# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 287.327 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.015 0.026 0.008 0.018 0.096 0.072 0.628 2 A 0.025 0.026 0.015 0.010 0.008 0.107 0.043 0.765 3 T 0.022 0.029 0.005 0.004 0.004 0.102 0.018 0.816 4 Y 0.047 0.218 0.012 0.006 0.005 0.079 0.049 0.585 5 P 0.059 0.772 0.003 0.001 0.001 0.013 0.043 0.108 6 S 0.044 0.865 0.002 0.001 0.001 0.008 0.039 0.041 7 A 0.012 0.884 0.004 0.001 0.001 0.006 0.064 0.029 8 K 0.010 0.917 0.003 0.001 0.002 0.004 0.029 0.034 9 F 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 10 M 0.004 0.912 0.002 0.001 0.001 0.002 0.070 0.008 11 E 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.008 12 C 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 13 L 0.003 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 14 Q 0.012 0.930 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.012 15 Y 0.018 0.883 0.003 0.001 0.001 0.004 0.070 0.019 16 A 0.040 0.755 0.017 0.002 0.002 0.013 0.132 0.038 17 A 0.223 0.458 0.007 0.003 0.003 0.030 0.097 0.179 18 F 0.067 0.280 0.021 0.004 0.007 0.086 0.168 0.366 19 K 0.035 0.229 0.040 0.008 0.010 0.117 0.082 0.479 20 H 0.476 0.187 0.010 0.003 0.005 0.034 0.134 0.151 21 R 0.057 0.080 0.018 0.014 0.010 0.104 0.060 0.657 22 Q 0.050 0.048 0.062 0.013 0.049 0.111 0.062 0.605 23 Q 0.034 0.027 0.085 0.058 0.082 0.120 0.089 0.505 24 R 0.027 0.004 0.089 0.043 0.084 0.118 0.039 0.596 25 R 0.022 0.004 0.057 0.075 0.120 0.127 0.045 0.550 26 K 0.017 0.002 0.038 0.020 0.033 0.095 0.021 0.775 27 D 0.289 0.010 0.035 0.024 0.026 0.080 0.085 0.451 28 P 0.211 0.004 0.007 0.006 0.008 0.089 0.032 0.642 29 Q 0.011 0.004 0.017 0.014 0.023 0.141 0.015 0.775 30 E 0.029 0.008 0.005 0.012 0.026 0.102 0.011 0.806 31 T 0.056 0.021 0.016 0.064 0.060 0.130 0.172 0.482 32 P 0.016 0.045 0.061 0.115 0.107 0.104 0.189 0.363 33 Y 0.092 0.120 0.035 0.041 0.117 0.068 0.126 0.400 34 V 0.035 0.231 0.033 0.105 0.057 0.094 0.073 0.373 35 N 0.025 0.247 0.034 0.042 0.083 0.084 0.143 0.344 36 H 0.012 0.805 0.007 0.011 0.016 0.013 0.091 0.044 37 V 0.027 0.593 0.011 0.004 0.010 0.018 0.267 0.069 38 I 0.002 0.549 0.014 0.032 0.009 0.012 0.359 0.024 39 N 0.002 0.963 0.003 0.003 0.004 0.002 0.018 0.005 40 V 0.005 0.970 0.004 0.002 0.002 0.001 0.011 0.004 41 S 0.008 0.501 0.019 0.009 0.008 0.010 0.426 0.019 42 T 0.008 0.634 0.018 0.017 0.018 0.017 0.246 0.042 43 I 0.090 0.502 0.044 0.010 0.022 0.024 0.222 0.086 44 L 0.032 