# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 287.327 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.168 0.184 0.364 0.089 0.053 0.025 0.050 0.008 0.047 0.009 0.002 2 A 0.258 0.079 0.476 0.056 0.030 0.033 0.025 0.006 0.013 0.015 0.008 3 T 0.307 0.084 0.274 0.233 0.018 0.044 0.021 0.006 0.008 0.002 0.004 4 Y 0.123 0.239 0.422 0.026 0.070 0.026 0.009 0.002 0.078 0.005 0.001 5 P 0.465 0.013 0.448 0.018 0.005 0.037 0.002 0.001 0.004 0.003 0.005 6 S 0.934 0.006 0.027 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.979 0.004 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.980 0.005 0.004 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.937 0.002 0.004 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.661 0.008 0.032 0.245 0.009 0.006 0.019 0.006 0.011 0.003 0.001 21 R 0.868 0.004 0.025 0.081 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 22 Q 0.497 0.013 0.022 0.352 0.013 0.008 0.056 0.034 0.003 0.003 0.001 23 Q 0.392 0.109 0.166 0.243 0.024 0.016 0.026 0.006 0.015 0.001 0.001 24 R 0.270 0.207 0.353 0.087 0.012 0.030 0.015 0.002 0.022 0.001 0.001 25 R 0.378 0.174 0.274 0.090 0.015 0.032 0.019 0.001 0.011 0.002 0.003 26 K 0.406 0.136 0.207 0.152 0.040 0.020 0.012 0.005 0.015 0.004 0.003 27 D 0.039 0.123 0.483 0.016 0.063 0.039 0.017 0.002 0.206 0.009 0.001 28 P 0.775 0.004 0.173 0.024 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 29 Q 0.627 0.078 0.111 0.133 0.010 0.010 0.018 0.004 0.007 0.001 0.001 30 E 0.310 0.082 0.140 0.360 0.027 0.027 0.035 0.006 0.010 0.001 0.001 31 T 0.052 0.341 0.364 0.006 0.038 0.012 0.006 0.001 0.179 0.002 0.001 32 P 0.291 0.004 0.625 0.010 0.002 0.030 0.002 0.001 0.001 0.003 0.032 33 Y 0.331 0.223 0.178 0.109 0.064 0.037 0.022 0.011 0.024 0.001 0.001 34 V 0.464 0.236 0.207 0.031 0.007 0.037 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 35 N 0.515 0.066 0.135 0.177 0.031 0.046 0.013 0.005 0.008 0.004 0.001 36 H 0.408 0.153 0.120 0.071 0.152 0.026 0.013 0.002 0.050 0.004 0.001 37 V 0.934 0.010 0.036 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.978 0.008 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.978 0.006 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 V 0.984 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 S 0.994 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 T 0.992 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 I 0.991 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.964 0.006 0.004 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.940 0.008 0.013 0.025 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 46 V 0.952 0.013 0.005 0.024 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 E 0.836 0.017 0.025 0.102 0.005 0.004 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 48 A 0.370 0.032 0.063 0.457 0.017 0.009 0.035 0.004 0.010 0.001 0.001 49 C 0.263 0.069 0.114 0.161 0.053 0.024 0.241 0.048 0.012 0.013 0.001 50 I 0.234 0.187 0.300 0.148 0.039 0.050 0.020 0.003 0.015 0.002 0.001 51 T 0.293 0.120 0.244 0.244 0.032 0.041 0.009 0.002 0.012 0.002 0.001 52 D 0.334 0.071 0.255 0.067 0.056 0.091 0.020 0.004 0.086 0.014 0.001 53 E 0.967 0.001 0.013 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 G 0.959 0.003 0.006 0.018 0.004 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 55 V 0.985 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 M 0.995 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.990 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.977 0.012 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.909 0.034 0.017 0.021 0.003 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 61 L 0.703 0.023 0.029 0.209 0.006 0.012 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 62 H 0.425 0.046 0.050 0.374 0.048 0.012 0.025 0.006 0.010 0.004 0.001 63 D 0.460 0.052 0.119 0.182 0.024 0.048 0.090 0.006 0.016 0.002 0.001 64 V 0.636 0.107 0.110 0.098 0.009 0.024 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 65 V 0.554 0.176 0.112 0.086 0.006 0.040 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 66 E 0.501 0.203 0.119 0.098 0.037 0.017 