# TARGET T0590 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1845 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.083 0.181 0.422 0.035 0.034 0.025 0.011 0.005 0.005 0.033 0.024 0.029 0.006 0.005 0.013 2 N 0.010 0.029 0.061 0.101 0.081 0.536 0.032 0.029 0.005 0.011 0.018 0.039 0.025 0.010 0.008 0.006 3 A 0.009 0.137 0.028 0.064 0.012 0.087 0.004 0.109 0.016 0.011 0.418 0.021 0.047 0.002 0.020 0.015 4 R 0.041 0.121 0.042 0.062 0.032 0.031 0.039 0.008 0.100 0.031 0.072 0.308 0.026 0.044 0.006 0.036 5 D 0.090 0.042 0.196 0.044 0.005 0.112 0.026 0.045 0.004 0.003 0.039 0.075 0.103 0.003 0.201 0.012 6 N 0.014 0.124 0.193 0.063 0.004 0.052 0.008 0.010 0.057 0.016 0.101 0.036 0.068 0.004 0.008 0.242 7 K 0.268 0.147 0.111 0.224 0.006 0.028 0.018 0.004 0.013 0.002 0.017 0.092 0.043 0.006 0.005 0.017 8 F 0.014 0.039 0.642 0.212 0.002 0.022 0.007 0.005 0.002 0.001 0.004 0.006 0.027 0.001 0.007 0.009 9 N 0.011 0.022 0.266 0.591 0.005 0.035 0.003 0.003 0.005 0.004 0.011 0.004 0.020 0.001 0.001 0.017 10 T 0.023 0.032 0.105 0.736 0.018 0.041 0.003 0.003 0.002 0.001 0.012 0.005 0.012 0.001 0.001 0.004 11 W 0.006 0.034 0.083 0.690 0.069 0.068 0.007 0.007 0.002 0.002 0.008 0.008 0.011 0.002 0.001 0.002 12 N 0.004 0.055 0.029 0.283 0.149 0.345 0.018 0.035 0.006 0.009 0.024 0.012 0.018 0.005 0.003 0.004 13 D 0.008 0.121 0.021 0.143 0.063 0.186 0.008 0.108 0.026 0.017 0.214 0.035 0.030 0.003 0.009 0.008 14 S 0.016 0.063 0.030 0.051 0.242 0.035 0.104 0.023 0.044 0.028 0.116 0.120 0.018 0.088 0.007 0.015 15 R 0.027 0.075 0.087 0.056 0.010 0.020 0.017 0.189 0.012 0.004 0.020 0.055 0.030 0.006 0.376 0.016 16 G 0.022 0.027 0.109 0.064 0.014 0.030 0.024 0.014 0.166 0.140 0.025 0.019 0.043 0.009 0.012 0.282 17 N 0.489 0.057 0.071 0.094 0.015 0.063 0.022 0.017 0.011 0.010 0.037 0.050 0.035 0.005 0.011 0.013 18 Y 0.033 0.107 0.220 0.150 0.017 0.155 0.018 0.031 0.017 0.016 0.073 0.066 0.055 0.006 0.011 0.026 19 W 0.034 0.135 0.126 0.289 0.016 0.087 0.017 0.017 0.025 0.011 0.056 0.100 0.054 0.005 0.011 0.018 20 S 0.039 0.084 0.149 0.224 0.018 0.151 0.021 0.016 0.018 0.010 0.061 0.081 0.088 0.005 0.010 0.023 21 D 0.035 0.127 0.238 0.283 0.008 0.050 0.008 0.015 0.014 0.006 0.059 0.054 0.063 0.004 0.009 0.027 22 Y 0.033 0.036 0.133 0.169 0.122 0.161 0.117 0.005 0.008 0.008 0.030 0.064 0.062 0.033 0.004 0.015 23 E 0.016 0.159 0.193 0.254 0.008 0.035 0.011 0.128 0.005 0.002 0.051 0.021 0.052 0.003 0.050 0.013 24 G 0.013 0.067 0.084 0.390 0.008 0.066 0.008 0.009 0.126 0.047 0.016 0.036 0.040 0.004 0.005 0.081 25 S 0.176 0.059 0.178 0.340 0.014 0.073 0.016 0.008 0.006 0.006 0.031 0.021 0.057 0.002 0.004 0.011 26 D 0.015 0.072 0.145 0.204 0.050 0.290 0.015 0.013 0.007 0.006 0.064 0.050 0.052 0.006 0.003 0.008 27 E 0.009 0.072 0.054 0.175 0.288 0.050 0.075 0.026 0.007 0.005 0.101 0.037 0.033 0.054 0.006 0.008 28 N 0.008 0.125 0.071 0.196 0.026 0.059 0.008 0.176 0.028 0.009 0.021 0.076 0.060 0.003 0.120 0.012 29 G 0.010 0.007 0.021 0.020 0.355 0.018 0.202 0.004 0.037 0.057 0.031 0.007 0.020 0.148 0.002 0.061 30 D 0.078 0.045 0.041 0.049 0.003 0.006 0.002 0.466 0.004 0.001 0.011 0.017 0.009 0.001 0.263 0.002 31 G 0.007 0.010 0.043 0.029 0.060 0.045 0.038 0.003 0.213 0.330 0.011 0.011 0.012 0.015 0.001 0.172 32 I 0.545 0.089 0.054 0.167 0.003 0.007 0.003 0.072 0.003 0.001 0.018 0.010 0.006 0.001 0.019 0.003 33 G 0.013 0.047 0.265 0.272 