# TARGET T0590 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1818 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.023 0.006 0.078 0.106 0.142 0.087 0.003 0.001 0.006 0.434 2 N 0.022 0.007 0.002 0.034 0.052 0.070 0.072 0.002 0.001 0.002 0.736 3 A 0.051 0.007 0.005 0.056 0.039 0.103 0.050 0.001 0.001 0.003 0.685 4 R 0.013 0.004 0.001 0.054 0.019 0.029 0.447 0.001 0.001 0.005 0.428 5 D 0.160 0.006 0.005 0.022 0.022 0.019 0.152 0.001 0.001 0.027 0.586 6 N 0.197 0.018 0.018 0.043 0.028 0.044 0.167 0.002 0.001 0.057 0.426 7 K 0.098 0.007 0.011 0.055 0.038 0.038 0.500 0.001 0.001 0.025 0.228 8 F 0.047 0.008 0.003 0.081 0.066 0.093 0.148 0.001 0.001 0.006 0.548 9 N 0.016 0.009 0.002 0.128 0.254 0.298 0.097 0.001 0.001 0.005 0.191 10 T 0.019 0.009 0.002 0.122 0.125 0.207 0.092 0.001 0.001 0.003 0.420 11 W 0.018 0.018 0.002 0.160 0.174 0.295 0.066 0.001 0.001 0.003 0.263 12 N 0.026 0.015 0.003 0.146 0.190 0.298 0.093 0.002 0.001 0.009 0.218 13 D 0.053 0.023 0.004 0.120 0.131 0.189 0.117 0.003 0.001 0.013 0.348 14 S 0.039 0.019 0.008 0.068 0.090 0.142 0.322 0.002 0.001 0.016 0.293 15 R 0.073 0.017 0.007 0.064 0.037 0.053 0.280 0.002 0.001 0.026 0.440 16 G 0.079 0.021 0.007 0.043 0.046 0.068 0.272 0.002 0.001 0.052 0.409 17 N 0.217 0.016 0.009 0.046 0.034 0.035 0.202 0.002 0.001 0.028 0.410 18 Y 0.102 0.022 0.010 0.059 0.036 0.057 0.143 0.002 0.001 0.008 0.563 19 W 0.022 0.014 0.004 0.089 0.052 0.090 0.312 0.001 0.001 0.006 0.409 20 S 0.046 0.017 0.002 0.087 0.107 0.154 0.135 0.001 0.001 0.010 0.441 21 D 0.079 0.031 0.004 0.071 0.082 0.127 0.074 0.002 0.001 0.008 0.523 22 Y 0.056 0.050 0.007 0.085 0.067 0.140 0.178 0.002 0.001 0.009 0.405 23 E 0.062 0.025 0.004 0.058 0.042 0.089 0.268 0.002 0.001 0.012 0.438 24 G 0.097 0.031 0.005 0.037 0.037 0.073 0.147 0.003 0.001 0.012 0.559 25 S 0.105 0.033 0.008 0.044 0.056 0.067 0.170 0.004 0.001 0.010 0.503 26 D 0.035 0.010 0.004 0.013 0.012 0.016 0.061 0.001 0.001 0.003 0.845 27 E 0.020 0.010 0.004 0.020 0.021 0.034 0.277 0.001 0.001 0.008 0.604 28 N 0.111 0.009 0.006 0.019 0.024 0.032 0.220 0.002 0.001 0.024 0.553 29 G 0.148 0.026 0.010 0.029 0.039 0.034 0.190 0.002 0.001 0.013 0.509 30 D 0.018 0.009 0.004 0.022 0.014 0.014 0.152 0.001 0.001 0.005 0.763 31 G 0.114 0.010 0.009 0.036 0.096 0.144 0.173 0.002 0.001 0.037 0.379 32 I 0.181 0.010 0.011 0.077 0.071 0.083 0.197 0.001 0.001 0.014 0.355 33 G 0.013 0.004 0.002 0.091 0.250 0.287 0.079 0.001 0.001 0.002 0.271 34 D 0.007 0.001 0.001 0.072 0.202 