# TARGET T0611 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0611.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1880 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.801 0.148 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001 2 T 0.694 0.184 0.071 0.038 0.012 0.001 0.001 3 M 0.778 0.173 0.040 0.008 0.001 0.001 0.001 4 K 0.760 0.190 0.039 0.009 0.002 0.001 0.001 5 T 0.491 0.336 0.120 0.043 0.009 0.001 0.001 6 R 0.096 0.181 0.289 0.299 0.125 0.010 0.001 7 D 0.397 0.359 0.167 0.064 0.012 0.001 0.001 8 K 0.080 0.322 0.363 0.183 0.046 0.006 0.001 9 I 0.011 0.016 0.044 0.189 0.475 0.257 0.009 10 L 0.015 0.071 0.202 0.399 0.246 0.063 0.003 11 L 0.110 0.467 0.259 0.119 0.036 0.009 0.001 12 S 0.020 0.049 0.230 0.415 0.245 0.040 0.001 13 S 0.015 0.011 0.014 0.052 0.258 0.574 0.077 14 L 0.040 0.147 0.277 0.351 0.154 0.030 0.001 15 E 0.091 0.463 0.285 0.123 0.032 0.005 0.001 16 L 0.016 0.042 0.126 0.330 0.345 0.131 0.010 17 F 0.017 0.041 0.083 0.271 0.367 0.207 0.014 18 N 0.164 0.342 0.263 0.147 0.065 0.017 0.002 19 D 0.413 0.360 0.144 0.060 0.018 0.004 0.001 20 K 0.254 0.283 0.230 0.152 0.060 0.019 0.003 21 G 0.200 0.200 0.195 0.205 0.140 0.053 0.006 22 E 0.203 0.223 0.204 0.178 0.126 0.056 0.009 23 R 0.212 0.289 0.223 0.161 0.080 0.030 0.005 24 N 0.117 0.192 0.228 0.244 0.150 0.059 0.009 25 I 0.032 0.087 0.156 0.227 0.284 0.178 0.035 26 T 0.006 0.029 0.078 0.194 0.299 0.317 0.077 27 T 0.004 0.008 0.015 0.064 0.227 0.483 0.198 28 N 0.018 0.124 0.245 0.333 0.197 0.074 0.009 29 H 0.014 0.140 0.343 0.320 0.145 0.035 0.005 30 I 0.001 0.003 0.007 0.036 0.174 0.530 0.248 31 A 0.002 0.013 0.051 0.216 0.409 0.272 0.036 32 A 0.034 0.242 0.305 0.215 0.115 0.073 0.016 33 H 0.009 0.064 0.189 0.331 0.261 0.127 0.020 34 L 0.003 0.012 0.037 0.120 0.290 0.409 0.130 35 A 0.049 0.164 0.201 0.233 0.204 0.123 0.026 36 I 0.016 0.053 0.132 0.237 0.261 0.237 0.064 37 S 0.012 0.026 0.051 0.136 0.284 0.365 0.126 38 P 0.027 0.060 0.120 0.216 0.254 0.218 0.105 39 G 0.052 0.086 0.094 0.130 0.171 0.268 0.199 40 N 0.014 0.022 0.036 0.070 0.160 0.322 0.376 41 L 0.003 0.008 0.014 0.045 0.131 0.415 0.383 42 Y 0.013 0.031 0.065 0.137 0.229 0.313 0.213 43 Y 0.012 0.071 0.126 0.220 0.241 0.278 0.052 44 H 0.008 0.033 0.083 0.226 0.366 0.245 0.040 45 F 0.019 0.071 0.164 0.298 0.292 0.146 0.010 46 R 0.343 0.328 0.180 0.096 0.039 0.013 0.002 47 N 0.092 0.217 0.247 0.217 0.130 0.085 0.012 48 K 0.012 0.049 0.148 0.312 0.324 0.145 0.011 49 S 0.086 0.332 0.284 0.195 0.080 0.021 0.002 50 D 0.026 0.139 0.313 0.333 0.156 0.032 0.002 51 I 0.003 0.008 0.024 0.102 0.384 0.457 0.021 52 I 0.008 0.034 0.073 0.226 0.381 0.260 0.018 53 Y 0.072 0.357 0.297 0.193 0.063 0.017 0.001 54 E 0.012 0.049 0.243 0.463 0.209 0.024 0.001 55 I 0.013 0.013 0.017 