# TARGET T0611 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0611.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6598 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.005 0.008 0.126 0.172 0.687 2 T 0.003 0.004 0.017 0.495 0.120 0.361 3 M 0.002 0.002 0.028 0.751 0.100 0.117 4 K 0.001 0.002 0.018 0.796 0.067 0.116 5 T 0.001 0.001 0.014 0.812 0.037 0.136 6 R 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.007 7 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 8 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 9 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 10 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 18 N 0.001 0.001 0.004 0.984 0.010 0.003 19 D 0.001 0.001 0.006 0.967 0.019 0.008 20 K 0.001 0.001 0.007 0.886 0.041 0.065 21 G 0.002 0.003 0.004 0.056 0.149 0.785 22 E 0.015 0.010 0.017 0.017 0.338 0.602 23 R 0.091 0.012 0.067 0.030 0.439 0.362 24 N 0.295 0.022 0.067 0.019 0.346 0.250 25 I 0.513 0.050 0.014 0.010 0.122 0.292 26 T 0.334 0.056 0.003 0.018 0.046 0.543 27 T 0.002 0.001 0.014 0.963 0.014 0.006 28 N 0.001 0.001 0.007 0.984 0.009 0.001 29 H 0.001 0.001 0.004 0.984 0.011 0.001 30 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.010 0.001 31 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.002 32 A 0.001 0.001 0.011 0.965 0.019 0.003 33 H 0.001 0.001 0.018 0.944 0.025 0.012 34 L 0.001 0.001 0.012 0.834 0.040 0.112 35 A 0.001 0.001 0.001 0.013 0.044 0.940 36 I 0.013 0.012 0.001 0.006 0.063 0.906 37 S 0.106 0.048 0.002 0.015 0.277 0.553 38 P 0.037 0.005 0.028 0.517 0.294 0.118 39 G 0.025 0.001 0.031 0.658 0.243 0.041 40 N 0.046 0.006 0.033 0.744 0.152 0.020 41 L 0.030 0.004 0.011 0.934 0.014 0.007 42 Y 0.052 0.003 0.024 0.887 0.026 0.008 43 Y 0.059 0.003 0.047 0.822 0.051 0.018 44 H 0.067 0.007 0.030 0.665 0.106 0.126 45 F 0.019 0.014 0.009 0.130 0.302 0.526 46 R 0.003 0.007 0.006 0.062 0.263 0.658 47 N 0.002 0.008 0.002 0.038 0.142 0.807 48 K 0.001 0.001 0.014 0.964 0.018 0.004 49 S 0.001 0.001 0.006 0.979 0.012 0.003 50 D 0.001 0.001 0.010 0.981 0.007 0.001 51 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 52 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 54 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.002 55 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 56 F 0.001 0.001 0.001 0.984 0.008 0.007 57 Q 0.001 0.001 0.001 0.966 0.016 0.017 58 E 0.001 0.001 0.002 0.959 0.018 0.021 59 Y 0.001 0.001 0.003 0.952 0.017 0.027 60 E 0.001 0.001 0.007 0.909 0.033 0.050 61 K 0.001 0.001 0.006 0.921 0.034 0.039 62 L 0.001 0.001 0.007 0.921 0.033 0.037 63 V 0.001 0.001 0.004 0.944 0.022 0.027 64 D 0.002 0.001 0.011 0.927 0.033 0.027 65 Y 0.001 0.001 0.010 0.923 0.036 0.029 66 Y 0.001 0.001 0.012 0.922 0.030 0.034 67 L 0.002 0.002 0.020 0.889 0.042 0.044 68 D 0.002 0.002 0.042 0.820 0.075 0.059 69 I 0.003 0.001 0.049 0.670 0.136 0.141 70 P 0.003 0.003 0.064 0.372 0.270 0.288 71 E 0.003 0.003 0.137 0.230 0.415 0.213 72 D 0.002 0.002 0.122 0.115 0.498 0.260 73 R 0.002 0.003 0.050 0.062 0.434 0.449 74 P 0.004 0.005 0.027 0.079 0.330 0.556 75 I 0.004 0.006 0.007 0.050 0.123 0.809 76 T 0.001 0.001 0.024 0.905 0.036 0.033 77 L 0.001 0.001 0.015 0.957 0.020 0.008 78 E 0.001 0.001 0.012 0.961 0.019 0.008 79 D 0.001 0.001 0.008 0.982 0.007 0.003 80 M 