# TARGET T0602 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0602.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.8415 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.354 0.191 0.082 0.124 0.077 0.056 0.049 0.028 0.021 0.012 0.006 2 N 0.398 0.159 0.069 0.112 0.085 0.060 0.057 0.028 0.018 0.010 0.004 3 A 0.294 0.254 0.118 0.155 0.077 0.044 0.031 0.013 0.008 0.004 0.002 4 M 0.126 0.076 0.062 0.094 0.093 0.109 0.164 0.110 0.087 0.052 0.025 5 E 0.382 0.180 0.181 0.134 0.064 0.028 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 6 R 0.112 0.153 0.268 0.225 0.116 0.068 0.041 0.011 0.005 0.002 0.001 7 H 0.069 0.068 0.191 0.139 0.113 0.139 0.158 0.065 0.034 0.017 0.006 8 Q 0.099 0.076 0.268 0.198 0.132 0.104 0.084 0.024 0.011 0.004 0.001 9 H 0.118 0.112 0.455 0.191 0.070 0.030 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 10 L 0.010 0.024 0.324 0.091 0.068 0.112 0.192 0.086 0.052 0.029 0.010 11 L 0.004 0.009 0.443 0.042 0.040 0.062 0.202 0.089 0.062 0.033 0.014 12 S 0.010 0.024 0.694 0.175 0.061 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 13 E 0.004 0.022 0.487 0.156 0.125 0.105 0.077 0.017 0.005 0.002 0.001 14 Y 0.001 0.003 0.424 0.017 0.014 0.024 0.133 0.110 0.141 0.091 0.043 15 Q 0.003 0.008 0.424 0.146 0.125 0.114 0.140 0.029 0.008 0.003 0.001 16 Q 0.002 0.011 0.648 0.172 0.110 0.039 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.004 0.442 0.022 0.018 0.027 0.138 0.103 0.121 0.085 0.038 18 L 0.002 0.004 0.309 0.047 0.054 0.087 0.295 0.107 0.064 0.026 0.007 19 T 0.004 0.013 0.800 0.115 0.047 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.016 0.332 0.065 0.076 0.137 0.217 0.083 0.044 0.021 0.006 21 S 0.002 0.010 0.496 0.024 0.018 0.023 0.133 0.095 0.109 0.063 0.028 22 E 0.053 0.038 0.659 0.123 0.061 0.032 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 23 Q 0.004 0.018 0.443 0.224 0.171 0.087 0.042 0.009 0.002 0.001 0.001 24 M 0.001 0.003 0.155 0.012 0.011 0.017 0.098 0.131 0.244 0.201 0.128 25 L 0.001 0.002 0.071 0.056 0.109 0.209 0.368 0.104 0.051 0.022 0.008 26 V 0.003 0.015 0.795 0.099 0.057 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.001 0.007 0.064 0.054 0.099 0.163 0.306 0.146 0.090 0.048 0.021 28 A 0.001 0.002 0.014 0.005 0.008 0.012 0.085 0.117 0.249 0.269 0.239 29 T 0.024 0.076 0.386 0.221 0.151 0.078 0.047 0.012 0.004 0.002 0.001 30 E 0.098 0.141 0.435 0.182 0.079 0.040 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 31 G 0.565 0.161 0.076 0.062 0.041 0.031 0.038 0.015 0.007 0.003 0.002 32 N 0.154 0.434 0.118 0.151 0.064 0.040 0.026 0.006 0.003 0.001 0.001 33 W 0.009 0.015 0.021 0.042 0.085 0.141 0.240 0.168 0.149 0.084 0.047 34 D 0.399 0.183 0.156 0.148 0.064 0.030 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 35 A 0.020 0.063 0.169 0.350 0.222 0.109 0.055 0.010 0.002 0.001 0.001 36 L 0.007 0.008 0.043 0.022 0.018 0.032 0.113 0.155 0.220 0.223 0.158 37 V 0.003 0.005 0.103 0.073 0.113 0.197 0.300 0.111 0.060 0.026 0.009 38 D 0.010 0.029 0.767 0.134 0.038 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 39 L 0.002 0.011 0.116 0.074 0.100 0.196 0.312 0.109 0.048 0.025 0.008 40 E 0.004 0.008 0.197 0.025 0.020 0.027 