# TARGET T0602 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0602.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.738 0.173 0.059 0.023 0.006 0.001 0.001 2 N 0.686 0.173 0.077 0.042 0.017 0.005 0.001 3 A 0.596 0.191 0.093 0.070 0.037 0.011 0.001 4 M 0.510 0.227 0.131 0.080 0.039 0.013 0.002 5 E 0.709 0.201 0.061 0.022 0.005 0.001 0.001 6 R 0.505 0.276 0.127 0.063 0.023 0.005 0.001 7 H 0.334 0.200 0.150 0.157 0.109 0.046 0.004 8 Q 0.328 0.290 0.216 0.121 0.038 0.006 0.001 9 H 0.400 0.307 0.172 0.086 0.029 0.006 0.001 10 L 0.157 0.125 0.126 0.217 0.244 0.125 0.007 11 L 0.109 0.088 0.118 0.232 0.273 0.165 0.016 12 S 0.203 0.278 0.250 0.174 0.073 0.019 0.002 13 E 0.146 0.183 0.226 0.273 0.132 0.037 0.003 14 Y 0.038 0.036 0.051 0.136 0.298 0.383 0.059 15 Q 0.151 0.216 0.235 0.204 0.134 0.053 0.007 16 Q 0.136 0.227 0.249 0.222 0.120 0.042 0.004 17 I 0.091 0.065 0.072 0.155 0.271 0.308 0.038 18 L 0.162 0.184 0.188 0.228 0.163 0.068 0.007 19 T 0.324 0.325 0.189 0.104 0.046 0.012 0.002 20 L 0.131 0.161 0.192 0.255 0.189 0.066 0.005 21 S 0.129 0.166 0.160 0.215 0.195 0.123 0.012 22 E 0.275 0.338 0.238 0.114 0.029 0.006 0.001 23 Q 0.320 0.283 0.218 0.117 0.051 0.011 0.001 24 M 0.227 0.117 0.082 0.141 0.233 0.181 0.020 25 L 0.122 0.171 0.263 0.302 0.117 0.023 0.002 26 V 0.311 0.420 0.180 0.068 0.017 0.004 0.001 27 L 0.180 0.185 0.212 0.271 0.129 0.022 0.001 28 A 0.104 0.109 0.165 0.292 0.260 0.067 0.003 29 T 0.395 0.393 0.152 0.052 0.008 0.001 0.001 30 E 0.703 0.240 0.047 0.008 0.001 0.001 0.001 31 G 0.741 0.199 0.048 0.009 0.002 0.001 0.001 32 N 0.444 0.362 0.150 0.039 0.005 0.001 0.001 33 W 0.127 0.142 0.220 0.316 0.168 0.026 0.001 34 D 0.367 0.435 0.158 0.035 0.005 0.001 0.001 35 A 0.351 0.461 0.154 0.031 0.003 0.001 0.001 36 L 0.081 0.083 0.143 0.294 0.320 0.078 0.002 37 V 0.125 0.184 0.224 0.296 0.144 0.026 0.001 38 D 0.382 0.457 0.132 0.026 0.003 0.001 0.001 39 L 0.138 0.192 0.323 0.275 0.063 0.007 0.001 40 E 0.159 0.105 0.076 0.147 0.269 0.226 0.018 41 M 0.187 0.281 0.294 0.181 0.050 0.007 0.001 42 T 0.188 0.369 0.271 0.137 0.031 0.004 0.001 43 Y 0.043 0.066 0.097 0.203 0.354 0.227 0.010 44 L 0.030 0.102 0.189 0.303 0.251 0.117 0.009 45 K 0.121 0.361 0.301 0.160 0.049 0.009 0.001 46 A 0.067 0.117 0.175 0.303 0.257 0.077 0.004 47 V 0.047 0.050 0.063 0.201 0.369 0.257 0.013 48 E 0.172 0.327 0.290 0.160 0.044 0.006 0.001 49 S 0.257 0.355 0.261 0.102 0.022 0.003 0.001 50 T 0.091 0.119 0.160 0.295 0.269 0.064 0.001 51 A 0.215 0.281 0.263 0.183 0.049 0.008 0.001 52 N 0.664 0.267 0.054 0.012 0.002 0.001 0.001 53 I 0.353 0.310 0.214 0.098 0.023 0.002 0.001 54 T 0.611 0.228 0.102 0.047 0.011 0.001 0.001 55 I 0.640 0.217 0.089 0.040 0.012 0.002 0.001 56 S 0.715 0.193 0.062 0.024 0.005 0.001 0.001 57 S 0.560 0.230 0.116 0.067 0.023 0.004 0.001 58 C 0.617 0.235 0.092 0.039 0.013 0.003 0.001 59 S 0.396 0.198 0.168 0.152 0.070 0.014 0.001 60 S 0.648 0.228 0.080 0.034 0.009 0.002 0.001 61 L 0.655 0.224 0.074 0.034 0.010 0.002 0.001 62 M 0.550 0.265 