# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 287.327 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.203 0.033 0.013 0.026 0.025 0.041 0.054 0.003 0.001 0.003 0.598 2 A 0.013 0.003 0.001 0.011 0.005 0.009 0.042 0.001 0.001 0.001 0.915 3 T 0.032 0.002 0.002 0.013 0.005 0.011 0.023 0.001 0.001 0.001 0.911 4 Y 0.106 0.013 0.004 0.016 0.018 0.024 0.133 0.001 0.001 0.004 0.681 5 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.981 6 S 0.031 0.015 0.002 0.014 0.008 0.038 0.112 0.001 0.001 0.002 0.779 7 A 0.047 0.046 0.001 0.004 0.002 0.005 0.171 0.001 0.001 0.005 0.719 8 K 0.097 0.194 0.001 0.004 0.001 0.002 0.254 0.001 0.001 0.001 0.445 9 F 0.070 0.658 0.004 0.002 0.001 0.002 0.041 0.002 0.001 0.001 0.219 10 M 0.007 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.097 11 E 0.008 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.101 12 C 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.028 13 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 14 Q 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 15 Y 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 16 A 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 17 A 0.005 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 18 F 0.022 0.934 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.020 19 K 0.059 0.893 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.017 20 H 0.091 0.781 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.001 0.001 0.073 21 R 0.085 0.535 0.041 0.003 0.002 0.003 0.017 0.024 0.001 0.001 0.289 22 Q 0.096 0.337 0.024 0.010 0.004 0.007 0.071 0.018 0.001 0.003 0.429 23 Q 0.295 0.291 0.041 0.009 0.008 0.009 0.077 0.017 0.001 0.005 0.248 24 R 0.112 0.400 0.029 0.022 0.015 0.020 0.050 0.015 0.001 0.003 0.333 25 R 0.075 0.192 0.034 0.039 0.042 0.074 0.040 0.017 0.001 0.006 0.481 26 K 0.119 0.096 0.007 0.029 0.016 0.042 0.049 0.012 0.001 0.004 0.626 27 D 0.109 0.056 0.013 0.054 0.064 0.061 0.145 0.009 0.001 0.008 0.480 28 P 0.017 0.004 0.001 0.003 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.957 29 Q 0.007 0.004 0.004 0.012 0.003 0.008 0.609 0.001 0.001 0.009 0.343 30 E 0.575 0.005 0.010 0.007 0.006 0.007 0.132 0.002 0.001 0.043 0.214 31 T 0.279 0.097 0.043 0.016 0.044 0.025 0.115 0.004 0.001 0.011 0.366 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992 33 Y 0.019 0.007 0.001 0.055 0.056 0.175 0.145 0.001 0.001 0.001 0.541 34 V 0.175 0.040 0.002 0.051 0.068 0.093 0.090 0.001 0.001 0.007 0.472 35 N 0.063 0.112 0.005 0.067 0.059 0.088 0.118 0.002 0.001 0.003 0.484 36 H 0.057 0.127 0.018 0.043 0.037 0.055 0.157 0.002 0.001 0.005 0.499 37 V 0.026 0.157 0.002 0.015 0.013 0.032 0.132 0.001 0.001 0.002 0.619 38 I 0.012 0.311 0.002 0.015 0.018 0.056 0.206 0.001 0.001 0.001 0.378 39 N 0.015 0.636 0.002 0.004 0.007 0.015 0.121 0.001 0.001 0.001 0.198 40 V 0.006 0.922 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.053 41 S 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 42 T 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 43 I 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 44 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 45 S 0.005 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 46 V 0.013 0.945 