# TARGET T0590 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1845 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.049 0.028 0.059 0.060 0.083 0.144 0.130 0.151 0.111 0.089 2 N 0.227 0.278 0.063 0.161 0.119 0.049 0.045 0.024 0.017 0.011 0.006 3 A 0.278 0.147 0.045 0.113 0.090 0.073 0.090 0.064 0.048 0.031 0.022 4 R 0.338 0.182 0.045 0.130 0.113 0.065 0.053 0.031 0.022 0.014 0.008 5 D 0.221 0.177 0.050 0.167 0.131 0.081 0.079 0.042 0.027 0.015 0.008 6 N 0.113 0.060 0.033 0.084 0.086 0.098 0.142 0.128 0.115 0.087 0.056 7 K 0.066 0.086 0.054 0.181 0.158 0.148 0.137 0.070 0.052 0.032 0.016 8 F 0.036 0.039 0.041 0.101 0.098 0.115 0.160 0.135 0.129 0.085 0.061 9 N 0.048 0.046 0.041 0.101 0.111 0.137 0.172 0.116 0.107 0.076 0.044 10 T 0.051 0.063 0.055 0.156 0.131 0.116 0.139 0.101 0.085 0.062 0.040 11 W 0.009 0.008 0.011 0.023 0.024 0.041 0.090 0.156 0.227 0.213 0.198 12 N 0.077 0.112 0.074 0.172 0.147 0.104 0.116 0.069 0.058 0.046 0.024 13 D 0.093 0.083 0.056 0.137 0.113 0.100 0.125 0.093 0.084 0.069 0.046 14 S 0.121 0.061 0.029 0.079 0.076 0.095 0.133 0.111 0.122 0.094 0.079 15 R 0.174 0.190 0.050 0.164 0.129 0.077 0.083 0.052 0.039 0.027 0.014 16 G 0.222 0.077 0.029 0.081 0.075 0.082 0.118 0.105 0.094 0.067 0.049 17 N 0.160 0.135 0.051 0.146 0.128 0.104 0.092 0.057 0.058 0.045 0.025 18 Y 0.096 0.072 0.032 0.097 0.086 0.105 0.155 0.118 0.107 0.076 0.057 19 W 0.116 0.076 0.036 0.106 0.116 0.112 0.137 0.105 0.085 0.064 0.047 20 S 0.165 0.131 0.060 0.132 0.116 0.096 0.099 0.072 0.059 0.044 0.027 21 D 0.234 0.138 0.061 0.163 0.122 0.085 0.081 0.047 0.034 0.023 0.012 22 Y 0.082 0.042 0.026 0.073 0.077 0.102 0.146 0.140 0.134 0.102 0.075 23 E 0.141 0.143 0.064 0.163 0.132 0.107 0.100 0.060 0.045 0.031 0.015 24 G 0.139 0.100 0.058 0.132 0.113 0.102 0.127 0.088 0.068 0.046 0.026 25 S 0.051 0.037 0.027 0.064 0.073 0.089 0.151 0.148 0.149 0.122 0.089 26 D 0.175 0.153 0.066 0.167 0.122 0.090 0.089 0.049 0.044 0.029 0.017 27 E 0.221 0.121 0.057 0.125 0.103 0.083 0.099 0.068 0.055 0.040 0.027 28 N 0.156 0.105 0.044 0.157 0.134 0.114 0.112 0.065 0.055 0.035 0.023 29 G 0.256 0.141 0.041 0.109 0.094 0.074 0.100 0.066 0.056 0.037 0.028 30 D 0.262 0.188 0.053 0.157 0.122 0.073 0.065 0.035 0.024 0.014 0.008 31 G 0.366 0.102 0.038 0.080 0.063 0.068 0.084 0.061 0.061 0.045 0.034 32 I 0.060 0.071 0.033 0.126 0.121 0.137 0.156 0.101 0.087 0.066 0.041 33 G 0.169 0.101 0.041 0.124 0.115 0.113 0.123 0.083 0.061 0.041 0.029 34 D 0.054 0.052 0.032 