# TARGET T0590 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1827 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.298 0.152 0.144 0.133 0.112 0.070 0.038 0.023 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 2 N 0.350 0.180 0.148 0.127 0.091 0.048 0.026 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 A 0.298 0.150 0.128 0.141 0.119 0.073 0.040 0.023 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 4 R 0.389 0.198 0.143 0.112 0.075 0.040 0.021 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 5 D 0.423 0.194 0.148 0.090 0.067 0.036 0.020 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 6 N 0.205 0.116 0.122 0.140 0.150 0.109 0.067 0.041 0.023 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 7 K 0.158 0.120 0.113 0.144 0.155 0.108 0.075 0.056 0.032 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 8 F 0.052 0.038 0.050 0.088 0.123 0.147 0.136 0.120 0.093 0.077 0.043 0.023 0.008 0.004 9 N 0.067 0.053 0.064 0.105 0.112 0.131 0.122 0.122 0.088 0.059 0.042 0.024 0.009 0.003 10 T 0.068 0.058 0.068 0.095 0.109 0.116 0.109 0.120 0.099 0.066 0.050 0.027 0.009 0.005 11 W 0.040 0.036 0.047 0.074 0.101 0.136 0.130 0.139 0.114 0.090 0.052 0.026 0.012 0.004 12 N 0.138 0.120 0.130 0.136 0.129 0.102 0.081 0.058 0.044 0.027 0.021 0.009 0.003 0.002 13 D 0.153 0.117 0.140 0.136 0.130 0.102 0.078 0.051 0.043 0.026 0.016 0.006 0.002 0.001 14 S 0.106 0.077 0.088 0.119 0.145 0.153 0.110 0.078 0.057 0.037 0.018 0.007 0.004 0.001 15 R 0.148 0.141 0.140 0.147 0.141 0.096 0.074 0.052 0.030 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 16 G 0.207 0.132 0.129 0.130 0.122 0.096 0.068 0.046 0.030 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 17 N 0.184 0.137 0.140 0.138 0.132 0.094 0.065 0.043 0.033 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 18 Y 0.078 0.064 0.074 0.117 0.138 0.132 0.115 0.112 0.073 0.051 0.027 0.011 0.005 0.002 19 W 0.059 0.066 0.077 0.107 0.132 0.142 0.131 0.114 0.073 0.048 0.028 0.014 0.005 0.002 20 S 0.120 0.087 0.095 0.116 0.115 0.118 0.096 0.083 0.058 0.049 0.037 0.015 0.007 0.003 21 D 0.087 0.079 0.104 0.114 0.145 0.117 0.105 0.078 0.072 0.045 0.028 0.017 0.006 0.004 22 Y 0.040 0.027 0.039 0.062 0.089 0.132 0.121 0.146 0.110 0.115 0.063 0.032 0.019 0.006 23 E 0.096 0.106 0.113 0.138 0.138 0.102 0.093 0.078 0.056 0.034 0.022 0.014 0.005 0.003 24 G 0.053 0.042 0.054 0.090 0.109 0.140 0.120 0.114 0.097 0.092 0.052 0.024 0.009 0.004 25 S 0.079 0.085 0.092 0.128 0.142 0.133 0.108 0.083 0.072 0.037 0.023 0.012 0.004 0.002 26 D 0.073 0.077 0.087 0.131 0.129 0.125 0.108 0.098 0.070 0.050 0.032 0.012 0.005 0.002 27 E 0.137 0.132 0.134 0.124 0.116 0.107 0.082 0.063 0.050 0.024 0.019 0.008 0.003 0.001 28 N 0.133 0.099 0.107 0.108 0.114 0.126 0.096 0.079 0.054 0.036 0.029 0.011 0.005 0.002 29 G 0.159 0.131 0.121 0.122 0.131 0.100 0.078 0.064 0.041 0.025 0.016 0.007 0.003 0.001 30 D 0.153 0.117 0.123 0.132 0.135 0.102 0.074 0.058 0.043 0.031 0.018 0.008 0.004 0.002 31 G 0.168 0.107 0.107 0.113 0.113 0.110 0.087 0.066 0.055 0.034 0.022 0.011 0.004 0.002 32 I 0.097 0.068 0.071 0.099 0.117 0.136 0.116 0.095 0.076 0.056 0.037 0.019 0.008 0.003 33 G 0.134 0.112 0.099 0.117 0.110 0.112 0.094 0.074 0.054 0.038 0.032 0.016 0.006 0.003 34 D 0.143 0.111 0.122 0.103 0.108 0.100 