# TARGET T0615 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0615.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 342.217 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.253 0.122 0.026 0.191 0.021 0.038 0.070 0.069 0.067 0.055 2 A 0.062 0.349 0.166 0.025 0.180 0.015 0.033 0.062 0.037 0.035 0.036 3 T 0.086 0.112 0.044 0.015 0.110 0.021 0.060 0.174 0.132 0.171 0.074 4 Y 0.040 0.289 0.164 0.019 0.158 0.027 0.035 0.108 0.059 0.067 0.033 5 P 0.101 0.262 0.063 0.006 0.139 0.006 0.011 0.206 0.069 0.106 0.030 6 S 0.005 0.010 0.003 0.001 0.010 0.001 0.002 0.666 0.268 0.027 0.005 7 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.925 0.064 0.002 0.001 8 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.034 0.007 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.002 0.001 10 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 12 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.005 0.001 0.001 15 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.040 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.913 0.081 0.003 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.904 0.066 0.010 0.001 19 K 0.006 0.011 0.008 0.001 0.009 0.004 0.081 0.736 0.094 0.047 0.003 20 H 0.033 0.036 0.023 0.007 0.037 0.018 0.068 0.435 0.162 0.158 0.024 21 R 0.029 0.144 0.065 0.021 0.051 0.033 0.091 0.334 0.150 0.063 0.019 22 Q 0.050 0.060 0.033 0.017 0.049 0.029 0.059 0.170 0.134 0.317 0.080 23 Q 0.113 0.220 0.038 0.008 0.269 0.009 0.039 0.103 0.064 0.091 0.047 24 R 0.152 0.186 0.066 0.016 0.268 0.017 0.036 0.083 0.042 0.065 0.070 25 R 0.107 0.251 0.163 0.027 0.208 0.019 0.034 0.081 0.036 0.030 0.045 26 K 0.054 0.110 0.068 0.056 0.080 0.078 0.114 0.161 0.100 0.141 0.038 27 D 0.060 0.286 0.238 0.077 0.139 0.016 0.017 0.051 0.035 0.051 0.030 28 P 0.039 0.045 0.029 0.024 0.048 0.027 0.039 0.300 0.285 0.125 0.038 29 Q 0.030 0.097 0.056 0.021 0.060 0.032 0.090 0.298 0.168 0.122 0.025 30 E 0.111 0.088 0.042 0.020 0.111 0.021 0.039 0.140 0.088 0.264 0.075 31 T 0.077 0.362 0.124 0.024 0.246 0.012 0.017 0.062 0.030 0.022 0.026 32 P 0.142 0.181 0.063 0.015 0.258 0.014 0.027 0.155 0.077 0.030 0.039 33 Y 0.152 0.133 0.029 0.010 0.271 0.017 0.059 0.172 0.071 0.046 0.041 34 V 0.195 0.104 0.024 0.011 0.286 0.011 0.040 0.173 0.059 0.055 0.042 35 N 0.074 0.040 0.030 0.031 0.072 0.057 0.082 0.256 0.109 0.178 0.071 36 H 0.036 0.474 0.172 0.012 0.169 0.006 0.005 0.071 0.017 0.014 0.024 37 V 0.015 0.008 0.002 0.001 0.015 0.001 0.002 0.656 0.253 0.036 0.011 38 I 0.002 0.010 0.003 0.001 0.008 0.002 0.004 0.892 0.076 0.002 0.001 39 N 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.956 0.023 0.003 0.001 40 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.026 0.002 0.001 41 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.043 0.001 0.001 42 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.018 0.001 0.001 43 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.980 0.009 0.001 0.001 44 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.923 0.054 0.005 0.001 45 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.865 0.105 0.011 0.001 46 V 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.003 0.036 0.808 0.114 0.019 0.001 47 E 0.023 0.036 0.015 0.005 0.030 0.009 0.140 0.529 0.136 0.065 0.012 48 A 