# TARGET T0590 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1818 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.011 0.002 0.055 0.071 0.079 0.119 0.003 0.001 0.038 0.600 2 N 0.090 0.018 0.003 0.037 0.052 0.075 0.154 0.007 0.001 0.067 0.495 3 A 0.170 0.010 0.003 0.019 0.029 0.035 0.078 0.005 0.001 0.054 0.597 4 R 0.161 0.008 0.001 0.014 0.014 0.015 0.111 0.003 0.001 0.033 0.640 5 D 0.034 0.008 0.001 0.013 0.012 0.024 0.096 0.001 0.001 0.033 0.779 6 N 0.012 0.005 0.001 0.015 0.032 0.040 0.140 0.001 0.001 0.071 0.683 7 K 0.020 0.012 0.001 0.048 0.100 0.242 0.095 0.002 0.001 0.089 0.391 8 F 0.013 0.007 0.001 0.040 0.141 0.137 0.093 0.001 0.001 0.075 0.492 9 N 0.014 0.014 0.001 0.106 0.241 0.257 0.067 0.001 0.001 0.077 0.223 10 T 0.010 0.009 0.001 0.082 0.138 0.302 0.088 0.001 0.001 0.092 0.278 11 W 0.011 0.016 0.001 0.110 0.224 0.259 0.074 0.001 0.001 0.071 0.233 12 N 0.049 0.018 0.002 0.079 0.163 0.262 0.097 0.003 0.001 0.089 0.238 13 D 0.084 0.017 0.004 0.050 0.089 0.116 0.107 0.004 0.001 0.090 0.439 14 S 0.155 0.013 0.002 0.040 0.040 0.054 0.108 0.005 0.001 0.071 0.511 15 R 0.104 0.017 0.001 0.023 0.023 0.031 0.121 0.004 0.001 0.040 0.634 16 G 0.036 0.010 0.001 0.024 0.028 0.034 0.126 0.003 0.001 0.048 0.691 17 N 0.037 0.021 0.001 0.030 0.052 0.085 0.129 0.003 0.001 0.075 0.566 18 Y 0.043 0.028 0.001 0.033 0.074 0.100 0.119 0.004 0.001 0.061 0.537 19 W 0.059 0.027 0.001 0.046 0.095 0.096 0.116 0.004 0.001 0.093 0.462 20 S 0.058 0.036 0.002 0.041 0.089 0.107 0.106 0.003 0.001 0.077 0.481 21 D 0.071 0.021 0.001 0.027 0.056 0.087 0.103 0.004 0.001 0.103 0.526 22 Y 0.101 0.015 0.002 0.040 0.065 0.082 0.109 0.004 0.001 0.108 0.474 23 E 0.045 0.010 0.001 0.035 0.047 0.062 0.135 0.002 0.001 0.063 0.599 24 G 0.035 0.007 0.001 0.025 0.033 0.050 0.128 0.004 0.001 0.057 0.660 25 S 0.175 0.010 0.001 0.027 0.036 0.047 0.101 0.005 0.001 0.079 0.518 26 D 0.114 0.005 0.001 0.026 0.028 0.035 0.132 0.003 0.001 0.069 0.587 27 E 0.029 0.002 0.001 0.016 0.017 0.023 0.126 0.001 0.001 0.031 0.753 28 N 0.097 0.006 0.001 0.011 0.019 0.029 0.131 0.003 0.001 0.054 0.649 29 G 0.120 0.004 0.001 0.015 0.042 0.067 0.130 0.002 0.001 0.059 0.561 30 D 0.020 0.003 0.001 0.016 0.037 0.054 0.167 0.001 0.001 0.035 0.667 31 G 0.020 0.003 0.001 0.035 0.136 0.317 0.086 0.001 0.001 0.054 0.349 32 I 0.004 0.001 0.001 0.027 0.137 0.187 0.146 0.001 0.001 0.054 0.443 33 G 0.002 0.002 0.001 0.069 0.265 0.440 0.049 0.001 0.001 0.034 0.139 34 D 0.002 0.001 