# TARGET T0602 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0602.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 64.8643 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.044 0.150 0.077 0.023 0.109 0.018 0.031 0.289 0.137 0.097 0.025 2 N 0.031 0.049 0.031 0.008 0.049 0.008 0.027 0.494 0.211 0.068 0.022 3 A 0.025 0.043 0.018 0.008 0.039 0.015 0.041 0.539 0.143 0.109 0.019 4 M 0.045 0.130 0.033 0.010 0.105 0.008 0.016 0.356 0.119 0.147 0.031 5 E 0.012 0.042 0.029 0.009 0.026 0.025 0.055 0.515 0.171 0.100 0.016 6 R 0.026 0.136 0.093 0.006 0.054 0.003 0.015 0.434 0.117 0.095 0.019 7 H 0.010 0.043 0.015 0.003 0.019 0.002 0.005 0.613 0.196 0.088 0.008 8 Q 0.001 0.011 0.003 0.001 0.005 0.002 0.008 0.801 0.157 0.010 0.001 9 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.905 0.076 0.006 0.001 10 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.850 0.095 0.045 0.001 11 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.844 0.130 0.015 0.001 12 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.926 0.060 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.930 0.051 0.014 0.001 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.055 0.003 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.036 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.034 0.004 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.050 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.016 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.023 0.006 0.001 21 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.041 0.004 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.032 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.013 0.002 0.001 24 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.029 0.005 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.048 0.001 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.028 0.004 0.001 28 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.876 0.111 0.006 0.001 29 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.755 0.178 0.017 0.001 30 E 0.001 0.825 0.109 0.003 0.027 0.002 0.010 0.017 0.002 0.004 0.001 31 G 0.015 0.077 0.040 0.011 0.020 0.003 0.003 0.003 0.005 0.553 0.268 32 N 0.460 0.015 0.005 0.001 0.093 0.001 0.002 0.004 0.003 0.058 0.357 33 W 0.008 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.408 0.515 0.037 0.009 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.912 0.067 0.001 0.001 35 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.901 0.073 0.018 0.001 36 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.049 0.006 0.001 37 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.914 0.071 0.007 0.001 38 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.941 0.041 0.004 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.934 0.049 0.009 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.909 0.077 0.009 0.001 41 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.935 0.058 0.001 0.001 42 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.968 0.025 0.001 0.001 43 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.042 0.012 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.048 0.001 0.001 45 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.019 0.003 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.051 0.002 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.940 0.052 0.001 0.001 49 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.907 0.056 0.018 0.001 50 T 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.003 0.018 0.779 0.138 0.042 0.003 51 A 0.006 0.063 0.012 0.006 0.018 0.013 0.047 0.637 0.174 0.021 0.004 52 N 0.037 0.013 0.005 0.004 0.030 0.006 0.061 0.388 0.157 0.252 0.047 53 I 0.057 0.204 0.072 0.008 0.181 0.014 0.057 0.196 0.102 0.079 0.029 54 T 0.139 0.138 0.046 0.012 0.184 0.011 0.031 0.142 0.088 0.136 0.073 55 I 0.062 0.197 0.075 0.020 0.153 0.016 0.045 0.176 0.140 0.092 0.024 56 S 0.039 0.163 0.113 0.029 0.114 0.024 0.056 0.201 0.128 0.105 0.027 57 S 0.032 0.143 0.097 0.023 0.092 0.023 0.068 0.258 0.141 0.099 0.024 58 C 0.088 0.218 0.112 0.015 0.138 0.019 0.034 0.151 0.050 0.109 0.064 59 S 0.049 0.321 0.126 0.018 0.163 0.010 0.014 0.099 