0.044 0.184 0.054 0.014 0.113 0.015 0.065 0.203 0.151 0.123 0.035 49 C 0.096 0.096 0.051 0.019 0.129 0.018 0.039 0.148 0.095 0.185 0.123 50 I 0.102 0.102 0.038 0.011 0.127 0.015 0.061 0.194 0.124 0.161 0.064 51 T 0.037 0.154 0.090 0.055 0.092 0.067 0.091 0.152 0.099 0.132 0.031 52 D 0.131 0.166 0.140 0.038 0.233 0.010 0.010 0.153 0.063 0.027 0.027 53 E 0.003 0.004 0.003 0.001 0.004 0.004 0.010 0.572 0.377 0.019 0.003 54 G 0.004 0.008 0.006 0.003 0.006 0.005 0.019 0.761 0.121 0.061 0.008 55 V 0.021 0.029 0.002 0.001 0.047 0.001 0.003 0.838 0.040 0.011 0.007 56 L 0.017 0.011 0.001 0.001 0.039 0.001 0.003 0.903 0.021 0.001 0.002 57 M 0.015 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.943 0.021 0.001 0.001 58 A 0.009 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.949 0.019 0.002 0.001 59 A 0.007 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.930 0.030 0.002 0.001 60 L 0.015 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.027 0.901 0.033 0.005 0.002 61 L 0.014 0.008 0.003 0.003 0.014 0.003 0.024 0.789 0.100 0.035 0.007 62 H 0.012 0.049 0.017 0.009 0.032 0.010 0.034 0.654 0.151 0.024 0.008 63 D 0.023 0.044 0.020 0.007 0.041 0.006 0.046 0.641 0.121 0.038 0.013 64 V 0.036 0.036 0.013 0.004 0.047 0.004 0.051 0.573 0.164 0.059 0.013 65 V 0.055 0.069 0.022 0.009 0.093 0.015 0.038 0.437 0.163 0.068 0.032 66 E 0.036 0.045 0.022 0.013 0.052 0.025 0.103 0.469 0.139 0.069 0.028 67 D 0.058 0.062 0.042 0.020 0.075 0.026 0.068 0.233 0.132 0.237 0.049 68 T 0.028 0.301 0.106 0.033 0.100 0.033 0.084 0.138 0.080 0.069 0.028 69 D 0.109 0.065 0.025 0.011 0.098 0.011 0.020 0.126 0.081 0.309 0.144 70 A 0.033 0.379 0.084 0.012 0.178 0.026 0.041 0.094 0.051 0.076 0.026 71 S 0.138 0.398 0.114 0.002 0.273 0.001 0.002 0.028 0.005 0.017 0.022 72 F 0.007 0.015 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.576 0.366 0.017 0.004 73 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.892 0.093 0.004 0.001 74 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.033 0.010 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.847 0.133 0.017 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.860 0.129 0.002 0.001 77 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.018 0.760 0.153 0.054 0.001 78 L 0.013 0.005 0.005 0.001 0.005 0.002 0.251 0.632 0.037 0.045 0.003 79 F 0.016 0.407 0.159 0.029 0.037 0.013 0.030 0.075 0.039 0.172 0.023 80 G 0.039 0.155 0.180 0.104 0.052 0.016 0.015 0.237 0.090 0.068 0.045 81 P 0.002 0.013 0.008 0.002 0.007 0.006 0.015 0.702 0.233 0.012 0.002 82 D 0.004 0.015 0.005 0.001 0.006 0.003 0.030 0.778 0.114 0.041 0.004 83 V 0.007 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.786 0.153 0.035 0.004 84 C 0.002 0.004 0.003 0.002 0.004 0.003 0.004 0.900 0.074 0.003 0.001 85 G 0.004 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.015 0.912 0.045 0.008 0.001 86 L 0.014 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.025 0.902 0.030 0.014 0.001 87 V 0.022 0.016 0.004 0.004 0.026 0.005 0.010 0.765 0.122 0.019 0.007 88 R 0.005 0.010 0.004 0.004 0.010 0.009 0.032 0.735 0.178 0.010 0.003 89 E 0.027 0.024 0.012 0.004 0.045 0.004 0.063 0.648 0.095 0.072 0.008 90 V 0.084 0.074 0.024 0.009 0.071 0.012 0.083 0.291 0.104 0.200 0.048 91 T 0.023 0.387 0.199 0.020 0.115 0.017 0.031 