0.001 0.036 0.258 0.423 0.046 0.001 0.001 0.059 0.176 35 S 0.001 0.001 0.001 0.078 0.375 0.405 0.025 0.001 0.001 0.038 0.076 36 A 0.001 0.001 0.001 0.092 0.208 0.541 0.022 0.001 0.001 0.051 0.083 37 Y 0.002 0.001 0.001 0.193 0.295 0.331 0.024 0.001 0.001 0.054 0.102 38 A 0.002 0.001 0.001 0.236 0.195 0.304 0.071 0.001 0.001 0.035 0.156 39 V 0.007 0.005 0.001 0.101 0.113 0.167 0.151 0.001 0.001 0.055 0.399 40 N 0.375 0.015 0.002 0.050 0.048 0.067 0.081 0.008 0.001 0.072 0.281 41 P 0.430 0.012 0.001 0.019 0.015 0.018 0.066 0.003 0.001 0.050 0.386 42 E 0.057 0.006 0.001 0.014 0.005 0.010 0.160 0.001 0.001 0.032 0.714 43 A 0.034 0.009 0.001 0.018 0.011 0.020 0.164 0.002 0.001 0.036 0.703 44 G 0.082 0.017 0.002 0.015 0.040 0.047 0.130 0.006 0.001 0.047 0.613 45 S 0.218 0.021 0.001 0.012 0.060 0.096 0.085 0.009 0.001 0.041 0.456 46 M 0.111 0.010 0.001 0.020 0.076 0.073 0.088 0.003 0.001 0.044 0.573 47 D 0.028 0.010 0.001 0.023 0.082 0.107 0.124 0.001 0.001 0.032 0.591 48 Y 0.015 0.016 0.001 0.011 0.074 0.100 0.130 0.001 0.001 0.026 0.626 49 M 0.029 0.018 0.001 0.021 0.222 0.267 0.100 0.002 0.001 0.054 0.285 50 P 0.018 0.017 0.001 0.025 0.216 0.329 0.067 0.002 0.001 0.038 0.287 51 L 0.026 0.029 0.001 0.041 0.202 0.320 0.058 0.002 0.001 0.036 0.284 52 M 0.021 0.017 0.001 0.064 0.226 0.324 0.050 0.002 0.001 0.049 0.246 53 E 0.010 0.008 0.001 0.077 0.206 0.329 0.052 0.001 0.001 0.058 0.258 54 Y 0.010 0.006 0.001 0.065 0.191 0.288 0.069 0.001 0.001 0.058 0.311 55 L 0.021 0.004 0.002 0.060 0.176 0.182 0.084 0.002 0.001 0.066 0.405 56 H 0.050 0.006 0.002 0.051 0.104 0.137 0.094 0.003 0.001 0.047 0.506 57 S 0.075 0.008 0.001 0.020 0.032 0.050 0.102 0.003 0.001 0.029 0.678 58 S 0.101 0.004 0.001 0.027 0.035 0.055 0.110 0.003 0.001 0.046 0.617 59 P 0.025 0.003 0.001 0.022 0.016 0.030 0.155 0.001 0.001 0.035 0.712 60 V 0.013 0.007 0.001 0.023 0.024 0.033 0.150 0.001 0.001 0.028 0.720 61 L 0.028 0.007 0.001 0.027 0.041 0.052 0.181 0.002 0.001 0.068 0.592 62 P 0.035 0.015 0.001 0.090 0.074 0.116 0.122 0.002 0.001 0.119 0.426 63 T 0.010 0.005 0.001 0.099 0.080 0.132 0.113 0.001 0.001 0.119 0.441 64 A 0.004 0.005 0.001 0.306 0.143 0.186 0.073 0.001 0.001 0.093 0.189 65 R 0.005 0.003 0.001 0.261 0.128 0.226 0.062 0.001 0.001 0.087 0.226 66 F 0.012 0.007 0.001 0.227 0.207 0.171 0.055 0.002 0.001 0.058 0.260 67 T 0.040 0.006 0.001 0.183 0.118 0.184 0.093 0.003 0.001 0.086 0.287 68 S 0.018 0.009 0.002 0.098 0.066 0.060 0.112 0.002 0.001 0.050 0.582 