0.256 0.056 0.001 0.001 0.002 0.402 35 S 0.007 0.002 0.001 0.134 0.246 0.412 0.027 0.001 0.001 0.002 0.169 36 A 0.007 0.002 0.001 0.105 0.272 0.414 0.058 0.001 0.001 0.002 0.139 37 Y 0.009 0.003 0.001 0.154 0.290 0.345 0.038 0.001 0.001 0.002 0.157 38 A 0.005 0.002 0.001 0.127 0.281 0.366 0.039 0.001 0.001 0.002 0.177 39 V 0.004 0.002 0.002 0.122 0.232 0.340 0.057 0.001 0.001 0.002 0.238 40 N 0.004 0.002 0.001 0.068 0.370 0.258 0.097 0.001 0.001 0.004 0.196 41 P 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.041 0.013 0.001 0.001 0.001 0.920 42 E 0.005 0.001 0.001 0.033 0.016 0.055 0.411 0.001 0.001 0.007 0.471 43 A 0.258 0.004 0.001 0.013 0.009 0.014 0.239 0.001 0.001 0.074 0.388 44 G 0.377 0.027 0.004 0.015 0.023 0.031 0.142 0.002 0.001 0.030 0.348 45 S 0.173 0.036 0.025 0.034 0.054 0.073 0.156 0.003 0.001 0.013 0.433 46 M 0.038 0.024 0.003 0.043 0.052 0.085 0.093 0.002 0.001 0.004 0.657 47 D 0.047 0.016 0.004 0.039 0.089 0.113 0.195 0.002 0.001 0.011 0.484 48 Y 0.148 0.015 0.013 0.044 0.041 0.075 0.093 0.002 0.001 0.016 0.554 49 M 0.095 0.013 0.017 0.068 0.111 0.109 0.189 0.001 0.001 0.008 0.388 50 P 0.004 0.001 0.001 0.011 0.009 0.013 0.015 0.001 0.001 0.001 0.947 51 L 0.014 0.003 0.002 0.093 0.158 0.305 0.055 0.001 0.001 0.001 0.367 52 M 0.037 0.009 0.002 0.120 0.121 0.231 0.103 0.001 0.001 0.006 0.371 53 E 0.032 0.014 0.002 0.127 0.186 0.282 0.064 0.001 0.001 0.003 0.290 54 Y 0.018 0.008 0.002 0.118 0.168 0.258 0.052 0.001 0.001 0.002 0.373 55 L 0.023 0.013 0.003 0.121 0.178 0.338 0.048 0.001 0.001 0.003 0.271 56 H 0.017 0.011 0.003 0.085 0.134 0.268 0.100 0.001 0.001 0.004 0.377 57 S 0.017 0.003 0.003 0.042 0.049 0.125 0.049 0.001 0.001 0.003 0.708 58 S 0.073 0.003 0.004 0.030 0.066 0.087 0.069 0.001 0.001 0.004 0.662 59 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.979 60 V 0.057 0.001 0.006 0.041 0.021 0.048 0.122 0.001 0.001 0.004 0.700 61 L 0.106 0.001 0.002 0.025 0.036 0.034 0.098 0.001 0.001 0.005 0.692 62 P 0.003 0.001 0.001 0.007 0.007 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.966 63 T 0.016 0.001 0.001 0.092 0.089 0.259 0.041 0.001 0.001 0.001 0.501 64 A 0.048 0.007 0.001 0.220 0.145 0.238 0.057 0.001 0.001 0.007 0.278 65 R 0.052 0.011 0.002 0.161 0.110 0.233 0.058 0.001 0.001 0.004 0.368 66 F 0.035 0.010 0.002 0.324 0.133 0.188 0.054 0.001 0.001 0.004 0.248 67 T 0.031 0.009 0.003 0.117 0.130 0.190 0.082 0.002 0.001 0.005 0.430 68 S 0.037 0.012 0.004 0.178 0.097 0.153 0.089 0.002 0.001 0.008 