0.534 0.045 0.041 0.013 0.040 0.145 0.149 45 S 0.099 0.217 0.043 0.016 0.025 0.093 0.135 0.373 46 V 0.280 0.123 0.038 0.016 0.017 0.080 0.089 0.357 47 E 0.098 0.018 0.021 0.006 0.009 0.105 0.084 0.660 48 A 0.022 0.055 0.043 0.014 0.017 0.135 0.056 0.659 49 C 0.111 0.041 0.018 0.006 0.010 0.117 0.036 0.662 50 I 0.031 0.034 0.020 0.009 0.008 0.161 0.052 0.685 51 T 0.037 0.205 0.015 0.004 0.007 0.088 0.031 0.613 52 D 0.148 0.660 0.004 0.001 0.001 0.015 0.097 0.073 53 E 0.013 0.734 0.006 0.003 0.002 0.025 0.102 0.115 54 G 0.007 0.922 0.003 0.002 0.003 0.004 0.034 0.023 55 V 0.008 0.935 0.004 0.005 0.005 0.003 0.022 0.018 56 L 0.008 0.949 0.007 0.004 0.006 0.002 0.018 0.007 57 M 0.024 0.895 0.004 0.004 0.009 0.003 0.048 0.013 58 A 0.069 0.415 0.022 0.023 0.022 0.019 0.375 0.055 59 A 0.075 0.475 0.031 0.036 0.048 0.037 0.153 0.144 60 L 0.121 0.403 0.035 0.014 0.038 0.053 0.067 0.269 61 L 0.050 0.444 0.034 0.032 0.025 0.077 0.075 0.262 62 H 0.059 0.242 0.036 0.030 0.038 0.094 0.093 0.408 63 D 0.076 0.267 0.067 0.031 0.054 0.062 0.116 0.326 64 V 0.043 0.040 0.111 0.037 0.052 0.106 0.146 0.466 65 V 0.038 0.041 0.162 0.072 0.069 0.134 0.122 0.362 66 E 0.071 0.030 0.090 0.012 0.023 0.113 0.027 0.635 67 D 0.103 0.052 0.082 0.008 0.011 0.098 0.149 0.498 68 T 0.042 0.097 0.048 0.011 0.013 0.114 0.085 0.591 69 D 0.029 0.099 0.039 0.009 0.016 0.121 0.045 0.641 70 A 0.011 0.221 0.048 0.010 0.018 0.082 0.043 0.568 71 S 0.017 0.916 0.002 0.001 0.002 0.006 0.034 0.021 72 F 0.017 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.008 73 E 0.010 0.859 0.003 0.002 0.001 0.004 0.087 0.034 74 D 0.049 0.797 0.008 0.003 0.003 0.010 0.056 0.074 75 V 0.250 0.578 0.024 0.005 0.004 0.018 0.065 0.056 76 E 0.386 0.145 0.019 0.004 0.004 0.039 0.100 0.303 77 K 0.178 0.025 0.004 0.002 0.002 0.062 0.021 0.705 78 L 0.018 0.049 0.032 0.003 0.009 0.157 0.039 0.693 79 F 0.008 0.097 0.027 0.002 0.003 0.114 0.021 0.729 80 G 0.085 0.785 0.001 0.001 0.001 0.016 0.051 0.061 81 P 0.020 0.723 0.009 0.002 0.001 0.036 0.084 0.125 82 D 0.023 0.860 0.005 0.001 0.001 0.006 0.036 0.068 83 V 0.019 0.916 0.006 0.001 0.001 0.004 0.031 0.023 84 C 0.006 0.870 0.025 0.005 0.004 0.009 0.052 0.029 85 G 0.019 0.759 0.015 0.009 0.020 0.011 0.121 0.045 86 L 0.057 0.679 0.030 0.018 0.027 0.018 0.088 0.083 87 V 0.106 0.137 0.081 0.050 0.056 0.056 0.370 0.145 88 R 0.033 0.099 0.067 0.044 0.056 0.101 0.117 0.483 89 E 0.030 0.102 0.081 0.027 0.059 0.103 0.046 0.552 