# TARGET T0590 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1827 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.016 0.014 0.026 0.033 0.104 0.046 0.719 2 N 0.107 0.030 0.014 0.021 0.033 0.110 0.090 0.595 3 A 0.129 0.029 0.010 0.012 0.016 0.110 0.046 0.648 4 R 0.105 0.037 0.012 0.016 0.029 0.098 0.046 0.657 5 D 0.037 0.018 0.019 0.016 0.044 0.123 0.068 0.675 6 N 0.015 0.015 0.049 0.065 0.119 0.124 0.143 0.470 7 K 0.015 0.021 0.076 0.116 0.173 0.104 0.095 0.399 8 F 0.016 0.018 0.077 0.100 0.167 0.098 0.072 0.453 9 N 0.023 0.020 0.121 0.155 0.222 0.080 0.076 0.303 10 T 0.047 0.026 0.083 0.107 0.161 0.089 0.138 0.349 11 W 0.051 0.024 0.072 0.099 0.125 0.115 0.145 0.369 12 N 0.058 0.021 0.050 0.072 0.126 0.120 0.082 0.471 13 D 0.080 0.011 0.028 0.035 0.059 0.132 0.052 0.601 14 S 0.083 0.015 0.030 0.040 0.054 0.148 0.070 0.560 15 R 0.050 0.016 0.018 0.021 0.048 0.138 0.036 0.672 16 G 0.040 0.011 0.020 0.022 0.045 0.125 0.049 0.687 17 N 0.054 0.030 0.039 0.070 0.071 0.146 0.090 0.500 18 Y 0.073 0.048 0.036 0.044 0.070 0.126 0.062 0.541 19 W 0.056 0.033 0.050 0.055 0.086 0.113 0.059 0.548 20 S 0.056 0.028 0.048 0.062 0.103 0.122 0.072 0.510 21 D 0.072 0.024 0.028 0.041 0.074 0.139 0.123 0.498 22 Y 0.034 0.029 0.035 0.060 0.103 0.149 0.112 0.479 23 E 0.037 0.026 0.044 0.056 0.139 0.143 0.072 0.482 24 G 0.041 0.017 0.047 0.075 0.130 0.137 0.114 0.438 25 S 0.049 0.014 0.057 0.089 0.118 0.142 0.094 0.437 26 D 0.155 0.013 0.036 0.049 0.078 0.150 0.076 0.442 27 E 0.055 0.007 0.021 0.024 0.040 0.180 0.043 0.630 28 N 0.073 0.006 0.013 0.011 0.023 0.160 0.024 0.690 29 G 0.113 0.014 0.014 0.021 0.033 0.159 0.064 0.582 30 D 0.043 0.015 0.019 0.022 0.047 0.162 0.030 0.662 31 G 0.062 0.016 0.035 0.046 0.081 0.138 0.074 0.549 32 I 0.051 0.023 0.037 0.081 0.087 0.149 0.070 0.504 33 G 0.077 0.028 0.050 0.046 0.095 0.123 0.065 0.518 34 D 0.083 0.021 0.036 0.069 0.128 0.125 0.076 0.462 35 S 0.034 0.014 0.048 0.080 0.175 0.108 0.075 0.467 36 A 0.012 0.006 0.063 0.099 0.277 0.115 0.059 0.370 37 Y 0.009 0.005 0.105 0.164 0.315 0.091 0.052 0.260 38 A 0.009 0.006 0.129 0.183 0.264 0.091 0.048 0.271 39 V 0.016 0.008 0.142 0.109 0.165 0.116 0.060 0.386 40 N 0.099 0.022 0.090 0.094 0.116 0.116 0.117 0.346 41 P 0.187 0.022 0.046 0.033 0.045 0.129 0.117 0.421 42 E 0.068 0.020 0.033 0.025 0.043 0.151 0.091 0.569 43 A 0.030 0.011 0.024 0.016 0.038 0.153 0.047 0.683 44 G 0.099 0.017 0.027 0.029 0.052 0.147 0.086 0.544 45 S 0.132 0.024 0.018 0.037 