0.419 69 D 0.018 0.006 0.004 0.085 0.072 0.090 0.294 0.002 0.001 0.012 0.419 70 I 0.044 0.008 0.004 0.035 0.019 0.031 0.173 0.001 0.001 0.014 0.671 71 T 0.008 0.006 0.002 0.030 0.017 0.032 0.560 0.001 0.001 0.029 0.315 72 E 0.245 0.009 0.003 0.016 0.021 0.026 0.219 0.001 0.001 0.037 0.422 73 G 0.090 0.066 0.012 0.039 0.033 0.059 0.204 0.003 0.001 0.022 0.473 74 F 0.124 0.021 0.025 0.050 0.059 0.104 0.125 0.005 0.001 0.014 0.474 75 A 0.076 0.015 0.007 0.055 0.119 0.121 0.091 0.002 0.001 0.004 0.509 76 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.984 77 L 0.014 0.001 0.001 0.068 0.152 0.252 0.060 0.001 0.001 0.001 0.452 78 S 0.031 0.001 0.001 0.044 0.042 0.062 0.119 0.001 0.001 0.004 0.697 79 V 0.055 0.004 0.003 0.113 0.207 0.257 0.049 0.001 0.001 0.003 0.309 80 R 0.006 0.001 0.001 0.126 0.165 0.224 0.090 0.001 0.001 0.002 0.384 81 F 0.004 0.001 0.001 0.094 0.205 0.287 0.043 0.001 0.001 0.002 0.363 82 K 0.004 0.002 0.001 0.113 0.270 0.296 0.083 0.001 0.001 0.003 0.227 83 D 0.004 0.001 0.001 0.057 0.136 0.177 0.074 0.001 0.001 0.005 0.547 84 F 0.015 0.003 0.002 0.050 0.045 0.081 0.156 0.001 0.001 0.007 0.641 85 S 0.005 0.001 0.001 0.023 0.010 0.016 0.596 0.001 0.001 0.034 0.315 86 E 0.445 0.002 0.002 0.007 0.007 0.006 0.085 0.001 0.001 0.061 0.385 87 N 0.031 0.005 0.004 0.013 0.013 0.014 0.484 0.001 0.001 0.026 0.410 88 A 0.083 0.003 0.003 0.017 0.041 0.041 0.093 0.001 0.001 0.007 0.712 89 T 0.012 0.022 0.002 0.044 0.116 0.204 0.251 0.001 0.001 0.009 0.338 90 S 0.050 0.015 0.003 0.061 0.185 0.204 0.172 0.001 0.001 0.014 0.296 91 R 0.030 0.049 0.003 0.097 0.162 0.250 0.101 0.001 0.001 0.005 0.303 92 L 0.020 0.029 0.004 0.096 0.234 0.327 0.097 0.001 0.001 0.004 0.188 93 W 0.018 0.030 0.002 0.130 0.258 0.304 0.049 0.002 0.001 0.004 0.204 94 M 0.020 0.022 0.005 0.055 0.267 0.395 0.036 0.003 0.001 0.003 0.194 95 F 0.019 0.018 0.006 0.125 0.157 0.332 0.052 0.002 0.001 0.003 0.285 96 G 0.026 0.007 0.002 0.068 0.156 0.201 0.150 0.002 0.001 0.006 0.382 97 D 0.050 0.004 0.003 0.043 0.030 0.040 0.068 0.001 0.001 0.007 0.754 98 G 0.062 0.005 0.006 0.064 0.030 0.063 0.202 0.001 0.001 0.018 0.549 99 N 0.051 0.002 0.003 0.028 0.013 0.020 0.409 0.001 0.001 0.011 0.463 100 T 0.088 0.009 0.003 0.051 0.049 0.079 0.137 0.001 0.001 0.011 0.573 101 S 0.060 0.011 0.007 0.043 0.098 0.137 0.111 0.001 0.001 0.009 0.521 102 D 0.027 0.010 0.003 0.031 0.020 0.042 0.121 0.001 0.001 0.005 0.739 103 S 0.087 0.008 0.009 0.043 0.084 0.099 0.193 0.002 0.001 0.021 0.453 