0.124 0.033 0.023 0.028 92 D 0.061 0.114 0.042 0.018 0.080 0.020 0.039 0.368 0.110 0.107 0.042 93 D 0.027 0.048 0.026 0.005 0.049 0.009 0.022 0.380 0.318 0.097 0.019 94 K 0.012 0.055 0.023 0.008 0.024 0.021 0.071 0.517 0.186 0.072 0.011 95 S 0.050 0.061 0.027 0.008 0.061 0.009 0.029 0.347 0.089 0.266 0.052 96 L 0.036 0.149 0.029 0.008 0.086 0.010 0.015 0.438 0.149 0.061 0.020 97 E 0.026 0.066 0.029 0.009 0.039 0.016 0.027 0.597 0.128 0.046 0.017 98 K 0.019 0.028 0.011 0.003 0.031 0.005 0.019 0.714 0.112 0.049 0.010 99 Q 0.008 0.019 0.010 0.003 0.013 0.005 0.017 0.828 0.067 0.025 0.005 100 E 0.004 0.010 0.004 0.002 0.005 0.003 0.011 0.865 0.068 0.023 0.004 101 R 0.004 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.003 0.892 0.070 0.011 0.002 102 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.049 0.005 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.020 0.003 0.001 104 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.970 0.018 0.001 0.001 105 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.975 0.014 0.001 0.001 106 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.870 0.107 0.010 0.001 107 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.075 0.827 0.078 0.009 0.001 108 N 0.012 0.024 0.011 0.003 0.023 0.008 0.041 0.456 0.145 0.263 0.013 109 A 0.045 0.108 0.022 0.006 0.096 0.009 0.047 0.286 0.224 0.127 0.029 110 A 0.092 0.132 0.076 0.018 0.154 0.024 0.052 0.196 0.138 0.076 0.042 111 K 0.108 0.073 0.047 0.025 0.103 0.034 0.123 0.173 0.147 0.121 0.046 112 S 0.058 0.126 0.087 0.049 0.097 0.061 0.133 0.088 0.096 0.155 0.049 113 S 0.238 0.106 0.020 0.009 0.276 0.011 0.024 0.035 0.048 0.120 0.112 114 C 0.128 0.270 0.019 0.010 0.422 0.017 0.023 0.031 0.028 0.023 0.028 115 R 0.201 0.100 0.013 0.005 0.529 0.016 0.033 0.017 0.009 0.026 0.050 116 A 0.328 0.036 0.001 0.001 0.622 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 117 K 0.089 0.107 0.003 0.001 0.787 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 118 L 0.379 0.025 0.003 0.001 0.552 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 119 I 0.280 0.157 0.008 0.004 0.446 0.006 0.012 0.033 0.006 0.005 0.042 120 K 0.088 0.295 0.145 0.002 0.295 0.006 0.011 0.066 0.012 0.006 0.075 121 L 0.100 0.082 0.008 0.004 0.057 0.005 0.015 0.447 0.166 0.083 0.034 122 A 0.018 0.058 0.025 0.017 0.044 0.022 0.045 0.560 0.176 0.024 0.010 123 D 0.010 0.029 0.016 0.006 0.020 0.015 0.050 0.585 0.209 0.053 0.006 124 K 0.031 0.024 0.013 0.004 0.035 0.005 0.087 0.610 0.104 0.076 0.013 125 L 0.041 0.094 0.023 0.010 0.064 0.016 0.025 0.415 0.218 0.070 0.024 126 D 0.016 0.033 0.018 0.021 0.021 0.040 0.106 0.493 0.169 0.067 0.017 127 N 0.072 0.072 0.029 0.008 0.120 0.010 0.026 0.307 0.086 0.232 0.038 128 L 0.048 0.044 0.011 0.004 0.065 0.008 0.021 0.419 0.257 0.099 0.024 129 R 0.026 0.111 0.046 0.014 0.060 0.030 0.066 0.467 0.118 0.046 0.016 130 D 0.163 0.082 0.022 0.006 0.202 0.008 0.023 0.238 0.080 0.129 0.047 131 L 0.112 0.103 0.019 0.007 0.180 0.015 0.028 0.289 0.171 0.049 0.026 132 Q 0.061 0.084 0.029 0.011 0.119 0.032 0.097 0.339 0.144 0.054 0.030 133 V 0.122 0.089 0.025 0.009 0.188 0.011 0.046 0.153 0.091 0.213 0.052 134 N 0.066 0.263 0.103 0.038 0.204 0.024 0.047 0.070 0.041 0.099 0.044 135 T 0.040 0.275 0.493 0.020 0.098 0.003 0.006 0.024 