0.147 0.148 0.190 0.151 0.083 41 M 0.019 0.033 0.420 0.174 0.132 0.098 0.086 0.024 0.009 0.004 0.001 42 T 0.015 0.039 0.624 0.166 0.092 0.039 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 43 Y 0.002 0.005 0.131 0.025 0.024 0.037 0.172 0.162 0.206 0.161 0.075 44 L 0.002 0.003 0.095 0.038 0.060 0.135 0.368 0.141 0.091 0.047 0.021 45 K 0.006 0.017 0.714 0.151 0.071 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 46 A 0.002 0.016 0.131 0.081 0.119 0.178 0.247 0.115 0.064 0.035 0.012 47 V 0.002 0.006 0.103 0.017 0.013 0.015 0.080 0.111 0.227 0.237 0.188 48 E 0.012 0.021 0.272 0.140 0.176 0.149 0.153 0.045 0.021 0.008 0.003 49 S 0.013 0.044 0.533 0.195 0.112 0.058 0.032 0.008 0.003 0.001 0.001 50 T 0.009 0.017 0.094 0.038 0.041 0.060 0.166 0.142 0.184 0.152 0.096 51 A 0.029 0.020 0.060 0.062 0.079 0.132 0.263 0.147 0.113 0.063 0.032 52 N 0.116 0.137 0.462 0.155 0.073 0.030 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 53 I 0.022 0.046 0.071 0.089 0.121 0.163 0.218 0.118 0.078 0.052 0.023 54 T 0.277 0.221 0.127 0.122 0.076 0.048 0.050 0.027 0.022 0.017 0.012 55 I 0.149 0.120 0.100 0.125 0.118 0.104 0.124 0.062 0.049 0.031 0.018 56 S 0.420 0.176 0.132 0.121 0.062 0.034 0.027 0.012 0.008 0.005 0.003 57 S 0.312 0.182 0.087 0.129 0.082 0.061 0.068 0.033 0.024 0.014 0.007 58 C 0.276 0.122 0.063 0.084 0.071 0.080 0.105 0.072 0.060 0.043 0.026 59 S 0.161 0.152 0.095 0.111 0.097 0.099 0.106 0.062 0.054 0.038 0.025 60 S 0.162 0.227 0.170 0.165 0.083 0.069 0.063 0.028 0.018 0.010 0.004 61 L 0.391 0.142 0.171 0.165 0.070 0.033 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 62 M 0.311 0.107 0.246 0.147 0.069 0.044 0.045 0.016 0.008 0.003 0.002 63 L 0.011 0.014 0.206 0.091 0.065 0.126 0.231 0.122 0.078 0.041 0.016 64 Q 0.002 0.006 0.408 0.093 0.080 0.116 0.188 0.066 0.028 0.011 0.003 65 D 0.005 0.016 0.817 0.108 0.032 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.004 0.016 0.368 0.175 0.171 0.139 0.092 0.023 0.008 0.003 0.001 67 L 0.001 0.001 0.149 0.010 0.010 0.026 0.179 0.163 0.206 0.166 0.089 68 R 0.001 0.002 0.253 0.113 0.178 0.200 0.204 0.038 0.009 0.002 0.001 69 E 0.005 0.015 0.865 0.081 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.001 0.006 0.131 0.075 0.123 0.202 0.317 0.088 0.039 0.015 0.004 71 L 0.001 0.001 0.144 0.005 0.005 0.009 0.121 0.153 0.242 0.199 0.122 72 R 0.001 0.003 0.456 0.241 0.193 0.071 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 73 A 0.002 0.015 0.757 0.126 0.067 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.002 0.050 0.010 0.015 0.047 0.294 0.202 0.208 0.120 0.051 75 L 0.001 0.002 0.041 0.016 0.027 0.061 0.351 0.236 0.155 0.078 0.031 76 D 0.014 0.046 0.766 0.127 0.037 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.016 0.105 0.339 0.164 0.131 0.129 0.088 0.018 0.007 0.002 0.001 78 E 0.044 0.036 0.237 0.048 0.046 0.066 0.209 0.127 0.113 0.053 0.023 79 I 0.202 0.101 0.389 0.169 0.064 0.037 0.030 0.005 0.002 0.001 0.001 80 E 0.015 0.038 0.512 0.210 0.123 0.061 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 81 I 0.004 0.009 0.282 0.035 0.027 0.052 0.182 0.139 0.130 0.091 0.047 82 K 0.003 0.008 0.315 0.117 0.125 0.161 0.190 