# TARGET T0611 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0611.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6598 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.002 0.985 2 T 0.003 0.004 0.014 0.134 0.011 0.061 0.773 3 M 0.002 0.002 0.050 0.557 0.069 0.142 0.178 4 K 0.001 0.007 0.046 0.664 0.070 0.085 0.126 5 T 0.001 0.004 0.013 0.787 0.035 0.037 0.123 6 R 0.001 0.001 0.002 0.960 0.011 0.010 0.016 7 D 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.005 0.005 8 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 9 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 12 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.003 17 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.006 0.004 18 N 0.001 0.001 0.006 0.958 0.003 0.028 0.004 19 D 0.001 0.001 0.010 0.777 0.010 0.195 0.008 20 K 0.001 0.001 0.006 0.279 0.027 0.677 0.010 21 G 0.001 0.002 0.011 0.058 0.092 0.731 0.106 22 E 0.010 0.007 0.059 0.022 0.124 0.068 0.709 23 R 0.079 0.006 0.192 0.044 0.213 0.205 0.261 24 N 0.201 0.017 0.144 0.040 0.097 0.257 0.245 25 I 0.322 0.074 0.007 0.019 0.165 0.014 0.398 26 T 0.251 0.089 0.001 0.025 0.048 0.003 0.583 27 T 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 28 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 29 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 32 A 0.001 0.001 0.003 0.968 0.001 0.028 0.001 33 H 0.001 0.001 0.007 0.891 0.003 0.096 0.002 34 L 0.001 0.002 0.023 0.362 0.032 0.555 0.026 35 A 0.001 0.004 0.009 0.019 0.042 0.814 0.110 36 I 0.004 0.019 0.006 0.010 0.172 0.023 0.766 37 S 0.019 0.008 0.009 0.008 0.104 0.008 0.845 38 P 0.037 0.008 0.176 0.296 0.161 0.159 0.162 39 G 0.095 0.006 0.160 0.473 0.075 0.124 0.068 40 N 0.288 0.014 0.117 0.437 0.029 0.042 0.073 41 L 0.365 0.006 0.060 0.436 0.015 0.038 0.080 42 Y 0.442 0.019 0.109 0.247 0.035 0.064 0.083 43 Y 0.441 0.016 0.134 0.130 0.092 0.094 0.093 44 H 0.262 0.012 0.112 0.062 0.104 0.179 0.269 45 F 0.064 0.043 0.042 0.016 0.163 0.118 0.554 46 R 0.015 0.025 0.023 0.007 0.516 0.152 0.262 47 N 0.011 0.011 0.003 0.011 0.567 0.035 0.362 48 K 0.001 0.001 0.039 0.895 0.021 0.018 0.026 49 S 0.001 0.001 0.011 0.974 0.003 0.008 0.003 50 D 0.001 0.001 0.005 0.988 0.002 0.004 0.001 51 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 52 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.006 0.001 54 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.002 55 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 56 F 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.010 0.002 57 Q 0.001 0.001 0.001 0.961 0.004 0.032 0.002 58 E 0.001 0.001 0.001 0.921 0.007 0.056 0.015 59 Y 0.001 0.001 0.002 0.896 0.011 0.046 0.044 60 E 0.001 0.001 0.004 0.909 0.020 0.037 0.028 61 K 0.001 0.001 0.005 0.898 0.020 0.051 0.023 62 L 0.001 0.001 0.004 0.914 0.012 0.038 0.030 63 V 0.002 0.002 0.004 0.917 0.015 0.025 0.036 64 D 0.003 0.001 0.008 0.916 0.016 0.037 0.019 65 Y 0.004 0.001 0.013 0.899 0.014 0.049 0.020 66 Y 0.002 0.001 0.020 0.874 0.015 0.060 0.026 67 L 0.006 0.005 0.042 0.765 0.028 0.100 0.055 68 D 0.006 0.004 0.084 0.601 0.046 0.184 0.075 69 I 0.004 0.004 0.075 0.433 0.088 0.279 0.117 70 P 0.002 0.004 0.067 0.232 0.118 0.164 0.414 71 E 0.002 0.006 0.126 0.139 0.112 0.218 0.396 72 D 0.002 0.003 0.157 0.069 0.159 0.374 0.236 73 R 0.002 0.003 0.106 0.054 0.209 0.378 0.247 74 P 0.003 0.010 0.034 0.050 0.454 0.097 0.352 75 I 0.004 0.026 0.011 0.079 0.186 0.032 0.662 76 T 0.001 0.001 0.038 0.834 0.022 0.039 0.064 77 L 0.001 0.001 0.014 0.946 0.009 0.018 0.013 78 E 0.001 0.001 0.005 0.974 0.005 0.008 0.008 79 D 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.005 