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.006 47 E 0.049 0.876 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 0.021 48 A 0.132 0.659 0.036 0.004 0.005 0.008 0.011 0.058 0.001 0.001 0.087 49 C 0.298 0.197 0.064 0.007 0.009 0.014 0.043 0.082 0.001 0.003 0.282 50 I 0.177 0.163 0.296 0.018 0.008 0.013 0.044 0.027 0.001 0.003 0.250 51 T 0.056 0.090 0.020 0.026 0.018 0.025 0.256 0.012 0.001 0.003 0.493 52 D 0.117 0.080 0.023 0.013 0.009 0.008 0.174 0.006 0.001 0.009 0.559 53 E 0.029 0.126 0.011 0.009 0.003 0.007 0.241 0.001 0.001 0.015 0.556 54 G 0.015 0.025 0.002 0.002 0.002 0.005 0.827 0.001 0.001 0.008 0.115 55 V 0.079 0.337 0.008 0.007 0.004 0.005 0.415 0.001 0.001 0.004 0.141 56 L 0.004 0.910 0.003 0.004 0.004 0.005 0.024 0.001 0.001 0.001 0.046 57 M 0.001 0.958 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.023 58 A 0.002 0.968 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 59 A 0.003 0.980 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 60 L 0.004 0.980 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 61 L 0.013 0.942 0.005 0.002 0.002 0.003 0.002 0.014 0.001 0.001 0.018 62 H 0.039 0.860 0.012 0.003 0.005 0.008 0.003 0.028 0.001 0.001 0.040 63 D 0.074 0.678 0.028 0.007 0.014 0.016 0.011 0.050 0.001 0.001 0.121 64 V 0.088 0.546 0.073 0.008 0.012 0.019 0.029 0.030 0.001 0.001 0.193 65 V 0.094 0.463 0.048 0.037 0.026 0.051 0.044 0.026 0.001 0.002 0.209 66 E 0.064 0.213 0.021 0.039 0.048 0.063 0.059 0.022 0.001 0.004 0.467 67 D 0.177 0.127 0.037 0.077 0.032 0.044 0.034 0.022 0.001 0.005 0.445 68 T 0.206 0.081 0.023 0.114 0.064 0.063 0.065 0.014 0.001 0.006 0.365 69 D 0.062 0.016 0.009 0.039 0.012 0.017 0.138 0.004 0.001 0.006 0.697 70 A 0.122 0.038 0.031 0.090 0.020 0.041 0.321 0.004 0.001 0.044 0.290 71 S 0.045 0.010 0.002 0.007 0.003 0.005 0.692 0.001 0.001 0.010 0.225 72 F 0.037 0.040 0.004 0.010 0.002 0.004 0.157 0.001 0.001 0.003 0.742 73 E 0.002 0.023 0.001 0.003 0.001 0.005 0.443 0.001 0.001 0.005 0.518 74 D 0.043 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.829 0.001 0.001 0.002 0.095 75 V 0.016 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.026 76 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 77 K 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.028 78 L 0.155 0.767 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.036 79 F 0.156 0.694 0.029 0.001 0.001 0.001 0.004 0.071 0.001 0.001 0.045 80 G 0.102 0.413 0.195 0.001 0.001 0.001 0.019 0.029 0.001 0.001 0.238 81 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 82 D 0.075 0.105 0.005 0.002 0.001 0.001 0.094 0.002 0.001 0.001 0.715 83 V 0.162 0.518 0.008 0.004 0.001 0.001 0.064 0.003 0.001 0.001 0.239 84 C 0.016 0.884 0.004 0.005 0.002 0.004 0.014 0.003 0.001 0.001 0.069 85 G 0.011 0.865 0.004 0.004 0.002 0.003 0.012 0.004 0.001 0.001 0.095 86 L 0.010 0.930 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.044 87 V 0.009 0.950 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.026 88 R 0.023 0.880 0.003 0.008 0.004 0.006 0.005 0.010 0.001 0.001 0.060 89 E 0.086 0.761 0.014 0.008 0.003 0.003 0.012 0.026 0.001 0.001 0.087 90 V 0.169 0.733 0.018 0.005 0.003 0.005 0.005 0.026 0.001 0.001 0.037 91 T 0.136 0.573 0.021 0.016 