0.003 0.168 0.004 0.005 0.096 0.054 0.006 0.028 0.011 0.001 0.002 0.026 34 D 0.143 0.124 0.124 0.557 0.001 0.014 0.001 0.003 0.003 0.001 0.017 0.006 0.005 0.001 0.001 0.003 35 S 0.006 0.015 0.147 0.795 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 36 A 0.004 0.009 0.157 0.810 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.006 0.023 0.952 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 38 A 0.002 0.011 0.014 0.618 0.074 0.255 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 39 V 0.001 0.204 0.008 0.676 0.005 0.045 0.001 0.027 0.002 0.001 0.019 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 40 N 0.001 0.019 0.002 0.079 0.005 0.823 0.001 0.003 0.006 0.005 0.007 0.034 0.012 0.001 0.001 0.001 41 P 0.002 0.011 0.012 0.009 0.008 0.022 0.003 0.005 0.001 0.001 0.870 0.009 0.045 0.001 0.001 0.001 42 E 0.004 0.045 0.011 0.015 0.026 0.009 0.032 0.007 0.004 0.001 0.030 0.375 0.020 0.408 0.010 0.004 43 A 0.002 0.008 0.027 0.011 0.001 0.003 0.011 0.023 0.002 0.001 0.004 0.004 0.060 0.004 0.813 0.025 44 G 0.010 0.014 0.075 0.012 0.002 0.005 0.017 0.003 0.047 0.020 0.007 0.004 0.044 0.008 0.008 0.724 45 S 0.692 0.016 0.046 0.017 0.004 0.077 0.020 0.006 0.003 0.004 0.015 0.023 0.060 0.003 0.005 0.008 46 M 0.026 0.142 0.215 0.061 0.009 0.124 0.018 0.022 0.010 0.007 0.197 0.048 0.086 0.007 0.008 0.021 47 D 0.031 0.260 0.086 0.232 0.007 0.050 0.016 0.012 0.026 0.004 0.026 0.155 0.051 0.005 0.012 0.027 48 Y 0.020 0.059 0.450 0.356 0.001 0.012 0.005 0.006 0.008 0.001 0.012 0.009 0.031 0.001 0.006 0.022 49 M 0.031 0.021 0.457 0.392 0.003 0.046 0.006 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.017 0.001 0.001 0.010 50 P 0.027 0.058 0.157 0.664 0.002 0.052 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.003 0.011 0.001 0.001 0.003 51 L 0.003 0.044 0.047 0.865 0.001 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 52 M 0.004 0.015 0.065 0.885 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 53 E 0.002 0.015 0.060 0.888 0.005 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.003 0.014 0.028 0.849 0.024 0.058 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 55 L 0.003 0.074 0.031 0.737 0.040 0.074 0.004 0.010 0.002 0.002 0.009 0.005 0.006 0.001 0.001 0.002 56 H 0.007 0.078 0.023 0.542 0.046 0.202 0.005 0.028 0.008 0.008 0.024 0.010 0.011 0.001 0.002 0.005 57 S 0.014 0.219 0.068 0.406 0.028 0.074 0.008 0.032 0.017 0.013 0.071 0.018 0.013 0.004 0.004 0.010 58 S 0.034 0.056 0.070 0.267 0.026 0.285 0.016 0.031 0.018 0.021 0.061 0.065 0.031 0.003 0.009 0.007 59 P 0.032 0.284 0.121 0.229 0.007 0.062 0.008 0.024 0.025 0.009 0.088 0.045 0.036 0.002 0.007 0.022 60 V 0.054 0.106 0.111 0.547 0.006 0.023 0.009 0.005 0.020 0.004 0.020 0.044 0.020 0.003 0.003 0.024 61 L 0.033 0.018 0.469 0.399 0.004 0.030 0.005 0.004 0.003 0.002 0.004 0.006 0.016 0.001 0.002 0.005 62 P 0.016 0.047 0.121 0.664 0.004 0.084 0.004 0.005 0.004 0.005 0.017 0.006 0.017 0.001 0.001 0.006 63 T 0.008 0.062 0.030 0.861 0.002 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 64 A 0.006 0.009 0.080 0.866 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 65 R 0.005 0.029 0.106 0.772 0.020 0.047 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 66 F 0.003 0.018 0.019 0.890 0.008 0.030 0.001 0.008 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 67 T 0.005 0.095 0.039 0.515 0.035 0.254 0.005 0.006 