# TARGET T0590 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1824 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.074 0.654 0.005 0.002 0.010 0.002 0.001 0.008 0.101 0.014 0.054 0.067 2 N 0.001 0.071 0.818 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.032 0.007 0.012 0.047 3 A 0.001 0.006 0.240 0.002 0.152 0.130 0.001 0.001 0.001 0.058 0.398 0.003 0.009 4 R 0.001 0.003 0.055 0.002 0.119 0.054 0.001 0.001 0.001 0.074 0.682 0.003 0.005 5 D 0.001 0.008 0.123 0.005 0.139 0.051 0.001 0.001 0.001 0.170 0.487 0.008 0.007 6 N 0.001 0.017 0.385 0.003 0.024 0.030 0.001 0.001 0.002 0.383 0.127 0.008 0.021 7 K 0.004 0.064 0.576 0.009 0.015 0.022 0.001 0.001 0.005 0.154 0.041 0.060 0.048 8 F 0.019 0.069 0.295 0.021 0.054 0.033 0.003 0.001 0.006 0.082 0.045 0.016 0.356 9 N 0.074 0.011 0.269 0.225 0.044 0.029 0.010 0.002 0.007 0.079 0.041 0.162 0.048 10 T 0.187 0.041 0.152 0.003 0.032 0.031 0.033 0.007 0.029 0.032 0.024 0.146 0.283 11 W 0.207 0.052 0.150 0.013 0.026 0.040 0.034 0.009 0.026 0.039 0.026 0.110 0.267 12 N 0.072 0.026 0.281 0.074 0.026 0.035 0.013 0.007 0.022 0.076 0.051 0.195 0.122 13 D 0.022 0.015 0.296 0.017 0.053 0.034 0.004 0.002 0.013 0.195 0.158 0.051 0.139 14 S 0.010 0.030 0.306 0.014 0.076 0.038 0.003 0.001 0.009 0.218 0.200 0.044 0.051 15 R 0.005 0.039 0.199 0.006 0.095 0.035 0.001 0.001 0.005 0.245 0.314 0.023 0.031 16 G 0.002 0.015 0.266 0.007 0.041 0.017 0.001 0.001 0.003 0.232 0.391 0.010 0.016 17 N 0.004 0.035 0.422 0.008 0.033 0.016 0.002 0.001 0.005 0.300 0.124 0.016 0.035 18 Y 0.007 0.072 0.359 0.007 0.033 0.033 0.002 0.001 0.009 0.295 0.118 0.030 0.035 19 W 0.008 0.063 0.518 0.006 0.032 0.040 0.003 0.002 0.012 0.146 0.090 0.024 0.057 20 S 0.010 0.071 0.412 0.014 0.060 0.043 0.004 0.001 0.010 0.171 0.124 0.034 0.045 21 D 0.012 0.033 0.447 0.011 0.069 0.042 0.003 0.002 0.010 0.162 0.123 0.030 0.056 22 Y 0.015 0.049 0.294 0.006 0.086 0.060 0.003 0.001 0.009 0.171 0.205 0.042 0.058 23 E 0.014 0.047 0.307 0.007 0.064 0.048 0.003 0.001 0.006 0.151 0.263 0.040 0.049 24 G 0.007 0.050 0.418 0.006 0.036 0.023 0.001 0.001 0.003 0.247 0.137 0.022 0.048 25 S 0.002 0.044 0.606 0.006 0.024 0.012 0.001 0.001 0.002 0.191 0.067 0.017 0.029 26 D 0.001 0.022 0.428 0.006 0.057 0.013 0.001 0.001 0.001 0.227 0.210 0.015 0.021 27 E 0.002 0.020 0.333 0.003 0.065 0.014 0.001 0.001 0.001 0.218 0.311 0.011 0.022 28 N 0.003 0.060 0.339 0.004 0.073 0.013 0.001 0.001 0.002 0.268 0.194 0.014 0.030 29 G 0.002 0.019 0.387 0.004 0.042 0.006 0.001 0.001 0.001 0.314 0.175 0.030 0.019 30 D 0.003 0.013 0.266 0.018 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.215 0.402 0.007 0.039 31 G 0.014 0.024 0.326 0.008 0.023 0.003 0.001 0.001 0.002 0.232 0.198 0.128 0.040 32 I 0.094 0.040 0.257 0.012 0.007 0.001 0.009 0.001 0.009 0.124 0.052 0.042 0.352 33 G 0.173 0.022 0.155 0.009 0.003 0.001 0.020 0.001 0.014 0.044 0.012 0.450 0.097 34 D 0.260 0.008 0.104 0.042 0.003 0.001 0.035 0.002 0.019 0.044 0.014 0.062 