# TARGET T0590 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1316 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.143 0.145 0.102 0.151 0.062 0.070 0.088 0.051 0.050 0.042 2 N 0.082 0.143 0.198 0.112 0.117 0.075 0.061 0.075 0.042 0.056 0.038 3 A 0.045 0.164 0.085 0.075 0.118 0.080 0.145 0.102 0.075 0.086 0.026 4 R 0.055 0.039 0.053 0.112 0.054 0.036 0.031 0.033 0.077 0.396 0.113 5 D 0.054 0.305 0.270 0.068 0.168 0.017 0.017 0.027 0.025 0.028 0.021 6 N 0.225 0.157 0.019 0.007 0.294 0.007 0.016 0.041 0.052 0.071 0.110 7 K 0.190 0.109 0.027 0.026 0.283 0.032 0.067 0.038 0.043 0.124 0.062 8 F 0.229 0.158 0.031 0.011 0.452 0.012 0.012 0.015 0.012 0.027 0.040 9 N 0.358 0.073 0.009 0.007 0.429 0.006 0.004 0.008 0.005 0.013 0.088 10 T 0.187 0.172 0.041 0.012 0.468 0.007 0.010 0.016 0.009 0.024 0.053 11 W 0.206 0.180 0.020 0.005 0.469 0.008 0.013 0.013 0.010 0.024 0.053 12 N 0.319 0.107 0.047 0.014 0.373 0.007 0.007 0.008 0.006 0.021 0.092 13 D 0.061 0.139 0.086 0.125 0.097 0.068 0.083 0.101 0.083 0.115 0.043 14 S 0.014 0.049 0.132 0.383 0.024 0.127 0.074 0.064 0.049 0.066 0.019 15 R 0.038 0.205 0.121 0.107 0.112 0.065 0.061 0.070 0.077 0.116 0.029 16 G 0.055 0.068 0.095 0.079 0.064 0.033 0.030 0.056 0.090 0.288 0.141 17 N 0.125 0.206 0.062 0.014 0.230 0.017 0.030 0.072 0.095 0.101 0.049 18 Y 0.178 0.113 0.069 0.030 0.254 0.016 0.023 0.050 0.069 0.103 0.093 19 W 0.093 0.173 0.094 0.047 0.160 0.038 0.067 0.093 0.100 0.097 0.037 20 S 0.064 0.212 0.224 0.067 0.140 0.019 0.027 0.066 0.061 0.089 0.032 21 D 0.151 0.191 0.057 0.020 0.198 0.029 0.063 0.083 0.073 0.063 0.073 22 Y 0.086 0.299 0.153 0.020 0.312 0.009 0.011 0.021 0.024 0.036 0.028 23 E 0.199 0.143 0.042 0.014 0.286 0.014 0.023 0.083 0.088 0.049 0.058 24 G 0.157 0.120 0.028 0.015 0.285 0.022 0.043 0.074 0.078 0.109 0.070 25 S 0.220 0.126 0.025 0.010 0.373 0.007 0.012 0.037 0.036 0.073 0.079 26 D 0.220 0.124 0.027 0.008 0.405 0.011 0.022 0.039 0.036 0.055 0.053 27 E 0.175 0.230 0.097 0.032 0.327 0.011 0.010 0.022 0.018 0.027 0.049 28 N 0.174 0.146 0.049 0.021 0.217 0.031 0.062 0.066 0.058 0.095 0.080 29 G 0.078 0.210 0.263 0.098 0.164 0.037 0.029 0.032 0.024 0.035 0.031 30 D 0.067 0.098 0.060 0.080 0.104 0.096 0.181 0.084 0.081 0.102 0.046 31 G 0.044 0.119 0.171 0.189 0.106 0.072 0.037 0.027 0.040 0.149 0.046 32 I 0.254 0.135 0.020 0.006 0.455 0.005 0.011 0.009 0.013 0.042 0.050 33 G 0.210 0.127 0.014 0.004 0.615 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.019 34 D 0.317 0.048 0.002 0.001 0.606 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 