# TARGET T0602 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0602.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 64.8643 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.351 0.134 0.078 0.135 0.089 0.071 0.061 0.034 0.025 0.014 0.008 2 N 0.268 0.137 0.061 0.110 0.101 0.087 0.101 0.059 0.040 0.024 0.011 3 A 0.176 0.279 0.134 0.198 0.098 0.051 0.033 0.015 0.009 0.005 0.002 4 M 0.084 0.044 0.030 0.056 0.068 0.091 0.170 0.147 0.146 0.104 0.061 5 E 0.314 0.189 0.213 0.153 0.075 0.029 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 6 R 0.062 0.153 0.192 0.266 0.144 0.090 0.061 0.018 0.009 0.004 0.002 7 H 0.036 0.045 0.080 0.098 0.108 0.162 0.218 0.113 0.076 0.043 0.020 8 Q 0.116 0.067 0.182 0.177 0.144 0.139 0.116 0.033 0.017 0.006 0.002 9 H 0.066 0.106 0.362 0.263 0.109 0.051 0.032 0.008 0.003 0.001 0.001 10 L 0.003 0.011 0.102 0.046 0.042 0.087 0.222 0.168 0.152 0.110 0.057 11 L 0.003 0.006 0.155 0.036 0.041 0.071 0.258 0.159 0.135 0.087 0.048 12 S 0.010 0.024 0.638 0.202 0.078 0.028 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.011 0.213 0.130 0.145 0.197 0.209 0.059 0.022 0.009 0.002 14 Y 0.001 0.001 0.066 0.006 0.006 0.015 0.121 0.162 0.263 0.220 0.141 15 Q 0.003 0.007 0.251 0.172 0.163 0.166 0.180 0.041 0.012 0.004 0.001 16 Q 0.001 0.010 0.492 0.215 0.167 0.075 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.002 0.115 0.011 0.010 0.022 0.154 0.153 0.225 0.195 0.112 18 L 0.001 0.002 0.109 0.034 0.047 0.098 0.391 0.167 0.100 0.041 0.011 19 T 0.003 0.012 0.765 0.145 0.054 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.010 0.148 0.047 0.075 0.188 0.324 0.116 0.057 0.027 0.007 21 S 0.002 0.008 0.292 0.020 0.016 0.021 0.143 0.138 0.183 0.118 0.058 22 E 0.057 0.037 0.616 0.137 0.072 0.040 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 23 Q 0.003 0.018 0.444 0.236 0.173 0.082 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 24 M 0.001 0.003 0.112 0.010 0.010 0.019 0.110 0.141 0.252 0.206 0.136 25 L 0.001 0.002 0.065 0.061 0.113 0.208 0.352 0.110 0.056 0.024 0.008 26 V 0.004 0.018 0.797 0.094 0.055 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.001 0.008 0.062 0.058 0.102 0.164 0.298 0.142 0.091 0.051 0.024 28 A 0.002 0.002 0.013 0.005 0.008 0.012 0.087 0.119 0.243 0.269 0.240 29 T 0.028 0.087 0.373 0.228 0.147 0.076 0.044 0.011 0.004 0.002 0.001 30 E 0.092 0.120 0.430 0.178 0.092 0.051 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 31 G 0.595 0.155 0.070 0.060 0.038 0.028 0.031 0.012 0.006 0.003 0.002 32 N 0.111 0.429 0.115 0.159 0.077 0.051 0.038 0.010 0.005 0.003 0.002 33 W 0.006 0.011 0.013 0.034 0.076 0.131 0.226 0.173 0.165 0.101 0.064 34 D 0.408 0.193 0.155 0.138 0.062 0.028 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 35 A 0.013 0.054 0.125 0.341 0.244 0.131 0.072 0.014 0.004 0.001 0.001 36 L 0.002 0.003 0.012 0.010 0.009 0.018 0.078 0.137 0.235 0.268 0.226 37 V 0.002 0.003 0.048 0.061 0.113 0.225 0.321 0.119 0.068 0.029 0.011 38 D 0.011 0.030 0.737 0.153 0.044 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.004 0.043 0.037 0.059 0.159 0.372 0.168 0.086 0.051 0.020 40 E 0.001 0.002 0.044 0.010 0.010 0.017 