0.014 0.020 0.029 0.056 0.001 0.001 0.135 92 D 0.120 0.267 0.026 0.014 0.011 0.016 0.045 0.036 0.001 0.003 0.463 93 D 0.069 0.179 0.057 0.018 0.009 0.019 0.257 0.014 0.001 0.015 0.362 94 K 0.123 0.112 0.018 0.007 0.004 0.006 0.482 0.005 0.001 0.019 0.224 95 S 0.065 0.137 0.016 0.006 0.003 0.004 0.390 0.003 0.001 0.012 0.364 96 L 0.161 0.257 0.022 0.011 0.005 0.008 0.135 0.004 0.001 0.007 0.390 97 E 0.027 0.317 0.004 0.005 0.004 0.006 0.242 0.003 0.001 0.002 0.391 98 K 0.065 0.306 0.004 0.005 0.005 0.008 0.142 0.004 0.001 0.003 0.458 99 Q 0.049 0.675 0.008 0.003 0.005 0.008 0.061 0.005 0.001 0.002 0.183 100 E 0.032 0.667 0.006 0.001 0.003 0.004 0.082 0.005 0.001 0.001 0.199 101 R 0.032 0.724 0.009 0.001 0.002 0.004 0.051 0.005 0.001 0.001 0.172 102 K 0.026 0.854 0.005 0.001 0.002 0.002 0.027 0.004 0.001 0.001 0.079 103 R 0.020 0.886 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.070 104 L 0.017 0.915 0.005 0.001 0.001 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.043 105 Q 0.014 0.929 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.036 106 I 0.011 0.945 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.028 107 E 0.011 0.925 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.047 108 N 0.051 0.848 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.013 0.001 0.001 0.072 109 A 0.109 0.782 0.013 0.001 0.002 0.003 0.003 0.026 0.001 0.001 0.060 110 A 0.047 0.804 0.021 0.001 0.003 0.005 0.010 0.037 0.001 0.001 0.071 111 K 0.141 0.621 0.039 0.003 0.004 0.007 0.009 0.066 0.001 0.001 0.108 112 S 0.281 0.394 0.055 0.005 0.010 0.011 0.014 0.079 0.001 0.003 0.148 113 S 0.276 0.084 0.039 0.006 0.011 0.011 0.039 0.024 0.001 0.003 0.507 114 C 0.081 0.012 0.154 0.041 0.022 0.025 0.046 0.003 0.001 0.004 0.613 115 R 0.037 0.011 0.010 0.106 0.186 0.172 0.250 0.001 0.001 0.005 0.221 116 A 0.021 0.012 0.009 0.190 0.067 0.075 0.111 0.001 0.001 0.003 0.510 117 K 0.004 0.009 0.002 0.585 0.153 0.170 0.037 0.001 0.001 0.001 0.038 118 L 0.002 0.019 0.001 0.426 0.081 0.147 0.090 0.001 0.001 0.001 0.234 119 I 0.001 0.014 0.001 0.802 0.048 0.075 0.016 0.001 0.001 0.001 0.045 120 K 0.002 0.066 0.001 0.296 0.087 0.181 0.089 0.001 0.001 0.001 0.277 121 L 0.009 0.321 0.001 0.116 0.044 0.122 0.076 0.001 0.001 0.001 0.309 122 A 0.027 0.467 0.002 0.072 0.017 0.072 0.049 0.005 0.001 0.001 0.289 123 D 0.072 0.742 0.005 0.010 0.005 0.010 0.019 0.012 0.001 0.001 0.123 124 K 0.093 0.810 0.005 0.003 0.001 0.002 0.009 0.017 0.001 0.001 0.059 125 L 0.149 0.746 0.010 0.002 0.001 0.002 0.005 0.025 0.001 0.001 0.059 126 D 0.156 0.582 0.013 0.004 0.003 0.005 0.016 0.050 0.001 0.001 0.170 127 N 0.277 0.362 0.038 0.005 0.003 0.004 0.035 0.048 0.001 0.003 0.225 128 L 0.170 0.422 0.100 0.014 0.003 0.005 0.042 0.018 0.001 0.003 0.222 129 R 0.042 0.306 0.018 0.019 0.009 0.015 0.217 0.009 0.001 0.005 0.361 130 D 0.115 0.196 0.014 0.023 0.007 0.012 0.150 0.007 0.001 0.006 0.468 131 L 0.179 0.409 0.017 0.033 0.014 0.024 0.038 0.007 0.001 0.004 0.274 132 Q 0.077 0.304 0.010 0.040 0.019 0.032 0.105 0.013 0.001 0.003 0.396 133 V 0.200 0.228 0.034 0.057 0.020 0.037 0.051 0.023 0.001 0.007 0.341 134 N 0.191 0.182 0.028 0.037 0.020 0.044 0.064 0.022 0.001 0.006 0.406 135 T 0.036 0.027 0.007 