# TARGET T0611 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0611.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1880 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.003 0.001 0.009 0.065 0.918 2 T 0.007 0.006 0.002 0.083 0.057 0.845 3 M 0.009 0.010 0.008 0.382 0.081 0.511 4 K 0.009 0.009 0.006 0.754 0.066 0.157 5 T 0.006 0.002 0.007 0.842 0.019 0.124 6 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 7 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 18 N 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.004 19 D 0.001 0.001 0.005 0.980 0.010 0.004 20 K 0.001 0.001 0.009 0.900 0.037 0.053 21 G 0.003 0.003 0.019 0.208 0.190 0.577 22 E 0.029 0.015 0.128 0.274 0.400 0.154 23 R 0.080 0.004 0.118 0.360 0.330 0.109 24 N 0.100 0.006 0.072 0.367 0.255 0.200 25 I 0.168 0.033 0.012 0.179 0.194 0.414 26 T 0.115 0.022 0.005 0.168 0.034 0.656 27 T 0.008 0.001 0.005 0.973 0.003 0.011 28 N 0.008 0.001 0.006 0.974 0.004 0.008 29 H 0.004 0.001 0.004 0.984 0.004 0.003 30 I 0.003 0.001 0.004 0.987 0.004 0.001 31 A 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.002 32 A 0.002 0.001 0.029 0.943 0.014 0.011 33 H 0.006 0.003 0.029 0.923 0.017 0.022 34 L 0.009 0.005 0.025 0.854 0.029 0.078 35 A 0.010 0.004 0.004 0.015 0.067 0.901 36 I 0.016 0.029 0.006 0.032 0.118 0.800 37 S 0.026 0.013 0.014 0.021 0.282 0.643 38 P 0.030 0.009 0.071 0.193 0.378 0.319 39 G 0.046 0.010 0.067 0.181 0.455 0.240 40 N 0.244 0.023 0.080 0.303 0.248 0.102 41 L 0.425 0.011 0.067 0.370 0.090 0.038 42 Y 0.381 0.005 0.042 0.472 0.080 0.021 43 Y 0.520 0.005 0.043 0.326 0.097 0.008 44 H 0.442 0.007 0.020 0.374 0.119 0.038 45 F 0.060 0.005 0.013 0.068 0.278 0.577 46 R 0.029 0.028 0.017 0.058 0.282 0.586 47 N 0.018 0.011 0.005 0.030 0.086 0.850 48 K 0.001 0.001 0.034 0.958 0.005 0.002 49 S 0.001 0.001 0.022 0.973 0.004 0.001 50 D 0.001 0.001 0.010 0.987 0.002 0.001 51 I 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 52 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 54 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 57 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 59 Y 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.005 60 E 0.001 0.001 0.008 0.978 0.007 0.007 61 K 0.001 0.001 0.008 0.979 0.008 0.005 62 L 0.001 0.001 0.011 0.955 0.013 0.019 63 V 0.003 0.001 0.020 0.918 0.023 0.035 64 D 0.008 0.002 0.088 0.773 0.081 0.049 65 Y 0.008 0.001 0.069 0.800 0.068 0.054 66 Y 0.016 0.004 0.053 0.714 0.099 0.114 67 L 0.028 0.020 0.028 0.462 0.188 0.275 68 D 0.036 0.017 0.032 0.263 0.223 0.429 69 I 0.029 0.015 0.049 0.070 0.339 0.499 70 P 0.018 0.013 0.229 0.046 0.431 0.263 71 E 0.029 0.028 0.221 0.066 0.434 0.221 72 D 0.023 0.021 0.100 0.046 0.530 0.280 73 R 0.017 0.017 0.023 0.023 0.513 0.406 74 P 0.019 0.019 0.022 0.017 0.314 0.609 75 I 0.021 0.049 0.007 0.012 0.244 0.667 76 T 0.005 0.006 0.001 0.008 0.091 0.889 77 L 0.001 0.001 0.008 0.967 0.008 0.016 78 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 79 D 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 80 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 81 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 85 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 86 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 88 F 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 89 D 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 90 G 0.001 0.001 0.007 0.986 0.003 0.004 91 L 0.001 0.001 0.012 0.960 0.012 0.015 92 W 0.002 0.001 0.020 0.927 0.031 0.019 93 S 0.002 0.001 0.014 0.882 0.047 0.054 94 Y 0.003 0.003 0.029 0.547 0.153 0.265 95 R 0.002 0.002 0.066 0.637 0.163 0.130 96 F 0.008 0.004 0.092 0.668 0.151 0.077 97 F 0.016 0.003 0.069 0.798 0.075 0.038 98 H 0.031 0.004 0.053 0.811 0.049 0.052 99 R 0.045 0.004 0.047 0.802 0.056 0.047 100 D 0.048 0.006 0.028 0.850 0.030 0.039 101 L 0.015 0.001 0.027 0.923 0.016 0.018 102 E 0.010 0.001 0.042 0.918 0.016 0.013 103 Y 0.005 0.001 0.032 0.939 0.015 0.009 104 L 0.005 0.002 0.032 0.915 0.027 0.019 105 L 0.004 0.003 0.031 0.798 0.086 0.079 106 D 0.003 0.004 0.036 0.432 0.228 0.297 107 S 0.002 0.005 0.009 0.166 0.220 0.598 108 D 0.001 0.002 0.001 0.029 0.140 0.826 109 P 0.001 0.001 0.041 0.900 0.038 0.021 110 R 0.001 0.001 0.042 0.922 0.027 0.008 111 L 0.001 0.001 0.035 0.938 0.020 0.006 112 R 0.003 0.001 0.010 0.959 0.011 0.016 113 Q 0.002 0.001 0.007 0.976 0.008 0.008 114 D 0.002 0.001 0.005 0.971 0.009 0.013 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 116 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 118 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 119 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 120 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 121 