This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA A A 3 3 NATAA T A 4 4 NATAA Y A 5 5 NATRO P A 6 6 NATAA S A 7 7 NATAA A A 8 8 NATAA K A 9 9 NATAA F A 10 10 NATAA M A 11 11 NATAA E A 12 12 NATRO C A 13 13 NATAA L A 14 14 NATAA Q A 15 15 NATAA Y A 16 16 NATAA A A 17 17 NATAA A A 18 18 NATAA F A 19 19 NATAA K A 20 20 NATAA H A 21 21 NATAA R A 22 22 NATAA Q A 23 23 NATAA Q A 24 24 NATAA R A 25 25 NATAA R A 26 26 NATAA K A 27 27 NATAA D A 28 28 NATRO P A 29 29 NATAA Q A 30 30 NATAA E A 31 31 NATAA T A 32 32 NATRO P A 33 33 NATAA Y A 34 34 NATAA V A 35 35 NATAA N A 36 36 NATAA H A 37 37 NATAA V A 38 38 NATAA I A 39 39 NATAA N A 40 40 NATAA V A 41 41 NATAA S A 42 42 NATAA T A 43 43 NATAA I A 44 44 NATAA L A 45 45 NATAA S A 46 46 NATAA V A 47 47 NATAA E A 48 48 NATAA A A 49 49 NATRO C A 50 50 NATAA I A 51 51 NATAA T A 52 52 NATAA D A 53 53 NATAA E A 54 54 NATAA G A 55 55 NATAA V A 56 56 NATAA L A 57 57 NATAA M A 58 58 NATAA A A 59 59 NATAA A A 60 60 NATAA L A 61 61 NATAA L A 62 62 NATAA H A 63 63 NATAA D A 64 64 NATAA V A 65 65 NATAA V A 66 66 NATAA E A 67 67 NATAA D A 68 68 NATAA T A 69 69 NATAA D A 70 70 NATAA A A 71 71 NATAA S A 72 72 NATAA F A 73 73 NATAA E A 74 74 NATAA D A 75 75 NATAA V A 76 76 NATAA E A 77 77 NATAA K A 78 78 NATAA L A 79 79 NATAA F A 80 80 NATAA G A 81 81 NATRO P A 82 82 NATAA D A 83 83 NATAA V A 84 84 NATRO C A 85 85 NATAA G A 86 86 NATAA L A 87 87 NATAA V A 88 88 NATAA R A 89 89 NATAA E A 90 90 NATAA V A 91 91 NATAA T A 92 92 NATAA D A 93 93 NATAA D A 94 94 NATAA K A 95 95 NATAA S A 96 96 NATAA L A 97 97 NATAA E A 98 98 NATAA K A 99 99 NATAA Q A 100 100 NATAA E A 101 101 NATAA R A 102 102 NATAA K A 103 103 NATAA R A 104 104 NATAA L A 105 105 NATAA Q A 106 106 NATAA I A 107 107 NATAA E A 108 108 NATAA N A 109 109 NATAA A A 110 110 NATAA A A 111 111 NATAA K A 112 112 NATAA S A 113 113 NATAA S A 114 114 NATRO C A 115 115 NATAA R A 116 116 NATAA A A 117 117 NATAA K A 118 118 NATAA L A 119 119 NATAA I A 120 120 NATAA K A 121 121 NATAA L A 122 122 NATAA A A 123 123 NATAA D A 124 124 NATAA K A 125 125 NATAA L A 126 126 NATAA D A 127 127 NATAA N A 128 128 NATAA L A 129 129 NATAA R A 130 130 NATAA D A 131 131 NATAA L A 132 132 NATAA Q A 133 133 NATAA V A 134 134 NATAA N A 135 135 NATAA T A 136 136 NATRO P A 137 137 NATAA T A 138 138 NATAA G A 139 139 NATAA W A 140 140 NATAA T A 141 141 NATAA Q A 142 142 NATAA E A 143 143 NATAA R A 144 144 NATAA R A 145 145 NATAA D A 146 146 NATAA Q A 147 147 NATAA Y A 148 148 NATAA F A 149 149 NATAA V A 150 150 NATAA W A 151 151 NATAA A A 152 152 NATAA K A 153 153 NATAA K A 154 154 NATAA V A 155 155 NATAA V A 156 156 NATAA D A 157 157 NATAA N A 158 158 NATAA L A 159 159 NATAA R A 160 160 NATAA G A 161 161 NATAA T A 162 162 NATAA N A 163 163 NATAA A A 164 164 NATAA N A 165 165 NATAA L A 166 166 NATAA E A 167 167 NATAA L A 168 168 NATAA K A 169 169 NATAA L A 170 170 NATAA D A 171 171 NATAA E A 172 172 NATAA I A 173 173 NATAA F A 174 174 NATAA R A 175 175 NATAA Q A 176 176 NATAA R A 177 177 NATAA G A 178 178 NATAA L A 179 179 NATAA L