# TARGET T0611 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0611.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1880 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 2 T 0.002 0.005 0.003 0.028 0.002 0.006 0.953 3 M 0.007 0.006 0.034 0.278 0.091 0.064 0.520 4 K 0.009 0.004 0.025 0.394 0.105 0.081 0.382 5 T 0.008 0.011 0.012 0.644 0.054 0.026 0.246 6 R 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.004 0.010 7 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 12 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 17 F 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.012 0.001 18 N 0.001 0.001 0.013 0.927 0.002 0.055 0.002 19 D 0.001 0.001 0.021 0.798 0.008 0.168 0.004 20 K 0.001 0.001 0.023 0.389 0.027 0.540 0.020 21 G 0.002 0.002 0.020 0.134 0.128 0.574 0.140 22 E 0.017 0.013 0.073 0.106 0.253 0.122 0.416 23 R 0.047 0.018 0.116 0.192 0.163 0.353 0.111 24 N 0.096 0.009 0.044 0.116 0.227 0.329 0.180 25 I 0.234 0.083 0.002 0.048 0.263 0.010 0.361 26 T 0.264 0.047 0.002 0.122 0.077 0.008 0.480 27 T 0.002 0.001 0.004 0.988 0.001 0.002 0.003 28 N 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 29 H 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 32 A 0.002 0.001 0.002 0.984 0.001 0.011 0.001 33 H 0.006 0.002 0.011 0.906 0.005 0.062 0.008 34 L 0.007 0.005 0.020 0.488 0.020 0.441 0.019 35 A 0.012 0.011 0.010 0.101 0.044 0.693 0.129 36 I 0.024 0.034 0.002 0.013 0.108 0.018 0.802 37 S 0.016 0.009 0.001 0.003 0.075 0.005 0.892 38 P 0.005 0.004 0.111 0.317 0.054 0.441 0.067 39 G 0.019 0.003 0.162 0.285 0.145 0.314 0.071 40 N 0.056 0.010 0.215 0.401 0.055 0.080 0.183 41 L 0.171 0.018 0.072 0.635 0.015 0.036 0.052 42 Y 0.330 0.016 0.085 0.440 0.019 0.048 0.062 43 Y 0.329 0.023 0.107 0.255 0.066 0.143 0.077 44 H 0.300 0.024 0.054 0.141 0.120 0.144 0.216 45 F 0.089 0.021 0.026 0.027 0.254 0.046 0.537 46 R 0.017 0.011 0.025 0.048 0.495 0.287 0.116 47 N 0.015 0.041 0.016 0.074 0.374 0.151 0.329 48 K 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.005 0.002 49 S 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 50 D 0.001 0.001 0.003 0.997 0.001 0.001 0.001 51 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 52 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 54 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 57 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 59 Y 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 60 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.005 0.001 61 K 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.009 0.001 62 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.017 0.001 63 V 0.001 0.001 0.008 0.963 0.002 0.022 0.005 64 D 0.001 0.001 0.030 0.913 0.006 0.039 0.011 65 Y 0.002 0.001 0.035 0.860 0.007 0.087 0.009 66 Y 0.004 0.003 0.055 0.722 0.014 0.176 0.026 67 L 0.015 0.017 0.061 0.453 0.142 0.139 0.172 68 D 0.030 0.013 0.052 0.282 0.119 0.211 0.292 69 I 0.018 0.012 0.024 0.090 0.185 0.057 0.614 70 P 0.011 0.009 0.138 0.101 0.050 0.137 0.554 71 E 0.013 0.013 0.230 0.077 0.113 0.267 0.287 72 D 0.016 0.014 0.210 0.037 0.290 0.172 0.263 73 R 0.022 0.012 0.022 0.006 0.598 0.038 0.302 74 P 0.026 0.017 0.014 0.005 0.192 0.107 0.639 75 I 0.026 0.051 0.002 0.005 0.323 0.017 0.575 76 T 0.020 0.038 0.002 0.007 0.061 0.004 0.868 77 L 0.001 0.001 0.025 0.961 0.001 0.007 0.006 78 E 0.001 0.001 0.010 0.986 0.001 0.002 0.001 79 D 0.001 0.001 0.009 0.989 0.001 0.001 0.001 80 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 81 