# TARGET T0602 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0602.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.006 0.051 0.048 0.080 0.084 0.718 2 N 0.015 0.019 0.121 0.123 0.088 0.222 0.413 3 A 0.009 0.016 0.113 0.136 0.219 0.208 0.300 4 M 0.006 0.006 0.115 0.156 0.139 0.341 0.236 5 E 0.005 0.007 0.080 0.196 0.233 0.271 0.207 6 R 0.006 0.011 0.040 0.246 0.256 0.108 0.332 7 H 0.003 0.004 0.049 0.663 0.068 0.070 0.143 8 Q 0.001 0.002 0.041 0.838 0.025 0.043 0.051 9 H 0.001 0.001 0.043 0.879 0.012 0.037 0.026 10 L 0.001 0.001 0.012 0.954 0.005 0.015 0.013 11 L 0.001 0.001 0.003 0.974 0.005 0.010 0.007 12 S 0.001 0.001 0.002 0.976 0.004 0.013 0.006 13 E 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.004 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.010 0.002 17 I 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.010 0.003 18 L 0.001 0.001 0.003 0.966 0.005 0.021 0.004 19 T 0.001 0.001 0.006 0.855 0.005 0.125 0.008 20 L 0.001 0.002 0.004 0.812 0.037 0.094 0.050 21 S 0.001 0.001 0.002 0.900 0.023 0.024 0.049 22 E 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.011 0.002 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.002 24 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.005 0.002 26 V 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.010 0.003 27 L 0.001 0.001 0.004 0.960 0.005 0.026 0.004 28 A 0.001 0.001 0.016 0.875 0.018 0.072 0.017 29 T 0.001 0.001 0.025 0.657 0.015 0.271 0.031 30 E 0.001 0.001 0.016 0.209 0.020 0.698 0.056 31 G 0.001 0.004 0.009 0.115 0.150 0.518 0.205 32 N 0.002 0.011 0.007 0.119 0.136 0.063 0.663 33 W 0.002 0.008 0.017 0.676 0.113 0.021 0.163 34 D 0.002 0.001 0.007 0.940 0.012 0.013 0.025 35 A 0.001 0.001 0.003 0.976 0.004 0.009 0.006 36 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 37 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 38 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.020 0.002 40 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 41 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 42 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 43 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 45 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.002 49 S 0.001 0.001 0.003 0.974 0.003 0.015 0.003 50 T 0.002 0.001 0.007 0.952 0.005 0.026 0.008 51 A 0.004 0.002 0.014 0.870 0.011 0.084 0.014 52 N 0.005 0.002 0.021 0.619 0.024 0.296 0.033 53 I 0.007 0.006 0.022 0.364 0.165 0.209 0.228 54 T 0.011 0.013 0.026 0.162 0.219 0.131 0.438 55 I 0.011 0.016 0.045 0.135 0.246 0.126 0.421 56 S 0.008 0.014 0.062 0.085 0.214 0.157 0.459 57 S 0.007 0.006 0.075 0.083 0.209 0.184 0.436 58 C 0.007 0.011 0.062 0.068 0.114 0.208 0.528 59 S 0.002 0.006 0.025 0.052 0.147 0.059 0.708 60 S 0.002 0.006 0.009 0.104 0.131 0.034 0.714 61 L 0.001 0.001 0.027 0.876 0.028 0.042 0.026 62 M 0.001 0.001 0.017 0.923 0.012 0.028 0.019 63 L 0.001 0.001 0.009 0.958 0.006 0.013 0.014 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.005 0.005 65 D 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.009 0.005 66 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.011 0.005 67 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.010 0.004 68 R 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.013 0.002 69 E 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.013 0.003 70 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.009 0.005 71 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.006 0.004 72 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.005 0.002 73 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.010 0.002 74 I 0.001 0.001 0.002 0.978 0.004 0.012 0.004 75 L 0.001 0.001 0.002 0.952 0.007 0.032 0.006 76 D 0.001 0.001 0.002 0.782 0.021 0.177 0.016 77 N 0.001 0.002 0.001 0.581 0.085 0.207 0.124 78 E 0.001 0.001 0.001 0.941 0.010 0.032 0.016 79 I 0.001 0.001 0.002 0.984 0.004 0.007 0.002 80 E 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.006 0.001 81 I 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.005 0.001 82 K 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.001 83 R 0.001 0.001 0.004 0.967 0.002 0.024 0.002 84 L 0.001 0.001 0.007 0.938 0.004 0.046 0.006 85 L 0.001 0.001 0.004 0.941 0.009 0.032 0.013 86 Q 0.001 0.001 0.005 0.960 0.005 0.026 0.004 87 L 0.001 0.001 0.005 0.961 0.007 0.023 0.004 88 R 0.001 0.001 0.007 0.959 0.003 0.027 0.005 89 L 0.001 0.001 0.004 0.976 0.005 0.012 0.004 90 D 0.001 0.001 0.005 0.970 0.004 0.016 0.004 91 R 0.001 0.001 0.005 0.951 0.003 0.038 0.004 92 L 0.001 0.001 0.005 0.961 0.005 0.021 0.007 93 S 0.001 0.001 0.018 0.953 0.003 0.023 0.003 94 D 0.001 0.001 0.027 0.902 0.005 0.062 0.005 95 L 0.001 0.002 0.033 0.862 0.009 0.084 0.011 96 V 0.001 0.007 0.022 0.726 0.053 0.152 0.038 97 G 0.002 0.001 0.034 0.456 0.052 0.366 0.089 98 Q 0.003 0.002 0.031 0.491 0.094 0.205 0.174 99 S 0.006 0.004 0.025 0.534 0.102 0.142 0.188 100 T 0.013 0.004 0.025 0.639 0.081 0.140 0.099 101 K 0.021 0.008 0.025 0.726 0.052 0.052 0.117 102 Q 0.029 0.005 0.016 0.822 0.029 0.027 0.073 103 Q 0.031 0.002 0.012 0.879 0.019 0.020 0.037 104 A 0.040 0.003 0.009 0.888 0.012 0.021 0.026 105 V 0.043 0.004 0.015 0.874 0.010 0.028 0.026 106 N 0.039 0.003 0.022 0.846 0.021 0.038 0.030 107 N 0.019 0.001 0.039 0.811 0.019 0.081 0.030 108 T 0.015 0.003 0.042 0.660 0.046 0.183 0.051 109 Y 0.018 0.009 0.048 0.330 0.055 0.473 0.067 110 G 0.024 0.007 0.057 0.109 0.147 0.481 0.175 111 Q 0.041 0.030 0.084 0.082 0.214 0.267 0.281 112 F 0.070 0.037 0.048 0.028 0.228 0.077 0.512 113 P 0.030 0.010 0.055 0.014 0.164 0.508 0.219 114 D 0.050 0.008 0.054 0.010 0.176 0.576 0.126 115 H 0.303 0.032 0.034 0.011 0.102 0.062 0.455 116 A 0.582 0.045 0.012 0.007 0.040 0.026 0.289 117 L 0.557 0.060 0.011 0.007 0.064 0.017 0.285 118 L 0.299 0.064 0.007 0.007 0.077 0.021 0.526 119 L 0.114 0.019 0.017 0.018 0.148 0.212 0.471 120 G 0.027 0.009 0.016 0.017 0.293 0.272 0.366 121 E 0.018 0.015 0.019 0.029 0.309 0.179 0.431 122 T 0.018 0.018 0.011 0.024 0.022 0.127 0.779 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998