0.085 0.102 0.131 0.157 0.124 0.111 0.090 0.061 35 S 0.101 0.120 0.051 0.214 0.167 0.117 0.094 0.053 0.042 0.024 0.016 36 A 0.010 0.006 0.006 0.014 0.018 0.028 0.080 0.148 0.225 0.235 0.229 37 Y 0.035 0.076 0.048 0.209 0.196 0.129 0.121 0.070 0.059 0.037 0.021 38 A 0.004 0.007 0.011 0.017 0.014 0.026 0.068 0.101 0.210 0.262 0.280 39 V 0.041 0.052 0.039 0.154 0.156 0.127 0.163 0.097 0.082 0.052 0.039 40 N 0.070 0.085 0.045 0.105 0.094 0.091 0.132 0.115 0.105 0.088 0.070 41 P 0.203 0.132 0.046 0.174 0.136 0.106 0.084 0.048 0.035 0.024 0.014 42 E 0.482 0.171 0.043 0.106 0.066 0.039 0.037 0.022 0.016 0.011 0.006 43 A 0.125 0.086 0.029 0.107 0.097 0.100 0.122 0.105 0.097 0.080 0.052 44 G 0.190 0.119 0.038 0.103 0.093 0.097 0.125 0.081 0.071 0.049 0.034 45 S 0.117 0.111 0.054 0.126 0.114 0.096 0.123 0.082 0.077 0.060 0.041 46 M 0.164 0.079 0.040 0.097 0.091 0.104 0.133 0.094 0.088 0.060 0.051 47 D 0.235 0.145 0.057 0.163 0.117 0.083 0.075 0.043 0.037 0.028 0.017 48 Y 0.088 0.055 0.033 0.102 0.097 0.109 0.142 0.123 0.107 0.079 0.064 49 M 0.110 0.086 0.049 0.124 0.117 0.118 0.125 0.088 0.078 0.063 0.042 50 P 0.142 0.118 0.067 0.154 0.117 0.118 0.116 0.065 0.051 0.034 0.019 51 L 0.093 0.073 0.051 0.141 0.127 0.116 0.134 0.093 0.079 0.058 0.037 52 M 0.027 0.020 0.018 0.043 0.049 0.074 0.137 0.155 0.184 0.159 0.133 53 E 0.131 0.156 0.087 0.211 0.146 0.084 0.076 0.042 0.033 0.022 0.012 54 Y 0.032 0.026 0.028 0.057 0.054 0.076 0.138 0.130 0.177 0.152 0.129 55 L 0.072 0.072 0.043 0.123 0.121 0.111 0.145 0.095 0.093 0.072 0.051 56 H 0.136 0.139 0.067 0.167 0.125 0.097 0.105 0.063 0.047 0.033 0.021 57 S 0.336 0.136 0.052 0.123 0.091 0.070 0.071 0.045 0.035 0.023 0.018 58 S 0.223 0.147 0.041 0.123 0.109 0.080 0.098 0.062 0.051 0.037 0.028 59 P 0.400 0.153 0.036 0.115 0.081 0.062 0.060 0.035 0.029 0.018 0.011 60 V 0.135 0.081 0.043 0.129 0.109 0.135 0.137 0.075 0.070 0.051 0.034 61 L 0.044 0.058 0.036 0.118 0.116 0.142 0.154 0.114 0.095 0.071 0.052 62 P 0.031 0.033 0.022 0.059 0.069 0.110 0.184 0.168 0.137 0.104 0.084 63 T 0.041 0.065 0.056 0.146 0.143 0.119 0.116 0.093 0.088 0.079 0.055 64 A 0.007 0.006 0.009 0.016 0.018 0.041 0.092 0.136 0.205 0.234 0.237 65 R 0.048 0.106 0.063 0.286 0.214 0.103 0.076 0.037 0.031 0.022 0.012 66 F 0.005 0.005 0.005 0.009 0.012 0.020 0.055 0.130 0.221 0.252 0.285 67 T 0.079 0.147 0.059 0.245 0.205 0.091 0.073 0.035 0.029 0.023 0.014 68 S 0.027 0.023 0.018 0.036 0.034 0.051 0.107 0.123 0.197 0.200 0.184 69 D 0.188 