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 85 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 86 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 88 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 89 D 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.010 0.001 90 G 0.001 0.001 0.004 0.973 0.001 0.021 0.001 91 L 0.001 0.001 0.009 0.960 0.003 0.026 0.002 92 W 0.001 0.002 0.031 0.868 0.008 0.086 0.006 93 S 0.001 0.001 0.026 0.725 0.014 0.221 0.013 94 Y 0.001 0.001 0.016 0.771 0.039 0.062 0.110 95 R 0.001 0.001 0.020 0.890 0.015 0.046 0.027 96 F 0.001 0.001 0.026 0.923 0.005 0.036 0.008 97 F 0.003 0.001 0.017 0.950 0.003 0.017 0.009 98 H 0.005 0.001 0.008 0.964 0.003 0.009 0.009 99 R 0.006 0.001 0.007 0.964 0.005 0.010 0.007 100 D 0.006 0.001 0.006 0.962 0.004 0.016 0.006 101 L 0.004 0.001 0.005 0.971 0.002 0.013 0.005 102 E 0.006 0.001 0.015 0.950 0.004 0.016 0.007 103 Y 0.005 0.001 0.038 0.902 0.005 0.041 0.009 104 L 0.005 0.002 0.058 0.797 0.008 0.106 0.023 105 L 0.010 0.004 0.096 0.476 0.099 0.202 0.113 106 D 0.008 0.008 0.076 0.226 0.070 0.439 0.174 107 S 0.004 0.006 0.024 0.112 0.360 0.223 0.271 108 D 0.002 0.003 0.004 0.036 0.240 0.010 0.706 109 P 0.001 0.001 0.086 0.771 0.009 0.118 0.015 110 R 0.001 0.001 0.089 0.828 0.003 0.072 0.007 111 L 0.001 0.001 0.061 0.884 0.003 0.032 0.018 112 R 0.001 0.002 0.008 0.959 0.003 0.013 0.015 113 Q 0.001 0.001 0.006 0.965 0.003 0.020 0.005 114 D 0.001 0.001 0.004 0.967 0.003 0.016 0.009 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.002 116 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.002 117 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 118 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.005 0.005 119 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 120 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 121 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 122 C 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 123 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 127 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 129 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 130 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 131 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.016 0.001 132 K 0.001 0.001 0.004 0.944 0.001 0.051 0.001 133 L 0.001 0.001 0.013 0.913 0.004 0.064 0.006 134 A 0.002 0.002 0.066 0.736 0.037 0.120 0.037 135 D 0.004 0.002 0.084 0.574 0.024 0.294 0.019 136 A 0.002 0.001 0.050 0.082 0.039 0.807 0.019 137 G 0.010 0.002 0.019 0.010 0.123 0.747 0.089 138 I 0.147 0.038 0.011 0.003 0.188 0.030 0.583 139 I 0.367 0.183 0.001 0.001 0.057 0.002 0.389 140 Q 0.221 0.018 0.002 0.001 0.031 0.004 0.724 141 P 0.087 0.029 0.051 0.019 0.105 0.059 0.651 142 Q 0.023 0.017 0.050 0.048 0.341 0.066 0.455 143 P 0.005 0.006 0.067 0.209 0.157 0.033 0.523 144 E 0.001 0.001 0.032 0.939 0.001 0.024 0.003 145 D 0.001 0.001 0.015 0.972 0.001 0.011 0.002 146 L 0.001 0.001 0.008 0.986 0.001 0.003 0.002 147 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 148 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 149 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 150 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 151 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 153 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 154 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 155 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 157 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 158 