# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 287.327 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.046 0.053 0.037 0.058 0.073 0.015 0.623 2 A 0.036 0.012 0.014 0.010 0.016 0.122 0.006 0.785 3 T 0.051 0.012 0.012 0.005 0.013 0.108 0.007 0.792 4 Y 0.192 0.025 0.034 0.009 0.017 0.137 0.013 0.573 5 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.990 6 S 0.046 0.036 0.009 0.004 0.012 0.170 0.004 0.720 7 A 0.081 0.093 0.008 0.001 0.002 0.122 0.003 0.691 8 K 0.034 0.223 0.002 0.001 0.001 0.280 0.002 0.456 9 F 0.033 0.761 0.004 0.001 0.002 0.034 0.002 0.165 10 M 0.008 0.929 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.042 11 E 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 12 C 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 14 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 Y 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 F 0.016 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 19 K 0.033 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 20 H 0.036 0.898 0.006 0.001 0.001 0.004 0.026 0.030 21 R 0.048 0.748 0.031 0.002 0.001 0.015 0.030 0.125 22 Q 0.074 0.526 0.030 0.005 0.003 0.064 0.043 0.254 23 Q 0.277 0.340 0.020 0.010 0.006 0.061 0.043 0.242 24 R 0.101 0.623 0.046 0.014 0.012 0.025 0.014 0.166 25 R 0.108 0.454 0.047 0.057 0.074 0.018 0.018 0.224 26 K 0.164 0.252 0.016 0.022 0.033 0.052 0.025 0.437 27 D 0.153 0.168 0.017 0.050 0.043 0.096 0.050 0.423 28 P 0.020 0.006 0.003 0.002 0.002 0.008 0.007 0.951 29 Q 0.016 0.008 0.011 0.010 0.005 0.797 0.006 0.147 30 E 0.438 0.023 0.012 0.010 0.012 0.200 0.038 0.268 31 T 0.239 0.075 0.090 0.042 0.058 0.102 0.010 0.385 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 33 Y 0.016 0.008 0.024 0.052 0.162 0.131 0.002 0.606 34 V 0.255 0.048 0.048 0.082 0.166 0.095 0.004 0.302 35 N 0.124 0.223 0.054 0.057 0.112 0.062 0.010 0.358 36 H 0.083 0.180 0.054 0.040 0.063 0.114 0.007 0.459 37 V 0.014 0.079 0.007 0.004 0.010 0.092 0.003 0.791 38 I 0.033 0.395 0.011 0.029 0.064 0.092 0.009 0.366 39 N 0.022 0.564 0.014 0.012 0.016 0.110 0.003 0.258 40 V 0.008 0.915 0.006 0.003 0.005 0.009 0.001 0.052 41 S 0.003 0.970 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 0.013 42 T 0.004 0.978 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.007 43 I 0.007 0.980 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 44 L 0.008 0.969 0.005 0.002 0.004 0.001 0.006 0.005 45 S 0.020 0.888 0.012 0.011 0.012 0.003 0.016 0.037 46 V 0.044 0.696 0.081 0.034 0.039 0.006 0.026 0.074 47 E 0.092 0.372 0.077 0.036 0.035 0.040 0.054 0.294 48 A 0.127 0.275 0.087 0.057 0.053 0.067 0.052 0.281 49 C 0.179 0.141 0.120 0.027 0.037 0.070 0.049 0.376 50 I 0.133 0.069 0.148 0.068 0.062 0.057 0.014 0.450 51 T 0.053 0.059 0.058 0.034 0.041 0.256 0.011 0.488 52 D 0.068 0.068 0.022 0.021 0.040 0.185 0.009 0.587 53 E 0.017 0.042 0.006 0.002 0.005 0.110 0.004 0.812 54 G 0.005 0.023 0.001 0.001 0.001 0.760 0.001 0.209 55 V 0.067 0.205 0.002 0.002 0.002 0.334 0.006 0.382 56 L 0.003 0.927 0.006 0.001 0.002 0.021 0.001 0.039 57 M 0.001 0.977 0.004 0.001 0.002 0.005 0.001 0.010 58 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 59 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 61 L 0.008 0.977 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 62 