# TARGET T0590 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1184 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.014 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.968 2 N 0.012 0.005 0.002 0.049 0.092 0.112 0.080 0.001 0.001 0.004 0.641 3 A 0.041 0.008 0.011 0.068 0.024 0.065 0.108 0.001 0.001 0.009 0.666 4 R 0.038 0.005 0.001 0.030 0.028 0.028 0.521 0.001 0.001 0.011 0.336 5 D 0.510 0.004 0.006 0.019 0.012 0.011 0.146 0.001 0.001 0.065 0.227 6 N 0.111 0.020 0.004 0.053 0.019 0.017 0.176 0.001 0.001 0.010 0.588 7 K 0.037 0.013 0.009 0.088 0.056 0.088 0.353 0.001 0.001 0.019 0.337 8 F 0.072 0.019 0.005 0.142 0.109 0.191 0.169 0.002 0.001 0.017 0.274 9 N 0.054 0.025 0.002 0.067 0.229 0.262 0.077 0.003 0.001 0.005 0.276 10 T 0.050 0.019 0.002 0.047 0.240 0.319 0.059 0.001 0.001 0.003 0.259 11 W 0.017 0.015 0.001 0.068 0.267 0.326 0.069 0.002 0.001 0.004 0.231 12 N 0.015 0.013 0.001 0.032 0.302 0.287 0.110 0.002 0.001 0.008 0.229 13 D 0.026 0.017 0.007 0.047 0.116 0.168 0.141 0.002 0.001 0.018 0.458 14 S 0.038 0.005 0.004 0.016 0.036 0.029 0.537 0.001 0.001 0.033 0.300 15 R 0.138 0.004 0.008 0.011 0.011 0.011 0.380 0.001 0.001 0.103 0.333 16 G 0.138 0.008 0.009 0.016 0.021 0.025 0.316 0.001 0.001 0.063 0.403 17 N 0.111 0.008 0.024 0.018 0.039 0.048 0.394 0.001 0.001 0.043 0.315 18 Y 0.026 0.010 0.005 0.028 0.085 0.137 0.216 0.001 0.001 0.013 0.478 19 W 0.016 0.009 0.003 0.020 0.151 0.289 0.097 0.001 0.001 0.006 0.406 20 S 0.021 0.013 0.001 0.019 0.113 0.196 0.113 0.001 0.001 0.005 0.518 21 D 0.060 0.012 0.002 0.023 0.078 0.130 0.069 0.002 0.001 0.005 0.620 22 Y 0.091 0.023 0.003 0.037 0.104 0.132 0.120 0.002 0.001 0.009 0.478 23 E 0.039 0.020 0.005 0.038 0.064 0.095 0.088 0.002 0.001 0.006 0.644 24 G 0.043 0.019 0.004 0.047 0.096 0.184 0.102 0.003 0.001 0.011 0.492 25 S 0.134 0.018 0.008 0.038 0.096 0.122 0.125 0.002 0.001 0.013 0.442 26 D 0.037 0.015 0.003 0.024 0.064 0.066 0.098 0.001 0.001 0.006 0.686 27 E 0.040 0.013 0.005 0.034 0.091 0.135 0.186 0.001 0.001 0.011 0.483 28 N 0.042 0.015 0.003 0.031 0.082 0.107 0.185 0.002 0.001 0.014 0.520 29 G 0.100 0.015 0.005 0.027 0.047 0.066 0.126 0.001 0.001 0.016 0.598 30 D 0.027 0.009 0.002 0.016 0.027 0.031 0.128 0.001 0.001 0.011 0.748 31 G 0.160 0.006 0.005 0.027 0.045 0.066 0.189 0.002 0.001 0.043 0.456 32 I 0.176 0.009 0.014 0.038 0.059 0.071 0.218 0.001 0.001 0.018 0.395 33 G 0.022 0.005 0.003 0.062 0.281 0.287 0.081 0.001 0.001 0.009 0.250 34 D 