0.254 0.064 0.216 0.141 0.056 0.037 0.018 0.013 0.009 0.005 70 I 0.097 0.054 0.027 0.093 0.077 0.094 0.138 0.127 0.121 0.102 0.071 71 T 0.203 0.170 0.047 0.167 0.126 0.087 0.074 0.044 0.037 0.028 0.018 72 E 0.216 0.188 0.050 0.166 0.122 0.081 0.077 0.040 0.031 0.018 0.012 73 G 0.154 0.059 0.031 0.077 0.067 0.086 0.133 0.095 0.121 0.097 0.080 74 F 0.109 0.100 0.043 0.144 0.128 0.106 0.119 0.074 0.075 0.058 0.043 75 A 0.049 0.053 0.031 0.091 0.073 0.112 0.158 0.114 0.130 0.098 0.090 76 P 0.217 0.156 0.057 0.184 0.140 0.085 0.058 0.032 0.029 0.024 0.016 77 L 0.065 0.057 0.025 0.081 0.089 0.139 0.166 0.128 0.108 0.079 0.063 78 S 0.098 0.142 0.050 0.269 0.189 0.103 0.063 0.031 0.025 0.018 0.012 79 V 0.005 0.004 0.005 0.008 0.011 0.019 0.057 0.158 0.216 0.245 0.271 80 R 0.062 0.172 0.070 0.315 0.232 0.065 0.042 0.019 0.012 0.008 0.003 81 F 0.004 0.005 0.005 0.010 0.009 0.018 0.049 0.078 0.222 0.278 0.323 82 K 0.147 0.175 0.056 0.256 0.198 0.068 0.050 0.020 0.016 0.010 0.005 83 D 0.110 0.095 0.040 0.104 0.089 0.082 0.131 0.100 0.106 0.086 0.056 84 F 0.088 0.107 0.033 0.133 0.126 0.133 0.122 0.085 0.076 0.056 0.043 85 S 0.280 0.285 0.050 0.142 0.097 0.049 0.046 0.024 0.014 0.008 0.004 86 E 0.471 0.146 0.036 0.096 0.081 0.051 0.045 0.034 0.020 0.013 0.007 87 N 0.226 0.197 0.049 0.173 0.149 0.082 0.059 0.029 0.020 0.012 0.005 88 A 0.072 0.046 0.027 0.077 0.070 0.083 0.147 0.141 0.148 0.111 0.077 89 T 0.040 0.048 0.032 0.096 0.118 0.143 0.187 0.123 0.104 0.068 0.042 90 S 0.057 0.091 0.085 0.194 0.147 0.117 0.105 0.066 0.068 0.045 0.026 91 R 0.036 0.027 0.030 0.073 0.086 0.112 0.180 0.141 0.145 0.099 0.070 92 L 0.035 0.047 0.045 0.150 0.143 0.118 0.142 0.102 0.098 0.072 0.049 93 W 0.009 0.011 0.017 0.034 0.035 0.058 0.117 0.172 0.225 0.177 0.144 94 M 0.044 0.079 0.087 0.193 0.177 0.110 0.122 0.073 0.054 0.041 0.020 95 F 0.019 0.020 0.022 0.043 0.042 0.071 0.135 0.167 0.188 0.173 0.119 96 G 0.261 0.139 0.059 0.145 0.099 0.087 0.077 0.045 0.040 0.031 0.017 97 D 0.159 0.118 0.044 0.119 0.103 0.086 0.117 0.088 0.074 0.059 0.033 98 G 0.275 0.110 0.029 0.093 0.085 0.084 0.091 0.076 0.070 0.050 0.036 99 N 0.254 0.174 0.045 0.120 0.110 0.076 0.075 0.046 0.045 0.035 0.021 100 T 0.179 0.125 0.044 0.129 0.110 0.090 0.104 0.075 0.064 0.045 0.035 101 S 0.242 0.118 0.037 0.102 0.101 0.083 0.098 0.071 0.064 0.048 0.037 102 D 0.275 0.236 0.052 0.153 0.110 0.056 0.049 0.029 0.020 0.013 0.008 103 S 0.275 0.105 0.037 0.112 0.101 0.096 0.099 0.067 0.051 0.034 