0.090 0.071 0.059 0.037 0.030 0.016 0.006 0.003 35 S 0.076 0.064 0.075 0.093 0.109 0.117 0.113 0.112 0.085 0.072 0.046 0.022 0.011 0.005 36 A 0.061 0.064 0.075 0.088 0.112 0.126 0.127 0.104 0.080 0.065 0.049 0.029 0.012 0.008 37 Y 0.046 0.038 0.047 0.076 0.092 0.119 0.124 0.110 0.099 0.104 0.078 0.041 0.017 0.009 38 A 0.049 0.054 0.071 0.102 0.112 0.128 0.131 0.102 0.092 0.057 0.050 0.032 0.012 0.007 39 V 0.041 0.031 0.037 0.060 0.075 0.112 0.119 0.152 0.121 0.101 0.075 0.047 0.021 0.007 40 N 0.067 0.077 0.086 0.108 0.120 0.117 0.111 0.128 0.079 0.047 0.031 0.018 0.008 0.003 41 P 0.124 0.095 0.103 0.126 0.130 0.111 0.084 0.073 0.054 0.047 0.029 0.015 0.006 0.003 42 E 0.199 0.139 0.141 0.130 0.121 0.088 0.064 0.039 0.038 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 43 A 0.128 0.088 0.096 0.126 0.137 0.133 0.097 0.068 0.056 0.038 0.020 0.008 0.004 0.002 44 G 0.178 0.142 0.128 0.141 0.121 0.101 0.075 0.051 0.029 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 45 S 0.153 0.112 0.118 0.122 0.134 0.113 0.084 0.064 0.045 0.027 0.017 0.007 0.003 0.001 46 M 0.116 0.084 0.089 0.118 0.133 0.125 0.106 0.088 0.058 0.042 0.023 0.011 0.005 0.002 47 D 0.130 0.110 0.109 0.118 0.122 0.106 0.092 0.080 0.054 0.036 0.025 0.012 0.005 0.002 48 Y 0.061 0.046 0.061 0.088 0.113 0.132 0.123 0.106 0.091 0.084 0.052 0.027 0.010 0.005 49 M 0.064 0.053 0.067 0.091 0.109 0.119 0.118 0.106 0.096 0.074 0.055 0.031 0.012 0.006 50 P 0.052 0.040 0.049 0.073 0.087 0.107 0.113 0.124 0.113 0.101 0.072 0.042 0.018 0.010 51 L 0.031 0.031 0.039 0.062 0.085 0.102 0.124 0.158 0.130 0.101 0.071 0.042 0.017 0.008 52 M 0.031 0.028 0.037 0.055 0.071 0.105 0.116 0.145 0.121 0.117 0.092 0.049 0.024 0.009 53 E 0.070 0.069 0.082 0.106 0.118 0.110 0.110 0.102 0.087 0.062 0.043 0.026 0.009 0.006 54 Y 0.048 0.040 0.052 0.079 0.104 0.128 0.127 0.134 0.109 0.089 0.051 0.026 0.010 0.005 55 L 0.072 0.071 0.083 0.120 0.142 0.134 0.114 0.106 0.074 0.044 0.023 0.011 0.005 0.002 56 H 0.125 0.106 0.122 0.143 0.135 0.113 0.086 0.065 0.045 0.032 0.016 0.008 0.003 0.001 57 S 0.208 0.122 0.126 0.119 0.126 0.099 0.068 0.052 0.040 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 58 S 0.208 0.134 0.133 0.141 0.127 0.091 0.060 0.042 0.026 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 59 P 0.214 0.149 0.126 0.126 0.110 0.090 0.070 0.051 0.032 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 60 V 0.099 0.077 0.099 0.127 0.157 0.128 0.098 0.086 0.056 0.037 0.021 0.008 0.004 0.002 61 L 0.063 0.070 0.070 0.106 0.129 0.125 0.132 0.133 0.079 0.047 0.024 0.013 0.007 0.003 62 P 0.049 0.027 0.044 0.066 0.093 0.121 0.130 0.110 0.105 0.113 0.070 0.039 0.021 0.012 63 T 0.033 0.036 0.051 0.087 0.139 0.134 0.137 0.119 0.090 0.066 0.048 0.029 0.017 0.015 64 A 0.034 0.008 0.014 0.021 0.029 0.058 0.078 0.056 0.093 0.153 0.146 0.164 0.100 0.046 65 R 0.029 0.037 0.052 0.115 0.143 0.110 0.164 0.132 0.087 0.055 0.035 0.020 0.011 0.009 66 F 0.015 0.006 0.009 0.018 0.025 0.065 0.072 0.087 0.110 0.161 0.194 0.137 0.076 0.025 67 T 0.032 0.036 0.052 0.123 0.148 0.129 0.150 0.121 0.096 0.056 0.025 0.019 0.007 0.006 68 S 0.029 0.019 0.020 0.041 0.055 0.090 0.100 0.144 0.138 0.151 0.108 0.068 0.028 0.008 69 D 0.064 0.074 0.091 0.138 0.138 0.136 0.116 0.105 0.069 0.033 0.019 0.010 0.004 