0.005 80 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 81 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.005 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 85 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 86 S 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 88 F 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.012 0.002 89 D 0.001 0.001 0.005 0.940 0.004 0.047 0.004 90 G 0.001 0.001 0.009 0.877 0.010 0.093 0.011 91 L 0.001 0.002 0.018 0.829 0.026 0.092 0.032 92 W 0.002 0.001 0.051 0.654 0.045 0.204 0.042 93 S 0.002 0.002 0.041 0.579 0.103 0.196 0.077 94 Y 0.002 0.003 0.018 0.381 0.165 0.069 0.362 95 R 0.001 0.001 0.037 0.744 0.038 0.121 0.057 96 F 0.003 0.002 0.038 0.796 0.024 0.101 0.036 97 F 0.005 0.002 0.029 0.867 0.019 0.038 0.039 98 H 0.012 0.002 0.009 0.920 0.010 0.017 0.029 99 R 0.024 0.001 0.008 0.922 0.010 0.017 0.018 100 D 0.026 0.002 0.012 0.917 0.010 0.017 0.017 101 L 0.020 0.001 0.012 0.923 0.010 0.017 0.016 102 E 0.016 0.001 0.018 0.897 0.013 0.039 0.016 103 Y 0.010 0.001 0.026 0.814 0.021 0.099 0.028 104 L 0.006 0.003 0.036 0.664 0.046 0.182 0.062 105 L 0.007 0.004 0.043 0.484 0.105 0.202 0.155 106 D 0.007 0.005 0.074 0.337 0.101 0.256 0.220 107 S 0.004 0.006 0.053 0.258 0.226 0.138 0.315 108 D 0.003 0.004 0.022 0.230 0.178 0.061 0.502 109 P 0.001 0.001 0.053 0.788 0.030 0.099 0.030 110 R 0.001 0.001 0.049 0.828 0.018 0.077 0.027 111 L 0.001 0.001 0.031 0.894 0.011 0.035 0.028 112 R 0.001 0.001 0.008 0.947 0.011 0.018 0.016 113 Q 0.001 0.001 0.006 0.953 0.008 0.019 0.013 114 D 0.001 0.001 0.005 0.961 0.006 0.016 0.011 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.973 0.004 0.013 0.006 116 R 0.001 0.001 0.002 0.965 0.005 0.023 0.005 117 E 0.001 0.001 0.002 0.951 0.005 0.034 0.007 118 F 0.001 0.001 0.003 0.944 0.007 0.031 0.015 119 T 0.001 0.001 0.002 0.953 0.009 0.024 0.010 120 N 0.001 0.001 0.002 0.944 0.009 0.034 0.009 121 R 0.001 0.001 0.002 0.949 0.007 0.029 0.013 122 C 0.001 0.001 0.001 0.968 0.005 0.014 0.011 123 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.005 0.008 0.004 124 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.007 0.003 125 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 126 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 127 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 129 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 130 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 131 A 0.001 0.001 0.001 0.964 0.002 0.029 0.003 132 K 0.001 0.001 0.002 0.909 0.006 0.073 0.010 133 L 0.002 0.003 0.006 0.845 0.038 0.053 0.054 134 A 0.005 0.003 0.026 0.788 0.044 0.054 0.081 135 D 0.004 0.004 0.045 0.720 0.033 0.145 0.048 136 A 0.002 0.002 0.031 0.290 0.054 0.581 0.040 137 G 0.005 0.002 0.014 0.064 0.122 0.690 0.102 138 I 0.019 0.020 0.019 0.020 0.231 0.079 0.611 139 I 0.041 0.123 0.021 0.016 0.165 0.021 0.612 140 Q 0.018 0.012 0.023 0.012 0.099 0.039 0.796 141 P 0.010 0.011 0.074 0.034 0.209 0.240 0.422 142 Q 0.007 0.014 0.026 0.039 0.382 0.137 0.395 143 P 0.002 0.005 0.004 0.041 0.138 0.011 0.798 144 E 0.001 0.001 0.017 0.936 0.010 0.018 0.018 145 D 0.001 0.001 0.009 0.965 0.006 0.014 0.006 146 L 0.001 0.001 0.005 0.983 0.003 0.005 0.003 147 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 148 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 149 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 150 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 151 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 153 N 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 154 V 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.003 155 W 