# TARGET T0590 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1190 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.033 0.191 0.287 0.041 0.073 0.086 0.016 0.016 0.008 0.035 0.011 0.071 0.004 0.018 0.023 2 N 0.009 0.019 0.050 0.043 0.349 0.197 0.129 0.039 0.003 0.009 0.039 0.022 0.024 0.062 0.002 0.003 3 A 0.014 0.084 0.012 0.072 0.019 0.026 0.007 0.442 0.019 0.005 0.172 0.019 0.016 0.004 0.083 0.006 4 R 0.011 0.037 0.035 0.076 0.016 0.013 0.017 0.017 0.327 0.152 0.025 0.162 0.020 0.014 0.010 0.068 5 D 0.431 0.025 0.124 0.070 0.002 0.099 0.009 0.028 0.015 0.005 0.015 0.024 0.080 0.001 0.043 0.031 6 N 0.035 0.081 0.271 0.076 0.010 0.108 0.009 0.005 0.023 0.018 0.198 0.017 0.073 0.003 0.004 0.069 7 K 0.121 0.212 0.094 0.353 0.005 0.030 0.006 0.008 0.004 0.001 0.016 0.115 0.022 0.004 0.004 0.005 8 F 0.009 0.055 0.413 0.413 0.002 0.024 0.007 0.004 0.007 0.001 0.005 0.009 0.028 0.001 0.007 0.015 9 N 0.012 0.021 0.186 0.670 0.010 0.042 0.004 0.003 0.003 0.003 0.005 0.003 0.025 0.001 0.001 0.011 10 T 0.021 0.027 0.092 0.706 0.022 0.077 0.004 0.008 0.002 0.001 0.013 0.006 0.014 0.003 0.001 0.002 11 W 0.004 0.085 0.059 0.664 0.038 0.062 0.005 0.015 0.006 0.004 0.021 0.012 0.016 0.002 0.003 0.004 12 N 0.006 0.058 0.028 0.293 0.202 0.227 0.030 0.038 0.008 0.010 0.024 0.025 0.023 0.022 0.002 0.004 13 D 0.014 0.064 0.025 0.065 0.079 0.141 0.020 0.140 0.015 0.006 0.320 0.017 0.045 0.004 0.036 0.009 14 S 0.006 0.039 0.013 0.018 0.221 0.026 0.139 0.028 0.019 0.053 0.132 0.094 0.019 0.175 0.006 0.012 15 R 0.026 0.033 0.023 0.018 0.005 0.009 0.009 0.271 0.015 0.004 0.015 0.026 0.019 0.004 0.517 0.007 16 G 0.012 0.012 0.077 0.019 0.004 0.014 0.015 0.005 0.177 0.148 0.019 0.015 0.043 0.004 0.012 0.423 17 N 0.707 0.029 0.090 0.027 0.005 0.024 0.006 0.009 0.005 0.004 0.016 0.021 0.031 0.003 0.007 0.016 18 Y 0.035 0.085 0.294 0.108 0.014 0.178 0.022 0.013 0.011 0.008 0.083 0.048 0.061 0.008 0.014 0.017 19 W 0.031 0.224 0.144 0.204 0.013 0.087 0.011 0.021 0.013 0.006 0.059 0.063 0.082 0.003 0.013 0.028 20 S 0.038 0.062 0.100 0.326 0.021 0.108 0.023 0.012 0.012 0.009 0.075 0.079 0.097 0.010 0.007 0.022 21 D 0.042 0.225 0.227 0.240 0.007 0.024 0.015 0.022 0.011 0.003 0.033 0.031 0.063 0.004 0.014 0.039 22 Y 0.021 0.024 0.149 0.226 0.054 0.238 0.097 0.006 0.016 0.009 0.018 0.031 0.069 0.019 0.006 0.016 23 E 0.040 0.096 0.180 0.155 0.020 0.071 0.017 0.104 0.003 0.003 0.175 0.018 0.066 0.008 0.031 0.013 24 G 0.016 0.199 0.067 0.357 0.008 0.039 0.009 0.016 0.102 0.017 0.017 0.063 0.025 0.004 0.012 0.049 25 S 0.162 0.027 0.213 0.271 0.009 0.076 0.028 0.010 0.015 0.008 0.032 0.037 0.075 0.008 0.007 0.021 26 D 0.031 0.150 0.248 0.178 0.020 0.171 0.013 0.027 0.009 0.004 0.041 0.025 0.054 0.003 0.013 0.013 