# TARGET T0590 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1316 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.214 0.333 0.093 0.105 0.037 0.032 0.011 0.046 0.013 0.001 2 N 0.172 0.108 0.381 0.100 0.035 0.081 0.047 0.003 0.062 0.008 0.004 3 A 0.502 0.035 0.150 0.239 0.023 0.011 0.008 0.016 0.003 0.012 0.002 4 R 0.232 0.072 0.118 0.302 0.072 0.021 0.073 0.066 0.018 0.025 0.001 5 D 0.103 0.168 0.389 0.127 0.068 0.048 0.034 0.009 0.047 0.007 0.002 6 N 0.290 0.128 0.286 0.130 0.050 0.053 0.034 0.013 0.011 0.004 0.002 7 K 0.207 0.476 0.096 0.132 0.056 0.014 0.003 0.002 0.011 0.002 0.001 8 F 0.066 0.573 0.079 0.072 0.168 0.011 0.007 0.002 0.019 0.002 0.001 9 N 0.042 0.420 0.168 0.046 0.148 0.063 0.052 0.006 0.052 0.003 0.001 10 T 0.036 0.727 0.085 0.025 0.085 0.015 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 11 W 0.082 0.473 0.221 0.055 0.084 0.046 0.005 0.002 0.025 0.006 0.001 12 N 0.051 0.420 0.178 0.070 0.077 0.085 0.023 0.003 0.088 0.005 0.001 13 D 0.221 0.112 0.130 0.224 0.067 0.047 0.126 0.016 0.043 0.012 0.002 14 S 0.299 0.070 0.143 0.145 0.090 0.016 0.045 0.083 0.010 0.097 0.002 15 R 0.178 0.074 0.125 0.445 0.028 0.027 0.081 0.010 0.026 0.004 0.002 16 G 0.081 0.025 0.137 0.053 0.112 0.007 0.089 0.274 0.004 0.217 0.001 17 N 0.242 0.197 0.218 0.218 0.056 0.027 0.016 0.007 0.013 0.004 0.001 18 Y 0.152 0.239 0.215 0.170 0.121 0.028 0.029 0.012 0.021 0.013 0.001 19 W 0.152 0.283 0.237 0.147 0.109 0.028 0.011 0.006 0.021 0.005 0.001 20 S 0.179 0.256 0.248 0.077 0.155 0.021 0.015 0.009 0.019 0.020 0.001 21 D 0.235 0.171 0.270 0.167 0.040 0.057 0.021 0.006 0.026 0.003 0.004 22 Y 0.087 0.299 0.325 0.065 0.086 0.037 0.027 0.005 0.063 0.004 0.001 23 E 0.252 0.110 0.514 0.066 0.020 0.018 0.005 0.003 0.006 0.004 0.003 24 G 0.160 0.097 0.166 0.151 0.184 0.016 0.041 0.121 0.011 0.052 0.001 25 S 0.140 0.297 0.299 0.117 0.079 0.032 0.008 0.003 0.021 0.003 0.001 26 D 0.109 0.330 0.223 0.146 0.116 0.031 0.013 0.006 0.020 0.005 0.001 27 E 0.123 0.350 0.249 0.087 0.082 0.042 0.016 0.004 0.040 0.006 0.001 28 N 0.121 0.160 0.397 0.186 0.041 0.038 0.024 0.007 0.020 0.003 0.003 29 G 0.082 0.069 0.113 0.017 0.219 0.005 0.033 0.087 0.016 0.358 0.001 30 D 0.158 0.066 0.474 0.187 0.044 0.013 0.020 0.006 0.005 0.006 0.021 31 G 0.026 0.025 0.071 0.023 0.227 0.003 0.040 0.321 0.002 0.261 0.001 32 I 0.054 0.599 0.152 0.092 0.081 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 33 G 0.024 0.302 0.137 0.035 0.412 0.007 0.014 0.012 0.013 0.044 0.001 34 D 0.011 0.509 0.312 0.014 0.125 0.020 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 35 S 0.003 0.827 0.053 0.004 0.096 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 36 A 0.003 0.839 0.093 0.002 0.040 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 37 Y 0.002 0.872 0.060 0.001 0.046 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 38 A 0.002 0.831 0.083 0.001 0.060 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 39 V 0.005 0.820 0.100 0.009 0.038 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 40 N 0.002 0.328 0.277 0.001 0.134 0.045 0.003 0.001 0.205 0.003 0.001 41 P 0.881 0.002 0.050 0.040 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 42 E 0.745 0.015 0.023 0.195 0.005 0.004 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 43 A 0.309 0.037 0.071 0.534 0.013 0.004 0.015 0.005 0.011 0.001 0.001 44 G 0.062 0.007 0.071 0.025 0.054 0.002 0.094 0.358 0.002 0.326 0.001 45 S 0.183 0.120 0.360 0.184 0.060 0.041 0.017 0.009 0.013 0.010 0.003 46 M 0.345 0.185 0.166 0.199 0.055 0.016 0.012 0.007 0.010 0.005 0.001 47 D 0.231 0.250 0.169 