0.050 0.114 0.035 60 S 0.019 0.469 0.203 0.002 0.066 0.001 0.002 0.188 0.024 0.023 0.004 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.873 0.123 0.002 0.001 62 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.031 0.005 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 65 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.017 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.014 0.002 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.043 0.007 0.001 68 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.019 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.001 0.001 70 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.010 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.036 0.004 0.001 75 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.839 0.132 0.014 0.001 76 D 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.021 0.089 0.785 0.081 0.009 0.001 77 N 0.004 0.036 0.038 0.009 0.007 0.002 0.015 0.495 0.066 0.320 0.007 78 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.872 0.102 0.013 0.002 79 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.066 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 81 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.003 0.001 82 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.032 0.001 0.001 83 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.016 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.027 0.004 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.076 0.007 0.001 86 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.981 0.013 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.033 0.016 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.075 0.004 0.001 90 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.948 0.046 0.001 0.001 91 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.031 0.013 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.887 0.090 0.018 0.001 93 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.889 0.105 0.001 0.001 94 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.915 0.064 0.005 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.843 0.076 0.031 0.001 96 V 0.007 0.037 0.005 0.002 0.015 0.004 0.019 0.761 0.102 0.042 0.005 97 G 0.008 0.017 0.010 0.015 0.011 0.021 0.042 0.466 0.144 0.249 0.019 98 Q 0.033 0.057 0.038 0.009 0.058 0.013 0.055 0.463 0.100 0.146 0.026 99 S 0.028 0.080 0.025 0.005 0.068 0.005 0.016 0.600 0.103 0.054 0.015 100 T 0.022 0.069 0.022 0.007 0.044 0.007 0.022 0.643 0.103 0.053 0.009 101 K 0.016 0.019 0.008 0.003 0.020 0.005 0.013 0.787 0.074 0.045 0.009 102 Q 0.024 0.026 0.006 0.003 0.048 0.004 0.010 0.788 0.056 0.028 0.009 103 Q 0.036 0.053 0.010 0.004 0.091 0.007 0.014 0.726 0.037 0.015 0.008 104 A 0.044 0.032 0.015 0.003 0.052 0.003 0.009 0.786 0.028 0.018 0.009 105 V 0.018 0.010 0.002 0.003 0.025 0.006 0.011 0.845 0.054 0.019 0.006 106 N 0.017 0.049 0.009 0.009 0.042 0.017 0.038 0.677 0.094 0.040 0.008 107 N 0.045 0.025 0.024 0.007 0.042 0.006 0.035 0.605 0.111 0.080 0.020 108 T 0.025 0.027 0.017 0.015 0.040 0.037 0.108 0.559 0.116 0.046 0.010 109 Y 0.050 0.160 0.060 0.055 0.087 0.031 0.061 0.192 0.117 0.149 0.035 110 G 0.052 0.107 0.087 0.065 0.081 0.051 0.043 0.202 0.095 0.172 0.046 111 Q 0.086 0.149 0.069 0.020 0.170 0.034 0.084 0.148 0.085 0.111 0.045 112 F 0.133 0.238 0.246 0.033 0.189 0.008 0.009 0.043 0.025 0.024 0.052 113 P 0.018 0.164 0.085 0.060 0.066 0.088 0.133 0.259 0.103 0.017 0.007 114 D 0.022 0.022 0.012 0.017 0.022 0.020 0.057 0.121 0.194 0.460 0.053 115 H 0.113 0.231 0.081 0.012 0.283 0.008 0.013 0.044 0.055 0.111 0.049 116 A 0.173 0.185 0.024 0.002 0.523 0.003 0.009 0.026 0.019 0.015 0.021 117 L 0.247 0.162 0.027 0.003 0.451 0.004 0.011 0.014 0.010 0.017 0.054 118 L 0.183 0.240 0.095 0.008 0.386 0.004 0.006 0.012 0.006 0.017 0.044 119 L 0.142 0.193 0.076 0.039 0.200 0.037 0.061 0.086 0.046 0.063 0.057 120 G 0.021 0.170 0.284 0.165 0.056 0.066 0.034 0.056 0.056 0.074 0.018 121 E 0.145 0.156 0.081 0.023 0.238 0.018 0.045 0.103 0.059 0.065 0.069 122 T 0.076 0.184 0.075 0.021 0.154 0.018 0.034 0.138 0.141 0.113 0.047 123 Q 0.072 0.155 0.081 0.027 0.127 0.032 0.061 0.169 0.118 0.116 0.040