35 S 0.279 0.052 0.001 0.001 0.644 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 36 A 0.373 0.021 0.001 0.001 0.578 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 37 Y 0.264 0.054 0.002 0.001 0.663 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 38 A 0.367 0.039 0.003 0.001 0.518 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 39 V 0.365 0.083 0.010 0.002 0.441 0.003 0.003 0.003 0.001 0.007 0.079 40 N 0.114 0.169 0.036 0.060 0.275 0.062 0.050 0.039 0.030 0.099 0.066 41 P 0.111 0.184 0.297 0.144 0.127 0.027 0.013 0.022 0.021 0.021 0.033 42 E 0.017 0.011 0.016 0.038 0.015 0.059 0.083 0.323 0.334 0.084 0.019 43 A 0.018 0.330 0.225 0.126 0.072 0.042 0.054 0.046 0.033 0.044 0.010 44 G 0.047 0.078 0.072 0.099 0.070 0.039 0.019 0.032 0.045 0.341 0.156 45 S 0.134 0.211 0.059 0.015 0.320 0.023 0.028 0.058 0.054 0.059 0.040 46 M 0.269 0.089 0.026 0.012 0.280 0.015 0.029 0.048 0.055 0.079 0.098 47 D 0.206 0.155 0.040 0.015 0.397 0.016 0.026 0.036 0.027 0.042 0.039 48 Y 0.360 0.090 0.016 0.008 0.385 0.009 0.015 0.019 0.014 0.024 0.059 49 M 0.221 0.162 0.038 0.011 0.483 0.006 0.008 0.009 0.006 0.017 0.039 50 P 0.265 0.140 0.019 0.006 0.501 0.008 0.009 0.007 0.003 0.011 0.030 51 L 0.308 0.109 0.013 0.006 0.499 0.006 0.004 0.004 0.002 0.008 0.041 52 M 0.253 0.120 0.012 0.006 0.553 0.006 0.004 0.004 0.002 0.005 0.035 53 E 0.265 0.098 0.011 0.002 0.583 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.031 54 Y 0.281 0.110 0.017 0.003 0.537 0.002 0.003 0.004 0.002 0.005 0.036 55 L 0.249 0.164 0.054 0.010 0.420 0.007 0.008 0.010 0.006 0.017 0.055 56 H 0.107 0.300 0.189 0.039 0.256 0.015 0.017 0.020 0.012 0.017 0.029 57 S 0.083 0.268 0.227 0.056 0.159 0.023 0.031 0.049 0.037 0.036 0.030 58 S 0.076 0.239 0.155 0.048 0.155 0.037 0.062 0.080 0.063 0.054 0.031 59 P 0.085 0.201 0.140 0.058 0.157 0.034 0.059 0.065 0.066 0.095 0.041 60 V 0.087 0.276 0.230 0.046 0.161 0.013 0.022 0.035 0.038 0.055 0.036 61 L 0.055 0.380 0.241 0.029 0.153 0.021 0.033 0.034 0.025 0.015 0.015 62 P 0.180 0.267 0.066 0.008 0.348 0.006 0.012 0.029 0.022 0.021 0.040 63 T 0.229 0.168 0.035 0.014 0.377 0.017 0.021 0.025 0.025 0.027 0.063 64 A 0.227 0.173 0.041 0.017 0.401 0.017 0.013 0.022 0.019 0.022 0.048 65 R 0.290 0.095 0.024 0.007 0.412 0.010 0.013 0.020 0.024 0.032 0.072 66 F 0.305 0.099 0.018 0.021 0.360 0.011 0.007 0.021 0.023 0.041 0.095 67 T 0.153 0.125 0.038 0.017 0.405 0.010 0.022 0.051 0.035 0.083 0.061 68 S 0.174 0.179 0.046 0.021 0.367 0.014 0.016 0.027 0.027 0.072 0.057 69 D 0.144 0.250 0.124 0.013 0.404 0.003 0.004 