0.406 35 S 0.428 0.002 0.059 0.026 0.002 0.001 0.047 0.002 0.020 0.018 0.007 0.298 0.090 36 A 0.663 0.002 0.017 0.007 0.001 0.001 0.060 0.003 0.013 0.006 0.002 0.057 0.171 37 Y 0.609 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.096 0.008 0.019 0.003 0.001 0.162 0.076 38 A 0.606 0.002 0.021 0.004 0.001 0.001 0.116 0.012 0.021 0.003 0.002 0.064 0.149 39 V 0.382 0.017 0.073 0.013 0.001 0.001 0.120 0.016 0.032 0.012 0.003 0.093 0.238 40 N 0.057 0.030 0.342 0.029 0.004 0.003 0.015 0.006 0.054 0.072 0.023 0.225 0.139 41 P 0.005 0.007 0.280 0.009 0.044 0.011 0.001 0.001 0.011 0.193 0.374 0.009 0.055 42 E 0.004 0.012 0.127 0.003 0.105 0.020 0.001 0.001 0.003 0.166 0.532 0.016 0.013 43 A 0.002 0.014 0.093 0.003 0.103 0.024 0.001 0.001 0.002 0.176 0.563 0.009 0.010 44 G 0.002 0.030 0.226 0.003 0.069 0.018 0.001 0.001 0.002 0.260 0.362 0.010 0.016 45 S 0.007 0.047 0.459 0.007 0.050 0.020 0.002 0.001 0.002 0.198 0.131 0.022 0.055 46 M 0.013 0.052 0.230 0.012 0.112 0.042 0.003 0.001 0.002 0.167 0.281 0.029 0.056 47 D 0.011 0.018 0.292 0.014 0.083 0.054 0.002 0.001 0.004 0.217 0.226 0.037 0.040 48 Y 0.015 0.030 0.385 0.018 0.054 0.078 0.004 0.001 0.008 0.208 0.102 0.017 0.080 49 M 0.013 0.016 0.403 0.011 0.016 0.061 0.003 0.001 0.013 0.244 0.035 0.156 0.028 50 P 0.028 0.021 0.439 0.022 0.020 0.047 0.009 0.001 0.028 0.065 0.041 0.017 0.263 51 L 0.086 0.029 0.209 0.036 0.019 0.054 0.035 0.007 0.092 0.032 0.022 0.266 0.113 52 M 0.103 0.017 0.141 0.040 0.017 0.049 0.037 0.008 0.114 0.040 0.012 0.066 0.357 53 E 0.116 0.008 0.102 0.048 0.011 0.043 0.045 0.007 0.109 0.037 0.012 0.358 0.104 54 Y 0.095 0.024 0.111 0.013 0.007 0.042 0.046 0.014 0.146 0.015 0.013 0.102 0.372 55 L 0.069 0.043 0.255 0.035 0.008 0.031 0.042 0.008 0.074 0.034 0.025 0.109 0.266 56 H 0.023 0.020 0.478 0.021 0.007 0.012 0.008 0.002 0.031 0.075 0.044 0.175 0.104 57 S 0.007 0.015 0.420 0.019 0.025 0.013 0.003 0.001 0.014 0.212 0.108 0.020 0.143 58 S 0.001 0.007 0.459 0.016 0.023 0.005 0.001 0.001 0.004 0.324 0.092 0.053 0.014 59 P 0.001 0.011 0.447 0.008 0.031 0.005 0.001 0.001 0.004 0.252 0.178 0.004 0.059 60 V 0.003 0.049 0.386 0.006 0.020 0.005 0.002 0.001 0.008 0.342 0.076 0.072 0.029 61 L 0.003 0.021 0.599 0.008 0.012 0.004 0.001 0.001 0.010 0.195 0.041 0.030 0.076 62 P 0.010 0.014 0.612 0.055 0.009 0.002 0.006 0.001 0.021 0.100 0.075 0.023 0.070 63 T 0.113 0.023 0.234 0.011 0.010 0.002 0.033 0.006 0.053 0.062 0.027 0.251 0.175 64 A 0.218 0.010 0.163 0.010 0.003 0.001 0.065 0.006 0.057 0.029 0.003 0.094 0.341 65 R 0.209 0.007 0.104 0.060 0.003 0.002 0.085 0.011 0.078 0.018 0.003 0.326 0.094 66 F 0.165 0.009 0.086 0.011 0.003 0.002 0.115 0.017 0.075 0.013 0.005 0.081 0.418 67 T 0.131 0.009 0.211 0.053 0.004 0.002 0.052 0.011 0.077 0.031 0.016 0.259 0.144 68 S 0.072 0.022 0.253 0.033 0.005 0.003 0.033 0.007 0.063 0.100 0.017 0.105 0.288 69 D 0.011 0.017 0.557 0.015 0.006 0.002 0.003 0.002 0.032 0.143 0.022 0.108 0.082 70 I 0.005 0.027 0.294 0.018 