0.017 0.002 0.002 0.071 0.278 0.295 0.053 0.001 0.001 0.005 0.278 35 S 0.008 0.001 0.001 0.140 0.349 0.347 0.038 0.001 0.001 0.001 0.115 36 A 0.003 0.001 0.001 0.195 0.250 0.409 0.036 0.001 0.001 0.003 0.103 37 Y 0.003 0.001 0.001 0.268 0.299 0.372 0.010 0.001 0.001 0.001 0.046 38 A 0.002 0.001 0.001 0.366 0.181 0.360 0.013 0.001 0.001 0.001 0.077 39 V 0.004 0.001 0.001 0.251 0.199 0.358 0.029 0.001 0.001 0.001 0.157 40 N 0.003 0.001 0.001 0.137 0.185 0.362 0.065 0.001 0.001 0.003 0.244 41 P 0.002 0.001 0.001 0.022 0.025 0.044 0.020 0.001 0.001 0.002 0.884 42 E 0.016 0.002 0.001 0.023 0.018 0.036 0.376 0.001 0.001 0.008 0.520 43 A 0.135 0.004 0.002 0.022 0.014 0.034 0.321 0.001 0.001 0.025 0.442 44 G 0.286 0.022 0.004 0.023 0.026 0.044 0.138 0.003 0.001 0.025 0.431 45 S 0.176 0.027 0.029 0.021 0.024 0.033 0.169 0.002 0.001 0.013 0.506 46 M 0.039 0.023 0.007 0.026 0.036 0.043 0.080 0.001 0.001 0.006 0.739 47 D 0.043 0.018 0.003 0.025 0.050 0.081 0.165 0.003 0.001 0.011 0.600 48 Y 0.168 0.030 0.014 0.043 0.047 0.099 0.168 0.006 0.001 0.013 0.411 49 M 0.107 0.031 0.006 0.066 0.167 0.210 0.116 0.002 0.001 0.006 0.289 50 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.977 51 L 0.020 0.007 0.001 0.098 0.153 0.363 0.048 0.001 0.001 0.003 0.307 52 M 0.051 0.012 0.002 0.175 0.230 0.275 0.032 0.001 0.001 0.004 0.217 53 E 0.020 0.016 0.001 0.138 0.257 0.294 0.036 0.001 0.001 0.002 0.235 54 Y 0.022 0.009 0.001 0.175 0.204 0.350 0.031 0.001 0.001 0.002 0.205 55 L 0.015 0.012 0.001 0.177 0.215 0.334 0.032 0.001 0.001 0.004 0.209 56 H 0.014 0.009 0.003 0.121 0.160 0.275 0.052 0.001 0.001 0.004 0.362 57 S 0.012 0.004 0.002 0.066 0.043 0.095 0.057 0.001 0.001 0.004 0.715 58 S 0.034 0.003 0.003 0.037 0.038 0.062 0.086 0.001 0.001 0.008 0.729 59 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.987 60 V 0.040 0.002 0.003 0.026 0.016 0.058 0.121 0.001 0.001 0.009 0.724 61 L 0.140 0.008 0.004 0.057 0.050 0.088 0.073 0.001 0.001 0.005 0.575 62 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 63 T 0.030 0.005 0.001 0.072 0.090 0.222 0.061 0.001 0.001 0.004 0.514 64 A 0.133 0.015 0.001 0.157 0.156 0.197 0.042 0.001 0.001 0.003 0.295 65 R 0.051 0.023 0.002 0.145 0.174 0.253 0.062 0.001 0.001 0.005 0.285 66 F 0.051 0.021 0.004 0.252 0.142 0.251 0.046 0.001 0.001 0.003 0.229 67 T 0.039 0.013 0.001 0.142 0.165 0.280 0.063 0.002 0.001 0.004 0.290 68 S 0.023 0.006 0.007 0.103 0.076 0.125 0.061 0.002 0.001 0.005 0.592 69 D 0.016 0.004 