69 D 0.093 0.010 0.003 0.074 0.047 0.074 0.124 0.005 0.001 0.076 0.493 70 I 0.059 0.011 0.002 0.020 0.023 0.026 0.120 0.004 0.001 0.033 0.703 71 T 0.123 0.011 0.001 0.031 0.038 0.060 0.125 0.004 0.001 0.050 0.557 72 E 0.057 0.006 0.001 0.033 0.041 0.080 0.144 0.002 0.001 0.052 0.583 73 G 0.034 0.005 0.001 0.044 0.082 0.144 0.112 0.002 0.001 0.037 0.539 74 F 0.025 0.002 0.001 0.028 0.071 0.090 0.114 0.001 0.001 0.048 0.620 75 A 0.025 0.003 0.001 0.033 0.144 0.174 0.126 0.001 0.001 0.043 0.452 76 P 0.010 0.001 0.001 0.019 0.067 0.126 0.116 0.001 0.001 0.038 0.622 77 L 0.013 0.001 0.001 0.057 0.226 0.315 0.067 0.001 0.001 0.035 0.286 78 S 0.002 0.001 0.001 0.055 0.147 0.294 0.075 0.001 0.001 0.043 0.383 79 V 0.002 0.001 0.001 0.083 0.261 0.343 0.052 0.001 0.001 0.051 0.207 80 R 0.007 0.001 0.001 0.158 0.209 0.285 0.054 0.001 0.001 0.070 0.215 81 F 0.009 0.002 0.001 0.121 0.182 0.242 0.069 0.001 0.001 0.095 0.279 82 K 0.015 0.002 0.001 0.064 0.064 0.096 0.144 0.001 0.001 0.068 0.545 83 D 0.192 0.012 0.001 0.046 0.037 0.077 0.068 0.002 0.001 0.148 0.416 84 F 0.054 0.004 0.001 0.015 0.011 0.012 0.099 0.001 0.001 0.042 0.762 85 S 0.028 0.009 0.001 0.016 0.010 0.017 0.148 0.001 0.001 0.110 0.661 86 E 0.018 0.008 0.001 0.009 0.011 0.016 0.160 0.001 0.001 0.118 0.658 87 N 0.097 0.032 0.002 0.026 0.040 0.044 0.141 0.003 0.001 0.200 0.414 88 A 0.057 0.042 0.001 0.020 0.035 0.052 0.093 0.002 0.001 0.048 0.650 89 T 0.041 0.049 0.001 0.037 0.097 0.131 0.138 0.002 0.001 0.070 0.434 90 S 0.019 0.021 0.001 0.042 0.099 0.302 0.110 0.002 0.001 0.089 0.315 91 R 0.013 0.020 0.001 0.084 0.252 0.256 0.087 0.001 0.001 0.088 0.196 92 L 0.008 0.009 0.001 0.108 0.267 0.277 0.083 0.001 0.001 0.069 0.176 93 W 0.019 0.007 0.002 0.117 0.205 0.283 0.079 0.002 0.001 0.081 0.205 94 M 0.061 0.006 0.002 0.141 0.110 0.158 0.079 0.004 0.001 0.101 0.339 95 F 0.084 0.007 0.001 0.090 0.065 0.065 0.100 0.004 0.001 0.082 0.501 96 G 0.039 0.004 0.001 0.064 0.025 0.034 0.131 0.002 0.001 0.088 0.613 97 D 0.023 0.003 0.001 0.051 0.023 0.032 0.130 0.001 0.001 0.127 0.609 98 G 0.026 0.004 0.001 0.047 0.032 0.042 0.153 0.002 0.001 0.125 0.569 99 N 0.042 0.005 0.001 0.051 0.043 0.050 0.095 0.002 0.001 0.129 0.583 100 T 0.048 0.005 0.001 0.056 0.046 0.050 0.109 0.002 0.001 0.139 0.544 101 S 0.034 0.009 0.001 0.029 0.036 0.051 0.167 0.001 0.001 0.078 0.594 102 D 0.046 0.007 0.001 0.019 0.024 0.033 0.110 0.001 0.001 0.107 0.652 103 S 0.077 0.012 0.001 0.020 0.038 0.045 0.172 0.002 