0.022 104 P 0.315 0.144 0.049 0.144 0.106 0.082 0.069 0.037 0.028 0.018 0.009 105 S 0.132 0.097 0.048 0.138 0.127 0.115 0.123 0.083 0.066 0.045 0.025 106 P 0.060 0.043 0.031 0.061 0.067 0.095 0.147 0.150 0.144 0.123 0.079 107 L 0.075 0.080 0.063 0.170 0.152 0.128 0.128 0.075 0.059 0.047 0.023 108 H 0.038 0.030 0.034 0.064 0.069 0.080 0.147 0.160 0.166 0.125 0.087 109 T 0.105 0.103 0.070 0.166 0.144 0.112 0.113 0.063 0.063 0.041 0.021 110 F 0.039 0.030 0.028 0.061 0.057 0.078 0.151 0.135 0.161 0.145 0.114 111 F 0.058 0.055 0.038 0.131 0.130 0.146 0.149 0.098 0.088 0.067 0.040 112 N 0.229 0.331 0.080 0.146 0.083 0.045 0.038 0.018 0.015 0.010 0.006 113 E 0.405 0.250 0.035 0.119 0.091 0.039 0.029 0.016 0.009 0.005 0.003 114 G 0.485 0.107 0.023 0.070 0.060 0.063 0.075 0.041 0.035 0.024 0.016 115 E 0.107 0.218 0.058 0.293 0.195 0.073 0.032 0.011 0.008 0.004 0.002 116 Y 0.009 0.009 0.010 0.024 0.028 0.074 0.167 0.194 0.201 0.147 0.138 117 I 0.027 0.104 0.065 0.327 0.280 0.108 0.048 0.017 0.011 0.009 0.003 118 V 0.001 0.003 0.005 0.008 0.009 0.022 0.052 0.166 0.218 0.240 0.278 119 S 0.037 0.118 0.093 0.409 0.239 0.057 0.024 0.008 0.006 0.005 0.001 120 L 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.012 0.041 0.107 0.219 0.309 0.295 121 I 0.047 0.145 0.064 0.380 0.248 0.057 0.031 0.011 0.009 0.006 0.002 122 V 0.002 0.003 0.005 0.008 0.007 0.016 0.052 0.091 0.233 0.303 0.278 123 S 0.041 0.181 0.058 0.281 0.230 0.082 0.063 0.026 0.019 0.012 0.006 124 N 0.112 0.184 0.052 0.132 0.113 0.090 0.119 0.071 0.061 0.041 0.026 125 E 0.573 0.239 0.032 0.085 0.041 0.013 0.008 0.004 0.003 0.002 0.001 126 N 0.467 0.205 0.030 0.105 0.077 0.039 0.038 0.018 0.011 0.006 0.003 127 D 0.192 0.174 0.034 0.147 0.121 0.082 0.095 0.062 0.048 0.029 0.016 128 S 0.145 0.174 0.050 0.141 0.129 0.119 0.122 0.056 0.036 0.019 0.009 129 D 0.305 0.191 0.083 0.159 0.096 0.060 0.053 0.026 0.015 0.008 0.004 130 S 0.264 0.127 0.049 0.114 0.090 0.094 0.092 0.056 0.049 0.041 0.025 131 A 0.140 0.136 0.051 0.196 0.137 0.126 0.103 0.049 0.032 0.019 0.012 132 S 0.179 0.148 0.075 0.203 0.130 0.096 0.070 0.039 0.029 0.020 0.011 133 V 0.051 0.052 0.051 0.092 0.116 0.140 0.163 0.130 0.090 0.071 0.045 134 T 0.165 0.239 0.085 0.266 0.138 0.054 0.029 0.011 0.006 0.004 0.002 135 I 0.005 0.003 0.005 0.007 0.007 0.015 0.046 0.096 0.206 0.277 0.334 136 R 0.155 0.301 0.074 0.255 0.153 0.030 0.017 0.007 0.004 0.003 0.001 137 A 0.078 0.050 0.038 0.062 0.048 0.061 0.099 0.081 0.161 0.174 0.147