0.060 0.118 0.074 0.536 46 M 0.050 0.014 0.019 0.030 0.069 0.135 0.048 0.636 47 D 0.019 0.012 0.028 0.055 0.122 0.139 0.053 0.572 48 Y 0.035 0.016 0.031 0.069 0.128 0.110 0.053 0.558 49 M 0.057 0.023 0.045 0.119 0.167 0.099 0.072 0.419 50 P 0.021 0.016 0.063 0.135 0.266 0.077 0.055 0.366 51 L 0.012 0.009 0.081 0.156 0.351 0.057 0.058 0.276 52 M 0.012 0.005 0.074 0.251 0.337 0.047 0.053 0.221 53 E 0.010 0.003 0.073 0.273 0.341 0.043 0.064 0.193 54 Y 0.011 0.002 0.077 0.186 0.275 0.064 0.052 0.334 55 L 0.033 0.002 0.073 0.147 0.195 0.085 0.061 0.404 56 H 0.037 0.002 0.045 0.081 0.098 0.102 0.062 0.573 57 S 0.058 0.004 0.021 0.029 0.052 0.097 0.036 0.704 58 S 0.066 0.004 0.021 0.028 0.041 0.125 0.054 0.661 59 P 0.021 0.005 0.037 0.038 0.051 0.132 0.057 0.659 60 V 0.031 0.008 0.037 0.028 0.059 0.116 0.046 0.674 61 L 0.043 0.007 0.089 0.054 0.054 0.131 0.079 0.543 62 P 0.049 0.015 0.121 0.073 0.115 0.112 0.079 0.436 63 T 0.019 0.007 0.139 0.035 0.088 0.091 0.105 0.516 64 A 0.010 0.006 0.243 0.120 0.181 0.093 0.087 0.260 65 R 0.010 0.005 0.259 0.109 0.203 0.059 0.095 0.259 66 F 0.019 0.007 0.202 0.114 0.139 0.096 0.067 0.356 67 T 0.023 0.007 0.261 0.100 0.139 0.080 0.127 0.263 68 S 0.029 0.007 0.112 0.059 0.092 0.130 0.099 0.472 69 D 0.055 0.010 0.100 0.054 0.094 0.135 0.119 0.435 70 I 0.083 0.006 0.046 0.040 0.056 0.128 0.074 0.567 71 T 0.098 0.006 0.040 0.036 0.067 0.114 0.067 0.572 72 E 0.026 0.002 0.029 0.036 0.065 0.107 0.030 0.706 73 G 0.010 0.002 0.045 0.048 0.115 0.153 0.041 0.587 74 F 0.017 0.002 0.051 0.047 0.065 0.123 0.057 0.639 75 A 0.116 0.006 0.052 0.076 0.069 0.128 0.088 0.465 76 P 0.032 0.005 0.047 0.031 0.055 0.112 0.067 0.651 77 L 0.010 0.003 0.131 0.081 0.242 0.116 0.059 0.358 78 S 0.011 0.001 0.137 0.122 0.278 0.056 0.060 0.334 79 V 0.005 0.001 0.140 0.279 0.283 0.044 0.033 0.216 80 R 0.007 0.001 0.204 0.150 0.262 0.064 0.032 0.280 81 F 0.010 0.001 0.113 0.219 0.216 0.081 0.047 0.312 82 K 0.027 0.002 0.063 0.048 0.054 0.106 0.034 0.667 83 D 0.274 0.013 0.031 0.031 0.036 0.119 0.082 0.414 84 F 0.132 0.015 0.011 0.011 0.015 0.116 0.026 0.674 85 S 0.071 0.021 0.009 0.009 0.023 0.090 0.043 0.734 86 E 0.032 0.029 0.016 0.021 0.049 0.164 0.127 0.562 87 N 0.035 0.063 0.026 0.064 0.106 0.154 0.180 0.373 88 A 0.038 0.093 0.029 0.083 0.146 0.104 0.074 0.434 89 T 0.019 0.068 0.048 0.099 0.275 0.086 0.093 0.313 90 S 0.016 0.044 0.061 0.173 0.407 0.050 0.084 0.165 91 R 0.013 0.021 0.086 0.282 0.387 0.036 0.073 0.101 92 L 