0.011 0.008 0.020 136 P 0.028 0.114 0.058 0.017 0.052 0.020 0.059 0.383 0.208 0.044 0.018 137 T 0.015 0.206 0.099 0.032 0.039 0.047 0.112 0.245 0.124 0.065 0.015 138 G 0.033 0.060 0.065 0.041 0.033 0.019 0.026 0.237 0.091 0.305 0.090 139 W 0.031 0.116 0.067 0.014 0.051 0.014 0.027 0.339 0.137 0.168 0.034 140 T 0.048 0.159 0.036 0.010 0.111 0.011 0.012 0.446 0.112 0.036 0.019 141 Q 0.017 0.032 0.017 0.007 0.032 0.011 0.021 0.704 0.135 0.017 0.008 142 E 0.016 0.018 0.009 0.003 0.015 0.004 0.035 0.803 0.063 0.028 0.006 143 R 0.024 0.030 0.009 0.002 0.027 0.003 0.009 0.759 0.074 0.050 0.012 144 R 0.007 0.018 0.004 0.002 0.014 0.004 0.007 0.840 0.089 0.011 0.004 145 D 0.006 0.007 0.003 0.001 0.008 0.002 0.012 0.886 0.063 0.009 0.003 146 Q 0.005 0.011 0.005 0.001 0.005 0.002 0.019 0.875 0.055 0.021 0.002 147 Y 0.006 0.013 0.005 0.002 0.004 0.002 0.009 0.857 0.050 0.049 0.004 148 F 0.001 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.933 0.041 0.003 0.001 149 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.036 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.064 0.012 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.056 0.007 0.001 152 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.929 0.063 0.002 0.001 153 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.963 0.019 0.003 0.001 154 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.911 0.060 0.019 0.001 155 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.913 0.077 0.003 0.001 156 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.935 0.045 0.003 0.001 157 N 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.022 0.910 0.040 0.015 0.001 158 L 0.012 0.009 0.003 0.001 0.011 0.002 0.012 0.847 0.077 0.020 0.006 159 R 0.004 0.009 0.004 0.002 0.008 0.005 0.016 0.837 0.100 0.011 0.003 160 G 0.010 0.009 0.006 0.004 0.010 0.004 0.048 0.794 0.079 0.032 0.004 161 T 0.024 0.070 0.024 0.008 0.038 0.010 0.079 0.576 0.088 0.071 0.012 162 N 0.045 0.041 0.017 0.008 0.052 0.007 0.019 0.485 0.167 0.119 0.040 163 A 0.009 0.043 0.015 0.008 0.022 0.018 0.037 0.634 0.175 0.031 0.008 164 N 0.053 0.047 0.017 0.005 0.057 0.009 0.044 0.525 0.103 0.119 0.023 165 L 0.022 0.041 0.010 0.003 0.037 0.005 0.010 0.545 0.246 0.067 0.013 166 E 0.016 0.021 0.007 0.004 0.025 0.009 0.021 0.729 0.126 0.031 0.011 167 L 0.016 0.029 0.010 0.003 0.033 0.005 0.020 0.754 0.095 0.028 0.007 168 K 0.026 0.034 0.016 0.005 0.024 0.007 0.041 0.690 0.065 0.081 0.012 169 L 0.019 0.063 0.017 0.004 0.040 0.005 0.010 0.720 0.085 0.025 0.010 170 D 0.005 0.010 0.006 0.002 0.007 0.005 0.010 0.857 0.084 0.012 0.003 171 E 0.005 0.014 0.004 0.001 0.008 0.001 0.009 0.884 0.058 0.013 0.002 172 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.898 0.075 0.009 0.001 173 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.886 0.089 0.005 0.001 174 R 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.035 0.870 0.062 0.018 0.001 175 Q 0.013 0.011 0.009 0.006 0.012 0.008 0.073 0.738 0.060 0.064 0.006 176 R 0.016 0.464 0.118 0.032 0.055 0.025 0.046 0.147 0.055 0.029 0.013 177 G 0.036 0.025 0.028 0.035 0.024 0.024 0.020 0.179 0.103 0.359 0.166 178 L 0.077 0.170 0.061 0.009 0.154 0.012 0.046 0.229 0.098 0.111 0.032 179 L 0.114 0.212 0.057 0.015 0.182 0.024 0.045 0.170 0.072 0.060 0.050