# TARGET T0590 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1824 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.032 0.019 0.044 0.053 0.076 0.134 0.142 0.166 0.163 0.119 2 N 0.190 0.270 0.088 0.195 0.109 0.058 0.044 0.019 0.013 0.008 0.005 3 A 0.183 0.094 0.048 0.133 0.132 0.114 0.116 0.077 0.053 0.034 0.016 4 R 0.477 0.222 0.052 0.101 0.061 0.035 0.024 0.012 0.008 0.005 0.003 5 D 0.144 0.150 0.088 0.204 0.146 0.093 0.082 0.040 0.027 0.016 0.010 6 N 0.267 0.106 0.038 0.113 0.104 0.094 0.103 0.065 0.051 0.036 0.022 7 K 0.174 0.282 0.107 0.214 0.107 0.051 0.038 0.012 0.008 0.004 0.002 8 F 0.013 0.012 0.010 0.036 0.041 0.063 0.139 0.150 0.194 0.189 0.153 9 N 0.060 0.099 0.061 0.186 0.169 0.150 0.124 0.063 0.046 0.026 0.016 10 T 0.036 0.091 0.070 0.186 0.152 0.121 0.136 0.088 0.062 0.037 0.023 11 W 0.009 0.009 0.009 0.030 0.044 0.076 0.161 0.163 0.187 0.177 0.134 12 N 0.047 0.086 0.056 0.186 0.168 0.128 0.136 0.083 0.059 0.032 0.018 13 D 0.034 0.040 0.033 0.098 0.115 0.124 0.177 0.133 0.118 0.084 0.045 14 S 0.201 0.170 0.106 0.181 0.103 0.069 0.069 0.038 0.028 0.021 0.015 15 R 0.184 0.113 0.051 0.134 0.115 0.105 0.130 0.069 0.051 0.032 0.015 16 G 0.258 0.105 0.038 0.086 0.079 0.080 0.095 0.078 0.077 0.060 0.043 17 N 0.130 0.173 0.055 0.145 0.111 0.084 0.101 0.069 0.059 0.045 0.030 18 Y 0.141 0.090 0.037 0.097 0.106 0.109 0.135 0.096 0.085 0.066 0.039 19 W 0.095 0.083 0.037 0.125 0.128 0.113 0.132 0.101 0.083 0.064 0.041 20 S 0.071 0.066 0.049 0.107 0.111 0.107 0.141 0.112 0.102 0.082 0.053 21 D 0.115 0.102 0.066 0.158 0.131 0.102 0.113 0.079 0.063 0.044 0.028 22 Y 0.085 0.063 0.040 0.083 0.088 0.101 0.158 0.126 0.107 0.093 0.056 23 E 0.182 0.138 0.067 0.132 0.098 0.078 0.103 0.068 0.057 0.045 0.031 24 G 0.183 0.093 0.063 0.126 0.104 0.093 0.112 0.073 0.065 0.053 0.035 25 S 0.222 0.167 0.066 0.126 0.084 0.062 0.082 0.056 0.052 0.046 0.037 26 D 0.275 0.151 0.069 0.136 0.099 0.073 0.075 0.044 0.038 0.026 0.015 27 E 0.288 0.118 0.044 0.103 0.086 0.080 0.092 0.062 0.052 0.041 0.034 28 N 0.201 0.163 0.065 0.143 0.103 0.078 0.085 0.056 0.049 0.035 0.023 29 G 0.338 0.121 0.055 0.114 0.089 0.076 0.072 0.046 0.039 0.029 0.021 30 D 0.224 0.171 0.064 0.157 0.106 0.075 0.078 0.048 0.037 0.025 0.014 31 G 0.169 0.095 0.047 0.113 0.112 0.111 0.113 0.080 0.071 0.052 0.037 32 I 0.052 0.090 0.048 0.160 0.154 0.127 0.137 0.091 0.068 0.044 0.029 33 G 0.019 0.021 0.013 0.051 0.076 0.110 0.185 0.160 0.151 0.121 0.092 34 D 0.050 0.080 0.052 0.188 0.180 