27 E 0.019 0.047 0.043 0.233 0.137 0.105 0.064 0.024 0.009 0.011 0.181 0.039 0.037 0.040 0.004 0.007 28 N 0.030 0.234 0.118 0.212 0.031 0.030 0.024 0.095 0.023 0.004 0.026 0.057 0.031 0.003 0.063 0.019 29 G 0.011 0.007 0.033 0.082 0.271 0.056 0.244 0.021 0.031 0.073 0.043 0.018 0.024 0.072 0.004 0.012 30 D 0.125 0.127 0.110 0.145 0.008 0.010 0.007 0.265 0.019 0.003 0.025 0.011 0.015 0.001 0.114 0.015 31 G 0.019 0.009 0.039 0.148 0.105 0.047 0.041 0.007 0.201 0.277 0.019 0.031 0.011 0.018 0.001 0.026 32 I 0.323 0.087 0.183 0.298 0.005 0.007 0.005 0.049 0.005 0.001 0.006 0.005 0.005 0.001 0.017 0.005 33 G 0.009 0.023 0.136 0.623 0.006 0.080 0.003 0.005 0.052 0.037 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.012 34 D 0.077 0.078 0.101 0.723 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 35 S 0.006 0.008 0.051 0.909 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.035 0.069 0.872 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.003 0.007 0.979 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.001 0.013 0.041 0.869 0.022 0.047 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 V 0.001 0.051 0.011 0.917 0.004 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 N 0.001 0.006 0.005 0.103 0.011 0.864 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 P 0.001 0.038 0.002 0.009 0.023 0.099 0.001 0.007 0.001 0.001 0.811 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 42 E 0.002 0.128 0.003 0.020 0.085 0.012 0.022 0.018 0.005 0.004 0.174 0.457 0.004 0.062 0.003 0.001 43 A 0.006 0.028 0.051 0.014 0.002 0.006 0.011 0.095 0.011 0.002 0.008 0.041 0.020 0.003 0.690 0.013 44 G 0.010 0.011 0.102 0.014 0.004 0.008 0.015 0.003 0.049 0.057 0.009 0.007 0.036 0.004 0.011 0.661 45 S 0.620 0.014 0.043 0.014 0.004 0.162 0.006 0.009 0.004 0.003 0.026 0.023 0.052 0.004 0.008 0.009 46 M 0.019 0.248 0.148 0.039 0.004 0.071 0.007 0.007 0.007 0.003 0.314 0.047 0.055 0.003 0.008 0.020 47 D 0.040 0.303 0.066 0.188 0.001 0.049 0.004 0.006 0.010 0.002 0.021 0.236 0.048 0.002 0.008 0.016 48 Y 0.027 0.048 0.533 0.256 0.001 0.010 0.008 0.001 0.005 0.001 0.010 0.010 0.042 0.001 0.003 0.045 49 M 0.028 0.015 0.503 0.358 0.005 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.026 0.001 0.001 0.005 50 P 0.008 0.049 0.145 0.624 0.008 0.117 0.004 0.005 0.001 0.001 0.009 0.004 0.021 0.001 0.001 0.003 51 L 0.004 0.088 0.026 0.763 0.004 0.064 0.001 0.005 0.005 0.001 0.014 0.008 0.012 0.001 0.001 0.002 52 M 0.010 0.056 0.052 0.801 0.002 0.024 0.001 0.003 0.005 0.001 0.008 0.017 0.014 0.001 0.001 0.003 53 E 0.012 0.026 0.124 0.760 0.006 0.033 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.006 0.015 0.001 0.001 0.004 54 Y 0.008 0.023 0.100 0.730 0.028 0.069 0.003 0.005 0.002 0.001 