0.054 0.020 0.007 0.002 83 R 0.010 0.025 0.798 0.117 0.034 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.004 0.015 0.214 0.095 0.130 0.197 0.251 0.063 0.022 0.007 0.002 85 L 0.002 0.003 0.653 0.015 0.009 0.013 0.092 0.066 0.074 0.051 0.023 86 Q 0.003 0.007 0.727 0.134 0.069 0.034 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 87 L 0.003 0.013 0.803 0.118 0.045 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.002 0.008 0.309 0.027 0.030 0.085 0.280 0.122 0.083 0.040 0.014 89 L 0.001 0.002 0.503 0.030 0.030 0.055 0.235 0.079 0.042 0.019 0.006 90 D 0.002 0.009 0.913 0.052 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.004 0.017 0.450 0.240 0.174 0.085 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 92 L 0.002 0.004 0.639 0.010 0.007 0.010 0.067 0.059 0.099 0.070 0.032 93 S 0.002 0.005 0.417 0.126 0.135 0.128 0.151 0.027 0.007 0.002 0.001 94 D 0.002 0.008 0.896 0.067 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.005 0.022 0.364 0.062 0.094 0.158 0.219 0.049 0.019 0.007 0.002 96 V 0.011 0.020 0.568 0.041 0.025 0.026 0.119 0.074 0.068 0.035 0.012 97 G 0.049 0.089 0.648 0.125 0.057 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 98 Q 0.034 0.087 0.687 0.109 0.045 0.022 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 99 S 0.102 0.096 0.583 0.065 0.048 0.035 0.048 0.013 0.007 0.002 0.001 100 T 0.278 0.101 0.409 0.112 0.048 0.026 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 101 K 0.044 0.060 0.527 0.153 0.093 0.056 0.045 0.014 0.006 0.003 0.001 102 Q 0.026 0.045 0.412 0.118 0.098 0.103 0.121 0.044 0.022 0.008 0.003 103 Q 0.023 0.037 0.539 0.171 0.106 0.060 0.044 0.012 0.005 0.002 0.001 104 A 0.030 0.063 0.672 0.103 0.067 0.035 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 105 V 0.012 0.029 0.524 0.090 0.068 0.052 0.093 0.052 0.040 0.027 0.012 106 N 0.041 0.075 0.339 0.150 0.151 0.094 0.095 0.030 0.015 0.007 0.003 107 N 0.060 0.106 0.543 0.164 0.079 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 108 T 0.081 0.143 0.256 0.126 0.136 0.101 0.096 0.031 0.017 0.009 0.005 109 Y 0.030 0.050 0.093 0.106 0.110 0.108 0.178 0.105 0.096 0.074 0.049 110 G 0.282 0.180 0.138 0.109 0.098 0.068 0.067 0.025 0.018 0.010 0.006 111 Q 0.153 0.212 0.216 0.233 0.095 0.045 0.026 0.009 0.005 0.003 0.002 112 F 0.039 0.047 0.036 0.050 0.071 0.094 0.170 0.134 0.135 0.118 0.106 113 P 0.267 0.169 0.098 0.158 0.103 0.074 0.062 0.027 0.020 0.011 0.011 114 D 0.567 0.176 0.082 0.090 0.044 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 115 H 0.053 0.073 0.053 0.148 0.135 0.159 0.169 0.090 0.064 0.038 0.020 116 A 0.033 0.053 0.042 0.096 0.100 0.122 0.154 0.113 0.112 0.096 0.079 117 L 0.005 0.007 0.008 0.018 0.025 0.039 0.118 0.156 0.216 0.205 0.204 118 L 0.014 0.026 0.034 0.085 0.097 0.114 0.190 0.160 0.131 0.090 0.058 119 L 0.024 0.049 0.031 0.087 0.098 0.110 0.173 0.143 0.131 0.097 0.057 120 G 0.289 0.164 0.078 0.189 0.123 0.067 0.046 0.021 0.013 0.007 0.003 121 E 0.141 0.066 0.034 0.078 0.071 0.079 0.136 0.114 0.112 0.102 0.067 122 T 0.289 0.227 0.096 0.148 0.082 0.053 0.047 0.023 0.018 0.011 0.006 123 Q 0.344 0.151 0.050 0.110 0.083 0.069 0.075 0.047 0.035 0.023 0.014