0.009 0.005 0.008 0.009 0.008 0.001 0.001 0.005 68 S 0.014 0.146 0.052 0.692 0.005 0.018 0.002 0.016 0.005 0.003 0.032 0.004 0.007 0.001 0.002 0.004 69 D 0.004 0.020 0.020 0.077 0.010 0.808 0.002 0.002 0.005 0.008 0.006 0.029 0.008 0.001 0.001 0.002 70 I 0.007 0.056 0.024 0.049 0.026 0.076 0.005 0.010 0.001 0.001 0.697 0.010 0.032 0.003 0.001 0.002 71 T 0.004 0.167 0.018 0.075 0.041 0.031 0.028 0.017 0.011 0.002 0.029 0.507 0.018 0.039 0.011 0.003 72 E 0.014 0.047 0.132 0.126 0.007 0.014 0.029 0.079 0.026 0.007 0.019 0.018 0.147 0.008 0.260 0.068 73 G 0.057 0.020 0.227 0.153 0.006 0.026 0.019 0.011 0.082 0.043 0.026 0.015 0.079 0.004 0.008 0.223 74 F 0.302 0.077 0.221 0.271 0.014 0.014 0.019 0.004 0.005 0.003 0.007 0.011 0.021 0.005 0.003 0.022 75 A 0.023 0.015 0.184 0.572 0.014 0.125 0.006 0.017 0.003 0.004 0.007 0.005 0.014 0.001 0.004 0.005 76 P 0.013 0.179 0.093 0.428 0.014 0.170 0.005 0.013 0.016 0.012 0.022 0.009 0.015 0.001 0.002 0.008 77 L 0.026 0.103 0.025 0.724 0.001 0.025 0.001 0.009 0.008 0.002 0.053 0.011 0.005 0.001 0.001 0.003 78 S 0.016 0.028 0.317 0.594 0.002 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.012 0.005 0.001 0.001 0.004 79 V 0.013 0.008 0.179 0.767 0.005 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 80 R 0.002 0.015 0.051 0.915 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 F 0.002 0.007 0.010 0.547 0.048 0.366 0.003 0.002 0.001 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 82 K 0.003 0.223 0.011 0.467 0.019 0.081 0.003 0.044 0.003 0.003 0.126 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 83 D 0.003 0.127 0.007 0.099 0.017 0.512 0.004 0.012 0.029 0.009 0.034 0.123 0.013 0.001 0.002 0.006 84 F 0.016 0.104 0.166 0.069 0.041 0.010 0.073 0.013 0.005 0.005 0.395 0.034 0.025 0.026 0.007 0.013 85 S 0.018 0.047 0.076 0.030 0.008 0.324 0.013 0.050 0.007 0.006 0.010 0.111 0.021 0.004 0.265 0.009 86 E 0.021 0.154 0.097 0.035 0.001 0.004 0.003 0.007 0.039 0.010 0.166 0.004 0.017 0.004 0.012 0.426 87 N 0.345 0.045 0.043 0.042 0.004 0.188 0.012 0.002 0.017 0.006 0.006 0.250 0.022 0.002 0.004 0.012 88 A 0.025 0.049 0.386 0.023 0.003 0.213 0.013 0.008 0.002 0.001 0.181 0.008 0.070 0.001 0.003 0.013 89 T 0.005 0.660 0.049 0.144 0.001 0.007 0.002 0.002 0.007 0.001 0.004 0.103 0.009 0.001 0.001 0.005 90 S 0.013 0.014 0.272 0.633 0.001 0.015 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.003 0.029 0.001 0.002 0.007 91 R 0.004 0.007 0.681 0.274 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 92 L 0.004 0.013 0.057 0.888 0.012 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 93 W 0.002 0.007 0.035 0.814 0.076 0.047 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 94 M 0.001 0.011 0.005 0.103 0.755 0.064 0.023 0.007 0.001 0.003 0.006 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 95 F 0.003 0.060 0.005 0.095 0.032 0.078 0.002 0.627 0.010 0.005 0.036 0.010 0.005 0.001 0.030 0.001 96 G 0.005 0.032 0.010 0.033 0.109 0.018 0.057 0.013 0.233 0.308 0.073 0.031 0.006 0.040 0.002 0.032 97 D 0.217 0.102 0.032 0.048 0.006 0.040 0.018 0.142 0.012 0.004 0.020 0.095 0.016 0.003 0.237 0.008 98 G 0.015 0.060 0.269 0.075 0.004 0.012 0.009 0.008 0.147 0.056 0.023 0.019 0.018 0.003 0.010 0.273 99 N 0.521 0.043 0.103 0.127 0.013 0.075 0.024 0.002 0.007 0.009 0.008 0.036 0.011 0.003 0.004 0.012 100 T 0.029 0.144 0.340 0.201 0.010 0.131 0.012 0.017 0.004 