0.008 0.004 0.013 0.002 0.001 0.002 55 L 0.007 0.079 0.053 0.709 0.031 0.061 0.008 0.014 0.004 0.002 0.009 0.006 0.010 0.002 0.002 0.004 56 H 0.009 0.060 0.042 0.580 0.039 0.168 0.011 0.028 0.007 0.007 0.017 0.008 0.013 0.002 0.003 0.005 57 S 0.019 0.187 0.090 0.458 0.021 0.062 0.007 0.036 0.031 0.009 0.034 0.014 0.011 0.002 0.005 0.015 58 S 0.044 0.045 0.053 0.302 0.020 0.339 0.014 0.014 0.023 0.014 0.051 0.046 0.020 0.004 0.004 0.008 59 P 0.036 0.276 0.123 0.244 0.019 0.062 0.008 0.025 0.006 0.003 0.124 0.034 0.017 0.004 0.009 0.010 60 V 0.028 0.186 0.093 0.556 0.002 0.015 0.005 0.010 0.028 0.003 0.007 0.032 0.008 0.001 0.005 0.020 61 L 0.047 0.013 0.422 0.407 0.006 0.047 0.011 0.002 0.006 0.003 0.005 0.005 0.015 0.001 0.001 0.010 62 P 0.027 0.041 0.141 0.509 0.023 0.173 0.003 0.021 0.001 0.001 0.030 0.009 0.014 0.002 0.001 0.002 63 T 0.004 0.129 0.022 0.780 0.005 0.019 0.001 0.005 0.010 0.001 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.003 64 A 0.018 0.012 0.045 0.763 0.010 0.092 0.003 0.005 0.005 0.003 0.011 0.017 0.013 0.001 0.001 0.002 65 R 0.014 0.192 0.114 0.574 0.012 0.041 0.004 0.010 0.005 0.001 0.009 0.007 0.010 0.001 0.001 0.005 66 F 0.008 0.014 0.030 0.838 0.010 0.058 0.004 0.006 0.005 0.003 0.011 0.005 0.006 0.001 0.001 0.002 67 T 0.016 0.107 0.183 0.550 0.008 0.074 0.003 0.010 0.007 0.002 0.007 0.012 0.010 0.001 0.002 0.008 68 S 0.010 0.030 0.076 0.808 0.005 0.020 0.001 0.006 0.006 0.005 0.014 0.005 0.007 0.001 0.002 0.004 69 D 0.009 0.040 0.045 0.207 0.009 0.639 0.003 0.006 0.004 0.002 0.005 0.014 0.012 0.001 0.001 0.003 70 I 0.007 0.079 0.025 0.088 0.047 0.074 0.009 0.007 0.002 0.001 0.631 0.005 0.017 0.002 0.002 0.004 71 T 0.006 0.183 0.021 0.092 0.208 0.037 0.082 0.047 0.004 0.004 0.029 0.217 0.008 0.057 0.004 0.002 72 E 0.018 0.051 0.136 0.165 0.007 0.018 0.038 0.168 0.038 0.005 0.022 0.010 0.028 0.002 0.268 0.027 73 G 0.052 0.024 0.104 0.135 0.012 0.045 0.015 0.013 0.173 0.144 0.030 0.028 0.032 0.005 0.008 0.182 74 F 0.501 0.058 0.123 0.250 0.004 0.007 0.003 0.005 0.010 0.002 0.007 0.010 0.006 0.001 0.003 0.009 75 A 0.024 0.020 0.276 0.391 0.015 0.210 0.009 0.006 0.005 0.005 0.008 0.012 0.011 0.002 0.002 0.004 76 P 0.016 0.271 0.091 0.486 0.009 0.084 0.002 0.011 0.004 0.001 0.010 0.005 0.005 0.001 0.002 0.003 77 L 0.011 0.060 0.019 0.854 0.001 0.016 0.001 0.005 0.009 0.002 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 78 S 0.017 0.033 0.228 0.706 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 79 V 0.005 0.002 0.146 0.808 0.012 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.001 0.036 0.028 0.902 0.004 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 F 0.002 0.012 0.008 0.620 0.059 0.270 0.002 0.005 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.003 