0.112 0.051 0.018 0.004 0.001 63 L 0.229 0.224 0.206 0.208 0.105 0.025 0.002 64 Q 0.250 0.313 0.232 0.140 0.050 0.014 0.001 65 D 0.543 0.299 0.105 0.038 0.012 0.003 0.001 66 L 0.138 0.232 0.263 0.223 0.112 0.029 0.003 67 L 0.051 0.075 0.108 0.239 0.333 0.184 0.010 68 R 0.051 0.197 0.332 0.271 0.124 0.023 0.001 69 E 0.336 0.437 0.168 0.048 0.010 0.002 0.001 70 K 0.060 0.100 0.212 0.314 0.243 0.069 0.003 71 L 0.073 0.051 0.062 0.194 0.364 0.243 0.013 72 R 0.212 0.373 0.280 0.109 0.025 0.002 0.001 73 A 0.401 0.343 0.180 0.064 0.011 0.001 0.001 74 I 0.316 0.159 0.111 0.154 0.165 0.091 0.005 75 L 0.392 0.191 0.198 0.156 0.055 0.009 0.001 76 D 0.587 0.311 0.083 0.017 0.002 0.001 0.001 77 N 0.576 0.216 0.110 0.071 0.024 0.003 0.001 78 E 0.374 0.228 0.163 0.145 0.065 0.024 0.002 79 I 0.677 0.228 0.075 0.017 0.003 0.001 0.001 80 E 0.578 0.291 0.091 0.031 0.008 0.001 0.001 81 I 0.402 0.172 0.113 0.156 0.111 0.046 0.001 82 K 0.459 0.275 0.175 0.079 0.012 0.001 0.001 83 R 0.747 0.221 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 84 L 0.351 0.221 0.226 0.172 0.028 0.001 0.001 85 L 0.593 0.157 0.063 0.089 0.074 0.024 0.001 86 Q 0.339 0.368 0.215 0.069 0.009 0.001 0.001 87 L 0.562 0.342 0.080 0.014 0.002 0.001 0.001 88 R 0.343 0.169 0.139 0.167 0.136 0.043 0.001 89 L 0.443 0.220 0.158 0.131 0.041 0.007 0.001 90 D 0.672 0.273 0.049 0.006 0.001 0.001 0.001 91 R 0.574 0.257 0.120 0.042 0.006 0.001 0.001 92 L 0.417 0.159 0.114 0.161 0.115 0.033 0.001 93 S 0.592 0.248 0.112 0.042 0.006 0.001 0.001 94 D 0.811 0.166 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 95 L 0.464 0.218 0.154 0.119 0.039 0.005 0.001 96 V 0.522 0.192 0.134 0.105 0.040 0.007 0.001 97 G 0.763 0.183 0.043 0.010 0.001 0.001 0.001 98 Q 0.821 0.141 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 99 S 0.820 0.125 0.037 0.014 0.003 0.001 0.001 100 T 0.803 0.146 0.040 0.010 0.001 0.001 0.001 101 K 0.695 0.205 0.066 0.027 0.006 0.001 0.001 102 Q 0.545 0.261 0.123 0.057 0.012 0.001 0.001 103 Q 0.521 0.298 0.120 0.046 0.012 0.002 0.001 104 A 0.317 0.270 0.192 0.140 0.066 0.014 0.001 105 V 0.297 0.115 0.116 0.199 0.191 0.076 0.005 106 N 0.187 0.205 0.214 0.211 0.127 0.049 0.007 107 N 0.203 0.246 0.238 0.175 0.102 0.033 0.004 108 T 0.136 0.091 0.099 0.187 0.240 0.212 0.035 109 Y 0.106 0.094 0.136 0.240 0.223 0.167 0.034 110 G 0.314 0.281 0.171 0.115 0.076 0.035 0.009 111 Q 0.325 0.298 0.200 0.120 0.045 0.011 0.001 112 F 0.345 0.193 0.161 0.180 0.093 0.025 0.002 113 P 0.628 0.249 0.084 0.030 0.007 0.002 0.001 114 D 0.706 0.193 0.062 0.028 0.009 0.002 0.001 115 H 0.337 0.253 0.189 0.138 0.066 0.016 0.001 116 A 0.276 0.161 0.174 0.197 0.133 0.055 0.005 117 L 0.191 0.078 0.104 0.170 0.221 0.199 0.037 118 L 0.229 0.200 0.184 0.177 0.142 0.060 0.007 119 L 0.278 0.211 0.211 0.187 0.086 0.024 0.003 120 G 0.623 0.249 0.082 0.033 0.011 0.003 0.001 121 E 0.609 0.207 0.099 0.061 0.019 0.004 0.001 122 T 0.732 0.161 0.067 0.029 0.009 0.002 0.001 123 Q 0.754 0.135 0.059 0.033 0.015 0.004 0.001