90 V 0.055 0.095 0.065 0.061 0.041 0.109 0.062 0.511 91 T 0.098 0.050 0.081 0.024 0.038 0.103 0.225 0.381 92 D 0.123 0.097 0.025 0.013 0.014 0.089 0.067 0.572 93 D 0.382 0.114 0.009 0.004 0.006 0.054 0.055 0.375 94 K 0.047 0.251 0.007 0.010 0.009 0.072 0.032 0.573 95 S 0.111 0.317 0.005 0.004 0.012 0.061 0.063 0.427 96 L 0.101 0.367 0.009 0.017 0.014 0.064 0.155 0.273 97 E 0.089 0.576 0.007 0.010 0.013 0.030 0.079 0.195 98 K 0.099 0.652 0.002 0.004 0.006 0.022 0.048 0.166 99 Q 0.035 0.688 0.005 0.008 0.008 0.027 0.094 0.136 100 E 0.033 0.746 0.006 0.005 0.007 0.021 0.070 0.111 101 R 0.042 0.815 0.004 0.003 0.003 0.011 0.072 0.050 102 K 0.016 0.894 0.003 0.004 0.004 0.009 0.027 0.043 103 R 0.019 0.848 0.007 0.003 0.007 0.011 0.058 0.046 104 L 0.007 0.498 0.028 0.016 0.015 0.025 0.338 0.072 105 Q 0.012 0.811 0.023 0.013 0.013 0.014 0.073 0.041 106 I 0.066 0.770 0.015 0.012 0.009 0.013 0.060 0.055 107 E 0.060 0.490 0.023 0.022 0.020 0.039 0.082 0.265 108 N 0.101 0.203 0.042 0.016 0.027 0.068 0.209 0.334 109 A 0.089 0.024 0.097 0.031 0.026 0.094 0.302 0.335 110 A 0.152 0.009 0.016 0.007 0.009 0.078 0.055 0.673 111 K 0.064 0.003 0.005 0.005 0.004 0.091 0.015 0.812 112 S 0.037 0.004 0.014 0.003 0.007 0.134 0.014 0.786 113 S 0.036 0.010 0.019 0.007 0.010 0.144 0.038 0.736 114 C 0.003 0.006 0.038 0.011 0.021 0.157 0.029 0.735 115 R 0.004 0.047 0.396 0.111 0.139 0.071 0.101 0.131 116 A 0.002 0.014 0.100 0.085 0.074 0.082 0.038 0.604 117 K 0.001 0.064 0.602 0.169 0.079 0.009 0.056 0.020 118 L 0.021 0.209 0.290 0.093 0.151 0.017 0.117 0.103 119 I 0.013 0.194 0.339 0.178 0.065 0.018 0.128 0.065 120 K 0.079 0.591 0.063 0.045 0.069 0.020 0.049 0.084 121 L 0.131 0.641 0.024 0.015 0.037 0.017 0.040 0.096 122 A 0.071 0.555 0.025 0.015 0.015 0.040 0.122 0.156 123 D 0.073 0.357 0.025 0.014 0.023 0.046 0.281 0.182 124 K 0.091 0.403 0.021 0.011 0.014 0.054 0.115 0.290 125 L 0.106 0.393 0.016 0.011 0.010 0.053 0.127 0.284 126 D 0.041 0.275 0.024 0.010 0.015 0.074 0.132 0.429 127 N 0.076 0.438 0.020 0.008 0.012 0.052 0.114 0.280 128 L 0.094 0.234 0.026 0.016 0.016 0.076 0.155 0.384 129 R 0.094 0.192 0.045 0.026 0.037 0.075 0.129 0.401 130 D 0.154 0.096 0.055 0.016 0.033 0.090 0.163 0.392 131 L 0.093 0.052 0.083 0.035 0.046 0.108 0.133 0.451 132 Q 0.118 0.015 0.049 0.015 0.041 0.114 0.054 0.594 133 V 0.005 0.004 0.032 0.017 0.029 0.184 0.034 0.695 134 N 0.010 0.014 0.042 0.021 0.028 0.177 0.041 0.667 135 T 0.574 0.139 