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.003 81 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 82 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.003 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 84 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 85 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 86 S 0.001 0.001 0.002 0.985 0.006 0.006 87 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.005 0.007 88 F 0.001 0.001 0.004 0.979 0.008 0.008 89 D 0.001 0.001 0.009 0.958 0.020 0.012 90 G 0.001 0.001 0.015 0.943 0.024 0.017 91 L 0.001 0.001 0.025 0.874 0.062 0.038 92 W 0.002 0.001 0.028 0.830 0.093 0.046 93 S 0.001 0.001 0.020 0.688 0.147 0.142 94 Y 0.002 0.001 0.010 0.312 0.223 0.452 95 R 0.002 0.001 0.029 0.677 0.155 0.136 96 F 0.003 0.002 0.036 0.800 0.105 0.054 97 F 0.005 0.002 0.046 0.871 0.054 0.023 98 H 0.013 0.002 0.029 0.900 0.032 0.024 99 R 0.017 0.001 0.021 0.919 0.022 0.020 100 D 0.018 0.002 0.020 0.928 0.017 0.014 101 L 0.014 0.001 0.017 0.932 0.018 0.018 102 E 0.015 0.001 0.030 0.910 0.023 0.021 103 Y 0.011 0.001 0.039 0.879 0.037 0.033 104 L 0.008 0.001 0.044 0.818 0.066 0.063 105 L 0.012 0.004 0.049 0.589 0.176 0.170 106 D 0.010 0.005 0.048 0.321 0.311 0.305 107 S 0.004 0.003 0.028 0.185 0.312 0.468 108 D 0.002 0.002 0.021 0.161 0.297 0.516 109 P 0.002 0.001 0.060 0.669 0.178 0.090 110 R 0.003 0.002 0.061 0.748 0.136 0.051 111 L 0.003 0.002 0.040 0.827 0.088 0.039 112 R 0.004 0.001 0.018 0.877 0.057 0.044 113 Q 0.003 0.001 0.012 0.905 0.044 0.035 114 D 0.002 0.002 0.013 0.924 0.031 0.029 115 Y 0.003 0.001 0.009 0.918 0.031 0.039 116 R 0.002 0.001 0.006 0.939 0.026 0.027 117 E 0.001 0.001 0.005 0.939 0.023 0.031 118 F 0.001 0.001 0.005 0.916 0.024 0.052 119 T 0.002 0.001 0.006 0.926 0.022 0.043 120 N 0.001 0.001 0.005 0.941 0.023 0.030 121 R 0.001 0.001 0.005 0.945 0.018 0.030 122 C 0.001 0.001 0.005 0.951 0.014 0.028 123 L 0.001 0.001 0.004 0.970 0.009 0.016 124 A 0.001 0.001 0.003 0.978 0.008 0.010 125 A 0.001 0.001 0.004 0.980 0.006 0.010 126 I 0.001 0.001 0.002 0.983 0.005 0.009 127 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 128 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 129 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 130 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 131 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.006 0.004 132 K 0.001 0.001 0.002 0.981 0.009 0.007 133 L 0.001 0.001 0.004 0.957 0.021 0.017 134 A 0.002 0.001 0.016 0.938 0.026 0.018 135 D 0.002 0.001 0.027 0.904 0.042 0.025 136 A 0.003 0.001 0.026 0.804 0.069 0.098 137 G 0.009 0.002 0.005 0.038 0.151 0.795 138 I 0.066 0.014 0.008 0.019 0.200 0.693 139 I 0.091 0.032 0.011 0.018 0.251 0.598 140 Q 0.030 0.015 0.024 0.020 0.510 0.401 141 P 0.009 0.004 0.058 0.044 0.501 0.384 142 Q 0.004 0.004 0.026 0.054 0.497 0.416 143 P 0.004 0.008 0.021 0.098 0.292 0.577 144 E 0.001 0.001 0.017 0.887 0.035 0.059 145 D 0.001 0.001 0.013 0.940 0.025 0.021 146 L 0.001 0.001 0.015 0.958 0.014 0.012 147 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 148 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 149 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 150 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 151 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 153 