H 0.028 0.879 0.031 0.004 0.003 0.002 0.031 0.022 63 D 0.070 0.706 0.040 0.016 0.007 0.016 0.046 0.099 64 V 0.140 0.513 0.113 0.008 0.009 0.019 0.053 0.145 65 V 0.073 0.376 0.275 0.049 0.042 0.025 0.016 0.145 66 E 0.040 0.288 0.218 0.072 0.059 0.083 0.014 0.226 67 D 0.098 0.211 0.111 0.029 0.047 0.041 0.022 0.441 68 T 0.135 0.152 0.156 0.015 0.024 0.103 0.026 0.388 69 D 0.061 0.048 0.051 0.011 0.011 0.123 0.018 0.679 70 A 0.120 0.061 0.071 0.014 0.021 0.266 0.015 0.431 71 S 0.058 0.056 0.011 0.003 0.004 0.611 0.006 0.251 72 F 0.040 0.160 0.012 0.003 0.008 0.087 0.004 0.686 73 E 0.005 0.115 0.004 0.001 0.001 0.316 0.001 0.557 74 D 0.010 0.155 0.001 0.001 0.001 0.656 0.002 0.175 75 V 0.032 0.933 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 76 E 0.005 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 K 0.032 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 78 L 0.143 0.818 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.010 79 F 0.123 0.682 0.003 0.001 0.001 0.009 0.117 0.065 80 G 0.143 0.272 0.042 0.003 0.002 0.028 0.089 0.422 81 P 0.005 0.015 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.962 82 D 0.022 0.098 0.011 0.003 0.002 0.176 0.004 0.683 83 V 0.106 0.530 0.021 0.002 0.003 0.037 0.003 0.298 84 C 0.019 0.863 0.017 0.003 0.005 0.014 0.001 0.077 85 G 0.016 0.905 0.007 0.004 0.004 0.008 0.001 0.056 86 L 0.009 0.964 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 87 V 0.007 0.969 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.012 88 R 0.015 0.920 0.007 0.009 0.011 0.005 0.005 0.027 89 E 0.060 0.838 0.013 0.005 0.007 0.004 0.024 0.050 90 V 0.212 0.647 0.021 0.007 0.009 0.006 0.043 0.055 91 T 0.045 0.627 0.027 0.025 0.018 0.076 0.021 0.162 92 D 0.051 0.183 0.037 0.016 0.026 0.037 0.020 0.631 93 D 0.083 0.114 0.040 0.011 0.016 0.119 0.020 0.596 94 K 0.035 0.038 0.006 0.004 0.002 0.692 0.009 0.213 95 S 0.254 0.119 0.008 0.002 0.003 0.229 0.039 0.345 96 L 0.171 0.309 0.050 0.005 0.007 0.093 0.016 0.348 97 E 0.026 0.253 0.022 0.007 0.008 0.347 0.006 0.332 98 K 0.067 0.348 0.008 0.004 0.011 0.093 0.009 0.460 99 Q 0.073 0.581 0.012 0.003 0.007 0.077 0.010 0.237 100 E 0.074 0.609 0.009 0.004 0.004 0.133 0.015 0.153 101 R 0.073 0.754 0.010 0.002 0.003 0.015 0.014 0.128 102 K 0.030 0.812 0.017 0.002 0.003 0.016 0.007 0.113 103 R 0.032 0.724 0.011 0.003 0.004 0.041 0.011 0.174 104 L 0.061 0.746 0.015 0.007 0.009 0.019 0.011 0.134 105 Q 0.043 0.799 0.024 0.006 0.008 0.025 0.009 0.086 106 I 0.031 0.780 0.031 0.014 0.019 0.009 0.005 0.111 107 E 0.016 0.847 0.022 0.010 0.015 0.023 0.005 0.063 108 N 0.088 0.628 0.011 0.015 0.018 0.025 0.021 0.193 109 A 0.107 0.723 0.039 0.013 0.021 0.008 0.019 0.070 110 A 0.071 0.626 0.023 0.031 0.032 0.053 0.028 0.136 111 K 0.175 0.405 0.017 0.032 0.045 0.036 0.047 0.242 112 S 0.193 0.170 0.027 0.014 0.017 0.045 0.061 0.472 113 S 0.157 0.026 0.035 0.019 0.017 0.049 0.050 0.648 114 C 0.095 0.012 0.101 0.034 0.033 0.034 0.014 0.676 115 R 0.041 0.012 0.144 0.157 0.133 0.232 0.006 0.275 116 A 0.039 0.009 0.126 0.127 0.177 0.048 0.003 0.471 117 K 0.014 0.011 0.396 0.183 0.244 0.038 0.001 0.114 118 L 0.005 0.008 0.399 0.154 0.242 0.025 0.001 0.166 119 I 0.003 0.011 0.357 0.197 0.308 0.025 0.001 0.098 120 K 0.006 0.018 0.171 0.149 0.276 0.087 0.001 0.292 121 L 0.015 