0.110 0.018 0.001 0.001 0.008 0.213 0.201 0.012 0.092 71 T 0.009 0.016 0.218 0.018 0.124 0.022 0.002 0.001 0.008 0.196 0.297 0.054 0.035 72 E 0.007 0.020 0.226 0.018 0.123 0.018 0.002 0.001 0.007 0.224 0.271 0.021 0.065 73 G 0.015 0.038 0.357 0.008 0.041 0.012 0.003 0.001 0.008 0.202 0.179 0.049 0.087 74 F 0.017 0.071 0.372 0.021 0.018 0.005 0.004 0.001 0.009 0.218 0.080 0.067 0.117 75 A 0.009 0.020 0.477 0.016 0.009 0.002 0.002 0.001 0.011 0.218 0.083 0.081 0.072 76 P 0.016 0.013 0.559 0.054 0.007 0.001 0.006 0.001 0.015 0.111 0.072 0.018 0.127 77 L 0.050 0.012 0.309 0.011 0.006 0.001 0.020 0.002 0.051 0.152 0.023 0.298 0.064 78 S 0.150 0.007 0.229 0.046 0.003 0.001 0.065 0.007 0.067 0.054 0.006 0.037 0.329 79 V 0.265 0.004 0.061 0.010 0.001 0.001 0.139 0.020 0.061 0.010 0.001 0.348 0.081 80 R 0.296 0.004 0.034 0.006 0.001 0.001 0.231 0.048 0.106 0.003 0.001 0.069 0.200 81 F 0.247 0.004 0.093 0.011 0.001 0.001 0.185 0.038 0.113 0.005 0.001 0.164 0.137 82 K 0.115 0.017 0.223 0.038 0.001 0.001 0.087 0.023 0.150 0.048 0.008 0.110 0.178 83 D 0.010 0.012 0.569 0.020 0.005 0.001 0.005 0.003 0.050 0.153 0.025 0.056 0.092 84 F 0.002 0.013 0.263 0.008 0.038 0.005 0.001 0.001 0.006 0.284 0.342 0.008 0.029 85 S 0.001 0.009 0.230 0.005 0.041 0.006 0.001 0.001 0.004 0.274 0.402 0.015 0.011 86 E 0.001 0.012 0.223 0.003 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.618 0.112 0.006 0.008 87 N 0.002 0.015 0.654 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.002 0.207 0.058 0.020 0.027 88 A 0.016 0.055 0.289 0.020 0.081 0.016 0.003 0.001 0.003 0.175 0.164 0.016 0.163 89 T 0.140 0.011 0.203 0.129 0.053 0.010 0.016 0.001 0.007 0.131 0.124 0.112 0.065 90 S 0.402 0.014 0.079 0.009 0.016 0.006 0.045 0.004 0.020 0.032 0.022 0.136 0.216 91 R 0.541 0.008 0.056 0.004 0.004 0.005 0.055 0.005 0.019 0.017 0.009 0.131 0.146 92 L 0.472 0.008 0.061 0.042 0.002 0.004 0.081 0.015 0.028 0.015 0.005 0.094 0.174 93 W 0.316 0.006 0.109 0.005 0.002 0.004 0.064 0.011 0.026 0.015 0.007 0.279 0.157 94 M 0.144 0.028 0.233 0.011 0.003 0.007 0.053 0.009 0.053 0.041 0.018 0.085 0.316 95 F 0.033 0.033 0.460 0.021 0.012 0.008 0.011 0.003 0.019 0.136 0.069 0.132 0.063 96 G 0.006 0.013 0.394 0.006 0.020 0.006 0.002 0.001 0.008 0.187 0.287 0.013 0.057 97 D 0.002 0.021 0.283 0.009 0.024 0.007 0.001 0.001 0.005 0.430 0.187 0.012 0.019 98 G 0.001 0.051 0.282 0.004 0.040 0.015 0.001 0.001 0.003 0.430 0.145 0.012 0.014 99 N 0.001 0.067 0.422 0.001 0.034 0.022 0.001 0.001 0.004 0.293 0.128 0.009 0.017 100 T 0.002 0.082 0.435 0.005 0.058 0.021 0.001 0.001 0.002 0.197 0.171 0.007 0.019 101 S 0.002 0.040 0.371 0.008 0.041 0.012 0.001 0.001 0.001 0.236 0.269 0.006 0.014 102 D 0.002 0.037 0.316 0.004 0.031 0.010 0.001 0.001 0.002 0.394 0.184 0.008 0.012 103 S 0.001 0.019 0.428 0.002 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.432 0.071 0.017 0.010 104 P 0.002 0.029 0.414 0.010 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.318 0.171 0.005 