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 154 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 155 W 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 156 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 157 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.005 158 I 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.004 159 T 0.001 0.001 0.004 0.983 0.007 0.005 160 N 0.001 0.001 0.006 0.977 0.009 0.006 161 W 0.002 0.001 0.010 0.966 0.013 0.009 162 M 0.002 0.001 0.014 0.946 0.021 0.017 163 A 0.005 0.003 0.024 0.872 0.054 0.042 164 F 0.008 0.004 0.030 0.705 0.131 0.122 165 L 0.008 0.004 0.030 0.307 0.329 0.322 166 K 0.005 0.003 0.050 0.107 0.502 0.332 167 T 0.007 0.005 0.051 0.062 0.582 0.293 168 A 0.009 0.010 0.052 0.063 0.500 0.366 169 H 0.009 0.016 0.020 0.078 0.343 0.534 170 A 0.005 0.006 0.010 0.065 0.162 0.751 171 A 0.001 0.001 0.023 0.899 0.040 0.036 172 E 0.001 0.001 0.014 0.920 0.042 0.022 173 E 0.001 0.001 0.015 0.941 0.030 0.013 174 P 0.001 0.001 0.007 0.970 0.011 0.011 175 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.006 176 S 0.001 0.001 0.002 0.984 0.007 0.006 177 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.004 178 S 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.003 179 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 180 T 0.001 0.001 0.005 0.985 0.007 0.004 181 E 0.001 0.001 0.008 0.980 0.007 0.004 182 L 0.001 0.001 0.011 0.970 0.011 0.006 183 K 0.001 0.001 0.034 0.926 0.027 0.012 184 Q 0.002 0.001 0.032 0.820 0.078 0.068 185 G 0.010 0.002 0.040 0.565 0.166 0.217 186 I 0.044 0.032 0.026 0.392 0.183 0.322 187 Y 0.083 0.031 0.036 0.187 0.239 0.423 188 Q 0.065 0.008 0.037 0.115 0.242 0.534 189 V 0.057 0.019 0.038 0.079 0.266 0.542 190 L 0.046 0.016 0.029 0.064 0.259 0.586 191 T 0.043 0.011 0.024 0.040 0.374 0.507 192 L 0.041 0.016 0.097 0.097 0.433 0.315 193 E 0.040 0.019 0.067 0.088 0.400 0.386 194 V 0.042 0.013 0.057 0.087 0.359 0.442 195 P 0.039 0.018 0.030 0.086 0.262 0.564 196 Y 0.036 0.030 0.025 0.083 0.251 0.575 197 L 0.030 0.018 0.025 0.104 0.263 0.559 198 T 0.018 0.007 0.021 0.075 0.237 0.642 199 P 0.020 0.014 0.039 0.121 0.287 0.520 200 E 0.021 0.014 0.049 0.172 0.300 0.444 201 Y 0.022 0.007 0.037 0.164 0.270 0.500 202 R 0.038 0.013 0.043 0.205 0.241 0.460 203 E 0.037 0.016 0.037 0.203 0.232 0.476 204 R 0.036 0.008 0.040 0.223 0.211 0.481 205 V 0.029 0.016 0.065 0.218 0.242 0.430 206 L 0.023 0.015 0.071 0.154 0.320 0.417 207 A 0.028 0.013 0.069 0.104 0.357 0.428 208 L 0.018 0.010 0.041 0.085 0.303 0.543 209 R 0.020 0.026 0.086 0.085 0.422 0.362 210 E 0.013 0.017 0.101 0.085 0.513 0.271 211 K 0.011 0.005 0.093 0.059 0.480 0.352 212 Y 0.018 0.021 0.052 0.035 0.406 0.468 213 R 0.017 0.042 0.016 0.022 0.275 0.629 214 P 0.015 0.018 0.018 0.038 0.189 0.722 215 T 0.015 0.032 0.027 0.048 0.263 0.614 216 L 0.008 0.015 0.056 0.075 0.394 0.452 217 P 0.007 0.008 0.135 0.106 0.433 0.311 218 E 0.008 0.011 0.226 0.139 0.412 0.204 219 A 0.010 0.022 0.221 0.073 0.521 0.152 220 Q 0.018 0.014 0.123 0.040 0.531 0.273 221 G 0.029 0.027 0.082 0.034 0.428 0.400 222 I 0.035 0.063 0.042 0.031 0.352 0.477 223 S 0.038 0.016 0.017 0.025 0.242 0.663 224 G 0.051 0.027 0.022 0.045 0.232 0.624 225 V 0.048 0.027 0.032 0.075 0.238 0.579 226 E 0.032 0.012 0.028 0.111 0.208 0.610 227 A 0.006 0.006 0.015 0.055 0.114 0.804