0.001 0.150 0.482 104 P 0.011 0.013 0.001 0.008 0.019 0.021 0.130 0.001 0.001 0.037 0.760 105 S 0.077 0.013 0.001 0.023 0.043 0.074 0.131 0.003 0.001 0.273 0.363 106 P 0.033 0.018 0.001 0.043 0.086 0.126 0.125 0.001 0.001 0.101 0.465 107 L 0.015 0.011 0.001 0.071 0.112 0.206 0.115 0.001 0.001 0.077 0.390 108 H 0.018 0.007 0.001 0.091 0.201 0.346 0.049 0.002 0.001 0.049 0.238 109 T 0.010 0.004 0.001 0.094 0.252 0.286 0.073 0.001 0.001 0.062 0.218 110 F 0.009 0.004 0.002 0.059 0.182 0.288 0.140 0.001 0.001 0.047 0.268 111 F 0.108 0.005 0.004 0.043 0.132 0.177 0.089 0.003 0.001 0.080 0.357 112 N 0.344 0.004 0.001 0.026 0.082 0.112 0.067 0.002 0.001 0.045 0.317 113 E 0.007 0.001 0.001 0.012 0.028 0.048 0.137 0.001 0.001 0.021 0.746 114 G 0.003 0.001 0.001 0.035 0.154 0.444 0.089 0.001 0.001 0.036 0.238 115 E 0.002 0.001 0.001 0.031 0.158 0.471 0.058 0.001 0.001 0.042 0.238 116 Y 0.001 0.001 0.001 0.018 0.437 0.457 0.011 0.001 0.001 0.010 0.066 117 I 0.001 0.001 0.001 0.021 0.275 0.515 0.022 0.001 0.001 0.030 0.137 118 V 0.001 0.001 0.001 0.032 0.434 0.450 0.010 0.001 0.001 0.020 0.053 119 S 0.001 0.001 0.001 0.018 0.227 0.623 0.018 0.001 0.001 0.054 0.059 120 L 0.001 0.001 0.001 0.034 0.350 0.501 0.010 0.001 0.001 0.067 0.037 121 I 0.001 0.001 0.001 0.080 0.277 0.458 0.029 0.001 0.001 0.068 0.087 122 V 0.004 0.001 0.001 0.096 0.208 0.371 0.059 0.001 0.001 0.156 0.105 123 S 0.026 0.005 0.001 0.083 0.100 0.196 0.122 0.001 0.001 0.083 0.384 124 N 0.261 0.014 0.001 0.034 0.049 0.076 0.079 0.001 0.001 0.182 0.303 125 E 0.057 0.004 0.001 0.015 0.018 0.031 0.158 0.001 0.001 0.049 0.667 126 N 0.026 0.010 0.001 0.011 0.015 0.026 0.187 0.001 0.001 0.054 0.670 127 D 0.080 0.010 0.001 0.011 0.055 0.103 0.116 0.002 0.001 0.076 0.544 128 S 0.061 0.011 0.001 0.011 0.089 0.111 0.152 0.002 0.001 0.075 0.487 129 D 0.027 0.008 0.001 0.017 0.142 0.210 0.067 0.001 0.001 0.046 0.482 130 S 0.018 0.005 0.001 0.011 0.199 0.214 0.102 0.001 0.001 0.057 0.393 131 A 0.008 0.004 0.001 0.016 0.212 0.450 0.055 0.001 0.001 0.025 0.231 132 S 0.006 0.001 0.001 0.014 0.241 0.479 0.044 0.001 0.001 0.026 0.188 133 V 0.004 0.001 0.001 0.020 0.328 0.493 0.027 0.001 0.001 0.012 0.115 134 T 0.008 0.002 0.001 0.025 0.214 0.289 0.071 0.001 0.001 0.019 0.371 135 I 0.030 0.006 0.001 0.032 0.170 0.238 0.084 0.001 0.001 0.036 0.403 136 R 0.053 0.005 0.001 0.025 0.082 0.128 0.122 0.001 0.001 0.040 0.543 137 A 0.036 0.011 0.001 0.020 0.052 0.087 0.106 0.001 0.001 0.030 0.656