0.008 0.008 0.121 0.214 0.334 0.057 0.066 0.192 93 W 0.020 0.005 0.119 0.284 0.305 0.060 0.063 0.143 94 M 0.047 0.004 0.080 0.104 0.174 0.127 0.078 0.386 95 F 0.050 0.003 0.054 0.048 0.088 0.168 0.061 0.528 96 G 0.050 0.003 0.030 0.042 0.066 0.148 0.076 0.585 97 D 0.028 0.003 0.039 0.027 0.055 0.161 0.066 0.621 98 G 0.031 0.004 0.057 0.051 0.094 0.148 0.079 0.535 99 N 0.047 0.004 0.053 0.065 0.092 0.154 0.075 0.510 100 T 0.047 0.003 0.044 0.038 0.058 0.143 0.056 0.611 101 S 0.037 0.004 0.034 0.033 0.057 0.155 0.047 0.633 102 D 0.055 0.006 0.025 0.021 0.038 0.154 0.056 0.645 103 S 0.054 0.017 0.029 0.036 0.057 0.178 0.056 0.573 104 P 0.043 0.014 0.026 0.022 0.048 0.123 0.044 0.682 105 S 0.101 0.030 0.033 0.063 0.081 0.141 0.167 0.383 106 P 0.028 0.032 0.050 0.070 0.156 0.126 0.109 0.428 107 L 0.027 0.019 0.049 0.074 0.211 0.106 0.058 0.457 108 H 0.016 0.007 0.067 0.284 0.331 0.052 0.066 0.178 109 T 0.015 0.006 0.059 0.197 0.349 0.054 0.072 0.249 110 F 0.014 0.002 0.054 0.239 0.384 0.049 0.070 0.188 111 F 0.068 0.001 0.037 0.117 0.139 0.073 0.060 0.505 112 N 0.233 0.001 0.014 0.051 0.093 0.071 0.075 0.461 113 E 0.025 0.001 0.011 0.012 0.044 0.091 0.010 0.806 114 G 0.015 0.001 0.034 0.079 0.396 0.091 0.018 0.365 115 E 0.001 0.001 0.053 0.134 0.379 0.048 0.023 0.361 116 Y 0.001 0.001 0.106 0.326 0.501 0.012 0.010 0.044 117 I 0.001 0.001 0.131 0.416 0.341 0.008 0.026 0.077 118 V 0.001 0.001 0.179 0.481 0.252 0.009 0.013 0.065 119 S 0.001 0.001 0.319 0.213 0.400 0.007 0.018 0.042 120 L 0.001 0.001 0.177 0.331 0.405 0.010 0.025 0.051 121 I 0.004 0.002 0.303 0.302 0.310 0.011 0.023 0.046 122 V 0.007 0.002 0.136 0.338 0.351 0.028 0.037 0.102 123 S 0.021 0.004 0.124 0.149 0.215 0.072 0.059 0.356 124 N 0.243 0.007 0.046 0.090 0.101 0.100 0.072 0.340 125 E 0.065 0.005 0.016 0.026 0.040 0.144 0.045 0.659 126 N 0.023 0.003 0.011 0.013 0.030 0.101 0.025 0.794 127 D 0.103 0.008 0.015 0.026 0.053 0.138 0.091 0.565 128 S 0.069 0.006 0.014 0.034 0.042 0.129 0.060 0.645 129 D 0.057 0.006 0.025 0.049 0.147 0.121 0.064 0.531 130 S 0.013 0.003 0.027 0.057 0.155 0.087 0.070 0.588 131 A 0.006 0.001 0.075 0.225 0.481 0.048 0.031 0.133 132 S 0.003 0.001 0.051 0.161 0.370 0.030 0.032 0.353 133 V 0.002 0.001 0.063 0.448 0.361 0.024 0.010 0.092 134 T 0.004 0.001 0.101 0.147 0.289 0.045 0.025 0.390 135 I 0.023 0.002 0.055 0.297 0.198 0.068 0.039 0.319 136 R 0.061 0.005 0.048 0.061 0.073 0.082 0.049 0.621 137 A 0.082 0.010 0.022 0.048 0.065 0.100 0.056 0.617