0.123 0.169 0.250 0.229 0.145 41 M 0.014 0.027 0.367 0.198 0.164 0.116 0.080 0.022 0.008 0.003 0.001 42 T 0.008 0.033 0.478 0.213 0.143 0.076 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 43 Y 0.001 0.001 0.027 0.007 0.008 0.015 0.104 0.155 0.273 0.258 0.152 44 L 0.001 0.001 0.034 0.021 0.039 0.113 0.382 0.176 0.124 0.073 0.038 45 K 0.003 0.013 0.672 0.178 0.089 0.028 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 46 A 0.001 0.006 0.054 0.043 0.076 0.154 0.298 0.166 0.108 0.066 0.027 47 V 0.001 0.001 0.019 0.005 0.005 0.008 0.053 0.103 0.252 0.293 0.261 48 E 0.009 0.013 0.212 0.123 0.163 0.176 0.195 0.060 0.030 0.013 0.006 49 S 0.004 0.024 0.403 0.203 0.158 0.107 0.069 0.019 0.008 0.003 0.001 50 T 0.004 0.007 0.041 0.018 0.020 0.035 0.129 0.141 0.220 0.217 0.168 51 A 0.017 0.011 0.031 0.046 0.063 0.119 0.252 0.174 0.144 0.091 0.051 52 N 0.084 0.116 0.499 0.151 0.077 0.036 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 53 I 0.014 0.031 0.045 0.070 0.107 0.167 0.250 0.136 0.089 0.062 0.029 54 T 0.327 0.196 0.094 0.109 0.067 0.046 0.054 0.033 0.030 0.024 0.019 55 I 0.134 0.108 0.089 0.113 0.106 0.102 0.134 0.075 0.066 0.045 0.028 56 S 0.363 0.165 0.121 0.129 0.078 0.047 0.043 0.021 0.016 0.010 0.005 57 S 0.307 0.161 0.065 0.120 0.079 0.065 0.081 0.047 0.039 0.025 0.013 58 C 0.291 0.095 0.054 0.080 0.073 0.081 0.111 0.077 0.066 0.046 0.026 59 S 0.135 0.132 0.076 0.093 0.084 0.093 0.109 0.080 0.079 0.068 0.052 60 S 0.110 0.294 0.120 0.155 0.087 0.074 0.070 0.039 0.029 0.017 0.008 61 L 0.561 0.120 0.110 0.115 0.051 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 62 M 0.502 0.127 0.166 0.108 0.044 0.022 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 63 L 0.013 0.017 0.174 0.108 0.066 0.126 0.234 0.126 0.080 0.039 0.016 64 Q 0.003 0.005 0.261 0.079 0.079 0.138 0.258 0.104 0.048 0.020 0.005 65 D 0.004 0.013 0.878 0.073 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.002 0.013 0.326 0.224 0.206 0.142 0.067 0.015 0.004 0.001 0.001 67 L 0.001 0.001 0.090 0.006 0.007 0.022 0.168 0.164 0.228 0.198 0.115 68 R 0.001 0.002 0.229 0.113 0.172 0.206 0.223 0.042 0.010 0.003 0.001 69 E 0.003 0.012 0.876 0.076 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.001 0.006 0.139 0.084 0.132 0.210 0.297 0.080 0.034 0.013 0.004 71 L 0.001 0.001 0.163 0.005 0.005 0.009 0.122 0.152 0.244 0.191 0.109 72 R 0.001 0.004 0.442 0.237 0.198 0.077 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 73 A 0.002 0.015 0.725 0.136 0.080 0.031 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.002 0.061 0.011 0.017 0.044 0.265 0.195 0.218 0.130 0.057 75 L 0.002 0.003 0.042 0.018 0.028 0.061 0.338 0.232 0.159 0.083 0.034 76 D 0.016 0.053 0.737 0.138 0.044 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.017 0.111 0.305 0.150 0.125 0.137 0.111 0.027 0.011 0.005 0.001 78 E 0.073 0.054 0.252 0.065 0.059 0.073 0.186 0.101 0.083 0.038 0.016 79 I 0.262 0.112 0.364 0.140 0.054 0.032 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 80 E 0.022 0.043 0.450 0.222 0.135 0.073 0.041 0.010 0.003 0.001 0.001 81 I 0.007 0.012 0.254 0.039 0.030 0.051 0.175 0.143 0.138 0.099 0.051 82 K 