I 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.020 0.001 159 T 0.005 0.001 0.006 0.949 0.004 0.028 0.007 160 N 0.011 0.002 0.012 0.890 0.014 0.049 0.022 161 W 0.012 0.003 0.026 0.864 0.011 0.059 0.025 162 M 0.008 0.002 0.045 0.872 0.010 0.044 0.019 163 A 0.011 0.003 0.078 0.757 0.022 0.088 0.041 164 F 0.007 0.003 0.084 0.580 0.034 0.216 0.076 165 L 0.013 0.010 0.115 0.316 0.076 0.255 0.214 166 K 0.023 0.007 0.086 0.148 0.243 0.205 0.288 167 T 0.024 0.009 0.079 0.112 0.185 0.184 0.406 168 A 0.022 0.028 0.034 0.087 0.204 0.075 0.551 169 H 0.012 0.012 0.027 0.041 0.052 0.032 0.823 170 A 0.002 0.002 0.342 0.413 0.017 0.171 0.053 171 A 0.003 0.002 0.241 0.485 0.022 0.204 0.044 172 E 0.006 0.007 0.129 0.563 0.087 0.090 0.117 173 E 0.013 0.012 0.012 0.525 0.132 0.034 0.272 174 P 0.007 0.004 0.033 0.721 0.024 0.037 0.175 175 A 0.008 0.003 0.030 0.845 0.025 0.038 0.051 176 S 0.008 0.002 0.019 0.900 0.017 0.029 0.024 177 L 0.016 0.008 0.014 0.889 0.018 0.025 0.029 178 S 0.004 0.001 0.004 0.930 0.005 0.035 0.021 179 L 0.001 0.001 0.003 0.979 0.002 0.006 0.008 180 T 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 181 E 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.002 0.001 182 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.006 0.001 183 K 0.001 0.001 0.005 0.979 0.001 0.014 0.001 184 Q 0.001 0.001 0.006 0.896 0.001 0.095 0.001 185 G 0.001 0.001 0.011 0.804 0.007 0.152 0.023 186 I 0.006 0.005 0.029 0.723 0.039 0.120 0.078 187 Y 0.020 0.008 0.056 0.669 0.056 0.108 0.082 188 Q 0.030 0.006 0.062 0.609 0.081 0.094 0.119 189 V 0.023 0.005 0.058 0.620 0.063 0.069 0.162 190 L 0.036 0.017 0.081 0.423 0.064 0.100 0.279 191 T 0.057 0.016 0.151 0.197 0.076 0.176 0.326 192 L 0.068 0.017 0.098 0.111 0.155 0.197 0.354 193 E 0.065 0.026 0.091 0.090 0.185 0.194 0.349 194 V 0.033 0.012 0.014 0.010 0.394 0.018 0.519 195 P 0.034 0.011 0.041 0.012 0.077 0.133 0.692 196 Y 0.037 0.056 0.043 0.010 0.151 0.147 0.557 197 L 0.030 0.043 0.010 0.009 0.191 0.045 0.671 198 T 0.014 0.009 0.002 0.005 0.102 0.005 0.862 199 P 0.002 0.002 0.093 0.754 0.025 0.081 0.044 200 E 0.001 0.002 0.101 0.767 0.013 0.092 0.024 201 Y 0.001 0.002 0.058 0.856 0.007 0.039 0.037 202 R 0.001 0.001 0.010 0.968 0.003 0.007 0.010 203 E 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.004 0.002 204 R 0.001 0.001 0.008 0.979 0.001 0.008 0.003 205 V 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.008 0.002 206 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.008 0.001 207 A 0.001 0.001 0.009 0.968 0.001 0.021 0.002 208 L 0.001 0.001 0.013 0.948 0.002 0.028 0.008 209 R 0.001 0.001 0.023 0.943 0.005 0.018 0.009 210 E 0.001 0.001 0.053 0.863 0.005 0.073 0.005 211 K 0.001 0.001 0.036 0.684 0.009 0.260 0.011 212 Y 0.004 0.009 0.034 0.393 0.105 0.321 0.134 213 R 0.008 0.010 0.011 0.019 0.208 0.056 0.688 214 P 0.014 0.009 0.039 0.032 0.160 0.154 0.592 215 T 0.023 0.032 0.042 0.021 0.158 0.119 0.605 216 L 0.015 0.027 0.035 0.022 0.139 0.026 0.737 217 P 0.019 0.026 0.063 0.029 0.065 0.068 0.730 218 E 0.019 0.024 0.161 0.054 0.141 0.168 0.432 219 A 0.017 0.015 0.159 0.045 0.188 0.164 0.412 220 Q 0.016 0.020 0.135 0.045 0.133 0.479 0.172 221 G 0.016 0.010 0.083 0.026 0.224 0.303 0.339 222 I 0.031 0.044 0.087 0.033 0.182 0.104 0.519 223 S 0.030 0.034 0.096 0.044 0.135 0.340 0.320 224 G 0.019 0.009 0.144 0.031 0.166 0.280 0.351 225 V 0.027 0.023 0.116 0.037 0.208 0.088 0.500 226 E 0.034 0.028 0.082 0.040 0.089 0.098 0.630 227 A 0.015 0.005 0.036 0.027 0.049 0.028 0.840