0.193 0.088 0.030 0.019 0.004 0.011 0.005 0.001 48 Y 0.152 0.390 0.164 0.163 0.061 0.026 0.014 0.003 0.024 0.002 0.001 49 M 0.016 0.507 0.227 0.002 0.036 0.011 0.006 0.001 0.195 0.001 0.001 50 P 0.058 0.008 0.867 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 51 L 0.098 0.427 0.335 0.038 0.039 0.040 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 52 M 0.065 0.580 0.179 0.032 0.087 0.026 0.004 0.001 0.025 0.002 0.001 53 E 0.037 0.619 0.213 0.018 0.066 0.021 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 54 Y 0.044 0.555 0.276 0.015 0.034 0.043 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 55 L 0.072 0.578 0.184 0.038 0.032 0.053 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 56 H 0.061 0.494 0.171 0.046 0.135 0.031 0.011 0.003 0.043 0.005 0.001 57 S 0.133 0.193 0.304 0.149 0.091 0.041 0.022 0.015 0.030 0.017 0.004 58 S 0.059 0.285 0.370 0.011 0.141 0.017 0.015 0.003 0.083 0.016 0.001 59 P 0.261 0.013 0.432 0.088 0.002 0.067 0.006 0.001 0.004 0.002 0.125 60 V 0.049 0.413 0.377 0.033 0.041 0.029 0.010 0.002 0.042 0.001 0.003 61 L 0.016 0.126 0.709 0.001 0.005 0.030 0.007 0.001 0.102 0.001 0.004 62 P 0.075 0.011 0.806 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 63 T 0.106 0.494 0.168 0.078 0.081 0.034 0.007 0.003 0.026 0.001 0.001 64 A 0.050 0.443 0.316 0.030 0.098 0.034 0.004 0.002 0.019 0.003 0.001 65 R 0.061 0.517 0.204 0.060 0.069 0.044 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 66 F 0.054 0.503 0.160 0.051 0.152 0.037 0.010 0.003 0.027 0.002 0.001 67 T 0.048 0.553 0.126 0.063 0.147 0.023 0.006 0.003 0.026 0.004 0.001 68 S 0.057 0.386 0.211 0.043 0.236 0.022 0.009 0.004 0.021 0.009 0.001 69 D 0.030 0.298 0.353 0.026 0.105 0.091 0.015 0.003 0.074 0.004 0.002 70 I 0.346 0.197 0.257 0.081 0.030 0.055 0.008 0.003 0.020 0.002 0.002 71 T 0.368 0.186 0.098 0.251 0.042 0.022 0.009 0.004 0.017 0.004 0.001 72 E 0.153 0.261 0.137 0.226 0.137 0.010 0.032 0.008 0.031 0.004 0.001 73 G 0.064 0.028 0.096 0.040 0.129 0.004 0.049 0.301 0.002 0.286 0.001 74 F 0.089 0.349 0.265 0.136 0.066 0.027 0.023 0.004 0.034 0.005 0.002 75 A 0.032 0.340 0.405 0.003 0.081 0.016 0.019 0.001 0.090 0.012 0.001 76 P 0.082 0.016 0.710 0.010 0.001 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.122 77 L 0.044 0.387 0.319 0.073 0.095 0.036 0.015 0.002 0.027 0.001 0.001 78 S 0.019 0.545 0.280 0.010 0.095 0.030 0.004 0.002 0.012 0.001 0.001 79 V 0.005 0.845 0.057 0.005 0.061 0.009 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 80 R 0.006 0.783 0.136 0.005 0.032 0.024 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 81 F 0.013 0.615 0.143 0.012 0.134 0.048 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 82 K 0.115 0.612 0.077 0.061 0.075 0.023 0.002 0.001 0.033 0.002 0.001 83 D 0.037 0.188 0.260 0.052 0.162 0.143 0.032 0.001 0.119 0.003 0.003 84 F 0.462 0.052 0.055 0.372 0.012 0.017 0.011 0.003 0.014 0.001 0.002 85 S 0.296 0.106 0.178 0.215 0.108 0.015 0.022 0.018 0.009 0.032 0.001 86 E 0.242 0.075 0.086 0.379 0.074 0.016 0.051 0.043 0.012 0.022 0.001 87 N 0.040 0.252 0.335 0.076 0.111 0.045 0.043 0.005 0.088 0.005 0.001 88 A 0.290 0.138 0.312 0.106 0.061 0.040 0.026 0.010 0.008 0.005 0.003 89 T 0.154 0.507 0.111 0.119 0.088 0.011 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 90 S 0.024 0.604 0.040 0.037 0.284 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 91 R 0.012 0.724 0.088 0.010 0.145 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 92 L 0.009 0.822 0.080 0.004 0.049 0.013 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 93 W 0.014 0.766 0.107 0.006 0.077 