0.010 0.006 0.011 0.030 70 I 0.130 0.133 0.052 0.018 0.172 0.022 0.041 0.141 0.139 0.090 0.061 71 T 0.061 0.135 0.126 0.083 0.118 0.066 0.133 0.122 0.060 0.064 0.032 72 E 0.045 0.163 0.100 0.110 0.097 0.088 0.094 0.064 0.055 0.143 0.041 73 G 0.049 0.137 0.148 0.133 0.098 0.046 0.043 0.067 0.069 0.142 0.067 74 F 0.131 0.168 0.105 0.022 0.207 0.015 0.025 0.049 0.071 0.155 0.052 75 A 0.060 0.345 0.234 0.045 0.172 0.017 0.034 0.030 0.022 0.022 0.021 76 P 0.184 0.213 0.073 0.019 0.260 0.017 0.023 0.028 0.034 0.070 0.080 77 L 0.112 0.289 0.063 0.022 0.343 0.023 0.027 0.026 0.029 0.038 0.030 78 S 0.432 0.045 0.007 0.001 0.426 0.003 0.003 0.004 0.004 0.011 0.063 79 V 0.239 0.142 0.010 0.009 0.528 0.019 0.007 0.006 0.005 0.007 0.029 80 R 0.378 0.057 0.008 0.002 0.451 0.002 0.003 0.004 0.003 0.012 0.081 81 F 0.244 0.181 0.031 0.007 0.430 0.007 0.006 0.008 0.005 0.017 0.064 82 K 0.104 0.248 0.027 0.014 0.469 0.010 0.007 0.014 0.009 0.041 0.057 83 D 0.097 0.233 0.449 0.059 0.103 0.010 0.007 0.011 0.008 0.007 0.016 84 F 0.004 0.004 0.011 0.026 0.003 0.045 0.098 0.402 0.377 0.023 0.005 85 S 0.005 0.531 0.315 0.057 0.049 0.008 0.008 0.009 0.007 0.009 0.002 86 E 0.033 0.038 0.030 0.047 0.042 0.016 0.014 0.014 0.036 0.450 0.281 87 N 0.059 0.415 0.177 0.012 0.239 0.013 0.016 0.019 0.014 0.021 0.016 88 A 0.325 0.115 0.012 0.004 0.374 0.004 0.010 0.013 0.020 0.024 0.099 89 T 0.256 0.096 0.029 0.032 0.350 0.037 0.049 0.019 0.021 0.052 0.060 90 S 0.271 0.119 0.017 0.007 0.516 0.008 0.008 0.008 0.007 0.011 0.028 91 R 0.323 0.065 0.008 0.004 0.512 0.003 0.003 0.004 0.003 0.009 0.065 92 L 0.234 0.139 0.028 0.007 0.504 0.006 0.007 0.008 0.005 0.016 0.046 93 W 0.225 0.177 0.017 0.002 0.497 0.004 0.006 0.006 0.005 0.015 0.047 94 M 0.318 0.109 0.045 0.009 0.403 0.004 0.005 0.005 0.004 0.016 0.082 95 F 0.060 0.167 0.098 0.143 0.098 0.086 0.097 0.088 0.057 0.072 0.034 96 G 0.008 0.027 0.105 0.495 0.012 0.149 0.063 0.046 0.039 0.044 0.012 97 D 0.033 0.276 0.154 0.081 0.131 0.053 0.066 0.067 0.076 0.049 0.014 98 G 0.049 0.028 0.030 0.036 0.042 0.021 0.024 0.050 0.120 0.417 0.182 99 N 0.109 0.278 0.099 0.015 0.278 0.011 0.018 0.048 0.059 0.052 0.034 100 T 0.179 0.141 0.046 0.022 0.258 0.020 0.026 0.041 0.069 0.095 0.103 101 S 0.201 0.138 0.075 0.018 0.308 0.010 0.017 0.035 0.051 0.086 0.062 102 D 0.108 0.130 0.061 0.050 0.123 0.047 0.082 0.101 0.115 0.130 0.053 103 S 0.044 0.220 0.243 0.095 0.123 0.022 0.030 0.050 0.052 0.089 0.032 104 P 0.183 0.199 0.048 0.017 0.242 0.029 0.053 0.053 0.056 0.048 0.071 105 S 0.084 0.325 0.142 0.017 0.331 0.007 