0.137 0.123 0.076 0.053 0.036 0.025 35 S 0.005 0.005 0.003 0.014 0.023 0.041 0.127 0.171 0.222 0.224 0.166 36 A 0.029 0.059 0.054 0.210 0.189 0.169 0.126 0.068 0.044 0.029 0.024 37 Y 0.002 0.003 0.002 0.008 0.014 0.029 0.099 0.157 0.222 0.263 0.201 38 A 0.017 0.041 0.036 0.159 0.166 0.137 0.167 0.106 0.075 0.051 0.044 39 V 0.002 0.003 0.003 0.009 0.013 0.021 0.071 0.111 0.190 0.282 0.294 40 N 0.028 0.092 0.054 0.249 0.207 0.134 0.115 0.055 0.035 0.019 0.012 41 P 0.081 0.066 0.039 0.108 0.097 0.108 0.155 0.115 0.100 0.083 0.048 42 E 0.345 0.155 0.077 0.152 0.091 0.055 0.053 0.026 0.020 0.016 0.010 43 A 0.276 0.178 0.065 0.125 0.076 0.060 0.074 0.046 0.047 0.033 0.020 44 G 0.293 0.147 0.045 0.108 0.086 0.073 0.073 0.051 0.053 0.041 0.029 45 S 0.169 0.187 0.056 0.136 0.092 0.077 0.089 0.063 0.059 0.042 0.030 46 M 0.210 0.096 0.046 0.109 0.107 0.095 0.110 0.077 0.072 0.050 0.028 47 D 0.285 0.139 0.057 0.150 0.115 0.079 0.069 0.042 0.033 0.019 0.011 48 Y 0.096 0.089 0.048 0.111 0.101 0.099 0.124 0.102 0.101 0.079 0.049 49 M 0.124 0.080 0.043 0.094 0.094 0.094 0.129 0.111 0.106 0.080 0.046 50 P 0.182 0.107 0.051 0.115 0.100 0.095 0.121 0.084 0.069 0.048 0.029 51 L 0.045 0.047 0.032 0.080 0.088 0.106 0.173 0.142 0.128 0.096 0.062 52 M 0.049 0.052 0.048 0.127 0.124 0.119 0.150 0.114 0.100 0.072 0.046 53 E 0.085 0.095 0.101 0.161 0.130 0.111 0.121 0.080 0.061 0.036 0.019 54 Y 0.057 0.077 0.066 0.139 0.129 0.123 0.159 0.104 0.078 0.046 0.022 55 L 0.020 0.018 0.018 0.039 0.046 0.068 0.147 0.161 0.184 0.171 0.128 56 H 0.099 0.147 0.083 0.186 0.149 0.108 0.106 0.054 0.038 0.019 0.011 57 S 0.256 0.153 0.093 0.140 0.091 0.077 0.074 0.046 0.034 0.022 0.013 58 S 0.236 0.144 0.038 0.113 0.102 0.086 0.105 0.065 0.053 0.035 0.021 59 P 0.397 0.142 0.052 0.115 0.077 0.062 0.057 0.037 0.030 0.020 0.011 60 V 0.239 0.139 0.039 0.139 0.120 0.091 0.095 0.056 0.041 0.026 0.016 61 L 0.024 0.047 0.030 0.115 0.129 0.146 0.176 0.137 0.101 0.062 0.031 62 P 0.014 0.016 0.010 0.039 0.062 0.094 0.160 0.172 0.180 0.150 0.103 63 T 0.034 0.064 0.052 0.190 0.187 0.144 0.134 0.089 0.057 0.031 0.018 64 A 0.009 0.005 0.004 0.011 0.017 0.033 0.107 0.174 0.231 0.234 0.174 65 R 0.054 0.103 0.084 0.287 0.197 0.116 0.083 0.037 0.022 0.011 0.008 66 F 0.004 0.003 0.003 0.007 0.010 0.020 0.071 0.128 0.209 0.273 0.273 67 T 0.056 0.126 0.089 0.239 0.162 0.102 0.098 0.050 0.035 0.023 0.019 68 S 0.013 0.013 0.008 0.024 0.032 0.049 0.131 0.150 0.206 0.204 0.169 69 D 0.117 0.191 0.079 0.222 0.136 0.086 