0.059 0.251 0.581 0.065 56 F 0.009 0.035 0.091 0.289 0.386 0.182 0.007 57 Q 0.054 0.329 0.327 0.190 0.079 0.020 0.002 58 E 0.028 0.100 0.273 0.392 0.177 0.029 0.002 59 Y 0.012 0.025 0.041 0.120 0.327 0.429 0.047 60 E 0.024 0.106 0.220 0.319 0.244 0.083 0.005 61 K 0.207 0.464 0.220 0.081 0.023 0.004 0.001 62 L 0.041 0.123 0.276 0.369 0.157 0.032 0.003 63 V 0.020 0.019 0.033 0.143 0.362 0.385 0.038 64 D 0.063 0.205 0.322 0.264 0.116 0.028 0.002 65 Y 0.253 0.402 0.202 0.098 0.034 0.009 0.001 66 Y 0.042 0.103 0.195 0.314 0.249 0.090 0.007 67 L 0.039 0.055 0.132 0.299 0.336 0.130 0.009 68 D 0.316 0.387 0.190 0.078 0.024 0.005 0.001 69 I 0.270 0.353 0.231 0.112 0.030 0.005 0.001 70 P 0.255 0.260 0.224 0.171 0.075 0.015 0.001 71 E 0.455 0.309 0.149 0.065 0.020 0.003 0.001 72 D 0.629 0.230 0.093 0.037 0.009 0.001 0.001 73 R 0.618 0.250 0.092 0.033 0.007 0.001 0.001 74 P 0.682 0.211 0.070 0.029 0.007 0.001 0.001 75 I 0.377 0.264 0.180 0.123 0.047 0.009 0.001 76 T 0.390 0.367 0.162 0.061 0.017 0.003 0.001 77 L 0.102 0.225 0.298 0.263 0.096 0.015 0.001 78 E 0.618 0.239 0.085 0.037 0.016 0.005 0.001 79 D 0.293 0.351 0.217 0.096 0.032 0.010 0.002 80 M 0.045 0.050 0.099 0.289 0.353 0.153 0.010 81 T 0.073 0.276 0.332 0.212 0.080 0.025 0.003 82 F 0.066 0.149 0.221 0.259 0.195 0.097 0.013 83 Y 0.025 0.047 0.073 0.115 0.224 0.374 0.142 84 L 0.010 0.013 0.021 0.085 0.268 0.447 0.156 85 E 0.022 0.131 0.279 0.312 0.151 0.082 0.022 86 S 0.035 0.072 0.153 0.271 0.282 0.164 0.023 87 V 0.020 0.031 0.037 0.055 0.153 0.453 0.252 88 F 0.020 0.018 0.035 0.121 0.277 0.403 0.126 89 D 0.039 0.152 0.261 0.309 0.170 0.055 0.014 90 G 0.035 0.051 0.094 0.248 0.315 0.217 0.040 91 L 0.015 0.021 0.025 0.067 0.199 0.447 0.225 92 W 0.045 0.112 0.203 0.268 0.221 0.124 0.027 93 S 0.160 0.288 0.220 0.165 0.098 0.048 0.020 94 Y 0.049 0.085 0.128 0.216 0.242 0.192 0.088 95 R 0.076 0.147 0.182 0.219 0.199 0.140 0.037 96 F 0.092 0.125 0.138 0.169 0.195 0.190 0.091 97 F 0.041 0.054 0.081 0.144 0.223 0.296 0.161 98 H 0.037 0.050 0.069 0.131 0.203 0.325 0.184 99 R 0.057 0.126 0.188 0.245 0.196 0.140 0.048 100 D 0.046 0.075 0.135 0.209 0.253 0.219 0.062 101 L 0.047 0.034 0.045 0.096 0.229 0.401 0.148 102 E 0.066 0.112 0.172 0.252 0.235 0.141 0.023 103 Y 0.129 0.226 0.234 0.202 0.137 0.061 0.012 104 L 0.084 0.154 0.207 0.254 0.198 0.092 0.011 105 L 0.078 0.101 0.172 0.276 0.261 0.104 0.008 106 D 0.334 0.316 0.183 0.103 0.046 0.014 0.002 107 S 0.419 0.315 0.159 0.076 0.025 0.005 0.001 108 D 0.367 0.326 0.181 0.087 0.029 0.008 0.001 109 P 0.697 0.195 0.064 0.029 0.011 0.003 0.001 110 R 0.562 0.285 0.097 0.039 0.014 0.004 0.001 111 L 0.098 0.117 0.202 0.338 0.208 0.036 0.001 112 R 0.153 0.319 0.303 0.169 0.047 0.008 0.001 113 Q 0.582 0.338 0.067 0.011 0.002 0.001 0.001 