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 94 M 0.026 0.561 0.282 0.012 0.037 0.052 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 95 F 0.107 0.418 0.193 0.125 0.083 0.020 0.013 0.003 0.035 0.003 0.001 96 G 0.063 0.018 0.046 0.016 0.084 0.002 0.028 0.174 0.002 0.567 0.001 97 D 0.140 0.092 0.172 0.417 0.035 0.037 0.057 0.004 0.038 0.006 0.002 98 G 0.072 0.013 0.080 0.085 0.068 0.008 0.153 0.411 0.002 0.107 0.001 99 N 0.193 0.185 0.352 0.125 0.070 0.031 0.013 0.007 0.017 0.005 0.001 100 T 0.228 0.192 0.253 0.225 0.047 0.024 0.009 0.005 0.012 0.004 0.001 101 S 0.159 0.186 0.250 0.102 0.242 0.015 0.010 0.011 0.009 0.017 0.001 102 D 0.184 0.092 0.140 0.474 0.053 0.016 0.012 0.012 0.011 0.006 0.001 103 S 0.019 0.318 0.360 0.003 0.153 0.011 0.018 0.001 0.112 0.006 0.001 104 P 0.228 0.006 0.554 0.032 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 105 S 0.023 0.376 0.306 0.006 0.119 0.013 0.017 0.002 0.135 0.003 0.001 106 P 0.115 0.020 0.753 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.074 107 L 0.258 0.281 0.251 0.137 0.029 0.022 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 108 H 0.054 0.388 0.238 0.056 0.147 0.059 0.017 0.003 0.033 0.003 0.001 109 T 0.043 0.697 0.134 0.045 0.047 0.017 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 110 F 0.046 0.444 0.203 0.039 0.132 0.070 0.014 0.002 0.046 0.004 0.001 111 F 0.119 0.280 0.381 0.115 0.036 0.042 0.006 0.003 0.014 0.003 0.002 112 N 0.042 0.410 0.144 0.017 0.226 0.014 0.023 0.004 0.100 0.018 0.001 113 E 0.084 0.056 0.661 0.083 0.026 0.013 0.032 0.007 0.006 0.010 0.022 114 G 0.008 0.012 0.046 0.013 0.177 0.001 0.022 0.427 0.001 0.293 0.001 115 E 0.018 0.521 0.272 0.045 0.121 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 116 Y 0.001 0.754 0.138 0.003 0.070 0.011 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 117 I 0.001 0.556 0.417 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 118 V 0.001 0.832 0.107 0.001 0.021 0.016 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 119 S 0.001 0.592 0.352 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 120 L 0.001 0.824 0.117 0.001 0.021 0.015 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 121 I 0.002 0.810 0.138 0.001 0.007 0.030 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 122 V 0.002 0.793 0.123 0.002 0.028 0.028 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 123 S 0.026 0.539 0.139 0.080 0.139 0.052 0.002 0.001 0.020 0.002 0.001 124 N 0.003 0.140 0.388 0.006 0.172 0.162 0.006 0.001 0.119 0.003 0.001 125 E 0.823 0.001 0.003 0.167 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 N 0.329 0.027 0.028 0.568 0.009 0.005 0.023 0.003 0.008 0.001 0.001 127 D 0.079 0.027 0.114 0.293 0.061 0.017 0.210 0.149 0.020 0.030 0.001 128 S 0.270 0.082 0.300 0.189 0.043 0.020 0.049 0.019 0.011 0.015 0.001 129 D 0.213 0.096 0.228 0.334 0.066 0.019 0.013 0.010 0.007 0.014 0.001 130 S 0.144 0.276 0.166 0.190 0.185 0.007 0.012 0.010 0.005 0.006 0.001 131 A 0.035 0.576 0.155 0.058 0.152 0.010 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 132 S 0.007 0.733 0.149 0.005 0.095 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 133 V 0.004 0.875 0.045 0.004 0.055 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 134 T 0.003 0.754 0.205 0.001 0.021 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 135 I 0.013 0.841 0.057 0.005 0.052 0.012 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 136 R 0.010 0.795 0.118 0.005 0.040 0.012 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 137 A 0.045 0.550 0.276 0.012 0.060 0.028 0.003 0.001 0.024 0.002 0.001