0.004 0.012 0.337 0.142 0.139 0.154 0.147 0.042 0.016 0.005 0.002 83 R 0.016 0.030 0.783 0.116 0.037 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.005 0.017 0.201 0.084 0.117 0.186 0.269 0.075 0.031 0.012 0.004 85 L 0.003 0.006 0.615 0.021 0.012 0.017 0.105 0.071 0.075 0.052 0.023 86 Q 0.006 0.012 0.729 0.134 0.066 0.030 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 87 L 0.006 0.021 0.775 0.125 0.050 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.003 0.012 0.303 0.034 0.035 0.088 0.260 0.120 0.085 0.043 0.015 89 L 0.001 0.003 0.423 0.035 0.039 0.074 0.268 0.085 0.045 0.020 0.007 90 D 0.005 0.013 0.906 0.052 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.004 0.017 0.371 0.268 0.199 0.101 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 92 L 0.002 0.004 0.462 0.009 0.007 0.010 0.078 0.084 0.156 0.123 0.064 93 S 0.001 0.003 0.318 0.138 0.165 0.162 0.170 0.031 0.008 0.002 0.001 94 D 0.002 0.008 0.888 0.072 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.004 0.016 0.220 0.057 0.097 0.190 0.298 0.074 0.030 0.011 0.003 96 V 0.009 0.016 0.378 0.034 0.024 0.028 0.156 0.122 0.128 0.075 0.030 97 G 0.040 0.092 0.602 0.150 0.073 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 98 Q 0.038 0.092 0.624 0.122 0.059 0.035 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 99 S 0.142 0.114 0.454 0.076 0.060 0.045 0.066 0.022 0.014 0.005 0.002 100 T 0.278 0.113 0.316 0.131 0.067 0.043 0.036 0.009 0.004 0.002 0.001 101 K 0.042 0.066 0.405 0.169 0.115 0.079 0.070 0.027 0.015 0.008 0.003 102 Q 0.029 0.046 0.286 0.124 0.116 0.131 0.156 0.061 0.033 0.013 0.004 103 Q 0.034 0.046 0.457 0.198 0.121 0.070 0.050 0.016 0.006 0.003 0.001 104 A 0.032 0.072 0.540 0.121 0.096 0.063 0.050 0.015 0.007 0.003 0.001 105 V 0.011 0.024 0.324 0.077 0.061 0.057 0.131 0.100 0.097 0.075 0.043 106 N 0.038 0.072 0.261 0.178 0.184 0.113 0.097 0.031 0.015 0.007 0.003 107 N 0.081 0.121 0.505 0.164 0.077 0.031 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 108 T 0.057 0.105 0.159 0.122 0.149 0.137 0.156 0.056 0.033 0.018 0.009 109 Y 0.020 0.033 0.045 0.066 0.076 0.094 0.195 0.140 0.140 0.112 0.078 110 G 0.259 0.177 0.136 0.127 0.102 0.070 0.064 0.027 0.020 0.012 0.008 111 Q 0.171 0.188 0.179 0.205 0.109 0.063 0.045 0.018 0.011 0.007 0.005 112 F 0.066 0.070 0.043 0.073 0.088 0.106 0.164 0.121 0.109 0.089 0.071 113 P 0.271 0.145 0.072 0.131 0.097 0.082 0.078 0.042 0.035 0.024 0.022 114 D 0.521 0.177 0.075 0.098 0.056 0.031 0.022 0.009 0.006 0.003 0.002 115 H 0.079 0.090 0.057 0.146 0.129 0.143 0.153 0.085 0.062 0.037 0.020 116 A 0.075 0.072 0.054 0.106 0.092 0.101 0.127 0.098 0.101 0.092 0.082 117 L 0.015 0.019 0.020 0.043 0.056 0.076 0.159 0.164 0.181 0.148 0.118 118 L 0.028 0.051 0.048 0.104 0.104 0.108 0.170 0.139 0.118 0.079 0.048 119 L 0.028 0.040 0.030 0.070 0.076 0.088 0.149 0.142 0.154 0.133 0.090 120 G 0.207 0.150 0.078 0.175 0.139 0.088 0.074 0.040 0.027 0.015 0.007 121 E 0.348 0.148 0.068 0.133 0.083 0.065 0.063 0.035 0.027 0.019 0.010 122 T 0.261 0.117 0.054 0.095 0.076 0.074 0.096 0.068 0.069 0.055 0.035 123 Q 0.358 0.196 0.056 0.109 0.072 0.054 0.057 0.037 0.029 0.019 0.012