114 D 0.127 0.243 0.320 0.232 0.069 0.009 0.001 115 Y 0.022 0.028 0.071 0.260 0.431 0.183 0.005 116 R 0.125 0.332 0.335 0.166 0.037 0.005 0.001 117 E 0.298 0.482 0.169 0.043 0.007 0.001 0.001 118 F 0.019 0.055 0.146 0.317 0.336 0.122 0.005 119 T 0.024 0.077 0.149 0.282 0.307 0.152 0.008 120 N 0.270 0.384 0.224 0.091 0.026 0.005 0.001 121 R 0.087 0.228 0.320 0.251 0.094 0.019 0.001 122 C 0.012 0.019 0.033 0.102 0.317 0.466 0.051 123 L 0.009 0.064 0.169 0.369 0.279 0.103 0.005 124 A 0.039 0.322 0.387 0.185 0.057 0.010 0.001 125 A 0.002 0.011 0.072 0.291 0.454 0.162 0.007 126 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.124 0.697 0.163 127 N 0.006 0.068 0.261 0.430 0.194 0.041 0.001 128 R 0.010 0.155 0.396 0.335 0.096 0.009 0.001 129 I 0.001 0.006 0.023 0.123 0.380 0.434 0.033 130 F 0.002 0.005 0.017 0.126 0.445 0.375 0.030 131 A 0.071 0.424 0.340 0.129 0.031 0.004 0.001 132 K 0.060 0.342 0.350 0.204 0.039 0.004 0.001 133 L 0.007 0.029 0.093 0.324 0.400 0.142 0.005 134 A 0.050 0.192 0.333 0.288 0.121 0.015 0.001 135 D 0.610 0.314 0.060 0.013 0.002 0.001 0.001 136 A 0.329 0.325 0.234 0.092 0.018 0.002 0.001 137 G 0.268 0.305 0.219 0.140 0.054 0.014 0.001 138 I 0.117 0.266 0.285 0.208 0.098 0.025 0.002 139 I 0.024 0.035 0.091 0.275 0.409 0.158 0.007 140 Q 0.128 0.299 0.299 0.191 0.067 0.015 0.001 141 P 0.364 0.312 0.157 0.103 0.046 0.017 0.002 142 Q 0.402 0.279 0.178 0.092 0.037 0.011 0.001 143 P 0.408 0.282 0.162 0.099 0.038 0.010 0.001 144 E 0.410 0.270 0.168 0.097 0.041 0.012 0.002 145 D 0.315 0.346 0.184 0.090 0.044 0.018 0.003 146 L 0.042 0.098 0.171 0.266 0.263 0.141 0.019 147 R 0.036 0.102 0.177 0.247 0.232 0.168 0.038 148 S 0.023 0.043 0.066 0.133 0.265 0.357 0.112 149 A 0.016 0.025 0.057 0.157 0.290 0.307 0.148 150 M 0.021 0.024 0.035 0.052 0.097 0.274 0.498 151 S 0.013 0.015 0.017 0.031 0.059 0.197 0.669 152 L 0.010 0.015 0.031 0.062 0.106 0.218 0.558 153 N 0.009 0.012 0.019 0.048 0.112 0.250 0.550 154 V 0.008 0.008 0.009 0.017 0.040 0.186 0.732 155 W 0.007 0.012 0.017 0.037 0.070 0.224 0.633 156 L 0.008 0.015 0.033 0.073 0.114 0.228 0.529 157 V 0.007 0.012 0.021 0.049 0.098 0.290 0.523 158 I 0.009 0.015 0.021 0.043 0.075 0.288 0.549 159 T 0.007 0.017 0.033 0.080 0.149 0.348 0.367 160 N 0.009 0.027 0.062 0.150 0.249 0.347 0.156 161 W 0.007 0.018 0.041 0.110 0.243 0.426 0.155 162 M 0.010 0.025 0.048 0.107 0.237 0.433 0.141 163 A 0.019 0.058 0.122 0.228 0.298 0.236 0.039 164 F 0.047 0.091 0.159 0.239 0.261 0.171 0.032 165 L 0.084 0.159 0.208 0.249 0.196 0.094 0.011 166 K 0.276 0.250 0.203 0.159 0.084 0.025 0.003 167 T 0.322 0.285 0.187 0.119 0.060 0.023 0.004 168 A 0.191 0.181 0.198 0.213 0.154 0.058 0.005 169 H 0.299 0.310 0.189 0.118 0.057 0.024 0.004 170 A 0.333 0.253 0.190 0.140 0.063 0.019 0.002 