0.360 0.024 0.468 0.015 0.039 0.001 0.048 0.005 0.001 0.016 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 83 D 0.003 0.019 0.006 0.097 0.030 0.745 0.005 0.009 0.016 0.007 0.036 0.013 0.008 0.001 0.001 0.003 84 F 0.019 0.191 0.061 0.038 0.072 0.015 0.028 0.026 0.004 0.004 0.472 0.032 0.009 0.016 0.003 0.011 85 S 0.010 0.048 0.022 0.030 0.016 0.205 0.014 0.151 0.022 0.007 0.020 0.236 0.020 0.009 0.187 0.003 86 E 0.011 0.083 0.155 0.027 0.008 0.014 0.017 0.019 0.042 0.027 0.182 0.016 0.045 0.007 0.024 0.322 87 N 0.405 0.075 0.076 0.056 0.002 0.087 0.007 0.014 0.035 0.007 0.015 0.105 0.043 0.002 0.025 0.047 88 A 0.064 0.048 0.529 0.060 0.002 0.069 0.008 0.002 0.005 0.003 0.091 0.017 0.062 0.001 0.005 0.034 89 T 0.034 0.501 0.128 0.199 0.002 0.042 0.003 0.005 0.003 0.001 0.010 0.044 0.019 0.001 0.002 0.006 90 S 0.009 0.045 0.146 0.748 0.001 0.014 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.005 0.017 0.001 0.001 0.006 91 R 0.007 0.016 0.330 0.580 0.003 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 92 L 0.003 0.008 0.039 0.931 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 93 W 0.001 0.010 0.032 0.793 0.075 0.062 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 94 M 0.001 0.012 0.004 0.150 0.722 0.029 0.023 0.013 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.032 0.001 0.001 95 F 0.002 0.019 0.003 0.059 0.042 0.046 0.005 0.712 0.008 0.003 0.031 0.003 0.007 0.001 0.058 0.001 96 G 0.001 0.013 0.003 0.013 0.247 0.017 0.039 0.016 0.104 0.419 0.037 0.019 0.006 0.039 0.002 0.025 97 D 0.160 0.019 0.010 0.014 0.010 0.013 0.007 0.426 0.015 0.009 0.029 0.023 0.013 0.006 0.240 0.005 98 G 0.008 0.032 0.119 0.017 0.004 0.013 0.009 0.008 0.243 0.143 0.023 0.020 0.024 0.003 0.025 0.311 99 N 0.662 0.029 0.083 0.029 0.007 0.033 0.012 0.007 0.008 0.010 0.016 0.034 0.031 0.008 0.006 0.024 100 T 0.054 0.155 0.377 0.070 0.010 0.100 0.024 0.021 0.010 0.005 0.049 0.022 0.045 0.003 0.021 0.035 101 S 0.028 0.114 0.114 0.108 0.048 0.254 0.059 0.013 0.011 0.012 0.093 0.059 0.044 0.015 0.008 0.020 102 D 0.065 0.251 0.162 0.230 0.005 0.018 0.011 0.049 0.014 0.003 0.065 0.051 0.025 0.001 0.020 0.030 103 S 0.045 0.030 0.200 0.296 0.016 0.125 0.028 0.005 0.044 0.020 0.022 0.084 0.045 0.006 0.005 0.027 104 P 0.075 0.136 0.348 0.269 0.005 0.023 0.007 0.025 0.003 0.001 0.039 0.016 0.033 0.002 0.005 0.014 105 S 0.013 0.044 0.071 0.280 0.004 0.476 0.005 0.004 0.019 0.004 0.010 0.032 0.027 0.001 0.003 0.009 106 P 0.032 0.054 0.104 0.171 0.012 0.086 0.010 0.004 0.002 0.002 0.449 0.015 0.047 0.003 0.001 0.008 107 L 0.009 0.423 0.055 0.406 0.001 0.007 0.001 0.006 0.004 0.001 0.004 0.071 0.005 0.001 0.005 0.002 108 H 0.008 0.009 0.227 0.636 0.005 0.029 0.012 0.001 