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 67 D 0.251 0.130 0.173 0.177 0.045 0.092 0.084 0.011 0.029 0.005 0.003 68 T 0.274 0.130 0.139 0.323 0.060 0.027 0.023 0.006 0.013 0.004 0.001 69 D 0.180 0.114 0.184 0.214 0.033 0.055 0.184 0.013 0.016 0.006 0.002 70 A 0.265 0.212 0.264 0.130 0.064 0.029 0.013 0.003 0.016 0.002 0.001 71 S 0.127 0.142 0.489 0.048 0.030 0.093 0.007 0.001 0.059 0.004 0.001 72 F 0.969 0.001 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.992 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.976 0.003 0.004 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.991 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.983 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.912 0.002 0.008 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.288 0.011 0.040 0.607 0.004 0.006 0.026 0.002 0.015 0.001 0.001 80 G 0.084 0.004 0.166 0.018 0.045 0.012 0.123 0.054 0.033 0.459 0.001 81 P 0.895 0.001 0.079 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 D 0.848 0.012 0.033 0.089 0.002 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 83 V 0.947 0.015 0.013 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 C 0.962 0.011 0.011 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.950 0.016 0.011 0.007 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.960 0.011 0.010 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 V 0.959 0.012 0.011 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.868 0.022 0.027 0.064 0.003 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 89 E 0.755 0.044 0.029 0.084 0.031 0.010 0.032 0.006 0.007 0.001 0.001 90 V 0.714 0.075 0.097 0.083 0.005 0.015 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 91 T 0.384 0.102 0.137 0.290 0.026 0.027 0.013 0.002 0.017 0.002 0.001 92 D 0.472 0.086 0.121 0.171 0.045 0.033 0.035 0.007 0.018 0.010 0.002 93 D 0.561 0.071 0.118 0.163 0.015 0.028 0.023 0.004 0.013 0.002 0.001 94 K 0.646 0.049 0.085 0.172 0.009 0.008 0.022 0.003 0.005 0.001 0.001 95 S 0.448 0.096 0.131 0.143 0.040 0.029 0.076 0.016 0.015 0.005 0.001 96 L 0.431 0.187 0.246 0.078 0.019 0.018 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 97 E 0.557 0.094 0.218 0.063 0.010 0.032 0.010 0.002 0.010 0.002 0.002 98 K 0.717 0.054 0.090 0.092 0.016 0.014 0.008 0.002 0.005 0.002 0.001 99 Q 0.750 0.061 0.094 0.059 0.009 0.011 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 100 E 0.772 0.034 0.063 0.102 0.007 0.010 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 101 R 0.837 0.021 0.057 0.050 0.009 0.010 0.006 0.002 0.005 0.002 0.001 102 K 0.950 0.007 0.020 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.974 0.005 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.967 0.005 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.960 0.007 0.012 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.982 0.004 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.971 0.005 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 N 0.594 0.008 0.013 0.328 0.016 0.006 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 109 A 0.607 0.048 0.129 0.156 0.007 0.011 0.025 0.002 0.013 0.001 0.001 110 A 0.478 0.105 0.215 0.103 0.013 0.021 0.039 0.004 0.016 0.004 0.001 111 K 0.288 0.116 0.187 0.247 0.026 0.031 0.075 0.011 0.011 0.005 0.003 112 S 0.129 0.228 0.281 0.159 0.093 0.030 0.034 0.019 0.022 0.005 0.001 113 S 0.085 0.259 0.337 0.126 0.041 0.048 0.066 0.007 0.027 0.003 0.002 114 C 0.047 0.333 0.454 0.061 0.055 0.031 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 115 R 0.095 0.527 0.126 0.091 0.110 0.015 0.016 0.001 0.018 0.001 0.001 116 A 0.002 0.655 0.136 0.003 0.184 0.007 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 117 K 0.012 0.791 0.089 0.001 0.069 0.028 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 118 L 0.003 0.650 0.258 0.001 0.014 0.061 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 119 I 0.055 0.828 0.035 0.001 0.006 0.064 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 120 K 0.057 0.400 0.361 0.002 0.074 0.065 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 121 L 0.416 0.136 0.189 0.030 0.008 0.191 0.009 0.001 0.017 