0.004 0.049 0.019 0.021 0.002 0.008 0.009 101 S 0.014 0.099 0.047 0.186 0.013 0.409 0.010 0.011 0.023 0.014 0.065 0.073 0.020 0.002 0.003 0.012 102 D 0.031 0.479 0.116 0.221 0.001 0.012 0.003 0.006 0.009 0.002 0.041 0.051 0.014 0.001 0.004 0.009 103 S 0.035 0.017 0.215 0.217 0.015 0.325 0.020 0.002 0.013 0.007 0.015 0.063 0.034 0.002 0.002 0.016 104 P 0.018 0.206 0.418 0.262 0.002 0.010 0.004 0.008 0.001 0.001 0.038 0.006 0.015 0.001 0.003 0.006 105 S 0.010 0.033 0.050 0.477 0.008 0.305 0.005 0.003 0.014 0.008 0.005 0.056 0.020 0.001 0.001 0.006 106 P 0.027 0.076 0.181 0.293 0.017 0.086 0.014 0.007 0.002 0.002 0.228 0.007 0.049 0.002 0.001 0.007 107 L 0.010 0.172 0.069 0.582 0.004 0.031 0.002 0.012 0.009 0.001 0.010 0.077 0.012 0.001 0.003 0.005 108 H 0.012 0.019 0.162 0.693 0.009 0.027 0.006 0.003 0.007 0.004 0.010 0.005 0.027 0.001 0.002 0.013 109 T 0.025 0.051 0.161 0.628 0.012 0.050 0.004 0.008 0.003 0.002 0.013 0.007 0.025 0.001 0.002 0.007 110 F 0.012 0.026 0.054 0.447 0.096 0.229 0.014 0.012 0.004 0.007 0.049 0.011 0.025 0.006 0.001 0.006 111 F 0.012 0.215 0.057 0.420 0.038 0.093 0.003 0.059 0.008 0.003 0.029 0.026 0.026 0.001 0.007 0.004 112 N 0.008 0.022 0.018 0.090 0.465 0.093 0.092 0.012 0.013 0.027 0.057 0.017 0.020 0.054 0.001 0.010 113 E 0.023 0.104 0.073 0.108 0.002 0.011 0.002 0.477 0.007 0.002 0.019 0.009 0.009 0.001 0.150 0.004 114 G 0.022 0.022 0.062 0.215 0.001 0.039 0.003 0.005 0.293 0.188 0.011 0.012 0.012 0.001 0.002 0.111 115 E 0.531 0.069 0.103 0.279 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 116 Y 0.008 0.005 0.195 0.784 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.001 0.004 0.104 0.888 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 V 0.001 0.002 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 S 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 V 0.001 0.005 0.001 0.661 0.194 0.137 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 S 0.001 0.153 0.002 0.587 0.029 0.117 0.001 0.088 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 N 0.001 0.096 0.002 0.083 0.038 0.606 0.002 0.014 0.049 0.037 0.040 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.020 0.190 0.039 0.055 0.058 0.022 0.025 0.030 0.011 0.004 0.480 0.044 0.005 0.007 0.005 0.003 126 N 0.016 0.159 0.172 0.088 0.008 0.045 0.010 0.076 0.022 0.009 0.019 0.194 0.008 0.005 0.149 0.020 127 D 0.057 0.070 0.196 0.078 0.016 0.084 0.029 0.013 0.056 0.048 0.055 0.017 0.038 0.007 0.021 0.216 128 S 0.276 0.156 0.104 0.081 0.005 0.142 0.012 0.022 0.017 0.006 0.082 0.044 0.021 0.002 0.010 0.020 129 D 0.070 0.235 0.277 0.113 0.003 0.088 0.007 0.013 0.019 0.007 0.047 0.076 0.019 0.001 0.006 0.018 130 S 0.061 0.152 0.275 0.301 0.003 0.078 0.005 0.005 0.017 0.003 0.019 0.031 0.019 0.001 0.003 0.027 131 A 0.022 0.044 0.367 0.488 0.001 0.031 0.002 0.003 0.002 0.001 0.016 0.006 0.010 0.001 0.001 0.005 132 S 0.011 0.063 0.253 0.651 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 133 V 0.004 0.005 0.071 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 T 0.001 0.001 0.076 0.915 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 I 0.001 0.003 0.009 0.982 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.001 0.004 0.002 0.812 0.122 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 A 0.001 0.034 0.004 0.414 0.260 0.180 0.002 0.070 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001