0.072 0.038 0.026 0.018 0.015 70 I 0.093 0.055 0.032 0.100 0.107 0.106 0.144 0.106 0.103 0.085 0.068 71 T 0.229 0.177 0.066 0.153 0.105 0.076 0.074 0.042 0.036 0.023 0.019 72 E 0.247 0.169 0.072 0.161 0.116 0.084 0.067 0.034 0.027 0.015 0.009 73 G 0.144 0.075 0.023 0.078 0.074 0.083 0.114 0.095 0.109 0.102 0.102 74 F 0.095 0.122 0.051 0.153 0.137 0.110 0.112 0.076 0.068 0.047 0.027 75 A 0.070 0.043 0.019 0.068 0.082 0.094 0.140 0.129 0.140 0.114 0.102 76 P 0.141 0.099 0.048 0.165 0.139 0.107 0.099 0.073 0.056 0.041 0.032 77 L 0.043 0.033 0.018 0.069 0.097 0.138 0.202 0.151 0.119 0.085 0.046 78 S 0.085 0.146 0.081 0.254 0.171 0.105 0.073 0.036 0.024 0.015 0.011 79 V 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.043 0.097 0.212 0.307 0.318 80 R 0.021 0.112 0.068 0.282 0.240 0.123 0.097 0.032 0.015 0.006 0.005 81 F 0.004 0.005 0.003 0.010 0.012 0.019 0.067 0.113 0.200 0.275 0.291 82 K 0.064 0.103 0.054 0.240 0.213 0.142 0.102 0.038 0.022 0.012 0.010 83 D 0.053 0.068 0.027 0.107 0.110 0.106 0.157 0.124 0.113 0.085 0.051 84 F 0.112 0.101 0.043 0.136 0.125 0.114 0.129 0.080 0.063 0.056 0.042 85 S 0.222 0.206 0.070 0.159 0.099 0.063 0.073 0.039 0.032 0.022 0.015 86 E 0.433 0.119 0.045 0.123 0.087 0.069 0.055 0.028 0.020 0.013 0.007 87 N 0.294 0.260 0.068 0.172 0.080 0.047 0.038 0.016 0.012 0.008 0.005 88 A 0.045 0.040 0.023 0.076 0.074 0.096 0.145 0.122 0.156 0.127 0.096 89 T 0.089 0.076 0.036 0.130 0.131 0.137 0.152 0.098 0.078 0.046 0.027 90 S 0.044 0.083 0.069 0.197 0.167 0.129 0.118 0.076 0.058 0.035 0.026 91 R 0.022 0.030 0.034 0.116 0.139 0.167 0.201 0.130 0.088 0.050 0.022 92 L 0.033 0.053 0.041 0.201 0.212 0.156 0.136 0.077 0.049 0.027 0.014 93 W 0.001 0.002 0.003 0.009 0.018 0.031 0.103 0.162 0.246 0.242 0.183 94 M 0.030 0.120 0.093 0.286 0.205 0.123 0.085 0.030 0.016 0.008 0.004 95 F 0.004 0.006 0.005 0.019 0.029 0.047 0.146 0.193 0.220 0.194 0.136 96 G 0.230 0.123 0.060 0.150 0.124 0.098 0.091 0.049 0.035 0.022 0.017 97 D 0.082 0.147 0.070 0.176 0.124 0.096 0.133 0.072 0.051 0.032 0.018 98 G 0.140 0.075 0.028 0.101 0.107 0.109 0.132 0.096 0.090 0.075 0.047 99 N 0.182 0.239 0.077 0.155 0.105 0.074 0.067 0.037 0.029 0.021 0.014 100 T 0.107 0.090 0.043 0.149 0.127 0.099 0.134 0.084 0.078 0.053 0.036 101 S 0.161 0.082 0.032 0.090 0.095 0.106 0.131 0.097 0.090 0.066 0.049 102 D 0.180 0.280 0.074 0.188 0.123 0.061 0.046 0.021 0.014 0.008 0.005 103 S 0.307 0.102 0.040 0.108 0.099 0.091 0.095 0.062 0.048 0.031 0.017 104 P 0.492 0.156 0.043 