0.002 70 I 0.054 0.053 0.062 0.088 0.110 0.132 0.129 0.115 0.094 0.075 0.049 0.024 0.009 0.005 71 T 0.076 0.066 0.090 0.110 0.140 0.147 0.113 0.097 0.072 0.047 0.024 0.011 0.005 0.002 72 E 0.114 0.099 0.110 0.121 0.133 0.109 0.097 0.077 0.056 0.037 0.024 0.012 0.006 0.004 73 G 0.052 0.039 0.050 0.088 0.120 0.142 0.128 0.114 0.098 0.089 0.042 0.021 0.011 0.005 74 F 0.046 0.054 0.066 0.106 0.122 0.130 0.138 0.122 0.094 0.055 0.036 0.019 0.008 0.005 75 A 0.037 0.032 0.047 0.075 0.092 0.115 0.120 0.120 0.112 0.112 0.075 0.037 0.017 0.008 76 P 0.035 0.047 0.059 0.078 0.103 0.111 0.132 0.135 0.114 0.077 0.055 0.032 0.014 0.008 77 L 0.017 0.014 0.024 0.042 0.060 0.088 0.107 0.126 0.127 0.161 0.124 0.060 0.031 0.019 78 S 0.014 0.021 0.033 0.061 0.101 0.101 0.121 0.147 0.132 0.113 0.070 0.045 0.020 0.019 79 V 0.012 0.005 0.007 0.012 0.018 0.038 0.059 0.098 0.131 0.183 0.160 0.155 0.092 0.030 80 R 0.010 0.020 0.034 0.084 0.110 0.105 0.152 0.194 0.123 0.078 0.044 0.025 0.012 0.009 81 F 0.012 0.009 0.013 0.025 0.042 0.094 0.097 0.141 0.136 0.166 0.141 0.077 0.035 0.012 82 K 0.060 0.081 0.117 0.172 0.176 0.124 0.102 0.071 0.050 0.025 0.013 0.006 0.002 0.002 83 D 0.087 0.089 0.095 0.156 0.167 0.130 0.082 0.065 0.068 0.035 0.017 0.006 0.002 0.001 84 F 0.131 0.122 0.129 0.177 0.149 0.129 0.067 0.043 0.033 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 85 S 0.427 0.273 0.133 0.078 0.041 0.021 0.012 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.373 0.247 0.184 0.084 0.058 0.027 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 N 0.276 0.207 0.183 0.112 0.100 0.060 0.033 0.014 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 88 A 0.083 0.067 0.086 0.115 0.203 0.167 0.124 0.065 0.041 0.026 0.015 0.005 0.002 0.001 89 T 0.053 0.050 0.059 0.121 0.144 0.156 0.141 0.091 0.064 0.055 0.038 0.018 0.007 0.004 90 S 0.060 0.051 0.064 0.084 0.104 0.111 0.120 0.107 0.106 0.070 0.060 0.042 0.012 0.007 91 R 0.017 0.015 0.022 0.039 0.051 0.076 0.088 0.176 0.147 0.149 0.117 0.062 0.032 0.010 92 L 0.025 0.027 0.036 0.055 0.071 0.085 0.102 0.141 0.143 0.114 0.087 0.074 0.025 0.015 93 W 0.015 0.013 0.020 0.035 0.049 0.075 0.092 0.153 0.155 0.175 0.115 0.065 0.028 0.010 94 M 0.035 0.047 0.060 0.089 0.110 0.112 0.116 0.124 0.125 0.075 0.056 0.033 0.011 0.008 95 F 0.027 0.030 0.044 0.069 0.089 0.141 0.142 0.140 0.107 0.094 0.069 0.030 0.012 0.006 96 G 0.105 0.112 0.120 0.116 0.144 0.117 0.087 0.078 0.058 0.029 0.018 0.009 0.004 0.002 97 D 0.128 0.113 0.123 0.146 0.153 0.110 0.076 0.058 0.041 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 98 G 0.226 0.159 0.132 0.132 0.118 0.081 0.056 0.036 0.031 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 99 N 0.232 0.157 0.137 0.140 0.114 0.086 0.056 0.032 0.022 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 100 T 0.253 0.166 0.146 0.129 0.105 0.080 0.055 0.029 0.019 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 101 S 0.183 0.119 0.127 0.128 0.134 0.118 0.080 0.050 0.030 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 102 D 0.251 0.178 0.140 0.132 0.109 0.070 0.047 0.033 0.018 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 103 S 0.181 0.137 0.140 0.125 0.127 0.096 0.072 0.050 0.034 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 104 P 0.128 0.080 0.096 