0.001 0.067 0.111 0.117 0.178 0.001 0.001 0.006 0.499 70 I 0.042 0.006 0.010 0.060 0.035 0.079 0.126 0.001 0.001 0.017 0.626 71 T 0.027 0.010 0.001 0.040 0.043 0.051 0.480 0.001 0.001 0.010 0.338 72 E 0.183 0.009 0.006 0.026 0.025 0.028 0.173 0.001 0.001 0.038 0.511 73 G 0.148 0.021 0.004 0.044 0.028 0.034 0.194 0.002 0.001 0.015 0.509 74 F 0.141 0.010 0.025 0.035 0.036 0.066 0.214 0.003 0.001 0.029 0.441 75 A 0.043 0.011 0.007 0.068 0.117 0.173 0.154 0.001 0.001 0.007 0.419 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 77 L 0.009 0.001 0.001 0.053 0.216 0.458 0.035 0.001 0.001 0.002 0.225 78 S 0.065 0.002 0.001 0.105 0.167 0.261 0.034 0.001 0.001 0.002 0.363 79 V 0.020 0.003 0.001 0.106 0.344 0.373 0.014 0.001 0.001 0.001 0.136 80 R 0.007 0.004 0.001 0.183 0.228 0.363 0.037 0.001 0.001 0.002 0.176 81 F 0.012 0.002 0.001 0.079 0.273 0.412 0.033 0.001 0.001 0.001 0.187 82 K 0.005 0.002 0.001 0.093 0.123 0.267 0.090 0.001 0.001 0.003 0.415 83 D 0.013 0.002 0.001 0.036 0.227 0.202 0.160 0.001 0.001 0.015 0.344 84 F 0.046 0.004 0.004 0.039 0.022 0.044 0.151 0.001 0.001 0.018 0.672 85 S 0.018 0.003 0.001 0.011 0.021 0.023 0.618 0.001 0.001 0.019 0.284 86 E 0.363 0.003 0.010 0.011 0.010 0.013 0.126 0.001 0.001 0.106 0.358 87 N 0.054 0.008 0.004 0.009 0.013 0.014 0.451 0.001 0.001 0.015 0.430 88 A 0.062 0.007 0.014 0.021 0.044 0.089 0.251 0.001 0.001 0.033 0.479 89 T 0.027 0.017 0.002 0.037 0.130 0.268 0.237 0.001 0.001 0.010 0.270 90 S 0.029 0.023 0.005 0.035 0.279 0.320 0.090 0.001 0.001 0.007 0.212 91 R 0.038 0.033 0.002 0.065 0.239 0.369 0.061 0.002 0.001 0.003 0.190 92 L 0.053 0.031 0.001 0.051 0.242 0.370 0.037 0.001 0.001 0.002 0.213 93 W 0.017 0.026 0.001 0.077 0.334 0.353 0.027 0.001 0.001 0.003 0.160 94 M 0.019 0.019 0.002 0.040 0.266 0.339 0.063 0.003 0.001 0.004 0.244 95 F 0.019 0.027 0.004 0.074 0.206 0.372 0.076 0.002 0.001 0.007 0.213 96 G 0.022 0.010 0.002 0.033 0.086 0.125 0.263 0.003 0.001 0.016 0.439 97 D 0.103 0.006 0.010 0.018 0.033 0.036 0.190 0.001 0.001 0.057 0.547 98 G 0.139 0.006 0.009 0.014 0.014 0.014 0.169 0.001 0.001 0.031 0.604 99 N 0.069 0.004 0.009 0.013 0.025 0.025 0.487 0.001 0.001 0.031 0.336 100 T 0.058 0.009 0.006 0.025 0.048 0.070 0.276 0.001 0.001 0.024 0.482 101 S 0.027 0.013 0.003 0.020 0.078 0.135 0.223 0.001 0.001 0.011 0.488 102 D 0.053 0.009 0.004 0.017 0.059 0.073 0.231 0.002 0.001 0.021 0.532 103 S 0.139 0.008 0.006 0.015 0.029 0.038 0.244 0.001 0.001 0.015 0.506 