171 A 0.517 0.254 0.117 0.065 0.033 0.013 0.002 172 E 0.581 0.260 0.100 0.041 0.014 0.004 0.001 173 E 0.191 0.316 0.263 0.154 0.056 0.018 0.002 174 P 0.067 0.081 0.130 0.268 0.295 0.146 0.012 175 A 0.105 0.282 0.316 0.201 0.076 0.019 0.002 176 S 0.235 0.340 0.234 0.129 0.046 0.014 0.002 177 L 0.033 0.050 0.100 0.230 0.348 0.217 0.022 178 S 0.024 0.045 0.066 0.108 0.213 0.412 0.132 179 L 0.020 0.057 0.118 0.265 0.298 0.202 0.039 180 T 0.051 0.212 0.289 0.247 0.138 0.052 0.011 181 E 0.011 0.038 0.108 0.230 0.314 0.248 0.052 182 L 0.007 0.008 0.010 0.030 0.127 0.482 0.337 183 K 0.009 0.039 0.111 0.271 0.333 0.198 0.039 184 Q 0.046 0.155 0.245 0.282 0.172 0.081 0.019 185 G 0.014 0.033 0.061 0.144 0.269 0.386 0.093 186 I 0.014 0.017 0.031 0.088 0.243 0.425 0.183 187 Y 0.052 0.129 0.204 0.262 0.213 0.114 0.025 188 Q 0.117 0.216 0.213 0.201 0.151 0.081 0.022 189 V 0.074 0.139 0.189 0.234 0.206 0.130 0.028 190 L 0.113 0.170 0.212 0.222 0.168 0.095 0.018 191 T 0.331 0.239 0.158 0.128 0.089 0.043 0.011 192 L 0.222 0.174 0.177 0.191 0.143 0.074 0.019 193 E 0.335 0.285 0.169 0.108 0.059 0.034 0.010 194 V 0.183 0.207 0.211 0.201 0.129 0.057 0.011 195 P 0.192 0.198 0.185 0.180 0.144 0.084 0.017 196 Y 0.142 0.180 0.199 0.206 0.161 0.093 0.019 197 L 0.093 0.136 0.182 0.260 0.223 0.096 0.011 198 T 0.248 0.340 0.234 0.119 0.043 0.013 0.002 199 P 0.598 0.248 0.096 0.041 0.013 0.003 0.001 200 E 0.656 0.256 0.064 0.018 0.004 0.001 0.001 201 Y 0.155 0.157 0.208 0.283 0.163 0.033 0.002 202 R 0.146 0.270 0.287 0.202 0.077 0.017 0.001 203 E 0.483 0.382 0.104 0.025 0.005 0.001 0.001 204 R 0.084 0.200 0.327 0.279 0.092 0.017 0.001 205 V 0.025 0.029 0.064 0.216 0.422 0.235 0.009 206 L 0.151 0.313 0.331 0.163 0.037 0.005 0.001 207 A 0.287 0.463 0.182 0.056 0.011 0.002 0.001 208 L 0.041 0.074 0.174 0.332 0.300 0.076 0.003 209 R 0.146 0.203 0.255 0.250 0.122 0.024 0.001 210 E 0.534 0.332 0.102 0.026 0.005 0.001 0.001 211 K 0.327 0.370 0.201 0.081 0.018 0.002 0.001 212 Y 0.108 0.138 0.220 0.312 0.182 0.039 0.001 213 R 0.283 0.347 0.223 0.111 0.031 0.004 0.001 214 P 0.589 0.252 0.103 0.042 0.012 0.002 0.001 215 T 0.572 0.265 0.102 0.044 0.013 0.003 0.001 216 L 0.292 0.262 0.231 0.158 0.049 0.007 0.001 217 P 0.686 0.200 0.069 0.033 0.010 0.001 0.001 218 E 0.739 0.179 0.060 0.018 0.004 0.001 0.001 219 A 0.610 0.232 0.108 0.041 0.008 0.001 0.001 220 Q 0.771 0.177 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 221 G 0.513 0.239 0.148 0.076 0.022 0.002 0.001 222 I 0.506 0.226 0.141 0.094 0.029 0.004 0.001 223 S 0.614 0.241 0.094 0.039 0.010 0.002 0.001 224 G 0.572 0.248 0.114 0.051 0.013 0.002 0.001 225 V 0.592 0.231 0.103 0.054 0.017 0.003 0.001 226 E 0.715 0.187 0.063 0.026 0.007 0.001 0.001 227 A 0.657 0.197 0.087 0.043 0.014 0.003 0.001