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 122 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 123 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 127 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 129 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 130 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 131 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 132 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 133 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 135 D 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.001 136 A 0.001 0.001 0.003 0.974 0.009 0.014 137 G 0.001 0.002 0.002 0.049 0.067 0.879 138 I 0.008 0.010 0.003 0.003 0.091 0.886 139 I 0.082 0.060 0.012 0.005 0.225 0.616 140 Q 0.060 0.023 0.013 0.007 0.445 0.451 141 P 0.023 0.013 0.014 0.010 0.396 0.544 142 Q 0.011 0.012 0.008 0.013 0.324 0.632 143 P 0.007 0.010 0.007 0.088 0.242 0.646 144 E 0.001 0.001 0.015 0.955 0.014 0.014 145 D 0.001 0.001 0.007 0.986 0.003 0.003 146 L 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 147 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 148 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 149 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 150 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 151 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 153 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 154 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 155 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 157 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 158 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 159 T 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 160 N 0.002 0.001 0.007 0.971 0.007 0.012 161 W 0.004 0.001 0.016 0.924 0.013 0.041 162 M 0.009 0.003 0.046 0.868 0.025 0.049 163 A 0.016 0.003 0.079 0.773 0.063 0.066 164 F 0.018 0.003 0.053 0.725 0.095 0.107 165 L 0.023 0.008 0.060 0.436 0.194 0.280 166 K 0.042 0.015 0.052 0.178 0.303 0.409 167 T 0.046 0.019 0.039 0.171 0.243 0.482 168 A 0.032 0.026 0.029 0.113 0.217 0.584 169 H 0.016 0.018 0.025 0.074 0.309 0.558 170 A 0.004 0.003 0.176 0.358 0.293 0.167 171 A 0.007 0.006 0.168 0.423 0.272 0.125 172 E 0.009 0.012 0.128 0.447 0.298 0.106 173 E 0.006 0.010 0.046 0.454 0.231 0.252 174 P 0.003 0.005 0.064 0.723 0.103 0.103 175 A 0.005 0.003 0.082 0.731 0.111 0.068 176 S 0.005 0.002 0.061 0.827 0.060 0.044 177 L 0.008 0.003 0.024 0.917 0.021 0.028 178 S 0.003 0.001 0.003 0.979 0.004 0.009 179 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 180 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 181 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 182 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 183 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 184 Q 0.001 0.001 0.006 0.971 0.010 0.012 185 G 0.003 0.002 0.024 0.455 0.105 0.411 186 I 0.035 0.009 0.077 0.334 0.186 0.359 187 Y 0.163 0.011 0.118 0.254 0.217 0.238 188 Q 0.170 0.010 0.090 0.353 0.173 0.204 189 V 0.157 0.016 0.081 0.302 0.177 0.266 190 L 0.128 0.016 0.106 0.239 0.203 0.309 191 T 0.126 0.019 0.131 0.247 0.249 0.228 192 L 0.143 0.029 0.077 0.155 0.315 0.280 193 E 0.115 0.033 0.045 0.133 0.300 0.373 194 V 0.079 0.018 0.050 0.053 0.357 0.443 195 P 0.084 0.022 0.083 0.046 0.334 0.431 196 Y 0.069 0.060 0.077 0.034 0.262 0.499 197 L 0.030 0.042 0.008 0.013 0.204 0.703 198 T 0.006 0.005 0.001 0.007 0.084 0.898 199 P 0.001 0.001 0.013 0.926 0.026 0.033 200 E 0.001 0.001 0.007 0.980 0.009 0.004 201 Y 0.001 0.001 0.007 0.983 0.007 0.002 202 R 0.002 0.001 0.002 0.988 0.004 0.004 203 E 0.002 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 204 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 205 V 0.002 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 206 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 207 A 0.002 0.001 0.008 0.973 0.008 0.009 208 L 0.002 0.001 0.012 0.940 0.017 0.028 209 R 0.002 0.002 0.028 0.912 0.028 0.028 210 E 0.002 0.001 0.056 0.876 0.039 0.026 211 K 0.002 0.001 0.046 0.837 0.049 0.064 212 Y 0.004 0.006 0.047 0.654 0.103 0.186 213 R 0.007 0.008 0.019 0.108 0.268 0.590 214 P 0.007 0.004 0.056 0.104 0.338 0.491 215 T 0.016 0.022 0.058 0.050 0.367 0.486 216 L 0.015 0.023 0.048 0.027 0.406 0.480 217 P 0.007 0.011 0.203 0.059 0.338 0.381 218 E 0.009 0.011 0.344 0.075 0.324 0.238 219 A 0.011 0.014 0.398 0.099 0.330 0.149 220 Q 0.017 0.016 0.189 0.112 0.393 0.272 221 G 0.026 0.019 0.065 0.057 0.393 0.441 222 I 0.041 0.039 0.047 0.083 0.323 0.468 223 S 0.048 0.033 0.029 0.050 0.322 0.519 224 G 0.025 0.015 0.022 0.035 0.328 0.576 225 V 0.018 0.013 0.018 0.025 0.229 0.697 226 E 0.026 0.021 0.013 0.028 0.174 0.738 227 A 0.030 0.012 0.022 0.069 0.188 0.679