0.115 0.133 0.123 0.100 0.078 0.054 0.046 0.028 0.012 0.005 0.002 105 S 0.118 0.089 0.100 0.117 0.130 0.116 0.097 0.077 0.060 0.040 0.030 0.016 0.006 0.004 106 P 0.032 0.018 0.025 0.048 0.073 0.107 0.115 0.129 0.137 0.137 0.081 0.060 0.025 0.011 107 L 0.028 0.032 0.040 0.076 0.103 0.108 0.128 0.167 0.123 0.083 0.058 0.033 0.014 0.007 108 H 0.040 0.031 0.037 0.056 0.063 0.097 0.101 0.121 0.117 0.119 0.114 0.061 0.028 0.013 109 T 0.063 0.054 0.068 0.101 0.123 0.127 0.127 0.108 0.094 0.055 0.041 0.024 0.009 0.006 110 F 0.038 0.033 0.042 0.074 0.101 0.131 0.132 0.129 0.123 0.089 0.060 0.029 0.013 0.005 111 F 0.067 0.078 0.104 0.141 0.149 0.146 0.118 0.088 0.058 0.026 0.015 0.007 0.003 0.001 112 N 0.187 0.164 0.160 0.146 0.125 0.081 0.052 0.034 0.023 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 113 E 0.137 0.132 0.149 0.149 0.154 0.102 0.071 0.045 0.034 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 114 G 0.068 0.081 0.101 0.154 0.166 0.143 0.103 0.079 0.045 0.033 0.017 0.005 0.004 0.001 115 E 0.049 0.083 0.090 0.144 0.164 0.137 0.127 0.080 0.064 0.036 0.014 0.006 0.003 0.002 116 Y 0.009 0.010 0.023 0.044 0.076 0.112 0.132 0.137 0.135 0.144 0.104 0.038 0.025 0.011 117 I 0.005 0.010 0.017 0.043 0.073 0.100 0.132 0.142 0.135 0.119 0.100 0.058 0.034 0.032 118 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.025 0.044 0.099 0.184 0.231 0.237 0.103 0.055 119 S 0.001 0.001 0.003 0.008 0.017 0.024 0.053 0.190 0.178 0.183 0.155 0.088 0.062 0.036 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.027 0.062 0.137 0.257 0.280 0.143 0.078 121 I 0.001 0.001 0.003 0.010 0.020 0.029 0.069 0.217 0.203 0.196 0.115 0.072 0.035 0.028 122 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.023 0.035 0.106 0.132 0.193 0.227 0.155 0.078 0.034 123 S 0.007 0.017 0.032 0.066 0.099 0.124 0.150 0.187 0.156 0.083 0.042 0.022 0.008 0.007 124 N 0.017 0.040 0.049 0.104 0.140 0.143 0.123 0.124 0.108 0.082 0.047 0.015 0.005 0.003 125 E 0.140 0.168 0.163 0.144 0.133 0.100 0.058 0.036 0.038 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 126 N 0.246 0.205 0.164 0.140 0.100 0.058 0.036 0.023 0.015 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 127 D 0.473 0.230 0.150 0.062 0.041 0.022 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 S 0.308 0.163 0.163 0.117 0.117 0.063 0.033 0.018 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 129 D 0.362 0.171 0.122 0.112 0.104 0.051 0.036 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 130 S 0.210 0.126 0.120 0.120 0.127 0.106 0.076 0.050 0.029 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 131 A 0.141 0.081 0.087 0.125 0.142 0.123 0.100 0.079 0.047 0.038 0.021 0.011 0.003 0.001 132 S 0.128 0.094 0.104 0.120 0.121 0.111 0.095 0.085 0.056 0.041 0.025 0.013 0.004 0.002 133 V 0.111 0.059 0.067 0.094 0.112 0.130 0.108 0.110 0.077 0.066 0.034 0.020 0.008 0.003 134 T 0.097 0.081 0.089 0.127 0.136 0.111 0.102 0.104 0.065 0.045 0.022 0.013 0.004 0.002 135 I 0.072 0.043 0.062 0.087 0.112 0.151 0.134 0.117 0.084 0.074 0.034 0.020 0.008 0.003 136 R 0.155 0.111 0.134 0.142 0.143 0.108 0.075 0.051 0.036 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 137 A 0.198 0.109 0.124 0.128 0.132 0.101 0.073 0.050 0.035 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001