104 P 0.013 0.002 0.002 0.009 0.008 0.013 0.060 0.001 0.001 0.004 0.888 105 S 0.035 0.006 0.002 0.026 0.072 0.118 0.267 0.001 0.001 0.013 0.460 106 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.982 107 L 0.019 0.010 0.001 0.054 0.130 0.251 0.145 0.001 0.001 0.005 0.384 108 H 0.137 0.018 0.003 0.087 0.119 0.154 0.117 0.001 0.001 0.011 0.351 109 T 0.077 0.044 0.002 0.112 0.156 0.182 0.073 0.001 0.001 0.003 0.351 110 F 0.032 0.032 0.003 0.104 0.191 0.288 0.057 0.001 0.001 0.005 0.285 111 F 0.028 0.030 0.002 0.105 0.175 0.265 0.073 0.002 0.001 0.007 0.313 112 N 0.030 0.020 0.003 0.062 0.106 0.146 0.120 0.002 0.001 0.008 0.503 113 E 0.035 0.012 0.004 0.047 0.037 0.068 0.097 0.002 0.001 0.013 0.687 114 G 0.108 0.006 0.005 0.054 0.087 0.101 0.195 0.003 0.001 0.037 0.404 115 E 0.233 0.005 0.023 0.053 0.073 0.073 0.170 0.001 0.001 0.031 0.339 116 Y 0.019 0.004 0.003 0.119 0.286 0.320 0.063 0.001 0.001 0.005 0.181 117 I 0.004 0.001 0.001 0.070 0.319 0.496 0.020 0.001 0.001 0.003 0.087 118 V 0.002 0.001 0.001 0.087 0.380 0.484 0.007 0.001 0.001 0.001 0.039 119 S 0.001 0.001 0.001 0.071 0.357 0.535 0.005 0.001 0.001 0.001 0.030 120 L 0.001 0.001 0.001 0.059 0.415 0.500 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 121 I 0.001 0.001 0.001 0.082 0.350 0.525 0.005 0.001 0.001 0.001 0.036 122 V 0.001 0.001 0.001 0.042 0.388 0.523 0.005 0.001 0.001 0.001 0.039 123 S 0.001 0.001 0.001 0.043 0.252 0.559 0.018 0.001 0.001 0.001 0.125 124 N 0.003 0.001 0.001 0.024 0.384 0.397 0.062 0.001 0.001 0.006 0.122 125 E 0.018 0.001 0.002 0.019 0.037 0.077 0.144 0.001 0.001 0.017 0.684 126 N 0.010 0.001 0.001 0.007 0.016 0.024 0.642 0.001 0.001 0.018 0.280 127 D 0.429 0.002 0.005 0.006 0.011 0.015 0.133 0.001 0.001 0.156 0.241 128 S 0.191 0.012 0.025 0.013 0.019 0.021 0.327 0.001 0.001 0.026 0.364 129 D 0.016 0.009 0.007 0.019 0.064 0.084 0.244 0.001 0.001 0.018 0.539 130 S 0.038 0.010 0.003 0.024 0.084 0.170 0.194 0.001 0.001 0.022 0.455 131 A 0.067 0.017 0.005 0.029 0.084 0.135 0.285 0.002 0.001 0.009 0.366 132 S 0.079 0.015 0.003 0.039 0.121 0.212 0.172 0.003 0.001 0.014 0.342 133 V 0.075 0.019 0.010 0.084 0.222 0.258 0.085 0.001 0.001 0.007 0.240 134 T 0.015 0.015 0.004 0.104 0.154 0.210 0.068 0.001 0.001 0.004 0.426 135 I 0.018 0.008 0.002 0.133 0.274 0.344 0.033 0.001 0.001 0.003 0.185 136 R 0.009 0.012 0.001 0.161 0.201 0.383 0.043 0.001 0.001 0.003 0.185 137 A 0.010 0.010 0.002 0.120 0.245 0.424 0.026 0.001 0.001 0.002 0.161