0.048 0.135 0.085 0.285 0.100 0.005 0.326 122 A 0.060 0.202 0.135 0.048 0.184 0.068 0.014 0.289 123 D 0.072 0.150 0.026 0.031 0.062 0.107 0.017 0.536 124 K 0.194 0.309 0.021 0.010 0.022 0.070 0.027 0.346 125 L 0.117 0.568 0.032 0.009 0.026 0.039 0.027 0.183 126 D 0.110 0.380 0.016 0.016 0.016 0.133 0.030 0.299 127 N 0.142 0.564 0.041 0.008 0.008 0.042 0.031 0.164 128 L 0.188 0.419 0.084 0.009 0.013 0.025 0.041 0.221 129 R 0.069 0.290 0.048 0.037 0.018 0.197 0.018 0.325 130 D 0.065 0.239 0.046 0.018 0.024 0.141 0.017 0.449 131 L 0.145 0.317 0.124 0.033 0.045 0.052 0.019 0.265 132 Q 0.072 0.318 0.070 0.041 0.030 0.183 0.017 0.269 133 V 0.203 0.213 0.042 0.029 0.043 0.054 0.028 0.388 134 N 0.205 0.214 0.073 0.023 0.055 0.056 0.036 0.339 135 T 0.103 0.055 0.027 0.023 0.024 0.133 0.023 0.613 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 137 T 0.025 0.014 0.016 0.007 0.012 0.422 0.008 0.496 138 G 0.485 0.013 0.006 0.004 0.003 0.094 0.018 0.377 139 W 0.193 0.080 0.026 0.005 0.009 0.096 0.008 0.583 140 T 0.034 0.129 0.039 0.011 0.017 0.114 0.003 0.653 141 Q 0.046 0.185 0.017 0.009 0.024 0.064 0.004 0.649 142 E 0.060 0.408 0.010 0.008 0.014 0.189 0.005 0.306 143 R 0.040 0.762 0.009 0.004 0.008 0.045 0.006 0.127 144 R 0.022 0.909 0.012 0.003 0.006 0.004 0.003 0.041 145 D 0.021 0.875 0.011 0.002 0.003 0.009 0.006 0.073 146 Q 0.067 0.830 0.006 0.002 0.003 0.014 0.012 0.066 147 Y 0.052 0.866 0.008 0.001 0.003 0.010 0.011 0.049 148 F 0.044 0.813 0.021 0.003 0.004 0.015 0.009 0.090 149 V 0.023 0.491 0.014 0.002 0.002 0.028 0.005 0.435 150 W 0.031 0.742 0.009 0.001 0.002 0.048 0.005 0.161 151 A 0.024 0.891 0.006 0.001 0.001 0.011 0.003 0.063 152 K 0.028 0.877 0.005 0.001 0.001 0.013 0.005 0.071 153 K 0.031 0.893 0.004 0.001 0.001 0.010 0.005 0.055 154 V 0.034 0.933 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 155 V 0.024 0.944 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 156 D 0.026 0.911 0.004 0.001 0.001 0.004 0.007 0.046 157 N 0.066 0.791 0.003 0.001 0.001 0.008 0.044 0.087 158 L 0.302 0.531 0.020 0.002 0.002 0.009 0.045 0.090 159 R 0.049 0.622 0.096 0.016 0.007 0.034 0.016 0.161 160 G 0.058 0.390 0.044 0.013 0.014 0.039 0.013 0.429 161 T 0.153 0.437 0.031 0.006 0.007 0.079 0.023 0.262 162 N 0.124 0.480 0.054 0.016 0.017 0.043 0.022 0.245 163 A 0.066 0.248 0.088 0.021 0.022 0.105 0.017 0.434 164 N 0.067 0.226 0.036 0.019 0.017 0.225 0.013 0.399 165 L 0.119 0.400 0.036 0.013 0.022 0.066 0.015 0.329 166 E 0.042 0.537 0.015 0.006 0.012 0.136 0.008 0.244 167 L 0.075 0.475 0.008 0.006 0.009 0.261 0.011 0.155 168 K 0.174 0.644 0.005 0.002 0.004 0.041 0.015 0.114 169 L 0.030 0.868 0.011 0.002 0.004 0.013 0.004 0.067 170 D 0.015 0.666 0.004 0.002 0.003 0.042 0.006 0.263 171 E 0.021 0.712 0.003 0.001 0.001 0.055 0.005 0.203 172 I 0.022 0.884 0.004 0.001 0.001 0.019 0.004 0.066 173 F 0.008 0.969 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 174 R 0.013 0.964 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 175 Q 0.026 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 176 R 0.028 0.926 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.024 177 G 0.079 0.736 0.009 0.003 0.002 0.018 0.056 0.097 178 L 0.182 0.462 0.079 0.009 0.007 0.031 0.072 0.159 179 L 0.146 0.378 0.129 0.028 0.014 0.037 0.034 0.233