0.028 105 S 0.004 0.051 0.591 0.005 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.221 0.043 0.049 0.022 106 P 0.013 0.023 0.583 0.017 0.034 0.008 0.001 0.001 0.003 0.116 0.083 0.015 0.104 107 L 0.160 0.023 0.314 0.043 0.030 0.006 0.014 0.001 0.010 0.069 0.060 0.147 0.123 108 H 0.386 0.013 0.052 0.003 0.011 0.002 0.013 0.001 0.008 0.021 0.011 0.268 0.212 109 T 0.325 0.016 0.077 0.021 0.005 0.002 0.032 0.001 0.023 0.011 0.011 0.092 0.384 110 F 0.212 0.020 0.092 0.021 0.003 0.001 0.028 0.001 0.021 0.021 0.014 0.317 0.249 111 F 0.060 0.029 0.140 0.036 0.004 0.001 0.010 0.001 0.014 0.082 0.051 0.069 0.504 112 N 0.014 0.010 0.237 0.020 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.177 0.176 0.273 0.076 113 E 0.002 0.003 0.030 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.752 0.007 0.026 114 G 0.009 0.001 0.106 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.618 0.095 0.025 115 E 0.280 0.007 0.072 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.020 0.007 0.040 0.557 116 Y 0.319 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.602 0.052 117 I 0.548 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.380 118 V 0.553 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.399 0.014 119 S 0.755 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.197 120 L 0.796 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.019 121 I 0.844 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.069 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.062 122 V 0.767 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.083 0.002 0.004 0.001 0.001 0.079 0.054 123 S 0.439 0.020 0.081 0.020 0.001 0.001 0.069 0.004 0.014 0.016 0.004 0.090 0.241 124 N 0.024 0.016 0.535 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.106 0.030 0.123 0.139 125 E 0.001 0.003 0.060 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.717 0.004 0.014 126 N 0.001 0.004 0.051 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.705 0.012 0.007 127 D 0.001 0.005 0.192 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.658 0.122 0.006 0.005 128 S 0.002 0.020 0.406 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.336 0.146 0.008 0.061 129 D 0.022 0.071 0.258 0.011 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 0.245 0.140 0.131 0.091 130 S 0.102 0.034 0.270 0.051 0.007 0.002 0.006 0.001 0.002 0.051 0.024 0.030 0.422 131 A 0.080 0.004 0.079 0.005 0.002 0.002 0.008 0.001 0.005 0.012 0.004 0.768 0.033 132 S 0.104 0.005 0.021 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.841 133 V 0.011 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.955 0.004 134 T 0.006 0.004 0.032 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.948 135 I 0.002 0.005 0.205 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.765 0.004 136 R 0.001 0.007 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.307 137 A 0.001 0.007 0.910 0.002 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.026 0.022 0.006 0.003