104 P 0.015 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.951 105 S 0.011 0.002 0.002 0.029 0.077 0.055 0.215 0.001 0.001 0.003 0.605 106 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.975 107 L 0.009 0.004 0.001 0.046 0.109 0.295 0.113 0.001 0.001 0.002 0.421 108 H 0.079 0.005 0.002 0.044 0.145 0.259 0.077 0.001 0.001 0.011 0.377 109 T 0.036 0.013 0.001 0.066 0.207 0.233 0.050 0.001 0.001 0.004 0.390 110 F 0.014 0.006 0.004 0.037 0.224 0.283 0.034 0.001 0.001 0.004 0.393 111 F 0.016 0.007 0.005 0.075 0.235 0.356 0.052 0.001 0.001 0.006 0.248 112 N 0.010 0.003 0.002 0.047 0.272 0.234 0.097 0.001 0.001 0.003 0.331 113 E 0.005 0.002 0.001 0.019 0.061 0.077 0.039 0.001 0.001 0.003 0.793 114 G 0.058 0.002 0.007 0.017 0.169 0.321 0.109 0.001 0.001 0.083 0.233 115 E 0.365 0.001 0.003 0.019 0.050 0.050 0.202 0.001 0.001 0.018 0.292 116 Y 0.019 0.001 0.001 0.020 0.422 0.410 0.021 0.001 0.001 0.001 0.106 117 I 0.001 0.001 0.001 0.021 0.358 0.524 0.015 0.001 0.001 0.001 0.080 118 V 0.001 0.001 0.001 0.015 0.399 0.562 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 119 S 0.001 0.001 0.001 0.025 0.342 0.576 0.009 0.001 0.001 0.001 0.048 120 L 0.001 0.001 0.001 0.028 0.423 0.519 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 121 I 0.001 0.001 0.001 0.040 0.368 0.494 0.018 0.001 0.001 0.001 0.079 122 V 0.001 0.001 0.001 0.065 0.296 0.496 0.034 0.001 0.001 0.001 0.107 123 S 0.001 0.001 0.001 0.057 0.359 0.302 0.112 0.001 0.001 0.003 0.163 124 N 0.002 0.001 0.001 0.039 0.179 0.225 0.100 0.001 0.001 0.005 0.447 125 E 0.007 0.001 0.001 0.034 0.032 0.059 0.196 0.001 0.001 0.009 0.659 126 N 0.004 0.001 0.001 0.011 0.004 0.006 0.522 0.001 0.001 0.019 0.433 127 D 0.344 0.002 0.003 0.008 0.010 0.012 0.169 0.001 0.001 0.147 0.304 128 S 0.185 0.009 0.009 0.022 0.023 0.020 0.241 0.001 0.001 0.038 0.452 129 D 0.027 0.006 0.003 0.028 0.034 0.042 0.201 0.001 0.001 0.007 0.651 130 S 0.026 0.005 0.005 0.050 0.086 0.138 0.288 0.001 0.001 0.031 0.371 131 A 0.157 0.009 0.003 0.052 0.177 0.178 0.148 0.001 0.001 0.024 0.251 132 S 0.017 0.005 0.004 0.077 0.057 0.086 0.259 0.001 0.001 0.009 0.484 133 V 0.134 0.004 0.010 0.149 0.211 0.217 0.081 0.001 0.001 0.008 0.185 134 T 0.006 0.003 0.001 0.216 0.078 0.086 0.162 0.001 0.001 0.002 0.445 135 I 0.012 0.002 0.004 0.160 0.247 0.325 0.044 0.001 0.001 0.003 0.203 136 R 0.003 0.002 0.001 0.146 0.105 0.155 0.120 0.001 0.001 0.001 0.468 137 A 0.003 0.001 0.001 0.022 0.047 0.133 0.024 0.001 0.001 0.001 0.769