.206 0.126 0.014 106 I 0.029 0.049 0.097 0.181 0.261 0.312 0.071 107 E 0.087 0.167 0.224 0.233 0.173 0.101 0.016 108 N 0.055 0.131 0.196 0.239 0.216 0.134 0.028 109 A 0.026 0.039 0.064 0.135 0.266 0.363 0.107 110 A 0.055 0.123 0.205 0.257 0.228 0.113 0.017 111 K 0.091 0.194 0.249 0.231 0.144 0.076 0.014 112 S 0.123 0.169 0.198 0.228 0.173 0.094 0.015 113 S 0.268 0.310 0.194 0.125 0.067 0.032 0.006 114 C 0.088 0.151 0.214 0.265 0.187 0.081 0.015 115 R 0.026 0.086 0.171 0.268 0.223 0.180 0.045 116 A 0.007 0.014 0.028 0.082 0.220 0.455 0.194 117 K 0.010 0.050 0.145 0.267 0.282 0.201 0.046 118 L 0.003 0.013 0.031 0.079 0.174 0.435 0.266 119 I 0.001 0.003 0.006 0.025 0.082 0.392 0.491 120 K 0.003 0.016 0.043 0.125 0.232 0.374 0.207 121 L 0.005 0.018 0.037 0.078 0.186 0.375 0.299 122 A 0.010 0.028 0.058 0.143 0.222 0.358 0.181 123 D 0.036 0.083 0.112 0.174 0.272 0.244 0.079 124 K 0.045 0.114 0.159 0.192 0.234 0.193 0.065 125 L 0.061 0.084 0.114 0.189 0.253 0.229 0.071 126 D 0.121 0.151 0.164 0.181 0.185 0.154 0.044 127 N 0.082 0.115 0.145 0.192 0.207 0.189 0.069 128 L 0.089 0.070 0.095 0.164 0.229 0.252 0.100 129 R 0.140 0.203 0.230 0.203 0.134 0.074 0.016 130 D 0.138 0.191 0.183 0.193 0.176 0.100 0.019 131 L 0.078 0.086 0.125 0.210 0.272 0.201 0.028 132 Q 0.216 0.310 0.238 0.150 0.063 0.021 0.002 133 V 0.165 0.183 0.272 0.232 0.109 0.037 0.002 134 N 0.313 0.224 0.218 0.166 0.064 0.014 0.001 135 T 0.676 0.235 0.056 0.023 0.008 0.002 0.001 136 P 0.669 0.218 0.067 0.033 0.010 0.002 0.001 137 T 0.704 0.225 0.050 0.016 0.005 0.001 0.001 138 G 0.559 0.290 0.103 0.037 0.009 0.002 0.001 139 W 0.210 0.166 0.259 0.227 0.112 0.025 0.002 140 T 0.340 0.293 0.195 0.108 0.049 0.014 0.001 141 Q 0.297 0.289 0.218 0.128 0.051 0.015 0.001 142 E 0.318 0.321 0.177 0.114 0.055 0.015 0.001 143 R 0.081 0.139 0.214 0.276 0.193 0.089 0.008 144 R 0.058 0.113 0.206 0.272 0.230 0.110 0.010 145 D 0.167 0.316 0.276 0.160 0.061 0.018 0.001 146 Q 0.066 0.158 0.198 0.257 0.229 0.083 0.009 147 Y 0.010 0.036 0.070 0.158 0.300 0.374 0.051 148 F 0.009 0.032 0.115 0.268 0.331 0.219 0.025 149 V 0.055 0.224 0.361 0.233 0.098 0.025 0.004 150 W 0.002 0.006 0.015 0.044 0.237 0.523 0.174 151 A 0.001 0.011 0.029 0.081 0.243 0.505 0.130 152 K 0.009 0.092 0.295 0.380 0.154 0.063 0.007 153 K 0.010 0.095 0.331 0.344 0.179 0.038 0.003 154 V 0.001 0.004 0.008 0.043 0.294 0.586 0.063 155 V 0.004 0.034 0.130 0.400 0.301 0.126 0.006 156 D 0.093 0.372 0.333 0.155 0.034 0.012 0.001 157 N 0.061 0.171 0.294 0.318 0.123 0.031 0.002 158 L 0.012 0.020 0.042 0.123 0.367 0.393 0.042 159 R 0.078 0.258 0.321 0.206 0.095 0.038 0.003 160 G 0.083 0.239 0.286 0.225 0.114 0.043 0.010 161 T 0.013 0.026 0.039 0.097 0.304 0.402 0.119 162 N 0.021 0.079 0.159 0.277 0.259 0.177 0.028 163 A 0.049 0.147 0.189 0.224 0.203 0.158 0.030 164 N 0.048 0.124 0.220 0.283 0.199 0.105 0.021 165 L 0.016 0.022 0.036 0.100 0.274 0.431 0.121 166 E 0.099 0.221 0.222 0.208 0.153 0.081 0.016 167 L 0.138 0.201 0.236 0.222 0.123 0.068 0.011 168 K 0.170 0.233 0.229 0.192 0.112 0.054 0.010 169 L 0.097 0.116 0.152 0.222 0.233 0.148 0.031 170 D 0.221 0.225 0.187 0.155 0.126 0.070 0.016 171 E 0.163 0.187 0.191 0.202 0.138 0.097 0.022 172 I 0.137 0.130 0.140 0.196 0.189 0.162 0.045 173 F 0.099 0.087 0.115 0.187 0.228 0.222 0.062 174 R 0.188 0.218 0.207 0.178 0.122 0.070 0.017 175 Q 0.166 0.162 0.159 0.202 0.170 0.116 0.025 176 R 0.327 0.252 0.180 0.130 0.070 0.034 0.006 177 G 0.416 0.267 0.150 0.098 0.043 0.022 0.004 178 L 0.320 0.204 0.171 0.151 0.093 0.050 0.011 179 L 0.279 0.128 0.138 0.186 0.146 0.101 0.022