0.001 0.003 122 A 0.726 0.088 0.050 0.068 0.045 0.009 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 123 D 0.633 0.054 0.112 0.099 0.020 0.044 0.016 0.003 0.013 0.004 0.002 124 K 0.801 0.015 0.016 0.137 0.009 0.011 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 125 L 0.784 0.016 0.024 0.163 0.002 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 126 D 0.501 0.016 0.031 0.295 0.022 0.008 0.086 0.029 0.006 0.005 0.001 127 N 0.340 0.036 0.085 0.317 0.035 0.025 0.119 0.023 0.014 0.006 0.001 128 L 0.560 0.054 0.159 0.173 0.007 0.017 0.019 0.003 0.007 0.001 0.001 129 R 0.659 0.115 0.101 0.064 0.019 0.011 0.017 0.003 0.008 0.002 0.001 130 D 0.492 0.099 0.168 0.105 0.033 0.068 0.012 0.003 0.017 0.002 0.001 131 L 0.717 0.063 0.070 0.123 0.008 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 132 Q 0.632 0.120 0.099 0.072 0.017 0.016 0.024 0.004 0.012 0.002 0.001 133 V 0.470 0.149 0.106 0.196 0.023 0.015 0.026 0.001 0.013 0.001 0.001 134 N 0.252 0.141 0.297 0.152 0.032 0.046 0.034 0.007 0.033 0.004 0.002 135 T 0.066 0.096 0.606 0.011 0.036 0.026 0.009 0.001 0.141 0.008 0.001 136 P 0.804 0.002 0.160 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 137 T 0.413 0.029 0.070 0.457 0.002 0.007 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 138 G 0.177 0.006 0.027 0.040 0.069 0.004 0.063 0.476 0.004 0.134 0.001 139 W 0.527 0.078 0.234 0.101 0.013 0.020 0.008 0.002 0.012 0.002 0.001 140 T 0.843 0.026 0.069 0.040 0.004 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 141 Q 0.911 0.024 0.034 0.018 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 142 E 0.923 0.024 0.021 0.023 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 R 0.917 0.013 0.019 0.039 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 144 R 0.967 0.006 0.011 0.011 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 D 0.977 0.003 0.003 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 146 Q 0.976 0.004 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Y 0.950 0.006 0.008 0.031 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 F 0.991 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 149 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 V 0.995 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 V 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 D 0.939 0.002 0.003 0.048 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 157 N 0.829 0.005 0.010 0.140 0.003 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 158 L 0.833 0.027 0.039 0.079 0.001 0.007 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 159 R 0.723 0.053 0.083 0.068 0.007 0.008 0.048 0.002 0.005 0.002 0.001 160 G 0.437 0.027 0.094 0.095 0.114 0.028 0.035 0.106 0.009 0.054 0.002 161 T 0.638 0.076 0.113 0.140 0.008 0.014 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 162 N 0.670 0.041 0.106 0.100 0.009 0.038 0.022 0.003 0.009 0.002 0.001 163 A 0.931 0.011 0.017 0.030 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 164 N 0.738 0.018 0.070 0.115 0.007 0.036 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 165 L 0.894 0.005 0.011 0.082 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 E 0.971 0.009 0.010 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 167 L 0.956 0.008 0.004 0.027 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 168 K 0.896 0.013 0.034 0.034 0.008 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 169 L 0.971 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 D 0.990 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 E 0.995 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 F 0.994 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 R 0.988 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 Q 0.957 0.002 0.004 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 R 0.768 0.005 0.022 0.193 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 177 G 0.356 0.007 0.030 0.075 0.030 0.007 0.242 0.208 0.003 0.041 0.001 178 L 0.404 0.090 0.169 0.284 0.007 0.027 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 179 L 0.294 0.201 0.264 0.159 0.019 0.028 0.012 0.002 0.018 0.001 0.001