0.116 0.076 0.045 0.035 0.016 0.011 0.007 0.004 105 S 0.101 0.157 0.077 0.211 0.141 0.101 0.104 0.050 0.033 0.017 0.007 106 P 0.018 0.014 0.006 0.031 0.047 0.074 0.147 0.168 0.192 0.172 0.129 107 L 0.061 0.120 0.071 0.213 0.178 0.130 0.109 0.053 0.035 0.019 0.012 108 H 0.014 0.024 0.020 0.068 0.087 0.106 0.183 0.166 0.157 0.111 0.064 109 T 0.070 0.118 0.073 0.209 0.179 0.117 0.106 0.056 0.039 0.020 0.012 110 F 0.011 0.017 0.010 0.047 0.065 0.082 0.173 0.177 0.180 0.138 0.099 111 F 0.053 0.086 0.062 0.191 0.186 0.135 0.124 0.070 0.051 0.027 0.016 112 N 0.393 0.184 0.098 0.176 0.077 0.038 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 113 E 0.256 0.189 0.078 0.192 0.112 0.078 0.057 0.021 0.010 0.005 0.002 114 G 0.267 0.116 0.038 0.130 0.090 0.091 0.097 0.068 0.049 0.033 0.021 115 E 0.065 0.223 0.138 0.329 0.159 0.061 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.026 0.124 0.195 0.263 0.222 0.149 117 I 0.013 0.080 0.090 0.503 0.231 0.065 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 118 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.057 0.145 0.297 0.293 0.197 119 S 0.005 0.052 0.059 0.563 0.244 0.066 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.080 0.258 0.352 0.278 121 I 0.004 0.031 0.027 0.413 0.358 0.120 0.037 0.007 0.002 0.001 0.001 122 V 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.043 0.087 0.227 0.329 0.296 123 S 0.007 0.048 0.044 0.368 0.302 0.135 0.067 0.019 0.008 0.002 0.001 124 N 0.043 0.101 0.029 0.135 0.130 0.139 0.190 0.113 0.069 0.036 0.014 125 E 0.249 0.177 0.090 0.241 0.119 0.056 0.034 0.016 0.009 0.006 0.003 126 N 0.475 0.263 0.060 0.106 0.047 0.022 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 127 D 0.558 0.153 0.033 0.081 0.057 0.038 0.034 0.018 0.014 0.009 0.005 128 S 0.220 0.313 0.067 0.158 0.093 0.061 0.043 0.020 0.015 0.007 0.004 129 D 0.183 0.170 0.059 0.165 0.132 0.105 0.089 0.039 0.030 0.017 0.011 130 S 0.256 0.157 0.062 0.152 0.134 0.084 0.064 0.037 0.029 0.017 0.009 131 A 0.163 0.121 0.055 0.156 0.181 0.124 0.106 0.047 0.028 0.013 0.006 132 S 0.315 0.118 0.073 0.152 0.124 0.074 0.066 0.035 0.025 0.012 0.006 133 V 0.065 0.051 0.036 0.102 0.138 0.159 0.221 0.115 0.069 0.033 0.011 134 T 0.196 0.231 0.101 0.198 0.114 0.065 0.054 0.022 0.011 0.006 0.002 135 I 0.021 0.020 0.011 0.026 0.035 0.058 0.137 0.163 0.190 0.212 0.128 136 R 0.354 0.257 0.096 0.137 0.072 0.040 0.023 0.010 0.006 0.003 0.002 137 A 0.345 0.156 0.063 0.128 0.098 0.068 0.061 0.036 0.024 0.013 0.007