0.005 0.004 0.004 0.034 0.085 0.155 136 P 0.143 0.100 0.005 0.002 0.002 0.091 0.126 0.529 137 T 0.010 0.193 0.012 0.005 0.007 0.130 0.060 0.583 138 G 0.062 0.387 0.009 0.006 0.011 0.081 0.076 0.368 139 W 0.063 0.529 0.009 0.018 0.011 0.047 0.116 0.207 140 T 0.030 0.637 0.009 0.010 0.017 0.035 0.079 0.182 141 Q 0.031 0.533 0.027 0.021 0.023 0.041 0.170 0.155 142 E 0.073 0.512 0.022 0.029 0.022 0.036 0.094 0.213 143 R 0.176 0.583 0.012 0.011 0.012 0.021 0.083 0.102 144 R 0.085 0.641 0.008 0.008 0.008 0.027 0.038 0.185 145 D 0.117 0.353 0.014 0.006 0.011 0.055 0.102 0.342 146 Q 0.015 0.663 0.011 0.011 0.013 0.035 0.049 0.203 147 Y 0.021 0.899 0.005 0.002 0.005 0.008 0.021 0.040 148 F 0.034 0.796 0.005 0.007 0.003 0.011 0.105 0.039 149 V 0.034 0.734 0.009 0.005 0.004 0.014 0.118 0.083 150 W 0.052 0.827 0.009 0.001 0.002 0.008 0.052 0.049 151 A 0.056 0.779 0.005 0.002 0.001 0.014 0.076 0.067 152 K 0.030 0.747 0.004 0.001 0.001 0.016 0.079 0.122 153 K 0.016 0.599 0.008 0.002 0.002 0.030 0.115 0.227 154 V 0.025 0.828 0.010 0.002 0.001 0.013 0.072 0.050 155 V 0.194 0.537 0.008 0.002 0.001 0.024 0.093 0.140 156 D 0.071 0.321 0.012 0.002 0.003 0.050 0.086 0.455 157 N 0.021 0.150 0.078 0.004 0.010 0.101 0.211 0.424 158 L 0.021 0.093 0.159 0.016 0.013 0.082 0.386 0.230 159 R 0.055 0.158 0.093 0.021 0.014 0.103 0.122 0.434 160 G 0.057 0.092 0.126 0.015 0.017 0.094 0.171 0.427 161 T 0.041 0.109 0.067 0.017 0.013 0.100 0.067 0.585 162 N 0.241 0.231 0.035 0.005 0.008 0.071 0.090 0.320 163 A 0.041 0.235 0.014 0.008 0.005 0.081 0.039 0.578 164 N 0.132 0.595 0.007 0.002 0.006 0.027 0.094 0.136 165 L 0.036 0.736 0.006 0.007 0.006 0.025 0.061 0.124 166 E 0.055 0.528 0.015 0.009 0.017 0.040 0.158 0.178 167 L 0.009 0.689 0.012 0.018 0.014 0.026 0.094 0.138 168 K 0.010 0.942 0.003 0.001 0.002 0.003 0.021 0.017 169 L 0.010 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 170 D 0.005 0.932 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.018 171 E 0.012 0.907 0.003 0.001 0.002 0.005 0.046 0.026 172 I 0.027 0.824 0.007 0.002 0.002 0.008 0.096 0.033 173 F 0.059 0.474 0.033 0.012 0.004 0.034 0.272 0.111 174 R 0.152 0.330 0.010 0.005 0.004 0.034 0.062 0.403 175 Q 0.227 0.110 0.029 0.004 0.004 0.058 0.066 0.502 176 R 0.217 0.043 0.022 0.007 0.005 0.069 0.052 0.585 177 G 0.113 0.018 0.012 0.002 0.006 0.070 0.025 0.753 178 L 0.022 0.009 0.024 0.006 0.009 0.104 0.019 0.805 179 L 0.071 0.022 0.036 0.020 0.031 0.119 0.051 0.650