0.008 0.002 0.003 0.005 0.037 0.001 0.001 0.016 109 T 0.033 0.033 0.388 0.484 0.002 0.021 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.018 0.001 0.002 0.005 110 F 0.006 0.009 0.035 0.565 0.097 0.207 0.005 0.005 0.004 0.006 0.031 0.008 0.013 0.007 0.001 0.002 111 F 0.008 0.339 0.026 0.506 0.050 0.014 0.004 0.016 0.004 0.001 0.009 0.011 0.006 0.001 0.003 0.004 112 N 0.002 0.005 0.009 0.121 0.556 0.095 0.140 0.016 0.004 0.010 0.008 0.005 0.003 0.024 0.001 0.001 113 E 0.049 0.193 0.112 0.209 0.005 0.006 0.007 0.313 0.020 0.002 0.016 0.002 0.002 0.001 0.058 0.007 114 G 0.020 0.011 0.013 0.341 0.003 0.024 0.002 0.003 0.358 0.193 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.014 115 E 0.299 0.056 0.097 0.538 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.003 0.007 0.091 0.880 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.001 0.016 0.034 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 V 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 S 0.001 0.008 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.001 0.007 0.003 0.984 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 V 0.001 0.005 0.001 0.813 0.052 0.125 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 S 0.001 0.378 0.003 0.501 0.014 0.065 0.001 0.031 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 N 0.001 0.008 0.001 0.029 0.027 0.879 0.001 0.004 0.007 0.005 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.004 0.117 0.008 0.010 0.085 0.009 0.010 0.015 0.001 0.001 0.712 0.021 0.001 0.005 0.001 0.001 126 N 0.003 0.098 0.015 0.033 0.007 0.015 0.005 0.301 0.036 0.005 0.009 0.219 0.003 0.004 0.245 0.002 127 D 0.016 0.013 0.137 0.023 0.007 0.027 0.020 0.007 0.149 0.045 0.016 0.012 0.028 0.004 0.021 0.475 128 S 0.640 0.039 0.091 0.022 0.006 0.046 0.010 0.016 0.006 0.004 0.039 0.017 0.026 0.005 0.008 0.024 129 D 0.049 0.299 0.203 0.074 0.002 0.200 0.005 0.020 0.017 0.004 0.037 0.042 0.018 0.001 0.012 0.017 130 S 0.047 0.256 0.198 0.184 0.002 0.120 0.006 0.004 0.023 0.004 0.049 0.039 0.023 0.002 0.006 0.036 131 A 0.056 0.144 0.316 0.416 0.001 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.023 0.007 0.001 0.002 0.010 132 S 0.010 0.026 0.436 0.488 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 133 V 0.004 0.016 0.158 0.804 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 134 T 0.001 0.014 0.037 0.854 0.009 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 135 I 0.001 0.031 0.011 0.922 0.007 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 136 R 0.002 0.026 0.015 0.750 0.056 0.120 0.004 0.004 0.003 0.002 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 137 A 0.010 0.049 0.036 0.488 0.125 0.096 0.015 0.067 0.004 0.004 0.076 0.007 0.015 0.002 0.004 0.001