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.010 0.004 156 L 0.001 0.001 0.001 0.972 0.003 0.021 0.003 157 V 0.002 0.001 0.002 0.961 0.004 0.026 0.005 158 I 0.003 0.001 0.002 0.969 0.005 0.012 0.008 159 T 0.009 0.001 0.004 0.961 0.006 0.012 0.007 160 N 0.013 0.001 0.012 0.934 0.007 0.024 0.009 161 W 0.013 0.001 0.021 0.903 0.010 0.040 0.012 162 M 0.014 0.002 0.030 0.855 0.016 0.065 0.018 163 A 0.016 0.004 0.033 0.755 0.045 0.105 0.041 164 F 0.017 0.006 0.034 0.535 0.110 0.188 0.109 165 L 0.012 0.006 0.032 0.222 0.200 0.262 0.266 166 K 0.007 0.007 0.041 0.073 0.237 0.281 0.354 167 T 0.008 0.009 0.051 0.051 0.265 0.186 0.429 168 A 0.009 0.011 0.057 0.063 0.259 0.173 0.427 169 H 0.007 0.015 0.039 0.069 0.316 0.103 0.451 170 A 0.003 0.012 0.020 0.096 0.147 0.040 0.683 171 A 0.001 0.001 0.056 0.813 0.030 0.047 0.053 172 E 0.001 0.001 0.030 0.889 0.017 0.037 0.026 173 E 0.001 0.001 0.018 0.923 0.011 0.027 0.020 174 P 0.001 0.001 0.003 0.960 0.006 0.016 0.014 175 A 0.001 0.001 0.001 0.977 0.005 0.011 0.006 176 S 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.010 0.003 177 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.005 178 S 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.003 179 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.001 180 T 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.001 181 E 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.003 182 L 0.001 0.001 0.005 0.969 0.003 0.018 0.005 183 K 0.002 0.001 0.021 0.881 0.008 0.081 0.007 184 Q 0.002 0.001 0.029 0.621 0.014 0.322 0.011 185 G 0.006 0.003 0.038 0.534 0.057 0.279 0.083 186 I 0.024 0.028 0.056 0.375 0.126 0.140 0.251 187 Y 0.060 0.019 0.066 0.202 0.194 0.144 0.315 188 Q 0.053 0.021 0.058 0.112 0.211 0.145 0.400 189 V 0.045 0.022 0.085 0.132 0.182 0.160 0.374 190 L 0.036 0.015 0.095 0.138 0.161 0.208 0.347 191 T 0.029 0.013 0.101 0.109 0.149 0.194 0.406 192 L 0.035 0.013 0.092 0.109 0.186 0.226 0.339 193 E 0.038 0.020 0.065 0.109 0.213 0.134 0.421 194 V 0.034 0.024 0.040 0.079 0.156 0.066 0.602 195 P 0.032 0.017 0.035 0.063 0.092 0.093 0.668 196 Y 0.039 0.023 0.042 0.059 0.092 0.113 0.631 197 L 0.029 0.027 0.029 0.064 0.158 0.078 0.616 198 T 0.020 0.016 0.018 0.062 0.136 0.065 0.683 199 P 0.012 0.010 0.031 0.101 0.175 0.103 0.569 200 E 0.011 0.012 0.042 0.135 0.116 0.123 0.561 201 Y 0.010 0.013 0.048 0.151 0.104 0.095 0.579 202 R 0.014 0.010 0.063 0.198 0.107 0.122 0.485 203 E 0.018 0.012 0.082 0.220 0.123 0.129 0.416 204 R 0.015 0.015 0.110 0.265 0.115 0.127 0.354 205 V 0.011 0.012 0.151 0.274 0.083 0.149 0.319 206 L 0.013 0.013 0.159 0.255 0.088 0.179 0.294 207 A 0.010 0.011 0.118 0.233 0.124 0.228 0.276 208 L 0.007 0.009 0.079 0.207 0.174 0.180 0.345 209 R 0.005 0.015 0.067 0.136 0.133 0.106 0.538 210 E 0.004 0.012 0.118 0.107 0.091 0.286 0.381 211 K 0.005 0.007 0.120 0.080 0.075 0.300 0.414 212 Y 0.006 0.056 0.098 0.074 0.191 0.158 0.416 213 R 0.004 0.046 0.021 0.036 0.271 0.055 0.567 214 P 0.002 0.010 0.015 0.017 0.091 0.085 0.781 215 T 0.002 0.028 0.036 0.025 0.154 0.149 0.605 216 L 0.002 0.017 0.052 0.034 0.258 0.095 0.541 217 P 0.003 0.009 0.106 0.043 0.108 0.168 0.564 218 E 0.004 0.015 0.193 0.059 0.129 0.252 0.349 219 A 0.005 0.023 0.190 0.051 0.161 0.177 0.393 220 Q 0.009 0.025 0.099 0.059 0.181 0.226 0.402 221 G 0.021 0.015 0.055 0.034 0.198 0.186 0.491 222 I 0.034 0.043 0.022 0.025 0.176 0.041 0.660 223 S 0.046 0.037 0.012 0.024 0.084 0.021 0.776 224 G 0.051 0.029 0.050 0.098 0.162 0.077 0.534 225 V 0.055 0.018 0.040 0.118 0.154 0.146 0.470 226 E 0.036 0.024 0.021 0.084 0.009 0.089 0.738 227 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.996