0.010 0.013 0.020 0.028 0.025 106 P 0.258 0.115 0.027 0.009 0.305 0.010 0.019 0.058 0.080 0.048 0.071 107 L 0.190 0.094 0.019 0.016 0.299 0.024 0.050 0.056 0.067 0.100 0.086 108 H 0.209 0.142 0.027 0.016 0.394 0.009 0.010 0.026 0.029 0.060 0.077 109 T 0.261 0.097 0.019 0.005 0.455 0.006 0.013 0.021 0.026 0.043 0.054 110 F 0.217 0.222 0.072 0.024 0.352 0.010 0.006 0.014 0.015 0.020 0.049 111 F 0.229 0.111 0.027 0.011 0.232 0.018 0.039 0.038 0.052 0.121 0.122 112 N 0.093 0.239 0.239 0.089 0.192 0.028 0.018 0.018 0.017 0.031 0.034 113 E 0.071 0.060 0.036 0.068 0.090 0.105 0.238 0.078 0.087 0.113 0.054 114 G 0.040 0.130 0.193 0.256 0.097 0.070 0.026 0.019 0.034 0.101 0.035 115 E 0.267 0.117 0.014 0.004 0.496 0.003 0.007 0.005 0.010 0.031 0.045 116 Y 0.202 0.123 0.012 0.003 0.637 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 117 I 0.347 0.036 0.001 0.001 0.580 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 118 V 0.279 0.056 0.002 0.001 0.630 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 119 S 0.406 0.018 0.001 0.001 0.543 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 120 L 0.224 0.069 0.002 0.001 0.690 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 121 I 0.394 0.029 0.002 0.001 0.499 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.072 122 V 0.284 0.152 0.016 0.001 0.498 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.039 123 S 0.082 0.172 0.014 0.033 0.331 0.065 0.042 0.049 0.025 0.113 0.074 124 N 0.018 0.134 0.712 0.096 0.021 0.007 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 125 E 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.016 0.041 0.446 0.466 0.011 0.002 126 N 0.002 0.648 0.283 0.027 0.023 0.003 0.004 0.005 0.003 0.003 0.001 127 D 0.022 0.026 0.017 0.019 0.030 0.007 0.003 0.007 0.012 0.438 0.419 128 S 0.128 0.260 0.041 0.010 0.337 0.043 0.037 0.032 0.026 0.052 0.035 129 D 0.301 0.118 0.031 0.015 0.336 0.013 0.024 0.013 0.016 0.038 0.095 130 S 0.242 0.154 0.052 0.030 0.372 0.020 0.021 0.014 0.014 0.033 0.047 131 A 0.365 0.085 0.008 0.003 0.490 0.003 0.006 0.004 0.003 0.004 0.029 132 S 0.348 0.062 0.007 0.003 0.512 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.057 133 V 0.179 0.169 0.019 0.012 0.572 0.020 0.009 0.002 0.001 0.005 0.012 134 T 0.517 0.029 0.003 0.001 0.382 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.059 135 I 0.194 0.160 0.023 0.013 0.535 0.008 0.006 0.006 0.003 0.007 0.045 136 R 0.237 0.139 0.027 0.002 0.531 0.002 0.002 0.005 0.002 0.006 0.045 137 A 0.262 0.162 0.057 0.010 0.390 0.008 0.009 0.012 0.007 0.014 0.068