0.009 0.013 0.008 0.091 0.004 0.001 0.001 0.804 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 137 T 0.007 0.004 0.001 0.007 0.003 0.012 0.382 0.001 0.001 0.001 0.583 138 G 0.487 0.016 0.002 0.002 0.002 0.002 0.094 0.001 0.001 0.008 0.385 139 W 0.121 0.202 0.008 0.006 0.004 0.004 0.122 0.001 0.001 0.002 0.530 140 T 0.043 0.279 0.009 0.012 0.010 0.018 0.108 0.002 0.001 0.002 0.516 141 Q 0.035 0.354 0.002 0.013 0.008 0.019 0.054 0.003 0.001 0.001 0.512 142 E 0.042 0.657 0.002 0.008 0.005 0.009 0.059 0.004 0.001 0.001 0.214 143 R 0.050 0.779 0.005 0.005 0.003 0.005 0.035 0.006 0.001 0.001 0.111 144 R 0.032 0.844 0.011 0.003 0.004 0.006 0.011 0.007 0.001 0.001 0.081 145 D 0.036 0.775 0.007 0.003 0.004 0.006 0.012 0.009 0.001 0.001 0.148 146 Q 0.084 0.741 0.010 0.003 0.003 0.005 0.022 0.012 0.001 0.001 0.118 147 Y 0.094 0.720 0.011 0.003 0.004 0.007 0.022 0.021 0.001 0.001 0.118 148 F 0.045 0.692 0.053 0.004 0.007 0.011 0.022 0.012 0.001 0.001 0.155 149 V 0.009 0.175 0.003 0.003 0.003 0.005 0.029 0.002 0.001 0.001 0.770 150 W 0.032 0.401 0.005 0.004 0.004 0.008 0.055 0.004 0.001 0.001 0.486 151 A 0.053 0.776 0.003 0.004 0.002 0.005 0.025 0.004 0.001 0.001 0.128 152 K 0.050 0.770 0.005 0.002 0.001 0.003 0.018 0.006 0.001 0.001 0.143 153 K 0.042 0.866 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.065 154 V 0.038 0.887 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.059 155 V 0.030 0.876 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.073 156 D 0.035 0.748 0.005 0.001 0.001 0.002 0.009 0.011 0.001 0.001 0.187 157 N 0.103 0.726 0.010 0.002 0.001 0.001 0.017 0.020 0.001 0.001 0.121 158 L 0.063 0.869 0.014 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.036 159 R 0.036 0.807 0.007 0.004 0.002 0.003 0.010 0.014 0.001 0.001 0.117 160 G 0.087 0.581 0.017 0.008 0.003 0.005 0.019 0.030 0.001 0.002 0.248 161 T 0.162 0.591 0.017 0.005 0.003 0.003 0.027 0.022 0.001 0.002 0.167 162 N 0.102 0.498 0.039 0.011 0.005 0.008 0.043 0.015 0.001 0.002 0.276 163 A 0.044 0.337 0.020 0.012 0.009 0.018 0.070 0.008 0.001 0.003 0.478 164 N 0.109 0.232 0.011 0.014 0.004 0.006 0.149 0.006 0.001 0.005 0.464 165 L 0.247 0.431 0.011 0.013 0.004 0.006 0.047 0.005 0.001 0.003 0.234 166 E 0.066 0.448 0.008 0.011 0.007 0.012 0.121 0.005 0.001 0.002 0.319 167 L 0.067 0.519 0.017 0.014 0.007 0.012 0.109 0.007 0.001 0.003 0.245 168 K 0.052 0.763 0.007 0.004 0.003 0.006 0.045 0.005 0.001 0.001 0.112 169 L 0.031 0.775 0.004 0.003 0.002 0.005 0.028 0.004 0.001 0.001 0.147 170 D 0.015 0.583 0.003 0.002 0.002 0.005 0.028 0.003 0.001 0.001 0.359 171 E 0.024 0.632 0.002 0.002 0.001 0.001 0.085 0.003 0.001 0.001 0.251 172 I 0.027 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.062 173 F 0.008 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.020 174 R 0.006 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 175 Q 0.028 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.015 176 R 0.057 0.896 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.014 177 G 0.123 0.591 0.021 0.003 0.003 0.005 0.009 0.098 0.001 0.001 0.147 178 L 0.113 0.357 0.260 0.007 0.003 0.005 0.022 0.037 0.001 0.002 0.193 179 L 0.126 0.243 0.029 0.025 0.010 0.016 0.048 0.021 0.001 0.002 0.480